Origine, anatomie et physiologie des poissons

Les poissons constituent une source de protéine très intéressante ; selon l‟Organisation des Nations Unies pour l‟alimentation et l‟agriculture (FAO), ils représentent 17% des apports en protéines dans le monde et jusqu’à 70% dans certains pays côtiers. Sa consommation au niveau mondial a pratiquement doublée en l’espace de cinquante ans soit 19 kilos par an et par habitant pour une production mondiale de 158 millions de tonnes en 2012 (10 millions de tonnes de plus qu‟en 2010) [1]. Pourtant, avec une telle consommation (estimée à 20 kg par habitant l‟année 2014), l‟inspection sanitaire des poissons et produits d‟aquaculture a toujours été, et reste jusqu‟à présent une minorité pour la plupart des Etats [2]; effectivement, la plupart des responsables politiques et techniques reste convaincus que les poissons présentent peu de risques pour les consommateurs si bien qu‟ ils préfèrent mobiliser leurs ressources sur d‟autres denrées alimentaires. La plus grande intoxication par du poisson que le monde n‟ait jamais vécu s‟est manifestée en 1988 avec 300.000 personnes ayant contracté l‟Hépatite A après ingestion de poissons contaminés [2].

Concernant l‟Afrique, le poisson constitue 22% de la ration protéinique en Afrique Subsaharienne, sa transformation et son commerce constituent des sources importantes de revenus pour la plupart des ménages[3]; cependant, seuls la Cote d‟Ivoire et le Sénégal atteignent la consommation moyenne mondiale de 17 kg par habitant/an[3]. Particulièrement pour le Kenya, l‟Etat a appuyé le secteur de la pêche en engageant 33 inspecteurs avec 20 adjoints destinés spécifiquement pour l‟ inspection sanitaire des poissons et le suivi qualité de la pêche jusqu‟à livraison; il faut toutefois noter qu‟il s‟ agit uniquement des produits destinés pour l‟exportation, les produits commercialisés localement restent incontrôlés[2].Certes, il est rare d‟observer de l‟inspection sanitaire sur les poissons d‟eaux douces consommés localement, or une étude effectuée au Malaisie a montré que la prévalence en Vibrions spp dans les poissons d‟eaux douces atteignait les 98,67%.

ORIGINE, ANATOMIE ET PHYSIOLOGIE DES POISSONS

Origine et Taxonomie des poissons

Le poisson constitue le plus ancien des vertébrés, son existence parut depuis 400 millions d‟année a.vJC (avant Jésus Christ). Selon une étude sur les espèces primitives de la Terre[8], à partir d‟un ver marin primitif précambrien dérivait le Haikouichtys il y a 530 million d‟années ayant été le plus ancien des vertébrés en Chine et qui a donné par la suite le Pikaia: le plus ancien des ancêtres de poissons en 510 Million d‟année aboutissant à l‟Arandaspis: le premier poisson au monde.

Le poisson est un animal pœcilotherme (ou animal à sang froid) appartenant à l‟embranchement des vertébrés dans la superclasse des poissons. Pour les zoologistes, les poissons ne forment pas une classe homogène, mais une superclasse.

Dans la superclasse des poissons, il existe 3 classes pouvant être divisées en deux groupes:
– Groupe des Agnathes : rassemblant les poissons sans mâchoire, elle renferme deux ordres dont O/Myxiniformes et O/Pétromyzontiformes. Leurs caractéristiques sont un squelette fibreux ou cartilagineux, une peau nue avec présence de 7 fentes branchiales et une bouche sous forme de ventouse.
– Groupe des Gnathostomes: réunissant les poissons au sens strict, globalement il s‟agit des poissons avec mâchoire.

Les 3 classes sont :
– Chondroichthyens: poissons à squelette cartilagineux plus ou moins calcifiés, leurs paires de nageoires sont articulées sur les ceintures pectorales et pelviennes; généralement, ils possèdent 5 paires de fentes branchiales (parfois 6 ou 7). Cette classe est divisée en 2 sous-classes dont Holocéphale (renfermant l‟Ordre des «Chimeriformes» et Sélaciens (composés des Hypotremes dont figurent les raies et Pleurotremes dont les requins en font partie).
– Ostéichthyens: leur squelette interne est en général bien ossifié et soudé à l‟os sous-jacent (sur les mâchoires et éléments des arcs branchiaux), les écailles dermiques comportent toujours une couche osseuse[9]. Divisée en deux sousclasses, elle est composée des Crossopterygiens renfermant l‟ordre des Coelacantiformes et Actinopterygiens renfermant 3 ordres (Clupéiforme, Siluriforme et Mugiliforme)
– Cyclostomes: squelette en chorde ou arcs cartilagineux, a corps cylindrique ou serpentiforme.

Anatomie des poissons 

Le poisson est formé de 3 parties:
– La Tête qui part du museau jusqu‟au bord postérieur de l‟opercule
– Le tronc allant jusqu‟à l‟anus
– La queue .

