Microbiologie des mollusques bivalves

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Ruditapes philippinarum (palourde)

Parmi les mollusques bivalves comestibles, la palourde la plus commercialisée dans la capitale est Ruditapes philippinarum . C’est une palourde Japonaise connue à Madagascar sous le nom de « Tekateka » [15].
La palourde japonaise Ruditapes philippinarum est un mollusque bivalve de l’ordre des Veneroidea, famille des vénéridés, genre Ruditapes, espèce Ruditapes philippinarum [16].
Ruditapes philippinarum, est présente un peu partout dans l’océan Indien et se nourrit en filtrant la matière organique. C’est un animal marin benthique fouisseur suspensivore [17]. Son aire de répartition témoigne des fortes variations environnementales qu’elle tolère tant au niveau des températures que des salinités. Elle évolue dans des eaux de 10 à 30°C mais sa température optimale de croissance est comprise entre 20°C et 24°C [18]. La salinité est favorable entre 12 % et 32 %. Elle est présente dans des vases, graviers vaseux, sables grossiers et sables fins. La palourde japonaise s’enfouie à quelques centimètres de profondeur et se déplace très peu [19].

Etude anatomique

Crassostrea cucullata

Extérieurement l’huître a une forme ovale ou étirée. Cette forme très irrégulière est le résultat de nombreux facteurs externes comme le type de sol sur lequel elles sont élevées, la densité de la population et la salinité de l’eau [7]. La surface externe est soit lisse, soit tourmentée [20].
Le corps de l’huître est recouvert de deux valves bien distinctes qui forment la coquille. La valve inférieure, sur laquelle se fixe l’huître, est la valve gauche. Elle est généralement plus robuste et plus profonde que la valve droite [21].
Le corps de l’animal, à l’intérieur de la coquille est entièrement enveloppé d’une mince membrane, frangée de petites papilles très mobiles. Le manteau forme une chambre : la cavité palléale dans laquelle se voient le corps et quatre minces lamelles (Figure 1).
Les branchies également couvertes de cils vibratiles qui, en se mouvant rapidement comme les cils frangeants du manteau, déterminent un courant d’eau qui amène l’oxygène nécessaire à la respiration et la nourriture en suspension dans l’eau [9]. La bouche se trouve dans le voisinage de la charnière.
De chaque coté de l’estomac, ondistingue une masse brune : le foie, ou plus exactement : un hépatopancréas capable d’accumuler le glycogène, aliment de réserve dont l’accumulation à certaines époques de l’année rend l’huitre grasse [8].

Ruditapes philippinarum

Les palourdes sont des animaux à corps mou enfermé dans une coquille à deux valves symétriques [13]. Les valves sont articulées autour d’une charnière dorsale et maintenues par des muscles adducteurs. Les parties molles du corps sont enveloppées dans le manteau qui délimite la cavité palléale [22].
Les siphons de la palourde japonaise sont soudés sur la plupart de leur longueur et ne se séparent qu’à quelques millimètres de leur extrémité. Le siphon inhalant apporte les particules de l’eau de mer jusqu’aux branchies. Les branchies trient les particules et les dirigent vers les palpes labiaux avant leur consommation et participent à la respiration en diffusant l’oxygène de l’eau de mer. Le siphon exhalant permet la sortie des déchets mais aussi l’expulsion des gamètes [10].
Le pied musculeux sert au déplacement et à l’enfouissement. Il abrite une glande qui secrète de filaments participant à la fixation de la palourde. Le système circulatoire est semi-ouvert permettant la libre circulation de l’hémolymphe au sein des tissus [17].
Le manteau est l’organe principal participant à la formation de la coquille. Il est constitué de deux lobes et de 4 bourrelets à la périphérie délimitant plusieurs compartiments : les cavités extra palléales périphérique et central [23].

