Morphologie générale des champignons et reproduction

Les champignons

Définitions et positions taxonomiques

Les champignons sont des eucaryotes dépourvus de chlorophylle. Ils ne comportent ni feuilles, ni tiges, ni racines. Ils se nourrissent par absorption transmembranaire. Ils sont en général des saprophytes ou des commensaux mais peuvent devenir parasites sous différentes conditions. C’est le passage de la forme saprophyte à la forme parasite (opportunisme) qui génère la pathogénicité d’un champignon [16; 22]. Selon la classification de Whittaker qui date de 1969, le monde vivant est organisé en cinq règnes.

– Le règne des monomères ou procaryotes (bactéries),
– Le règne des Protistes eucaryotes uni ou pluricellulaires : il s’agit d’un ensemble disparate ou l’on retrouve les protozoaires, les algues et les protistes fongoïdes ;
– Le règne des plantes ou végétaux chlorophylliens ;
– Le règne des animaux ;
– Le règne des champignons ou Fungi [22; 23].

On distingue dans le règne des Fungi cinq phyla, selon leur mode de reproduction :

les Champignons inferieurs
Les Chytridiomycotina (Chytridiomycètes), non impliqués en pathologie humaine. Ce sont des champignons aquatiques;

Les champignons supérieurs (moisissures, dermatophytes)
– Les Zygomicotina (Zygomycètes) exemples : Mucor sp, Rhizopus sp ;
– Les Ascomycotina (Ascomycètes) exemples : Arthroderma, Candida ;
– Les Basidiomycotina (Basidiomycètes) exemple : Cryptococcus neoformans,
-Les Deuteromycotina (Deutéromycètes) ce sont des champignons imparfaits, qui n’ont pas de reproduction sexuée connue. Exemple : Acremonium sp, Penicillium sp [24].

Morphologie générale des champignons et reproduction

Le thalle est l’appareil végétatif et reproducteur formé de filaments ou hyphes. Ces derniers sont des tubes ramifiés de 2 à 15μm de diamètre, de longueur indéterminée. L’ensemble des filaments forment le mycélium. Dans certains cas, le thalle est réduit à un élément unicellulaire : la levure [25].

Différents types de thalles isolés de l’environnement hospitalier

Le thalle filamenteux
Il est constitué de tubes de 2 – 15 µm de diamètre, ramifiée de manière dichotomique et de longueur variable (les moisissures, les dermatophytes et les mucorales) [25].

Le thalle levuriforme
Ce thalle est constitué d’éléments unicellulaires, de forme ronde ou ovale, mesurant quelques micromètres de diamètre 3 – 20 µm (Candida sp) [26].

Le thalle fumagoïde
Il est constitué de mycélium dissocié et constitué d’éléments arrondis isolés ou en groupes, à membrane épaisse et de couleur noirâtre (Cladiospora sp, Phialospora sp etc.) [26].

Le thalle en grain
La structure est constituée de grains formés de filaments mycéliens enchevêtrés réunis par ciment plus ou moins compact, responsable des mycétomes (Madurella mycetomatis, Leptosphaeria senegalensis etc.) [24; 26].

Le thalle dimorphique
Il est constitué de thalle filamenteux dans l’environnement et de thalle levuriforme en culture (Blastomycètes dermatitidis, Penicillium marneffei etc.) [27]. Toutefois, les thalles rencontrés dans le cadre de notre étude sont ceux levuriformes et filamenteux.

Morphologie des champignons étudiés

Les dermatophytes

Définition
Les dermatophytes sont des champignons microscopiques, appartenant aux genres Trichophyton, Microsporum et Epidermophyton. A partir des produits pathologiques, ils se reproduisent sur le milieu de Sabouraud en formant des filaments (mycéliens) et des spores issues d’une reproduction asexuée appelée conidies (macroconidies et microconidies) [28,29].

