Soutenance mémoire
Perception des chauves-souris par l’Homme
Généralités sur les émergences zoonotiques et les chauves-souri
Définition des termes
Zoonose
Le terme zoonose a été créé par Virchow au XIXème siècle à partir des deux racines grecques zoôn signifiant animal et nosos signifiant maladie. Il s’agit donc de « Maladies (sous-entendu de l’Homme) ayant les animaux pour source », ce qui signifie que les animaux jouent un rôle causal dans la transmission de l’agent pathogène à l’Homme (HADDAD et al., 2012). La définition donnée par les experts de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) en 1959 est la suivante : « Les zoonoses sont des maladies et infections qui se transmettent naturellement des animaux vertébrés à l’Homme et vice-versa ». Le terme « infection » doit être pris au sens anglo-saxon du terme, c’est-à-dire englober les agents microbiens mais aussi parasitaires responsables de zoonoses, ce qui correspond en français aux termes d’infection et d’infestation. Par ailleurs le fait de citer à la fois le terme « maladie » et le terme « infection » signifie qu’un agent zoonotique peut occasionner chez
les animaux sources et/ou chez l’Homme des signes cliniques (maladie) ou bien passer inaperçu (infection). On exclut alors des zoonoses les maladies dont les agents sont transmis à l’Homme par des animaux ni malades, ni infectés mais simplement « véhicules » passifs, ainsi que les maladies dont les agents sont transmis par des animaux ou des denrées d’origine animale qui sont de simples véhicules d’agents spécifiquement pathogènes pour l’Homme.
La notion de transmissibilité permet de différencier les zoonoses des maladies communes à l’animal et à l’Homme. Cette transmissibilité est réciproque (vice versa) c’est-à-dire que bien que la transmission se fasse le plus souvent de l’Animal vers l’Homme elle peut également se faire pour certains agents pathogènes de l’Homme vers l’Animal, avec réversion éventuelle vers l’Homme (ex. : Mycobacterium tuberculosis). De la même manière le terme « naturellement » permet d’exclure les maladies qui relèvent uniquement de la transmission expérimentale (HADDAD et al., 2012). Les sources de l’infection humaine sont très nombreuses : ce sont l’animal vivant, les cadavres, les produits animaux et tous les objets qui peuvent être contaminés. On distingue les zoonoses professionnelles, contractées au cours de l’exercice normal d’une profession qui expose au contact des animaux vivants, cadavres, carcasses et divers produits d’origine animale ; les zoonoses accidentelles, conséquences d’une contamination imprévisible ou difficilement prévisible ; les zoonoses de loisir, contractées à la faveur de diverses occupations non professionnelles ; et les zoonoses familiales, transmises aux membres de la maison par les animaux de compagnie (HADDAD et al., 2012). On peut également classer les zoonoses en fonction du cycle évolutif de l’agent causal. Les orthozoonoses sont des maladies dont l’entretien de l’agent causal nécessite une seule espèce de vertébrés (mais en admet plusieurs) qui permet la transmission à l’Homme. Les cyclozoonoses nécessitent plusieurs espèces de vertébrés, l’une d’entre elles étant seule responsable de la contamination humaine. Les métazoonoses nécessitent un passage par un invertébré (souvent un arthropode) qui permet la transmission à l’Homme. Les saprozoonoses nécessitent le passage de l’agent causal dans le milieu extérieur. La même maladie peut se retrouver dans plusieurs cadres (HADDAD et al., 2012).
La zoonose est dite « bornée » quand l’Homme contaminé ne retransmet pas la maladie, il constitue ce que l’on appelle un « cul-de-sac épidémiologique ». La zoonose est dite « extensive » lorsque la transmission se poursuit à travers l’Homme contaminé, selon deux schémas : – soit vers l’animal, en mode « rétrograde » – soit vers l’Homme, en mode « interhumain » (HADDAD et al., 2012). L’importance des zoonoses tient à leur nombre, leur gravité médicale et souvent leur coïncidence avec des fléaux économiquement redoutés. Leur nombre est très élevé et ne cesse d’augmenter. Souvent l’infection humaine n’est possible qu’autant que demeure l’infection animale correspondante, c’est pourquoi il est très important d’étudier en parallèle l’écologie des hôtes qui transmettent la maladie (HADDAD et al., 2012).