Physiologie

Filtration et nutrition

La filtration est l’activité vitale des mollusques. C’est un mouvement très intense qui permet l’apport de particules nutritives et les échanges gazeux [24].
L’huitre s’alimente des détritus organiques en suspension dans l’eau et des minuscules éléments organisés, végétaux ou animaux, connus sous le nom de « plancton ». Les huitres adultes peuvent filtrer 6 à 8 litres d’eau par heures [25].
Quant aux palourdes, elles se nourrissent par filtration de phytoplanctons et de matières organiques particulaires et détritiques [26].
Ces bivalves se comportent comme de véritables filtres qui retiennent pour leur alimentation les diatomées et les algues péridiniens mais en même temps, les micro-organismes et les polluants de leur milieu de vie [26].

Reproduction

La sexualité de l’huître est particulière, elle change de sexe chaque année : la même huître est une année mâle, puis femelle l’année suivante. Sa reproduction a lieu à l’extérieur de la coquille dont les mâles lâchent des spermatozoïdes et les femelles des ovules [8]. La fécondation aura lieu dans l’eau. Une huître peut pondre plusieurs fois entre 20 millions et 100 millions d’œufs pendant la saison de reproduction. Cette saison s’étend tout l’été [9].
Contrairement à certains mollusques bivalves, la palourde n’est pas hermaphrodite, elle est mâle ou femelle. Ce sont des espèces gonochoriques à fécondation externe [13]. Les gonades forment un tissu diffus autour du tube digestif. L’apport trophique et la température sont deux conditions environnementales clés au développement gonadique [27]. La gamétogenèse s’initie entre 8 et 12°C mais quelques individus arrivent à développer leur gonade en dessous de 8°C [28].

Respiration

L’apport d’oxygène nécessaire à l’organisme se fait grâce à la ciliature des branchies. Les échanges gazeux entre le sang et l’eau se font au niveau de la paroi des branchies [7].

Valeurs nutritives des huitres

Le tableau 1 montre que malgré une valeur énergétique assez faible, les huîtres peuvent être considérées comme de bonnes sources de protéines. Une douzaine d’huîtres peut couvrir 20-25 % du besoin protéique journalier.
Elles constituent également des apports importants en certaines. vitamines (vitamines B et D) et en calcium, phosphore et oligo-éléments (fer).
Les huîtres sont utilisables comme source de :
– Fer: 70 % de couverture des besoins journaliers par une douzaine d’huîtres
– Vitamine D : 60 % de couverture
– Phosphore: 24-30 % de couverture.
Les coquilles d’huîtres sont fréquemment utilisées comme source de calcium pour la nourriture des volailles. Leur incorporation dans l’aliment des pondeuses et poulets de chair atteint 4 à 5 %.
Les huîtres sont aussi une source de vitamine A pour les insuffisants hépatiques en raison de leur faible teneur en lipides et de vitamine C.
En outre, les huîtres sont très digestibles. Le chlorure de sodium présent dans leur chair et surtout dans l’eau intervalvaire stimule l’appétit et les sécrétions gastriques. Tout ceci montre leur intérêt gastronomique et leur importance qualitative dans l’alimentation humaine.

Microbiologie des mollusques bivalves

Les différents facteurs du milieu marin influant l’hygiène des mollusques

Facteurs physiques

Les rejets d’égouts constituent la principale source de pollution des côtes. La pollution des zones de production par les bactéries fécales peut se produire partout où l’eau est souillée par des fèces humaines ou par de l’eau en provenance de lieux où se trouvent des animaux domestiques [29]. Il s’agit surtout de la pollution provoquée par les animaux domestiques à sang chaud: bovins, ovins, caprins, porcins, canards, poulets. Tous ces animaux excrètent des Escherichia coli, qui sont des indicateurs de la pollution fécale et peuvent transmettre à l’homme des germes pathogène [30].

Facteurs biologiques

Les coquillages concentrent les micro-organismes qui vivent naturellement ou accidentellement dans le milieu marin. Deux types de flore sont à distinguer, la flore normale et la flore accidentelle. En effet, selon VNIANES en 1991, la stérilité microbiologique est contre nature chez les mollusques. La microflore du milieu marin est dominée par des bactéries à Gram négative des genres Vibrio, Pseudomonas, Acinetobacter et Flavobacterium.
En plus de la flore marine habituelle, les mollusques peuvent contenir un autre type de flore témoin d’une contamination du milieu provenant de l’homme et des animaux [31]. Des travaux divers ont montré que ces germes de contamination fécale se composent essentiellement d’Entérobactéries: Eschericha coli; Entérobacter, Serratia, Proteus, Shigella et Salmonella (Salmonella typhi ; Salmonella typhimurium ; Salmonella enteritidis ; Salmonella paratyphi) mais également des entérocoques (Streptocoques D) [32]. Des anaérobies de la famille des Clostridiaceae (Clostridium botulinum et Clostridium perfringens) ont été également isolés des mollusques [33].

