Mutations associées aux inhibiteurs de la protéase (IP)

Télécharger le fichier pdf d’un mémoire de fin d’études

Origine du VIH

Les deux types de VIH (VIH-1 et VIH-2) infectant l’espèce humaine dérivent des virus de l’immunodéficience simienne (VIS), équivalents simiens des VIH. Ainsi, certaines souches de VIH-2 sont impossibles à distinguer des souches VIS retrouvées chez les mangabeys de l’Ouest Africain et il existe une superposition parfaite des zones d’épidémies humaines et simiennes pour le VIH-2. En 1990, une équipe suggérait que le VIH-1 avait pour origine les populations de chimpanzés, se fondant sur l’organisation identique des génomes des souches VIH-1 et des VIS retrouvées chez les chimpanzés. En 1999, l’origine simienne des souches humaines de VIH-1 était confirmée par la mise en évidence chez des patients camerounais de souches extrêmement proches des VIS circulant chez les chimpanzés de la même région.
L’analyse phylogénétique des Lentivirus a confirmé le lien entre le VIS et le VIH. Cependant, les deux types de VIH (VIH-1 et VIH-2) sont assez éloignés l’un de l’autre ; et, alors que le VIH-1 est proche du VIScpz (infectant une sous-espèce de chimpanzés dits Pan troglodytes troglodytes)7, le VIH-2 est plus proche des VISsmm (infectant les mangabeys couronnés) et des VISmac (infectant les macaques). Ainsi, le VIH serait issu d’introductions séparées, une pour le VIH-1 et une autre pour le VIH-2.

Situation globale de l’épidémie du VIH dans le monde

Selon les dernières estimations de l’ONUSIDA/OMS 2018, 36,9 millions de personnes pour la majorité en Afrique subsaharienne, vivaient avec le VIH/SIDA dans le monde. Pour la même année, on estime le nombre de nouveau cas à 1,8 millions dans le monde. On estime que 940 000 de personnes infectées par HIV sont mortes en 2017.

Situation au Sénégal

Au Sénégal en 2017, selon l’ONUSIDA, 43 000 [36 000 -51000] personnes vivent avec le VIH dont 23 000 [19 000-27 000] sous traitement antirétroviral soit un taux de couverture thérapeutique de 53%. On décompte 2 100 [1500 – 2800] décès liés au VIH et 1600 [1 000- 1 300] nouveaux cas en 2017.

Biologie du virus

Le VIH-1 a été isolé et décrit en 1983 par Françoise Barré Sinoussi et ses collaborateurs, ce qui lui a valu l’attribution du prix Nobel de médecine en 2008. Son organisation moléculaire est assez bien connue, mais les fonctions des différents gènes de même que leurs interactions avec les compositions cellulaires restent encore à élucider.

Morphologie et Structure

Au microscope électronique à transmission, le VIH-1 se présente sous forme d’une particule sphérique de 80-100nm de diamètre avec une enveloppe hérissée de spicules (figure 3).
Sa structure comporte, de l’extérieur vers l’intérieur :

L’enveloppe

Chaque virion est entouré d’une enveloppe constituée d’une bicouche phospholipidique dans laquelle sont intégrés deux types de glycoprotéines. Il s’agit pour le VIH-1 de la gp120 ou glycoprotéine de surface (partie externe) et de la gp41 ou glycoprotéine transmembranaire (partie interne), et respectivement de la gp125 et de la gp36 pour le VIH-2 (Cicala et al, 2011 ; Yokoyama et al, 2016). Ces glycoprotéines, interagissant entre elles par des liaisons non covalentes, sont issues du précurseur de 160 kDa (gp160) qui subit un clivage par des endoprotéases calcium dépendantes de la famille des furines (Bagaya et al, 2015). Cette enveloppe d’origine cellulaire contient ainsi quelques protéines membranaires dont les antigènes du complexe majeur d’histocompatibilité, l’actine et l’ubiquitine (Arthur et al, 1992).

La matrice

Elle se trouve à l’intérieur de l’enveloppe à laquelle elle est liée par l’intermédiaire d’un acide myristique et elle stabilise la structure (Wang et al, 2008). Elle est constituée de protéines p17 qui, codées par le gène gag, tapissent la face interne de l’enveloppe (Mattei et al, 2015). Cette matrice contient la protéase virale et participe au transport nucléaire du complexe de pré-intégration et à l’incorporation des complexes gp120/gp41 au cours de la morphogenèse virale (Mattei et al, 2015).