Emergence
L’émergence est un concept à la mode, même s’il est déjà ancien et notamment présenté par Charles Nicolle en 1933 dans son livre : « Naissance, vie et mort des maladies infectieuses ». On note la différence que l’on peut faire entre ce qui est « nouveau » (apparu récemment ou que l’on ne connaissait pas jusqu’alors) et ce qui émerge, c’est-à-dire qui est mis en lumière. Autrement dit, quelque chose qui émerge peut ne pas être nouveau, mais déjà connu et devenir simplement davantage apparent (TOMA et THIRY, 2003).En 1995, MORSE définit les infections émergentes comme des «infections récemment apparues dans une population ou qui ont existé mais dont l’incidence ou la zone géographique augmente rapidement». En 2001, FEHRI donne la définition suivante : « Il s’agit de maladies transmissibles nouvellement identifiées, d’extension rapide, susceptibles de poser des problèmes de santé publique à l’échelle locale, régionale ou internationale. Il convient de souligner que les maladies d’origine toxique, nutritionnelle, métabolique ou immunologique ne font pas partie des maladies émergentes au sens strict du terme». Il indique par ailleurs que « Selon Morse, les maladies émergentes couvrent une large gamme de situations dont : ‐ Des maladies dues à des agents d’apparition nouvelle ; ‐ Des maladies dont la gamme d’hôtes réceptifs s’est étendue ; ‐ Des maladies dont l’agent responsable est nouvellement identifié alors qu’elles étaient déjà largement répandues» (TOMA et THIRY, 2003). L’émergence peut aussi bien se rapporter à l’installation d’une maladie nouvelle, inconnue, qu’à la résurgence de la maladie qu’on estimait être éradiquée ou contrôlée. Enfin, si on se réfère à MORSE, il faut ajouter aux situations proposées par FEHRI celle où l’incidence d’une maladie déjà présente augment significativement (PEIFFER, 2013).
Mais les limites de ces définitions apparaissent rapidement. Tout d’abord la restriction du concept de maladie émergente aux seules maladies transmissibles et l’exclusion, d’emblée, des maladies non transmissibles est discutable. Ensuite, toute maladie due à un agent « d’apparition nouvelle » ne mérite pas, ipso facto, le qualificatif d’émergente : le fait qu’elle vienne d’être identifiée ou reconnue, surtout si sa fréquence demeure basse, ne suffit pas pour la considérer comme émergente (TOMA et THIRY, 2003). TOMA et THIRY proposent en 2003 une nouvelle définition : une maladie émergente est une « maladie dont l’incidence réelle augmente de manière significative dans une population donnée, d’une région donnée et pendant une période donnée, par rapport à la
situation épidémiologique habituelle de cette maladie ».
À partir de cette définition, il est possible d’en déduire une proposition de maladie réémergente. Une maladie ré-émergente est une « maladie qui a déjà été émergente et qui le redevient ». Les auteurs reconnaissent l’imprécision du degré d’augmentation de l’incidence. L’expression « de manière significative » veut traduire le concept de réussite émergentielle et se juge par rapport à la situation épidémiologique habituelle de cette maladie. La figure 1 représente l’évolution de l’incidence dans le temps dans six situations. Pour chaque situation, on fait figurer ce que l’on peut appeler un seuil de détection, variable en fonction de la maladie (de la fréquence de l’infection inapparente, de l’intensité des symptômes, de l’importance de la mortalité, de la nature des espèces animales touchées, etc.) : en dessous d’un certain niveau d’incidence (encore une fois, variable en fonction de la maladie), la présence (l’existence) de la maladie est méconnue ; au-dessus, elle a toutes les chances d’être identifiée. L’incidence représentée correspond à une région donnée, de taille variable (TOMA et THIRY, 2003).