Les maladies transmises par les mollusques bivalves

Infections et intoxications bactériennes

Fièvres Typhoide et Paratyphoide due au genre Salmonella sérotype typhi et paratyphi A, B ou C

Les fièvres typhoïdes et paratyphoïdes sont des maladies qui ont été le plus souvent associées à la consommation de coquillage. Ce sont des maladies infectieuses potentiellement mortelles en l’absence de traitement. Ces fièvres surviennent le plus souvent dans des zones où l’hygiène est précaire et frappent principalement les pays en voie de développement [34].
Les organismes responsables de la maladie pénètrent en général dans la chair des mollusques par filtrage de l’eau de mer polluée par les égouts mais ils peuvent également y pénétrer au cours du traitement (eau douce polluée utilisée pour laver les chairs, matériels) [35]. La maladie se déclare généralement lors de la consommation à l’état cru. Il suffit d’une faible dose de bactéries pour provoquer l’infection chez l’homme [36].

Salmonellose

Les salmonelloses sont très répandues dans le milieu naturel par suite de la contamination par les matières fécales. Les mollusques des eaux côtières polluées peuvent contenir de salmonelle. Ces organismes peuvent aussi pénétrer dans la chair au cours de la manutention et traitement par l’eau ou le sol pollués par les animaux domestiques porteurs de germes ou par les manipulations de ces fruits de mer [11]. Le stockage et la manutention dans de mauvaises conditions d’hygiène peuvent multiplier les microorganismes et provoquer l’intoxication alimentaire. L’incubation est de 12 à 24 heures en moyenne [36]. La maladie se manifeste par de la diarrhée profuse, d’odeur fétide accompagnée du syndrome fièvre. Elle évolue vers la guérison même en l’absence de traitement. Les souches de salmonelles incriminées sont: Salmonella enteritidis, Salmonella typhi murium [37].

Vibrioses

Une augmentation du nombre de cas de maladies d’origine alimentaire attribuables à des espèces pathogènes de Vibrio a été signalée au cours des dernières années. Plusieurs espèces de Vibrio sont de plus en plus ciblées comme pathogènes potentiellement néfastes pour la santé humaine [38]. La présence de Vibrio à caractère pathogène dans les fruits de mer a occasionné à plusieurs reprises des perturbations dans le commerce international [3].
Les Vibrions impliqués en pathologie humaine et susceptibles d’être transmis par les coquillages sont principalement Vibrio cholerae sérotype 01 agent du choléra et Vibrio parahaemolyticus, Vibrio vulnificus [38]. La plupart de ces vibrions sont naturellement présents dans l’environnement côtier et dans les estuaires sans être lies à une contamination provoquée par des eaux usées [39].

Infection à Vibrio parahaemolyticus

Vibrio parahaemolyticus se rencontre naturellement dans le milieu marin et est très répandu dans les sédiments, l’eau, les invertébrés et les poissons [39]. Cette bactérie est fréquente chez les crustacés, mais on a constaté également sa présence chez les mollusques [40]. L’intoxication alimentaire se produit surtout lorsque les produits ne sont pas préparés dans de bonnes conditions d’hygiène, ce qui permet la prolifération du Vibrio [31].

Infection à Vibrio cholerae, agent du choléra

Cet organisme ne se trouve généralement pas dans la nature sauf lorsque des cas de choléra se produisent. Vibrio cholerae peut pénétrer par les eaux d’égout dans les eaux côtières où il survit pendant des périodes de durée variable [39]. Les mollusque peuvent donc être contaminés par cet organisme en raison de la façon dont ils se nourrissent [36]. En outre, ils peuvent être contaminés à tous les stades de la manutention, du traitement, du transport, ou de l’entreposage car, lors d’une épidémie de choléra, cette bactérie peut être très repandue et peut survivre longtemps dans la nature [11].

