Bactรฉriologie
ย ย ย ย ย ย ย ย ย Les Rickettsies (figure 1) sont des bactรฉries intracellulaires obligatoires, parasitant les cellules eucaryotes. Ce sont les premiรจres bactรฉries intracellulaires strictes dรฉcrites (Ngwamidiba et al., 2006). Elles ont la forme de coccobacilles, et leur taille varie entre 0,3 ร 0,5ยตm sur 0,8 ร 2ยตm. Etant des bactรฉries ร Gram nรฉgatives, elles prennent mal la coloration Gram ร cause de la prรฉsence de glycocalyx. Par contre, elles prennent une couleur rouge violacรฉe suite ร la fixation de la fuschine basique lors de la coloration Gimenez. La coloration de Giemsa permet รฉgalement leur identification (Boudes et Parola, 2007; Renvoisรฉ et Raoult, 2009; Znazen et Hammami, 2011). Ces bactรฉries sont immobiles, ne prรฉsentent ni flagelle, ni cils, ni capsule. Elles se multiplient par scissiparitรฉ. Comme toute bactรฉrie Gram nรฉgative, la structure membranaire des Rickettsies est formรฉe de trois couches : la membrane interne, une couche intermรฉdiaire de peptidoglycanes, et la membrane externe. Dans les cellules hรดtes, ces bactรฉries sont entourรฉes par un glycocalyx ou slyme (Renvoisรฉ et Raoult, 2009). Les Rickettsies ont la propriรฉtรฉ dโรชtre rapidement inactivรฉes par la chaleur ร 56ยฐC ; mais rรฉsistent par contre ร la congรฉlation et ร la dessiccation, dans les fรจces des puces ou dans la poussiรจre. Les protรฉines de la membrane cellulaire constituent les principaux antigรจnes des Rickettsies. On distingue deux groupes majeurs dโantigรจnes chez ces bactรฉries :
Dโune part, les lipopolysaccharides (LPS), des lipoprotรฉines de 17 kDa, qui constituent lโantigรจne O de toute bactรฉrie
Dโautre part, une famille de protรฉines de haut poids molรฉculaire spรฉcifiques dโespรจces appelรฉes ยซ Surface Cell Antigen ยป (SCA). Ces derniers peuvent รชtre soient complรจtes, soient quelques-unes seulement, sur la membrane externe des bactรฉries selon lโespรจce. On connaรฎt actuellement 17 SCA sur les Rickettsies.
Comme exemple, on peut citer SCA0, une protรฉine de la membrane externe appelรฉe aussi ยซ Outer Membrane Protein A ยป (ompA), de poids molรฉculaire 190 kDa, qui est uniquement retrouvรฉe chez les membres du groupe boutonneux ; SCA5 ou ompB de 120 kDa qui existe chez toutes les bactรฉries du genre Rickettsia (Boudes et Parola, 2007). Ces antigรจnes sont ร la base de lโidentification sรฉrologique des Rickettsies. Le gรฉnome de ces bactรฉries est de petite taille, allant de 1 ร 1,5 millions paires de bases.
Le typhus murin
ย ย ย ย ย ย ย ย ย ย ย Le typhus murin est une maladie รฉmergente dont lโimportance nโest pas correctement apprรฉciรฉe. Lโagent causal est R. typhi, anciennement appelรฉe R. mooseri, une espรจce appartenant au GT. Le matรฉriel gรฉnรฉtique de la souche Wilmington de R. typhi est constituรฉ dโun seul chromosome circulaire de 1.111.496pb, avec 76,27% de rรฉgion codante comprenant 877 gรจnes et 28,9% de bases G-C (McLeod et al., 2004). Les principaux rรฉservoirs de R. typhi sont les rats commensaux R. rattus et Rattus norvegicus, mais dโautres vertรฉbrรฉs tels que les souris, les musaraignes, les opossums et les chats peuvent รฉgalement รชtre porteurs de lโagent pathogรจne. Le principal vecteur est la puce du rat Xenopsylla cheopis, mais dโautres puces ont aussi รฉtรฉ trouvรฉes contaminรฉes par la bactรฉrie (Azad, 1990; Boudes et Parola, 2007; Renvoisรฉ et Raoult, 2009). Lโinfection ร R. typhi nโest pas fatale pour les rats. La bactรฉrie se pรฉrennise dans le cerveau de lโanimal en pรฉriode inter รฉpidรฉmique (Mayoux et Coulanges, 1970). Les puces acquiรจrent le pathogรจne par un repas de sang sur un hรดte vertรฉbrรฉ dรฉjร infectรฉ. Lโagent gagne lโintestin moyen de lโarthropode, puis entre rapidement dans les cellules รฉpithรฉliales, et sโy rรฉplique activement par fission binaire