Situation 1 : La maladie existe de façon permanente, mais sa présence n’a pas encore été détectée dans la région.
Situation 2 : La situation est voisine de la précédente, mais la présence de la maladie n’est pas permanente.
Situation 3 : Cette situation est proche de la situation 1, mais à un moment donné, l’incidence dépasse le seuil de détection et la maladie est « découverte », ou sa présence est identifiée dans la région : c’est une « nouvelle » maladie, une maladie qui apparaît. Si l’incidence retourne rapidement à un niveau inférieur au seuil de détection, on ne devrait logiquement pas parler d’émergence pour cette constatation accidentelle.
Situation 4 : C’est une situation voisine de la situation 2 où la maladie est présente mais pas permanente, avec à un moment donné, dépassement du seuil de détection (comme dans la situation 3).
Situation 5 : Là, la maladie « apparaît » et son incidence demeure lentement croissante ; cette fois-ci, il y a bien émergence.
Situation 6 : La maladie, récemment découverte, possède un potentiel épidémique plus important que dans le cas précédent et « flambe ». L’émergence est flagrante. La démonstration de la réalité de l’augmentation de l’incidence d’une maladie est facile dans certains cas, difficile dans d’autres et aux prises avec plusieurs risques de biais. Trois types de biais potentiels au moins risquent de conduire à une confusion entre incidence réelle, stable, et incidence apparente, croissante. Ce sont : – les outils d’identification des maladies : il est logique d’utiliser une méthode ou une technique de dépistage ou de diagnostic nouvellement disponible et fournissant de meilleures performances que les techniques classiques, en termes de rapidité, de détectabilité, de sensibilité ou de spécificité, il faut donc simplement garder en mémoire cette différence d’efficacité des outils au cours du temps, lors de la comparaison des incidences apparentes successives et de leur interprétation ; – le niveau d’épidémiosurveillance : on a vu se développer dans de nombreux pays, au cours des dernières décennies, tant en pathologie humaine qu’en pathologie animale, des réseaux d’épidémiosurveillance qui ont accru la connaissance de la situation épidémiologique de diverses maladies ; – le niveau de médiatisation (TOMA et THIRY, 2003).
Zoonose émergente et émergence zoonotique
Selon l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE), 60 % des 1400 agents pathogènes humains sont d’origine animale et 75 % des agents de maladies animales émergentes peuvent contaminer l’Homme (LESAGE, 2014). La définition d’une émergence donnée par l’OMS en 2004, en concertation avec l’Organisation mondiale de la santé animale (OIE) et l’Organisation de l’alimentation et de l’agriculture (FAO), est la suivante : « Il s’agit d’un (agent) pathogène nouvellement isolé, évoluant récemment ou étant apparu précédemment mais ayant entrainé une augmentation de son incidence, de son étendue géographique ou touchant un éventail plus important d’hôtes et de vecteurs. » (PEIFFER, 2013). Il est alors aisé de définir une zoonose émergente en combinant les définitions des deux termes. Une zoonose émergente est une maladie ou infection correspondant aux définitions citées précédemment, et dont l’incidence a augmenté récemment avec une étendue géographique plus importante ou touchant un éventail plus important d’hôtes et de vecteurs.
En revanche la définition d’une émergence zoonotique présente une subtilité supplémentaire. Une émergence zoonotique nous indique que l’on a qualifié l’émergence de maladie zoonotique ce qui veut dire que c’est la maladie émergente qui a d’abord été découverte et qu’en étudiant les caractères épidémiologiques on a mis en évidence son caractère zoonotique. Les progrès récents en terme de surveillance épidémiologique et d’outils diagnostiques nous permettent souvent aujourd’hui de qualifier extrêmement rapidement les caractères épidémiologiques d’une maladie émergente. On parle alors plus précocement de zoonose émergente qu’auparavant. On comprend pourquoi on parle actuellement plus facilement de zoonose émergente mais le terme émergence zoonotique paraît plus justifié car il tient compte de l’avancée chronologique des études.