Autres bactérioses

Les mollusques bivalves jouent un grand rôle de filtration dans le milieu marin [7]. La gastro-entérite à microflore banale due à des streptocoques du groupe D, des coliformes fécaux comme Klebsiella, Citrobacter, Proteus ne sont donc épargnés des maladies pouvant être transmise par ces fruits de mer [41].

Infection virales

Hépatite virale à VHA (Virus de l’hépatite A)

De nombreuses constatations permettent d’affirmer que l’hépatite virale de type A se transmet par l’intermédiaire de mollusque provenant d’eaux contaminées par les égouts. Sa transmission est directe ou indirecte par consommation d’eau ou d’aliments souillés en particulier les coquillages [41]. Les sujets infectés excrètent le virus dans leurs matières fécales pendant une à deux semaines avant que l’hépatite se déclare et le virus se propage par la voie fécale-orale [42].
La durée moyenne d’incubation est de 30 jours. L’évolution vers la guérison est favorable en 2 à 4 semaines. Il n’y a jamais d’évolution vers la chronicité. Des formes fulminantes peuvent être observées essentiellement chez l’adulte [42]. Le taux de létalité globale est de 0,1 à 0,6%, cependant il augmente avec l’âge des patients. Ainsi, pour les individus de plus de 49 ans le taux est de 2,7 % [43].

Infection due au genre Entérovirus

Les Entérovirus ont été trouvés dans des mollusques ramassés dans les eaux contaminées par les égouts [44]. Etant donné qu’un seul virus infectieux peut causer l’infection chez l’homme, il faut considérer que la présence d’entérovirus dans les mollusques constitue un risque potentiel de maladie pour les consommateurs [11].
Ces virus sont résistants dans le milieu extérieur et sont susceptibles de persister pendant longtemps dans l’environnement. Leur transmission est soit directe soit indirecte par des eaux souillées ou des aliments contaminés [45]. La plupart des infections provoquées par ces virus sont inapparentes. Leur domaine pathologique est très étendu car ils sont capables de provoquer des lésions du système nerveux, du tractus gastro-intestinal, de l’appareil respiratoire, des muscles, de la peau et des yeux [46].
Le genre Entérovirus comprend :
 Poliovirus :
L’infection par Poliovirus est inapparente dans plus de 90 % des cas. Les manifestations cliniques se traduisent le plus souvent par une hyperthermie, réactions méningées. Exceptionnellement elles caractérisent la poliomyélite antérieure aigüe (PAA) avec atteinte des neurones des cornes antérieures de la moelle. Celle-ci peut être fatale par paralysie du diaphragme et des muscles intercostaux. En général la PAA se traduit par des paralysies dont les séquelles sont plus ou moins invalidantes [47]. Cependant des dizaines d’année après la maladie certains patients développent de nouveaux symptômes regroupés sous le nom de syndrome post-poliomyélitique (SPP) qui pourrait être dû à une infection persistante par Poliovirus [48].
 Coxsackievirus A et B
Ces virus peuvent provoquer des affections neurologiques (méningites lymphocytaires), digestives, respiratoires et cutanéo-muqueuses [48].
Les genres du Coxsackievirus du groupe A sont plus particulièrement responsables de l’herpangine alors que les genres du Coxsackievirus du groupe B provoquent plus spécifiquement la myalgie épidémique et des lésions cardiovasculaires (myocardites) [49].
 Echovirus
Les genres Echovirus sont responsables de méningites lymphocytaires, d’infections respiratoires, de fièvre et d’éruptions cutanées [50].
 Entérovirus 68 à 71
Ces Entérovirus provoquent essentiellement des affections respiratoires, des méningites, des encéphalites et des conjonctivites hémorragiques [50].