Le core

La partie centrale est occupée par la capside en forme conique, qui est composée des protéines p24 codées par le gène gag et qui lient la protéine intracellulaire cyclophiline A (CypA) dont l’absence est connue pour générer des particules virales peu infectieuses (De laco & Luban, 2014).
Cette capside renferme les éléments suivants :
 Le génome viral représenté par deux molécules identiques d’ARN monocaténaires de polarité positive avec 9 gènes codant pour les protéines structurales, non structurales et régulatrices (Mandelbrot & Matheron, 2011) ;
 La nucléocapside (NC) formée des protéines P6 et P7 qui sont étroitement associées au génome pour former un complexe ribonucléoprotéique (D’Souza V et al, 2005). La p6 est nécessaire à l’incorporation de la vpr/vpu avec laquelle elle interagit, au bourgeonnement et à la libération des nouvelles particules. La p7 permet l’initiation de la rétrotranscription en favorisant l’accrochage de l’amorce de transcription l’ARNtLys3 à l’ARN viral (Ohlmann et al, 2014) ;
 Les peptides P1/P2 qui joueraient également un rôle dans l’assemblage et à la libération des nouvelles particules (Mattei et al, 2015) ;
 Des enzymes virales associées à la structure interne : la transcriptase inverse (TI), l’intégrase (IN) et la protéase (PR).

Les LTR

Les LTR sont des régions non codantes et sont composés de trois régions : U3, U et U5 répétées au niveau des deux extrémités du génome. Ces régions sont régulatrices de l’infection, de l’initiation de la rétro transcription du génome viral, de la polyadénylation et de son intégration au sein du génome cellulaire.

Le gène gag (gène des antigènes de groupe)

C’est le premier cadre de lecture ouvert sur le génome du VIH-1. Il a une longueur d’environ 1500pb et code pour un précurseur Pr55Gag qui, clivé par la protéase virale, donne les protéines P17MA, P24CA, P7NC et P6. Au cours de l’assemblage du virus HIV-1. Gag-Pol est emballé dans des virions via une interaction avec Pr55gag.
Comme pour les autres rétrovirus, le gène gag du VIH est traduit en une polyprotéine qui, en l’absence d’autres protéines virales, est suffisante pour l’assemblage des particules de type rétrovirus. La polyproteine gag est clivée par la protéase virale après bourgeonnement de la cellule hôte pour produire la protéine structurale du virion mature qui comprend MA CA NC et P6.

Le gène pol

 La protéase virale PR
La PR est une enzyme homodimérique (99 aa) dont le site catalytique contient 2 aspartates fournis chacun par les deux monomères. Elle assure le clivage des précurseurs Pr160gag-pol et Pr55gag, nécessaire à l’assemblage et intervient ainsi dans la maturité de la particule virale (Zhang et al, 2015).
 La transcriptase inverse TI
La transcriptase inverse assure la conversion de l’ARN viral en ADN proviral. C’est une cible majeure de la thérapeutique antirétrovirale. Elle est, avec le fort taux de réplication du virus, responsable de la grande diversité du VIH du fait de la survenue de nombreuses erreurs pendant les cycles de réplication et de l’absence d’une fonction de correction. D’un poids moléculaire de 66 kDaet d’une longueur totale de 560 d’acides aminés, la transcriptase inverse se présente sous forme d’un hétérodimère constitué de 2 sous unités, la P66 et la P51. La grande sous unité, P66, constituée de 560 acides aminés, comprend les 2 domaines fonctionnels de la RT que sont la polymérase et le domaine RNase H. La petite sous-unité, P51, contient les 440 premiers acides aminés de la P66 correspondant, mais pas totalement, au domaine de la polymérase.

L’intégrase IN

L’intégrase est une protéine de 32 kDa (288 acides aminés) produite par clivage de l’extrémité C-terminale de produit d’expression du gène pol. Elle est constituée de 3 domaines distincts : un domaine N-terminal avec un motif en « doigt de zinc » de type (HH-CC) qui permet à l’intégrase de former des oligomères, un domaine central contenant le site catalytique essentiel à la réaction et un domaine C-terminal qui participe essentiellement à la stabilité du complexe ADN-IN (Zheing R et coll., 1996). L’intégrase a pour fonction principale d’intégrer l’ADN viral dans le génome cellulaire via un mécanisme de trans-estérification (Andrake & Skalka, 2015).