Par ailleurs le fait de privilégier le terme d’émergence zoonotique permet de ne pas exclure totalement de notre étude les maladies émergentes animales dont on ne sait pas encore si elles présentent un caractère zoonotique ou pas, sujet d’actualité en ce qui concerne les Chiroptères. Une fois les différents termes définis, nous allons nous intéresser aux différents facteurs impliqués dans l’émergence zoonotique.
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Table des matières
LISTE DES ABRÉVIATIONS
LISTE DES TABLEAUX
LISTE DES ANNEXES
INTRODUCTION
PREMIÈRE PARTIE : généralités sur les émergences zoonotiques et les chauvessouris
1) Définition des termes
a. Zoonose
b. Emergence
c. Zoonose émergente et émergence zoonotique
2) Les facteurs d’émergence
a. Le climat
b. Les changements en relation avec les activités humaines
i. Augmentation démographique
ii. Contexte socio-économique et socio-politique
iii. Globalisation
iv. Les mesures d’hygiène
v. Contacts entre les hommes et les animaux
c. La transmission de l’animal à l’Homme
i. Les agents viraux, évolution et adaptation
ii. Les agents bactériens
iii. Statut immunitaire et la notion de YOPI
iv. Antibiorésistance
v. Barrière d’espèce
d. Les outils de détection, des progrès constants
3) Éléments de classification et d’anatomie des chauves-souris
a. Taxonomie et historique
b. Principaux éléments d’anatomie
i. La tête et le cou
ii. Les organes thoraciques et abdominaux
iii. Les membres
4) Ecologie des chauves-souris
a. Les gîtes
b. Reproduction
c. Alimentation
i. Régimes alimentaires
ii. Miction, défécation
d. Activités
e. Rôles dans l’écosystème
f. Perception des chauves-souris par l’Homme g. Bénéfices apportées par les chauves-souris à l’Homme
5) Éléments contribuant à placer les chauves-souris au cœur des problèmes d’émergence
a. Impacts de l’extinction crétacé-tertiaire sur les populations ancestrales de
Chiroptères et la virosphère
b. Symbiose entre virus et chauves-souris
c. Caractères écologiques et biologiques en relation avec leur rôle de réservoirs
i. Torpeur et hibernation
ii. Le système immunitaire
1. L’immunité innée
2. L’immunité acquise
iii. Vol et métabolisme
iv. L’espérance de vie
v. L’écholocation
vi. Le système de reproduction
d. Transmission des agents pathogènes des chauves-souris à l’Homme différentes
i. Promiscuité entre les chauves-souris et l’Homme
ii. Hôtes relais
e. Futures directions de recherches
DEUXIÈME PARTIE : principales zoonoses virales émergentes ayant comme réservoir les chauves-souris
1) Virus zoonotiques identifiés ayant des chauves souris pour réservoirs connus
ou fortement supposés
2) Les Lyssavirus
1. Diversité virale
ii. Facteurs de virulence et pathogénie
c. Epidémiologie .