transversale. Appartenant au GT, R. typhi ne peut polymรฉriser lโactine et est par consรฉquent uniquement retrouvรฉ dans le cytoplasme des cellules cibles. Ces cellules vont ensuite sโรฉclater ; les microorganismes arrivent dans la lumiรจre de lโintestin, et seront excrรฉtรฉs par les fรจces. Une fois infectรฉe, les puces le seront toute leur vie, et ni leur durรฉe de vie ni leur capacitรฉ reproductive nโest affectรฉe. La transmission ร lโhomme se fait accidentellement par lโintermรฉdiaire des dรฉjections de puces infestรฉes, qui pรฉnรจtrent lโorganisme ร lโoccasion des lรฉsions de grattage de la zone prurigineuse aprรจs piqรปre de puce, ou par voie muqueuse, ou bien par inhalation. La transmission par piqรปre de puce a รฉtรฉ dรฉmontrรฉe rรฉcemment (Boudes et Parola, 2007). Chez lโhomme, la pรฉriode dโincubation dure de 6 ร 14 jours puis les symptรดmes apparaissent : fiรจvre รฉlevรฉe, maux de tรชte, arthralgie et rash. Cette pathologie est cosmopolite, et se retrouve dans tous les continents, sauf dans lโAntarctique. Le typhus murin se rencontre partout oรน existent les rats et leurs puces puisque le cycle de lโagent pathogรจne en est รฉtroitement liรฉ. Dโailleurs, tous les cas humains de cette maladie sont presque toujours associรฉs ร des rats infectรฉs. La distribution ubiquitaire du typhus murin peut รชtre due ร lโapport des rats et de leurs puces par les bateaux. Cโest aussi pour cela que les ports sont principalement des zones endรฉmiques de cette maladie.
Biologie molรฉculaire
ย ย ย ย ย ย ย ย ย ย La dรฉtection molรฉculaire des Rickettsies par amplification gรฉnique (PCR) est une mรฉthode rapide, sensible et spรฉcifique, et permet une prรฉcision de lโespรจce. Diffรฉrents prรฉlรจvements peuvent รชtre utilisรฉs tels que la biopsie cutanรฉe au niveau des escarres ou des รฉruptions cutanรฉes, le sang prรฉlevรฉ sur un tube EDTA, ou biens les arthropodes vecteurs. La technique peut รฉgalement cibler diffรฉrents gรจnes tels que le gรจne D, ompA, ompB, gltA, sca4, ou encore le gรจne codant pour la protรฉine de 17 kDa (Boudes et Parola, 2007; Renvoisรฉ et Raoult, 2009). Des PCR classiques (Bitam et al., 2006; Bitam et al., 2009; Capelli et al., 2009; Christou et al., 2010; Hii et al., 2011), des PCR en temps rรฉel (Henry et al., 2007; Eremeeva et al., 2008; Giulieri et al., 2012) et des PCR nichรฉes ou ยซ nested-PCR ยป (Choi et al., 2005) ainsi que la technique de ยซ restriction fragment length polymorphism ยป ou RFLP (Boostrom et al., 2002) sont รฉgalement utilisรฉes. Une nouvelle technique, dรฉnommรฉe ยซ PCR suicide ยป a รฉtรฉ proposรฉe par le CNR ร Marseille. Cโest une PCR nichรฉe utilisant des amorces ร usage unique, ayant pour cible des sรฉquences jamais amplifiรฉes dans le laboratoire. La technique est sensible et spรฉcifique, mais il faut surtout รฉviter la contamination par les amplicons des manipulations antรฉrieures (Renvoisรฉ et Raoult, 2009).
Sรฉrums humains
ย ย ย ย ย ย ย ย ย Les sรฉrums humains ont รฉtรฉ prรฉlevรฉs en janvier 2012 ร Tsiroanomandidy lors dโune enquรชte en population gรฉnรฉrale dans le cadre dudit projet. Ce volet a reรงu lโautorisation du Comitรฉ National dโEthique auprรจs du Ministรจre chargรฉ de la santรฉ de la population ร Madagascar (049-MSANP/CE du 03 juillet 2012). Concernant le recrutement des individus, les enquรชteurs effetuent un tirage alรฉatoire de 4 points de dรฉplacement, puis continuent lโenquรชte de porte ร porte aprรจs avoir tirรฉ au sort la direction de dรฉplacement jusquโร obtenir 5 foyers par point, donc 20 maisons au total. Au maximum 3 membres du foyer feront lโobjet dโun questionnaire et dโun prรฉlรจvement sanguin. Le prรฉlรจvement a รฉtรฉ effectuรฉ sur des participants consentants aprรจs signature dโune fiche prรฉvue ร cet effet. Ces รฉchantillons sont destinรฉs pour la recherche dโanticorps par ELISA.