Les nageoires constituent les membres du poisson lui permettant de se déplacer dans l‟eau, il en existe 4 à 5 types:
– Nageoires dorsales et anales: servent d‟équilibre pour le corps
– Nageoires caudales: permettent un mouvement de propulsion
– Nageoires ventrales: permettent aux poissons de se stabiliser
– Nageoires pectorales: permettant plusieurs mouvements dont le fait de tourner, fouiner, s‟arrêter, s‟avancer, monter, descendre et reculer.

Le corps du poisson est recouvert d‟écailles en totalité qui sont formées d‟anneaux de croissance permettant de déterminer l‟âge du poisson. Ces écailles par la suite, sont recouvertes d‟un liquide épais appelé «Mucus» ayant pour rôle de protéger le poisson contre le milieu extérieur.

L‟anatomie interne des poissons est composée:
– d‟un cœur placé derrière l‟opercule avec des nerfs,
– de muscles dont le plus développé est celui de la bouche,
– des organes de respiration situés sous l‟opercule et appelés « branchies » qui sont des fines lamelles de couleur rouge (remplies de sang)
– vessie natatoire: c‟est une bulle remplie d‟air placée dans le ventre du poisson lui permettant de remonter à la surface en la gonflant.

Si les mammifères sont reconnus avoir 5 organes de sens, le poisson en possèdent 6 dont le 6ème est la «ligne latérale». La ligne latérale est une série de points régulièrement espacés sur le flanc et reliés au système nerveux: il s‟agit de « l‟appareil sensoriel du poisson »; elle permet aux poissons de se renseigner sur l‟eau ambiante (le courant, la profondeur, la température) et de percevoir les vibrations. Un poisson qui perd la vue réussira à se situer grâce à sa ligne latérale[10].

Physiologie des poissons

Plusieurs modes de reproduction sont rencontrées chez le poisson en fonction du type de ce dernier: certains sont vivipares, d‟autres ovipares et d‟autres ovovivipares. La plupart se reproduisent par fécondation externe, la femelle pond ses œufs et le male fécondera ces derniers grâce à sa laitance (équivalent du sperme chez les mammifères). La vie des poissons commence par des stades larvaires tandis que leur mode de vie et d‟alimentation sont diversifiés:

– A la ponte, les jeunes alevins possèdent encore une réserve de nourriture appelée « Sac vitellin », après s‟en être vidés, ils cherchent eux-mêmes leurs nourritures.
– les larves se nourrissent de zooplanctons (ayant eux-mêmes ingérées du phytoplancton).
– les adultes peuvent être herbivores (pour la minorité) ou des omnivores (détritivores et nécrophages) pour la plupart des cas, mais aussi des carnivores se nourrissant d‟autres poissons ou d‟autres chairs pour certains (ex: requins, fibatas).

Certaines espèces dites pélagiques vivent en pleine eau; d‟autres dites benthiques, vivent sur le fond [11].

Espèces de poissons d’eaux douces

Plus de 30 000 espèces de poissons de pêche très inégale ont été répertoriées dans le monde [11]. Pour Madagascar, concernant les poissons d‟eaux douces: sur 46 familles éthiopiennes de poissons, seules 23 s‟y retrouvent dans le pays selon Kiener [11]. Aucune famille n‟est strictement endémique de l‟ile; en revanche 8 sur les 49 genres le sont (16%) de même que des 121 espèces (32%). Outre la croissance lente et d‟autres contraintes que subissent les espèces autochtones surtout celles endémiques (Paretroplus polleni Bleeker ou « marakely »), elles font aussi concurrence avec les espèces introduites, qui, depuis leur introduction vers les années 1850 [12] ne cessent de se propager si bien qu‟elles se trouvent en voie de disparition actuellement [13]. De 1857 à 1956 [14], l‟introduction de poissons dans le pays concernait 20 espèces mais parmi ces dernières, quelques unes se sont principalement acclimatées dont :
– Les Tilapias (surtout l’Oreochromis niloticus)
– Carpes (Cyprinus carpio)
– Cyprin doré ou « trondro gasy» (Carassius auratus L)
– Fibata (Channa striata ou Ophiocephalus striatus): l‟introduction de cette espèce en 1977 est mal connue, elle n‟a pas été répertoriée dans la liste officielle pourtant elle prédomine sur les marchés actuellement .