i. Descriptive
1. RABV
2. Autres Lyssavirus
ii. Analytique
1. Espèces de Chiroptères réservoirs
a) En Amérique et en Guyane
b) En Europe
c) En Australie
2. Espèces sensibles
3. Sources de contamination
4. Facteur de risque
5. Modes de transmission
d. Étude clinique
e. Diagnostic et dépistage de laboratoire
i. Échantillonnage
1. Tissus pour diagnostic direct 2. Sérum et liquide cérébrospinal pour sérologie
ii. Les différents tests
1. Identification des antigènes viraux
2. Détection du génome viral, les méthodes moléculaires
3. Détection de virus vivants
4. Détection d’anticorps
5. Limites
f. Moyens de lutte
i. Traitements
ii. Contrôle et prévention
i. Concernant l’ABLV
ii. Decouverte de nouveaux Lyssavirus
iii. Menaces potentielles associées aux changements climatiques
3) Les Coronavirus
a. Historique
b. Caractéristiques des virus
i. Description et systématique
1. Diversité virale
2. Structure
3. Résistance
ii. Facteurs de virulence et pathogénie
c. Epidémiologie
i. Descriptive
1. Coronavirus en général
2. Cas particulier du SARS
ii. Analytique
1. Sources de contamination
2. Facteurs de risque
3. Modes de transmission
d. Etude clinique
e. Diagnostic et dépistage de laboratoire
f. Moyens de lutte contre le SARS et évolution de la pandémie de SARS
i. Directives de prise en charge des cas présumés et probables
ii. Définition des sujets contacts
iii. Directives de prise en charge des sujets contacts
iv. Evolution et extinction de la pandémie de SARS
g. Découvertes ou événements récent
i. Directions futures
ii. Le « Middle East Respiratory Syndrome » (MERS), ou syndrome respiratoire du Moyen-Orient
a. Virus Hendra
i. Historique
ii. Caractéristiques du virus
iii. Épidémiologie
1. Descriptive
2. Analytique
a) Sources de contamination et modes de transmission
b) Facteurs de risque
iv. Etude clinique
v. Diagnostic et dépistage de laboratoire
1. Prélèvements
2. Les différents tests
vi. Moyens de lutte
b. Virus Nipah
i. Historique
ii. Processus d’émergence
iii. Caractéristiques du virus
1. Description et systématique
2. Facteurs de virulence et pathogénie
iv. Épidémiologie
1. Descriptive
2. Analytique
a) Sources de contamination
b) Populations à risque
c) Modes de transmission
v. Etude clinique
vi. Diagnostic et dépistage de laboratoire
vii. Moyens de lutte
1. Traitements
2. Prévention
c. Nouveaux développements
i. Perspectives en recherche thérapeutique et vaccinales
1. Traitements
2. Vaccins
ii. Données phylogénétiques récentes et perspectives de recherche
d. Autres Paramyxoviridae zoonotiques ayant des chauves-souris comme réservoir
i. Généralités
ii. Le virus Menangle
TROISIÈME PARTIE : implications et perspectives en matière de lutte contre les
zoonoses émergentes et de menaces potentielles à venir
1) Les acteurs et leur rôle
a. Au niveau international : l’émergence du concept « One Health »
b. Au niveau européen c. Au niveau national, cas de la France
2) Mesures de veille sanitaire
a. Les différents réseaux
b. Défis que représentent la surveillance des maladies émergentes et réémergentes à partir de la faune sauvage, et plus particulièrement à partir des Chiroptères
i. Limites d’échantillonnage des Chiroptères
ii. Limites diagnostiques
3) Méthodes de lutte contre les zoonoses dont l’agent pathogène a les Chiroptères
pour réservoirs
a. Lutte contres les sources
i. Lutte contre les espèces réservoir
1. Les vampires
2. Les autres espèces
ii. Lutte contre l’infection des hôtes relais et sa propagation au sein des
populations d’hôtes relais ainsi que contre la transmission à l’Homme
b. Maîtrise totale ou partielle du risque d’exposition de l’Homme en fonction des différents modes
i. Lutte contre la transmission directe des chauves-souris à l’Homme
ii. Lutte contre la transmission indirecte des chauves-souris à l’Homme via des supports inanimés
iii. Lutte contre la transmission indirecte des chauves-souris à l’Homme via les hôtes relais
iv. Lutte contre la transmission interhumaine
v. Communication
4) Menaces potentielles à venir
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE
ANNEXES .
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