Principe de la PCR en temps rรฉel
ย ย ย ย ย ย ย ย La PCR est une technique de biologie molรฉculaire permettant lโamplification gรฉnique in vitro. Elle permet dโamplifier une sรฉquence nuclรฉotidique connue ร partir de sรฉquences spรฉcifiques dโoligonuclรฉotides de synthรจse, appelรฉes amorces. Comme la PCR classique, la PCR en temps rรฉel utilise la propriรฉtรฉ de lโenzyme ADN-polymรฉrase thermostable ร synthรฉtiser un brin complรฉmentaire dโune sรฉquence matrice en prรฉsence de toutes les composantes nรฉcessaires, ainsi que la propriรฉtรฉ dโhybridation et de dรฉshybridation complรฉmentaire des brins dโADN en fonction de la tempรฉrature. Lโactivitรฉ enzymatique est contrรดlรฉe par une rรฉpรฉtition cyclique de transition de tempรฉratures. Ce qui diffรจre la PCR en temps rรฉel de la PCR conventionnelle est que le processus dโamplification peut รชtre suivi en ยซ temps rรฉel ยป grรขce ร des marqueurs fluorescents. Il existe diffรฉrentes techniques de dรฉtection des ces amplicons telles que lโutilisation de SybrGreen qui est un intercalant de lโADN double brin ou lโutilisation de sรฉquence dโoligonuclรฉotides couplรฉe ร des marqueurs fluorescents, appelรฉe sonde (Poitras et Houde, 2002) Pour cette รฉtude, la technique utilisant une sonde nuclรฉotidique Taqman est adoptรฉe. Cette sonde est une sรฉquence dโoligonuclรฉotides spรฉcifique du fragment dโintรฉrรชt, marquรฉe par un fluorophore (reporter) sur son extrรฉmitรฉ 5โ, et un inhibiteur (quencher) en 3โ. En principe, la fluorescence รฉmise par le fluorophore est attรฉnuรฉe par lโinhibiteur lorsquโil se trouve ร proximitรฉ de celui-ci. En effet, le quencher possรจde une plus forte รฉnergie que le fluorophore, et absorbe ainsi lโรฉnergie transmise par celui-ci. Lโaction de cet inhibiteur sera levรฉe pendant la phase dโรฉlongation, lorsque lโactivitรฉ 5โ3โexonuclรฉase de la Taq polymรฉrase clive peu ร peu la sonde. Le fluorophore reporter peut alors รฉmettre de la fluorescence puisquโil sโรฉcarte de lโinhibiteur. Lโintensitรฉ de cette fluorescence est mesurรฉe par le thermocycleur. Lโappareil transmet le rรฉsultat aprรจs chaque cycle ร un ordinateur qui lui est reliรฉ afin de tracer automatiquement la cinรฉtique de la fluorescence en fonction du nombre de cycle : cโest la courbe dโamplification.
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Table des matiรจres
LISTE DES ABREVIATIONS
LISTE DES TABLEAUX
GLOSSAIRE
INTRODUCTION
GENERALITES
I. Le genre Rickettsia
II.1. Bactรฉriologie
II.2. Taxonomie
II. Les rickettsioses : รฉpidรฉmiologie et physiopathologie
III. Le typhus murin
IV. La fiรจvre boutonneuse ร puce
V. Diffรฉrents diagnostic des rickettsioses
VI.1. Biologie non spรฉcifique
VI.2. Sรฉrologie
VI.3. Biologie molรฉculaire
VI.4. Culture
VI. Prรฉvention et Traitement
VII.1. Prรฉvention
VII.2. Traitement
VII. Historique des รฉtudes effectuรฉes sur les rickettsioses
I.1. Dans le monde
I.2. A Madagascar
MATERIELS ET METHODES
I. Matรฉriels biologiques et รฉchantillonnage
I.1. Sรฉrums humains
I.2. Sรฉrums de rongeurs
I.3. Puces
I.4. Tรฉmoins
II. Mรฉthodes
II.1. Mise au point des PCR pour la dรฉtection de Rickettsies chez les puces
II.1.A. Identification et extraction dโADN des puces
II.1.A.1. Principe de lโextraction
II.1.A.2. Les diffรฉrentes รฉtapes de lโextraction dโADN de puces
II.1.B. La PCR en temps rรฉel
II.1.B.1. Principe de la PCR en temps rรฉel.