Le gène env

D’une taille de 2500 nucléotides et d’un important polymorphisme permettant au virus d’échapper au système immunitaire, ce gène est essentiel pour le processus de fusion et contient l’élément RRE, site de liaison de la protéine Rev (Rausch & Le Grice, 2015). L’entrée du virus dans les cellules hôtes est induite par des modifications conformationnelles de la glycoprotéine de l’enveloppe (Env) qui sont déclenchées par la liaison de Env aux récepteurs cellulaires de CD4 et de chimiokine. (JVirol. 2018).
La protéine Env de 160 kilodaltons, connue sous le nom de gp160, est exprimée à partir d’un ARNm épissé et synthétisée dans le réticulum endoplasmique. Elle migre à travers le complexe de Golgi où il subit une glycosylation, ajoutant 20-30 chaînes latérales glucidiques complexes N-liés sur les résidus d’asparagine.

La glycopéptide de surface, Gp 120

Gp120 est localisé sur la surface de la cellule infectée, tandis que Gp41 contient le domaine transmembranaire de la protéine Env. Dans le VIH-1, Gp120 est complexé avec Gp41 par des interactions quelque peu labiles qui peuvent souvent conduire à la dissociation et la formation de particules virales défectueuses. Il a été suggéré que de telles particules défectueuses peuvent détourner la réponse humorale du virion infectieux. L’infection virale est initialisée lorsque la glycoprotéine Gp120 sur la couche externe du virion mature se lie à des récepteurs spécifiques sur la surface de la cellule hôte. La liaison de Gp120 au récepteur de surface cellulaire CD4 provoque des changements structurels dans Env et apparemment expose la boucle V3 au sein de Env, vraisemblablement en tenant compte de l’interaction corécepteur.

La Gp 41TM ou transmembranaire

Suite à la liaison de la cellule hôte au virus, la fusion de la membrane virale et de la membrane cellulaire se produit, médiée par la glycoprotéine TM, connue sous le nom de gp41. Une région riche en glycine N-terminale a été associée à cet événement de fusion. Gp41 forme un trimère qui contient un enroulement central hélicoïdal parallèle à une hélice et une couche hélicoïdale externe antiparallèle. Cette structure est probablement formée au cours du processus de fusion, d’une manière analogue à celle de la protéine hémagglutinine de la grippe.

Les gènes de régulation tat et rev

 Le gène tat
Tat est un petit gène, codant pour une protéine de 86 à 101 acides aminés, qui a comme fonction essentielle d’activer la transcription des ARNm viraux. Elle joue un rôle essentiel dans la transcription des gènes du VIH-1. Tat transactive l’expression génique dirigée par la longue répétition terminale (LTR) du VIH-1 par le biais d’interactions directes avec l’élément de région sensible à la transactivation (TAR) et d’autres éléments cis dans le LTR (Wang M et al.2018).
 Le gène rev
Au début de l’expression des gènes viraux, la plupart des ARNm viraux sont épissés plusieurs fois pour produire les protéines régulatrices virales Tat, Rev et Nef. Au fur et à mesure que ces produits régulateurs s’accumulent, il se produit un glissement des transcrits multi-épissés vers les transcrits isolés et non-épissés. Les transcrits s’accumulent et sont transportés vers le cytoplasme pour produire des protéines structurales nécessaires à l’assemblage de l’ARN et du virion. Rev est important dans ce changement car il empêche le processus par défaut de multiples produits simples et non-liés en se liant à l’ARN viral.

Les gènes auxiliaires vif, vpr, vpu et nef

 Le gène vif
Le gène vif code pour une protéine basique de 23 k D qui intervient dans l’infectivité des particules virales mais non dans leur production. En absence de la protéine Vif, les particules virales défectueuses alors que la transmission des virus d’une cellule à une autre n’est pas significativement affectée.
 Le gène vpr
Contrairement aux rétrovirus oncogènes, qui nécessitent une division cellulaire active pour une infection productive, le VIH-1 peut efficacement infecter des cellules non divisées, telles que des macrophages dérivés de monocytes à différenciation terminale. La proteine Vpr semble également interférer avec le cycle de la cellule hôte, permettant potentiellement une expression virale plus élevée dans les cellules à vie courte, vpr semble être important pour le transport de complexes nucléoprotéiques contenant de l’ADN viral, médiation de ce transport par son signal de localisation nucléaire. Il a également été démontré qu’il interagissait avec TFIIB et Sp1 et qu’il agissait en synergie avec le coactivateur CBP pour activer la transcription du VIH-1.
 Le gène vpu
Il est retrouvé dans le génome du VIH-1 et non chez le VIH-2. Il code pour une protéine de 81 acides aminés qui s’accroche à la membrane cellulaire via son extrémité N-terminale qui n’est retrouvée dans le virion. Cette protéine a deux fonctions essentielles : la dégradation des molécules CD4 nouvellement synthétisées dans le réticulum endoplasmique et la stimulation du relargage des virions hors des cellules infectées.
 Le gène nef
Le gène nef code pour la protéine Nef qui semble être associé à une régulation à la baisse du CD4 par dégradation, comme avec vpu. Il peut également améliorer l’incorporation de Env dans les virons et peut participer aux voies de signalisation cellulaire. Les virus mutants Nef présentent des taux réduits de synthèse d’ADN viral après infection. Nef contient un domaine SH3 qui permet l’interaction et la modulation de l’activité de plusieurs tyrosines kinases. Elle peut également favoriser l’activation transcriptionnelle de l’expression du gène du VIH-1 en modulant la signalisation cellulaire.

