Morphologie et structure des champignons

La tendance actuelle vise à reconnaître cinq règnes parmi les êtres vivants, en remplacement des deux règnes classiques (animaux et végétaux). Les champignons, autrefois rangés parmi les végétaux, sont aujourd’hui érigés en règne autonome appelé Fungi (Courtecuisse & Duhem, 2000).

Caractéristiques du règne des Fungi

Le règne des Fungi actuel est défini par un ensemble de 7 caractères fondamentaux (Courtecuisse, 2011). Ce sont des êtres :
• développant un appareil végétatif diffus, ramifié et tubulaire ou thalle
• eucaryotes, possédant des cellules à noyaux individualisés pourvus d’une membrane nucléaire, de chromosomes, d’un nucléole et d’un appareil mitochondrial.
• à paroi cellulaire chitineuse
• hétérotrophes
• absorbotrophes
• se reproduisant généralement par des spores non flagellés .

Les champignons, ou « Fungi » ou mycètes constituent un large groupe diversifié qui possède des caractéristiques communes avec les plantes et animaux évolués (Courtecuisse, 2000). Il n’existe jamais de véritables tissus et donc pas d’organes différenciés comme chez les plantes dites supérieures (racine, tige, feuille) ou chez les animaux (Blandeau, 2012). Les champignons possèdent des similitudes ultrastructurales avec les végétaux, surtout au niveau cellulaire (double membrane, vacuole turgescente) (Courtecuisse & Duhem, 2000). Ils se rapprochent des animaux par l’absence de plastes (niveau ultrastructural), par la présence de chitine pariétale et de substances de réserve (glycogène) (Blandeau, 2012).

Morphologie et structure des champignons

L’organisation cellulaire de base des champignons est le thalle (Botton et al., 1990). Les champignons sont classés en deux grandes formes selon la structure du thalle :
1/ La forme levure unicellulaire (à thalle levuriforme) qui se multiplie par bourgeonnement cellulaire donnant naissance à de petits chapelets de cellules (Figure 1a),
2/ La forme mycélienne pluricellulaire (à thalle filamenteux) (Figure 1b) qui est constituée soit par de filaments à cellules cloisonnées ou séptés ou hyphes; soit par de filaments à cellules non cloisonnées, ou siphons (Redecker, 2002).

Il existe deux catégories d’hyphes: les hyphes végétatifs et les hyphes reproducteurs (Figure 2). Les hyphes végétatifs sont plus ou moins enfouis dans le sol ou dans la matière organique. Les hyphes reproducteurs (sporophore) sont habituellement aériens, plus serré que sous terre, très dense. Ils s’élèvent au-dessus de la surface et peuvent prendre des formes très variés. Ils produisent des spores qui assurent la reproduction du champignon (www.uel.unisciel.fr/biologie/module1).

Classification

Divisions du règne des Fungi

La classification des champignons change souvent et n’est pas encore définitive. La classification adoptée par Courtecuisse (2013) divise le règne des Fungi en quatre (4) phylums ou embranchements principaux. Cette classification est basée sur le type de thalle, la nature de la paroi, la structure des spores et de l’organe reproducteur .

Champignons inférieurs
Les Champignons inférieurs caractérisés par un mycélium non cloisonné sont aussi appelés Siphomycètes. Ils peuvent produire des sporophores, qui demeurent microscopiques (uel.unisciel.fr/biologie/module1, 2016), on parle de Micromycètes. On distingue les siphomycètes en deux embranchements selon le mode de reproduction et le type de spores : Chytridiomycota et Zygomycota.

Chytridiomycota
C’est la lignée la plus ancienne qui constitue la base évolutive des champignons à partir de laquelle ont émergé les trois autres divisions (Courtecuisse, 2011). Ils comprennent environ 750 espèces. Ils se reproduisent uniquement par voie végétative (Annexe 1a). Ce groupe renferme les espèces aquatiques à cellules reproductrices mobiles grâce à un flagelle postérieur (zoospore ou spore mobile) (Figure 4a), produites dans des sporanges ou sporocystes (Blandeau, 2012).

Zygomycota
Les Zygomycètes comprennent environ 900 espèces. Ce sont des espèces microscopiques à spores non flagellées. Les Zygomycètes se reproduisent de manière asexuée par des spores formées à l’intérieur d’un sac appelé sporocyste (spore endogène), ou de manière sexuée, par union de filaments sexuels dont les extrémités dilatées fusionnent pour former une zygospore (Figure 4b) plurinucléée (cycle de reproduction en Annexe 1b). Ils comprennent deux ordres principaux : les Mucorales qui se développent sous forme de moisissures et qui sont principalement saprophytes; les Entomophtorales, dont les sporocystes, servant généralement eux mêmes de spores, se détachent et sont disséminés (Courtecuisse & Duhem, 2000). Ces champignons sont principalement des parasites de plantes ou d’animaux.