Habitat
On regroupe les dermatophytes selon leur principal réservoir dans la nature:
– Les espèces géophiles (sol) ou telluriques : (les champignons ne se développant que dans le sol), ex : Microsporum gypseum
– Les espèces zoophiles: les champignons ne se développant que chez certains animaux tels que le chat (M. canis), les bœufs et les ovins (T. verrucosum), le cheval (T.equimun), les hérissons (T.erinacei) ; leur transmission implique un contact direct ou indirect avec l’animal.
– Les espèces anthropophiles: les champignons ne se développant que chez l’Homme, leur isolement implique une contamination interhumaine. Ex : T. rubrum, T. tonsurans, T. soudanense [26; 30].

Morphologies microscopiques

On recherchera :
– les filaments cloisonnés, de diamètre régulier ou à l’inverse présentant des dilatations (mycélium en raquette) ou constitués d’articles, vésicules, évoquant des chaînes de chlamidospores (filaments toruloïdes de T. verrucosum) ;
– les microconidies unicellulaires, rondes et piriformes (T. mentagrophytes et T. mentagrophytes var interdigitale) ;
– les macroconidies cloisonnées, à parois lisses (Trichophyton et Epidermophyton) ou échulées (Microsporum) ;
– d’autres éléments peuvent se voir macroscopiquement : structure en clou de chandelier ou aspects en bois de cerf chez T. schoeleinii, des vrilles chez M. persicolor et T mentagrophytes, des excroissances triangulaires pour T. rubrum, ou encore des organes pectinés pour M. audouinnii var langeronii [30 ; 31].

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Table des matières

Introduction
I.1. Définitions
I.1.1. Environnement hospitalier
I.1.2. Infections nosocomiales
I.2. Mode de contamination des champignons
I.3. Causes des infections nosocomiales
I.4. Les champignons
I.4.1. Définitions et positions taxonomiques
I.4.2. Morphologie générale des champignons et reproduction
I.4.3. Les principales manifestations cliniques des champignons étudiés
I.4.4. Les différentes techniques de diagnostic des champignons microscopiques
I.4.4.1. Diagnostic mycologique
I.4.4.2. Diagnostic immunologique
I.4.4.3. Diagnostic moléculaire
I.4.5. Les antifongiques et les antifongigrammes
I.5. Revue de la littérature sur la flore fongique de l’environnement hospitalier
I.5.1. Données africaines
I.5.2. En France
II. Etude expérimentale
II.1. Objectifs
II.1.1. Objectif général
II.1.2 Objectifs spécifiques
II.2. Méthodologie
II.2.1. Le cadre d’étude
II.2.2. Le site d’étude
II.2.3. Le type d’étude et la période d’étude
II.2.4. Les critères d’inclusion
II.2.5. Les matériels de collecte /diagnostic mycologique et les outils de collecte
II.2.6. Transport et conservation des échantillons
II.2.7. Les techniques d’analyse au laboratoire
II.2.7.1. L’examen direct
II.2.7.2. La culture
II.2.7.3. L’identification des cultures
II.2.8. Antifongigramme
II.3. Analyse statistique
III. RESULTATS
III.1. Résultats globaux de l’identification mycologique
III.2. Résultats selon les caractéristiques de la culture
III.3. Résultats des monocultures
III.3.1. Distribution des différents genres fongiques isolés en monoculture
III.3.2. Répartition selon les espèces fongiques isolées en monoculture
III.3.3. Résultats selon la provenance des échantillons
III.4. Résultats des cultures mixtes
III.5. Résultats des tests de sensibilité in vitro
III.5.1 Résultats du profil de sensibilité des levures
III.5.2. Résultats du profil de sensibilité des dermatophytes et pseudo dermatophytes aux ATF testés
III.5.3. Résultats du profil de sensibilité des moisissures aux antifongiques
IV. DISCUSSION
IV.1. Les limites et les contraintes de l’étude
IV.2. Les données de l’étude
Conclusion