Réplication du VIH

Les lymphocytes TCD4 sont les cibles privilégiées de la réplication du VIH-1.Cette dernière est composée de plusieurs étapes divisées en deux phases : une phase précoce allant de l’attachement du virus sur son récepteur spécifique à l’intégration de l’ADNc dans le génome cellulaire et une phase tardive débutant avec l’expression des gènes viraux à la libération de virions par bourgeonnement à travers la membrane cellulaire.

Phase précoce

Le cycle de la réplication du VIH commence par l’attachement du virus à la surface cellulaire. En effet, la glycoprotéine gp120 se fixe sur son récepteur cellulaire CD4 au niveau de ses domaines C2 à C4 (Bagaya et al, 2015). Cette interaction induit un changement conformationnel conduisant à présenter la boucle V3 de la gp120 à la surface du lymphocyte T CD4, ce qui permet la liaison à un corécepteur, tels que les récepteurs de chimiokines CCR5 ou CXCR4 (Yokoyama et al, 2016).Ces corécepteurs sont nécessaires à la fusion des membranes et à l’entrée du virus (Yokoyama et al, 2016).
Une fois entrée dans la cellule, l’ARN viral, toujours associé à des protéines de capside, va être immédiatement rétrotranscrit dans le cytoplasme en ADN viral puis copié l’ADN viral monocaténaire en ADN à double brin qui, sous la forme d’un complexe de préintégration avec des protéines (dont Vpr), passe dans le noyau de la cellule. Grâce à l’intégrase viral, l’ADN chromosomique est clivé et l’ADN viral bordé par les séquences LTR s’intègre dans cet ADN chromosomique au sein du noyau de la cellule infectée, sous le nom d’ADN proviral. Cette intégration se fait classiquement au hasard dans le génome cellulaire et conclut la première étape de la réplication virale.

Phase tardive

Elle regroupe toutes les étapes allant de la transcription à partir du provirus intégré à la libération des virions fils. Ce génome intégré peut rester en latence plusieurs années. La période séparant l’infection à l’apparition de la maladie correspond à la phase dite de latence qui est cliniquement silencieuse, mais virologiquement active. Pendant cette phase, il y a un équilibre entre la quantité de virus produite quotidiennement et celle détruite par le système immunitaire.
Les protéines de structure du virus (matrice, capside et nucléocapsides) sont produites sous forme de polyprotéines. Les nouveaux génomes fabriqués par la cellule s’entourent de nouvelles protéines virales fabriquées par la cellule. C’est l’encapsidation des génomes qui aboutit à la formation de nouveaux virus. Les mécanismes peuvent être simples avec auto-assemblage des protéines de capside et encapsidation du génome. Ils peuvent être plus complexes avec l’intervention de protéines virales spécifiques.
Le bourgeonnement correspond au moment précis où la particule virale complètement formée va se détacher de la cellule. La polyprotéine Gag-Pol va être clivée par la protéase virale pour donner les protéines constitutives internes du virus et ses trois enzymes. Cette étape cruciale de maturation entraine ainsi un changement structural du virion qui devient alors infectieux et peuvent ainsi infecter de nouvelles cellules CD4+ (Zhang et al, 2015).

Histoire naturelle du VIH L’histoire naturelle de l’infection à VIH peut être décomposée en trois phases.