II.1.B.2. La courbe dโamplification dโune PCR en temps rรฉel
II.1.B.3. Les diffรฉrentes รฉtapes de la PCR Taqman
II.1.C. Les PCR Taqman pour la dรฉtection de Rickettsies
II.1.C.1. Les amorces et sondes utilisรฉs dans notre รฉtude
II.1.C.2. Prรฉparation du mรฉlange rรฉactionnel ou mix
II.1.C.3. Ajout des extraits dโADN ร amplifier
II.1.C.4. Paramรฉtrage et lancement de lโamplification sur le thermocycleur
II.1.D. Optimisation des PCR Taqman pour la dรฉtection de Rickettsies
II.1.D.1. Dรฉtermination de la concentration optimale des amorces
II.1.D.2. Dรฉtermination de la concentration optimale de la sonde
II.1.D.3. Contrรดle de la technique dโextraction dโADN
II.1.D.4. Optimisation de la concentration en magnรฉsium
II.2. Mise au point de technique ELISA indirecte pour le diagnostic des rickettsioses
II.2.A. Principes de lโELISA
II.2.B. Diffรฉrentes รฉtapes de lโELISA indirecte dโIgG anti-Rickettsies
II.2.C. Mise au point de lโELISA indirecte IgG anti-rickettsies du GFB chez lโhomme
II.2.C.1. Optimisation des rรฉactifs et consommables
II.2.C.2. Optimisation du tampon de dilution dโantigรจne, du tampon de saturation et des tempรฉratures dโincubation
II.2.C.3. Dรฉtermination de la meilleure dilution du conjuguรฉ
II.2.C.4. Recherche de tรฉmoins nรฉgatifs
II.2.D. Mise au point de lโELISA indirecte IgG anti-rickettsies du GT chez lโhomme
II.2.D.1. Optimisation des tempรฉratures dโincubation
II.2.D.2. Dรฉtermination du meilleur tampon de dilution de lโantigรจne et du tampon de saturation
II.2.D.3. Dรฉtermination de la concentration optimale de conjuguรฉ
II.3. Application ร lโรฉvaluation de la circulation des rickettsioses ร Tsiroanomandidy
II.3.A. Dรฉtection des Rickettsies par PCR en temps rรฉel sur les puces
II.3.B. Dรฉtection dโanticorps anti-Rickettsies par ELISA indirecte dans les sรฉrums humains
II.3.C. Titration des รฉchantillons positifs par ELISA du GT
II.3.D. Dรฉtection des anticorps anti-Rickettsies par ELISA chez les rongeurs
RESULTATS
I. Taille des รฉchantillons
I.1. Sรฉrums humains
I.2. Sรฉrums de rongeurs
I.3. Puces
II. Mise au point de PCR en temps rรฉel Taqman pour la dรฉtection de Rickettsies chez les puces
II.1. Optimisation de la concentration dโamorces
II.2. Optimisation de la concentration de sonde
II.3. Contrรดle de la technique dโextraction dโADN
II.4. Optimisation de la concentration de MgCl2 pour la PCR spรฉcifique de R. typhi
III. Mise au point de lโELISA indirecte pour la dรฉtection dโIgG anti-Rickettsies du GFBย
III.1. Optimisation des rรฉactifs et consommables
III.2. Optimisation du tampon de dilution de lโantigรจne, du tampon de saturation et des tempรฉratures dโincubation
III.3. Optimisation de la dilution du conjuguรฉ
III.4. Recherche de tรฉmoins nรฉgatifs
IV. Mise au point de lโELISA indirecte pour la dรฉtection dโIgG anti-rickettsies du groupe typhus
IV.1. Optimisation temps dโincubation du substrat
IV.2. Dรฉtermination du meilleur tampon de dilution de lโantigรจne et du tampon de saturation et optimisation de la tempรฉrature dโincubation
IV.3. Dรฉtermination de la dilution optimale du conjuguรฉ
V. Application sur lโรฉvaluation de la circulation de rickettsioses ร Tsiroanomandidy
V.1. Dรฉtection des Rickettsies chez les puces
V.2. Dรฉtection dโIgG anti-Rickettsies dans les sรฉrums humains
IV.3. Titration des รฉchantillons humains positifs ร lโELISA du GT
IV.4. Dรฉtection dโanticorps anti-Rickettsies chez les rongeurs
DISCUSSION
CONCLUSION ET PERSPECTIVES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXE
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