Champignons supérieurs
Les champignons supérieurs ou Septomycètes possèdent un mycélium cloisonné. Chez la plupart des champignons supérieurs, au moment de la reproduction sexuée, le mycélium s’organise en sporophore (Figure 2), on parle de Macromycètes. Le sporophore est souvent constitué d’un pied et d’un chapeau, en forme de coupe très évasée, ou en un ensemble de petites coupes, ou repliée sur lui-même en tubercule. (www.uel.unisciel.fr/biologie/module1). Ces champignons supérieurs sont les Ascomycota et les Basidiomycota.

Ascomycota
Les ascomycètes comprennent environ 60 000 espèces. Ils produisent de façon sexuée des ascospores endogènes à l’intérieur des asques formées dans une fructification spécialisée appelée ascome ou ascocarpe (Figure 5a). Le cycle de développement est présenté en Annexe1c. La reproduction asexuée aboutit à la formation des conidiospores (Figure 6). Ce groupe est composé de trois classes : La classe des Laboulbéniomycètes qui comporte des organismes quasi microscopiques vivant fixés à la surface des insectes, sans en être des parasites. La classe des Hémi-Ascomycètes qui englobe des Ascomycètes microscopiques mycéliens ou unicellulaires, dont les asques ne se forment pas dans un organe particulier. Certains se reproduisent sexuellement en formant des ascospores, des autres par bourgeonnement ou par divisions binaires. La classe des Eu-Ascomycètes regroupe les espèces mycéliennes à ascocarpes.

Basidiomycota
Les basidiomycètes comptent environ 25000 espèces. Ils produisent sexuellement des basidiospores exogènes à l’extrémité des basides qui les portent à l’extrémité d’appendices appelés stérigmates. Ces basides sont formées et portées par l’hyménium (Figure 7b). Cette reproduction a lieu dans le basidiome ou le basidiocarpe (Figure 7a). Le cycle de reproduction est en Annexe 1d. Les Basidiomycètes se divisent en deux : les Hétérobasidiomycètes ou Protobasidiomycètes à basides cloisonnées en quatre cellules, et les Homobasidiomycètes ou Autobasidiomycètes à basides non cloisonnées.

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Table des matières

INTRODUCTION
I. GENERALITES SUR LES CHAMPIGNONS
I.1. Caractéristiques du règne des Fungi
I.2. Morphologie et structure des champignons
I.3. Classification
I.3.1. Divisions du règne des Fungi
I.4. Reproduction des champignons
I.4.1. Reproduction asexuée
I.4.2. Reproduction sexuée
I.5. Ecologie
I.5.1. Modes de vie
I.6. Utilisations
I.7. Nuisance
II. MILIEU D’ETUDE
II.1. Situations géographique et administrative
II.2. Milieu abiotique
II.2.1. Topographie
II.2.2. Hydrographie
II.2.3. Géologie et pédologie
II.2.4. Climat
II.2.4.1. Précipitation
II.2.4.2. Température
II.2.4.3. Diagramme ombrothermique de GAUSSEN
II.3. Milieu biotique
II.3.1. Flore et végétation
II.3.2. Faune
III. METHODOLOGIE
III.1. Etudes préliminaires
III.2. Choix des sites d’étude
III.3. Description des parcelles et placettes
III.4. Inventaire et collecte des échantillons
III.5. Identification
III.5.1 Description morphologique
III.5.2. Collecte des sporées
III.5.3. Mise en herbier
III.6. Analyse des données
IV. RESULTATS ET INTERPRETATIONS
IV.1. Analyse de la diversité des champignons dans les deux parcelles (P1+P2) de la Station Forestière d’Analamazaotra
IV.1.1. Diversité fongique (P1+P2)
IV.1.2. Diversité taxonomique des familles (P1+P2)
IV.1.3. Taxons dominants (P1+P2)
IV.1.3.1. Familles dominantes
IV.1.3.2. Genres dominants
IV.1.3.3. Espèces dominantes
IV.2. Comparaison de la diversité fongique des deux parcelles P1 et P2
IV.2.1. Taxons abondants et communes de P1 et P2
IV.2.1.1. Familles abondantes dans P1 et P2
IV.2.1.2. Espèce abondantes dans P1 et P2
IV.2.2. Taxons particuliers de P1 et P2
IV.2.2.1. Familles particulières de P1 et P2
IV.2.2.2. Espèces particulières de P1 et P2
IV.3. Répartition des espèces suivant le mode de vie
IV.3.1. Espèces parasites
IV.3.2. Espèces saprophytes
IV.3.3. Espèces ectomycorhiziennes
IV.4. Description morphologique
V. DISCUSSIONS
CONCLUSION