La première phase est caractérisée par un syndrome rétroviral aigu et des virémies pouvant atteindre plusieurs millions de copies/ml. Cette phase est marquée par une virémie très élevée et une dissémination du virus dans l’organisme (Coffin, 2015). Le virus est alors présent dans le sang, le sperme, les sécrétions vaginales et le lait maternel, à une charge virale variant d’une personne à une autre et pouvant atteindre 107 copies d’ARN viral par ml de plasma (Coffin, 2015). La virémie décroit cependant rapidement pour se stabiliser à des valeurs variant entre 1 000 et 10 000 copies/ml six mois après l’infection.
On passe alors à une seconde phase qui peut durer plusieurs années, dite phase asymptomatique, caractérisée par l’absence de manifestations cliniques, une virémie relativement stable et un déclin progressif du nombre des lymphocytes T CD4+. Ceci est dû d’une part à la constitution de tissus ou cellules «réservoirs » et d’autre part au fait que des cellules autres que les lymphocytes CD4+, comme par exemple les macrophages dans lesquels le VIH se réplique peu, peuvent être infectées ou porteuses du virus (Costiniuk & Jenabian, 2014).
La dernière phase est celle du SIDA et voit l’émergence d’infections opportunistes dans le contexte d’un taux de lymphocytes T CD4+ très bas et d’une virémie élevée. Lors de cette dernière phase de l’infection, on observe une ascension de la virémie, signe que le système immunitaire n’est plus capable de contenir la réplication active du VIH (Coffin, 2015). Le taux de lymphocytes T CD4+ diminue fortement atteignant un niveau inférieur à 200 cellules/ml (Coffin, 2015). L’administration d’antirétroviraux modifie profondément l’évolution naturelle de la maladie en réduisant rapidement la réplication virale, avec disparition du virus dans le plasma et suppression presque totale de la production virale dans les organes lymphoïdes. En l’absence de traitement, entre 10 et 100 milliards de virions sont produits quotidiennement, avec une demi-vie plasmatique d’environ six heures. Cela entraine potentiellement la destruction et le renouvellement d’environ 10 milliards de lymphocytes TCD4+ par jour. Cette destruction continue des lymphocytes T CD4+ induit l’épuisement progressif des capacités de renouvellement du système immunitaire, avec pour conséquence le développement du SIDA. L’essentiel du processus réplicatif viral se situe dans le système lymphoïde : un niveau même modéré d’ARN viral dans le plasma peut s’accompagner en effet d’une réplication très active du virus dans les organes lymphoïdes.
La suppression de la réplication virale est associée à une restauration des fonctions immunitaires, évaluées en pratique clinique par l’augmentation du niveau de lymphocytes T CD4+.
La réduction maximale de la réplication virale le plus longtemps possible est donc l’objectif prioritaire du traitement antirétroviral.

Le traitement antirétroviral et la résistance aux ARV

Recommandation de l’OMS

Selon les dernières recommandations de l’OMS, le traitement ARV devrait être instauré chez les adultes et adolescents vivant avec le VIH indépendamment du stade clinique OMS et quel que soit le taux de lymphocytes T CD4 tout en donnant la priorité aux adultes à un stade avancé de l’infection (Stade 3 et 4 de l’OMS) et ceux ayant un taux de lymphocytes T CD4 inférieur à 350c/mm3 (Word Health Organization 2016).
Chez les enfants de moins de 10 ans, le TARV devrait être initié indépendamment du stade clonique OMS ou du taux de lymphocytes T CD4. La priorité du traitement est réservée aux enfants de moins de 2 ans ou à ceux d’âge inférieur à 5 ans, au stade clinique 3 ou 4 de l’OMS ou ayant un taux de lymphocytes T CD4 inferieur à 750c/mm3 et les enfants de 5 ans ou plus au stade 3 ou 4 d l’OMS ou ayant un taux de lymphocytes T CD4 inferieur à 350c/mm3 (Word Health Organization 2016).
Aujourd’hui, pour démarrer le traitement antirétroviral, la trithérapie va comprendre 2 INTI ce sont essentiellement le Truvada (FTC+TDF) ou Descovy (FTC+TAF) et Kivexa (3TC+ABC). Le troisième pilier du traitement antirétroviral comporte en premier choix essentiellement les inhibiteurs de l’intégrase que sont le Cobicistat (ELV/COBI), le Dolutégravir (DTG), le Raltégravir ou plus récemment le Bictégravir (BIC) qui eux ne nécessitent pas de booster. Une deuxième possibilité est d’associer aux 2 INTI, un INNTI essentiellement, la Rilpivirine (RPV).
L’Efavirenz (EFV) n’étant plus quasiment plus prescrit en première ligne en Europe, du fait de ses nombreux effets secondaires neuropsychiatriques mais reste la médication la plus prescrite dans le monde surtout en Afrique. Enfin aux 2 INTI, on peut associer un inhibiteur de protéase (IP) boosté soit par le Ritonovir ou par le Cobicistat. L’IP de choix est le Darunavir

