Morphologie et structure des virions

La variabilité par mutation : la dérive antigénique ou « antigenic drift »

Puisque les ARN polymérases virales ne possèdent pas de fonction de réparation des erreurs de réplication de l’ARN, par cycle de réplication d’ARN, le taux de mutation des nucléotides serait de l’ordre de 9×10-6 à 7×10-5 (Drake 1993), ce qui est un taux de mutations très élevé (le taux d’erreurs est 1000 fois plus élevé qu’avec l’ADN polymérase humaine).

Ces caractéristiques (grand nombre, temps de génération court, taux de mutations élevé) contribuent à une évolution virale extrêmement rapide. Chaque mutation permettant au virus d’esquiver le système immunitaire de son hôte, est sélectionné, transmise et propagée. Ainsi, il y a un changement d’environ un nucléotide par génération virale. Les nombreuses mutations ponctuelles mènent à des modifications (minimales) dans le génome et peuvent aboutir à un changement de la séquence des acides aminés. Cette modification continue du génome est appelée « dérive génétique ». Si la mutation se rapporte aux gènes qui codent des antigènes, la structure de ces protéines en question peut changer légèrement; on parle alors de « dérive antigénique » (Raman et al. 2014).

Les erreurs dans les gènes codant la neuraminidase et l’hémagglutinine sont les plus fréquentes. Or, l’hémagglutinine est la cible majeure de la réponse immunitaire humorale de l’hôte, ce qui va conduire à la sélection de mutant avec des substitutions d’acides aminés au niveau du site antigénique de l’hémagglutinine (Landolt, Olsen 2007). En effet, les changements au niveau du site antigénique rendent les virus moins reconnaissables par le système immunitaire de l’hôte, ils ne seront plus neutralisés par les anticorps et seront naturellement sélectionnés.

Les oiseaux aquatiques sauvages comme principal réservoir

Les virus influenza ont été détectés chez plus de 105 espèces d’oiseaux de 12 ordres différents, mais il existe des différences de sensibilité entre les espèces. Les oiseaux aquatiques sauvages sont considérés comme le réservoir principal des virus influenza A dans la nature (Webster et al 1992), en particulier les espèces de l’ordre des Ansériformes (dont la famille des Anatidés comprenant canards et oies) et de l’ordre des Charadriiformes (dont la famille des Laridés comprenant mouettes et goélands). Les virus influenza peuvent parfois être isolés chez des espèces appartenant à d’autres ordres tels que les Ciconiiformes, les Gaviiformes, les Gruiformes, les Pelecaniformes, Podicipediformes et Procellariiformes ; et d’autres espèces d’oiseaux terrestres comme les Columbiformes, les Falconiformes, les Passeriformes, Piciformes et Psittaciformes (França et al. 2013).

Les oiseaux sauvages sont porteurs de l’infection mais celle-ci ne se manifeste que par de légers symptômes, voire passe inaperçue. Parmi ce réservoir de nombreuses souches de virus existent, puisqu’il n’existe pas moins de 16 sous-types de HA et 9 sous-types de NA. Plus récemment H17 et H18 ainsi que N10 et N11 ont été isolés chez les chauves-souris. La détection de virus influenza A chez les chauves-souris (qui représentent 20% des tous les mammifères connus) étend la gamme d’hôte de façon dramatique (Mehle 2014).

Un virus pouvant se transmettre à de nombreuses espèces

Les virus influenza des oiseaux aquatiques sont parfois transmis aux volailles domestiques. Les espèces domestiques les plus sensibles sont la dinde, la poule, la caille, l’oie, le faisan, la pintade et l’autruche. Le canard domestique est régulièrement infecté mais il n’exprime en général pas de signe clinique. Les infections sont plus importantes dans les zones géographiques de migration des espèces sauvages, et plus particulièrement quand les volailles sont élevées en plein air ; par exemple, les troupeaux de dindes dans le Minnesota aux États-Unis sont infectés chaque année au moment du rassemblement d’oiseaux pour la migration (Webster et al. 1992).

INTRODUCTION
I. Les virus influenza : des virus en constante évolution 
1.1 Classification
1.2 Morphologie et structure des virions
1.3 Structure du génome viral et cycle viral
1.3.1 Le génome
1.3.2 Le cycle viral
1.4 Les possibilités d’évolution des virus Influenza
1.4.1 La variabilité par mutation : la dérive antigénique ou « antigenic drift »
1.4.2 La variabilité par néo-combinaisons : le réassortiment génétique
1.5 Les récepteurs des virus influenza
1.6 Ecologie des virus influenza
1.6.1 Les oiseaux aquatiques sauvages comme principal réservoir
1.6.2 Un virus pouvant se transmettre à de nombreuses espèces
1.6.3 Conséquence sur la santé humaine et enjeux pour la communauté vétérinaire
1.7 Objectifs de cette étude
II. Affinité des virus pour les récepteurs α2,3 ou α2,6 
2.1 Méthodologie
2.2 Résultats
III. Répartition des récepteurs α2,3 et α2,6 dans les organismes des différents hôtes 
3.1 Méthodologie
3.2 Résultats
3.2.1 Espèces principales
3.2.2 Espèces secondaires
IV. Discussion : Confrontation avec la littérature, mise en relation des deux parties
précédentes et interprétation pour les sauts d’espèces 
4.1 Préférence des sous-types pour les récepteurs
4.2 Répartition des récepteurs dans les organes des espèces
4.3 Mise en relation entre la répartition des récepteurs et la préférence des virus
V. Franchissement de la barrière des espèces : autres enjeux 
5.1 Mutation des hémagglutinines et switch des récepteurs : un facteur important pour l’émergence
d’une population virale stable chez une autre espèce
5.2 Mutations des neuraminidases
CONCLUSION 
BIBLIOGRAPHIE
WEBOGRAPHIE
ANNEXES

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