Mise en évidence et typage de salmonelles dans les élevages familiaux

Mise en évidence et typage de salmonelles dans les élevages familiaux

Salmonelles: agents pathogènes ubiquistes responsables de zoonoses 

Les salmonelles sont des entérobactéries aéro anaérobies facultatives, gram – présentes chez l’animal mais aussi chez l’Homme. Elles fermentent le glucose en produisant souvent du gaz, réduisent les nitrates en nitrites et donnent un test des oxydases négatif. La plupart des salmonelles sont mobiles, sauf quelques exceptions telles que S. Gallinarum (Freney et al, 1994). Les caractéristiques suivantes des salmonelles sont utilisées pour l’identification de Salmonella: elles n’hydrolysent pas l’urée, ne désaminent pas le tryptophane et la phénylalanine, ne fermentent pas le lactose, sucrose et adonitol, produisent du sulfure d’hydrogène (H2S) à partir de thiosulfate, décarboxylent la lysine et l’ornithine (Grimont et al, 2000). Les hybrions ADN-ADN ont montré que le genre Salmonella ne comprend que trois espèces : S. Bongori, S. Subterranea, assez rares, et S. Enterica. Cette dernière comprend six sous-espèces : enterica (qui comprend un très grand nombre de souches), salamae, arizonae, diarizonae, houtanae et indica. 99,7% des souches de Salmonella isolées en pathologies humaines ou animales appartiennent à la sous-espèce enterica. Les souches sont aussi classées par leurs sérotypes qui sont caractérisés par des antigènes somatiques (O), flagellaires (H) et capsulaires (K) (Laval et al, 1991).
Les salmonelles sont essentiellement des parasites intestinaux des vertébrés, présentes dans le monde entier. Tous les animaux, y compris l’Homme peuvent héberger ces bactéries dans leur tube digestif (Schwartz, 1999). On trouve des sérovars hautement pathogènes pour l’Homme et qui n’ont pas de réservoir animal : Salmonella Typhi et Salmonella Paratyphi qui sont responsables de la fièvre thyphoide et parathyphoide.
Certains sérovars atteignent uniquement les animaux et sont spécifiques de certaines espèces de vertébrés tels que Salmonella Choleraesuis chez le porc, Salmonella Gallinarum chez les volailles. Les autres sont des sérovars ubiquistes, sans spécificité pathogénique et les principaux agents de salmonelloses. On retrouve entre autres Salmonella Typhimurium, Salmonella Heidelberg, Salmonella Infanti. (Freney et al, 1994). Il existe aussi de nombreux sérovars qui ne sont pas forcément pathogènes pour les animaux mais qui le sont pour l’Homme telles que Salmonella Enteritidis et Typhimurium qui atteignent les œufs et ovoproduits.
Les salmonelles peuvent survivre plusieurs mois dans l’eau et plusieurs semaines en milieu sec si elles restent à l’abri de la lumière. Elles se retrouvent donc fréquemment dans les milieux aquatiques pollués, la contamination par les excréments d’animaux porteurs étant très importante. La voie de contamination principale par les salmonelles est la voie oro-fécale pour les animaux et orale pour l’homme. Les volailles et les porcs étant des animaux fréquemment contaminés, les salmonelles peuvent aussi se retrouver dans les aliments, notamment les viandes et les œufs par contamination verticale (Berchieri et al, 2001). Elles entrainent une large variété de signes cliniques chez l’animal avec le plus fréquemment des diarrhées profuses et de l’hyperthermie mais aussi possibilité de septicémies aiguës, avortement, arthrite et des signes respiratoires (Kabir, 2010). Cependant dans de nombreux cas les porcs et les volailles adultes sont des porteurs asymptomatiques (Foley et al, 2011). Ces animaux ont donc un rôle important dans la diffusion des salmonelles mais également en tant que source de contamination des aliments à l’origine d’infection humaine.
En effet les salmonelles peuvent avoir des impacts plus ou moins importants sur l’homme, selon l’individu atteint et si elles ne sont pas gérées assez rapidement. Elles peuvent être responsables de gastro-entérites, toxi-infections alimentaires et des fièvres typhoïde et paratyphoïde (S. Typhi et S. Paratyphi). On retrouve aussi des complications plus graves chez les personnes affaiblies (vieillards, nouveau-nés, immunodéprimés) avec de la septicémie, méningite, endocardite et jusqu’au décès dans de rares cas. Par contre certains individus peuvent présenter des formes de portage sain, sans signe clinique (Temelli et al, 2010). L’infection se fait le plus souvent par des produits alimentaires venant d’un animal infecté ou par infection secondaire d’aliments par l’environnement. Il s’agit le plus souvent d’œufs ou produits à base d’œuf cru contaminés par Salmonella Enteritidis ou par des viandes mal conservées ou mal cuites. En France 50% des TIAC (Toxi-Infection Alimentaire Collective) sont dues à des salmonelles (dont 1/3 par S. Enteritidis). Les toxi infections dues aux salmonelles provoquent des diarrhées fébriles, avec douleurs abdominales, nausées, vomissements possibles (Foley et al, 2011).

Situation des productions avicoles et porcines au Chili

Le secteur aviaire-porc au Chili a développé sa production et ses normes de qualité depuis les années 1990, ce qui en fait aujourd’hui un système d’élevage très industrialisé et très présent dans ce pays. Les secteurs avicole et porcin comprennent une partie importante de production commerciale avec de grandes entreprises et une production familiale encore très présente à but non commerciale mais plutôt d´autoconsommation, il s´agit du système d’élevage familial appelé « backyard productive systems » : BPS, et se disant SPT « sistemas de producción de traspatio » en espagnol.

Introduction  
Partie 1 : Etude bibliographique  
I Salmonelles: agents pathogènes ubiquistes responsables de zoonoses  
II Situation des productions avicoles et porcines au Chili
II.1 secteur industriel avicole
II.2 secteur industriel porcin
II.3 Système d’élevage familial
III Situation actuelle des salmonelloses humaines et animales au Chili  
Partie 2 : Mise en évidence et typage de salmonelles dans les élevages familiaux de la région VI du Chili  
I Matériel et méthodes  
I.1 Zone d´étude et échantillonnage
I.1.1Choix de la zone d’étude
I.1.2 Détermination de la méthode d’échantillonnage
I.1.3 Collecte des échantillons
I.2 Dépistage : détection et typage de Salmonella
I.2.1 Culture bactériologique (Annexe 2)
I.2.2 Confirmation biochimique
I.2.3 Confirmation par détection du gène invA par PCR
I.2.4 Typage des souches de Salmonella
I.3 Antibiorésistance des souches isolées
II Résultats
II.1 Echantillonnage
II.2 Résultats du dépistage et sérotypage des souches de Salmonella
II.2.1 Résultats préliminaires et changement de protocole
II.2.2 Dépistage de Salmonella dans la population étudiée et caractérisation des souches
II.3 Antibiorésistance des souches isolées
III Discussion
III.1 Interprétation et limites des résultats
III.2 Impact des résultats obtenus sur la poursuite du projet
Partie 3 : Rôle des systèmes d’élevage familiaux de volailles et porcs dans le maintien et la circulation de pathogènes : résultats préliminaires du projet global
I Facteurs de risque de maintien du pathogène
II Facteurs de risque de dissémination, diffusion
Conclusion
Bibliographie

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