Table des matières

PREMIERE PARTIE
1. Définition-Classification-Origine du VIH
1.1. Définition et Classification
1.2. Origine du VIH
2. Epidémiologie
2.1. Situation globale de l’épidémie du VIH dans le monde
2.2. Situation au Sénégal
3. Biologie du virus
3.1. Morphologie et Structure
3.1.1. L’enveloppe
3.1.2. La matrice
3.1.3. Le core
3.2. Organisation génomique du VIH-1
3.2.1. Les LTR
3.2.2. Le gène gag (gène des antigènes de groupe)
3.2.3. Le gène pol
3.2.4. L’intégrase IN
3.2.5. Le gène env
3.2.6. La glycopéptide de surface, Gp 120
3.2.7. La Gp 41TM ou transmembranaire
3.2.8. Les gènes de régulation tat et rev
3.2.9. Les gènes auxiliaires vif, vpr, vpu et nef
3.3. Réplication du VIH
3.3.1. Phase précoce
3.3.2. Phase tardive
3.4. Histoire naturelle du VIH
4. Le traitement antirétroviral et la résistance aux ARV
4.1. Recommandation de l’OMS
4.2. Les molécules antirétrovirales
4.2.1. Les inhibiteurs de la transcriptase inverse
4.2.1.1. Les inhibiteurs nucléosidiques de la transcriptase inverse
4.2.1.2. Les inhibiteurs non nucléosidiques de la transcriptase inverse
4.2.2. Les inhibiteurs de la protéase
4.2.3. Les inhibiteurs d’entrée et de fusion
4.2.3.1. Les inhibiteurs de fusion
4.2.3.2. Les antagonistes de co-récepteurs CCR5
4.2.4. Les inhibiteurs de l’intégrase
4.2.5. Les inhibiteurs de maturation
4.2.6. Les inhibiteurs de la RNase H
4.3. La résistance aux ARV
4.3.1. Définition
4.3.2. Les mutations associées à la résistance des ARV
4.3.2.1. Mutations associées aux INTI
4.3.2.2. Mutations associées aux INNTI
4.3.2.3. Mutations associées aux inhibiteurs de la protéase (IP)
4.3.2.4. Mutations associées aux inhibiteurs de l’intégrase
4.3.2.5. Mutations associées aux inhibiteurs de fusion (IF)
4.3.3. Méthodes d’étude de la résistance aux ARV
4.3.3.1. Les tests génotypiques
4.3.3.2. Les tests phénotypiques
4.3.3.3. Séquençage nouvelle génération (NGS)
DEUXIEME PARTIE
1. Justificatif de l’étude
2. Objectifs
2.1. Objectif général
2.2. Objectifs spécifiques
3. Cadre de l’étude
4. Matériel et méthodes d’étude
4.1. Matériel de prélèvement
4.2. Matériel de stockage
4.3. Méthodologie
4.3.1. Calcul de la taille de l’échantillon
4.3.2. Critères à remplir par les patients
4.3.2.1. Critères d’Inclusion :
4.3.2.2. Critères d’Exclusion :
4.3.3. Prélèvements
4.3.4. Circuit d’acheminement des échantillons
5. Analyses biologiques
5.1. Extraction de l’ARN viral Nuclisens Easymag HIV-1v1.2 quantitative assay
5.2. Amplification
5.3. Révélation des produits de PCR
5.4. Le séquençage des gènes
5.5. La correction et l’analyse des séquences
5.6. L’alignement des séquences et la phylogénie
5.7. L’analyse des mutations de résistance
6. Résultats
6.1. Echantillonnage
6.2. Caractéristiques globales de la population d’étude
6.3. Résultats du génotypage
6.3.1. Mutations de résistance au niveau de la RT
6.3.1.1. Mutations associées aux INTI
6.3.1.2. Mutations associées aux INNTI
6.3.2. Mutations associées aux IN
6.4. Diversité génétique
6.4.1. Analyse du gène rt
6.4.2. Analyse du gène in
7. Commentaires et Discussions
7.1. Recrutement des patients
7.2. Taux d’amplification
7.3. Prévalence de la résistance transmise
7.4. Prévalence des mutations de résistance
7.5. Analyse phylogénétique
CONCLUSION ET PERSPECTIVES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

Télécharger le rapport complet