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : RAPPELS
I. Origine, anatomie et physiologie des poissons
I.1. Origine et Taxonomie des poissons
I.2. Anatomie des poissons
I.3. Physiologie des poissons
II. Les espèces de poissons d’eaux douces
II.1.Tilapia (Oreochromis niloticus)
II.2.Carpe (Cyprinus carpio)
II.3.Cyprin doré (Cyprinus auratusLinné )
II.4.D‟autres poissons d‟eaux douces
III.Valeurs nutritionnelles des poissons
III.1. Teneur en protéines, lipides et vitamines
III.2. Teneur en oligoéléments
IV. Les maladies des poissons
IV.1. Maladies virales
IV.1.1.La maladie du sommeil
IV.1.2.La Nécrose Hématopoïétique Infectieuse (NHI)
IV.1.3.La Nécrose Pancréatique Infectieuse (NPI)
IV.2. Maladies parasitaires
IV.2.1.Mycoses : Ichtiophtyriose
IV.2.2.La myxobolose
IV.2.3.Tétracapsulose
IV.3. Maladies bactériennes
IV.3.1.Les Aéromonoses
IV.3.2.Les Vibrioses
IV.3.3.La Furonculose
V. Effet de l’ingestion des poissons contaminés chez les consommateurs
V.1.La maladie infectieuse
V.2.Toxi-infection alimentaire
V.3.Intoxication
V.4.Intoxination
VI.Pouvoir pathogène des bactéries étudiées
VI.1. Pouvoir pathogène des Vibrios
VI.1.1. Vibrio cholerae
VI.1.2.Vibrio parahaemolyticus
VI.2. Pouvoir pathogène des Aeromonas
VI.3. Pouvoir pathogène des Pseudomonas
VI.4. Pouvoir pathogène des Salmonella
VI.5. Pouvoir pathogène des Escherichia coli
VII. Méthode d’analyse des bactéries
VII.1. Terminologie
VII.2. Culture bactérienne
VII.2.1. Test biochimique
VII.2.2. Technique MALDI-TOF
VII.2.3. Technique PCR
VII.3. Pathogénicité bactérienne
VII.3.1. Antibioresistance
VII.3.2. Production de Toxines ou d‟autres facteurs de virulences
DEUXIEME PARTIE : METHODES ET RESULTATS
I. METHODES
I.1. Cadre de l‟étude
I.2. Type d‟étude
I.3. Période d‟étude
I.4. Population d‟étude
I.4.1.Unité d‟analyse
I.4.1.1. Critères d‟inclusion
I.4.1.2. Critères d‟exclusion
I.4.1.3. Taille et Mode d‟échantillonnage
I.4.2.Unité d échantillonnage
I.4.2.1. Critères d‟inclusion
I.4.2.2. Critères d‟exclusion
I.4.2.3. Taille et Mode d‟échantillonnage
I.5. Paramètres étudiés
I.5.1.Prévalence
I.5.2.Recherche d‟espèces bactériennes et sérotypage
I.5.3.Pathogénicité
I.5.3.1. Antibiorésistance
I.5.3.2. Production de toxines
I.6. Mode de collecte, d‟analyse et de traitements des données
I.6.1.Mode de collecte des données
I.6.2.Mode d‟analyse et de traitements des données
I.7. Matériels et Protocole analytique
I.7.1.Conditions de prélèvement
I.7.2.Protocole analytique pour l‟obtention de la prévalence
I.7.2.1. Mode opératoire pour la recherche des Vibrios et Aeromonas : selon la norme ISO/TS 21872 relatif à la Recherche de Vibrios potentiellement entéropathogènes
I.7.2.2. Mode opératoire pour la recherche de Salmonella spp. : NF en ISO 6579 : Méthode horizontale pour
I.7.2.3. Mode opératoire pour le dénombrement des Pseudomonas spp. dans les viandes et produits carnés NF V 04-504
I.7.2.4. Mode opératoire pour le dénombrement d’E.coli β NF ISO 16649-2
I.7.2.5. NF ISO 15213: Méthode horizontale pour dénombrement en anaérobiose des bactéries sulfito –réductrices se développant en conditions anaérobies
I.7.2.6. Mode opératoire pour le dénombrement des Entérocoques
I.7.3. Protocole analytique pour l‟obtention des espèces et sérotypes bactériens
I.7.4. Protocole analytique pour l‟obtention de la pathogénicité
I.7.4.1. Antibiogramme
I.7.4.2. Production de toxines
II. RESULTATS
II.1. Description de l‟échantillon
II.2 Résultat par rapport à la prévalence
II.2.1 Prévalence des bactéries recherchées
II.2.2 Prévalence des bactéries dénombrées
II.3. Résultat par rapport à l‟identification d‟espèces
II.3.1 Les variétés d‟espèces de Vibrios
II.3.2 Les variétés d‟espèces d‟Aeromonas
II.3.3. Les variétés de Pseudomonas
II.3.4. Les sérotypes de Salmonella
II.3.5. Les variétés d‟entérococoques
II.4. Résultat par rapport à la pathogénicité
II.4.1 Résultat par rapport à l‟antibiorésistance
II.4.2. Résultat par rapport à la production de toxines
II.5. Résultat par rapport à la à la caractérisation d‟autres germes
II.6. Récapitulation des résultats par rapport à l‟Objectif général
TROISIEME PARTIE : DISCUSSION
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES

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