Infection due à Rotavirus

Les Rotavirus se répartissent en 6 groupes distincts (A à F). Rotavirus des groupes A B C peuvent infecter les humains alors que ceux des groupes D E et F atteignent les animaux [48]. Le groupe A est nettement le plus important en pathologie humaine, il comprend les Rotavirus responsables des gastroentérites de l’enfant et des personnes âgées. Chez l’adulte l’infection est souvent inapparente, alors que, chez l’enfant, des manifestations cliniques s’observent dans plus de 60 % des cas [49]. Dans les pays en voie de développement on estime que, par an, 125 millions de cas de gastroentérites du jeune enfant sont provoqués par les Rotavirus et que près de 18 millions de ces cas sont considérés comme sévères ou modérément sévères [42].

Infection due à Norovirus

Il est responsable de gastroentérites qui surviennent sous forme sporadique mais le plus souvent sous forme épidémique chez les enfants et les adultes. Les manifestations cliniques sont caractérisées, après une incubation de 12 à 48 heures, par des vomissements et une diarrhée pendant 24 à 72 heures [51]. La transmission s’effectue par voie oro-fécale d’individu à individu mais aussi par l’intermédiaire du milieu hydrique en particulier les coquillages [46].

Infection due à Adénovirus

Les Adénovirus humains « classiques » appartenant aux sous-genres A, B, C, D, E, provoquent pour la plupart des infections respiratoires et conjonctivales. Certains sérotypes possèdent un pouvoir oncogène [52]. Les Adénovirus entériques (40 et 41) appartenant au sous-genre F ont été décrits par FLEWETT et al., (1975) dans des selles de nourrissons atteints de gastro-entérites. Il a été montré que ces virus sont responsables, la plupart du temps chez des enfants de moins de 2 ans, d’épisodes gastro-entéritiques marqués, après une incubation de 8 à 10 jours, par de la diarrhée et/ou de la fièvre, et/ou des vomissements pendant en moyenne 6 à 8 jours. Ils seraient responsables de 4 à 8 % des gastro-entérites infantiles [53].

Infections parasitaires

Etant donné que les mollusques vivent parfois dans des eaux qui reçoivent les effluents d’égouts, on peut y trouver des organismes parasitaires (protozoaires et métazoaire), tout particulièrement là où les maladies parasitaires sont endémiques. Pour l’instant le rôle des fruits de mer dans la propagation des maladies parasitaires est encore limité [11].

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : RAPPELS
I.Généralité sur les mollusques bivalves
I.1. Taxonomie
I.1.1. Définition
I.1.2. Classification et biologie
I.2. Etude anatomique
I.2.1. Crassostrea cucullata
I.2.2. Ruditapes philippinarum
I.3. Physiologie
I.3.1. Filtration et nutrition
I.3.2. Reproduction
I.3.3. Respiration
I.4. Valeurs nutritives des huitres
II. Microbiologie des mollusques bivalves
II.1. Les différents facteurs du milieu marin influant l’hygiène des mollusques
II.1.1. Facteurs physiques
II.1.2. Facteurs biologiques
II.2. Les maladies transmises par les mollusques bivalves
II.2.1. Infections et intoxications bactériennes
II.2.2. Infection virales
II.2.3. Infections parasitaires
II.2.4. Allergies
DEUXIEME PARTIE : METHODES ET RESULTATS
I. METHODES..
I.1. Cadre, durée et objectif de l’étude
I.2. Site de l’étude
I.3. Type de l’étude
I.4. Population de l’étude
I.4.1. Unité déclarante
I.4.2. Unité d’analyse
I.5.1. Mode d’échantillonnage
I.5.2. Taille de l’échantillon
I.6. Collecte de donnée
I.7. Enquête
I.8. Collecte des échantillons
I.9. Limite de l’étude
I.10. Protocole analytique
I.10.1. Les analyses bactériologiques
I.10.2. Les analyses virologiques
II.RESULTATS
II.1.Origine géographique et conservation des huitres et palourdes…
II.2. Résultat des analyses bactériologiques
II.2.1. Description de l’échantillon
II.2.2. Prévalence de Salmonella sp, Escherichia coli et Vibrio sp
II.2.3. Niveau de contamination en Escherichia coli
II.2.4. Prévalence en fonction du période de prélèvement
II.2.5. Schémas montrant les résultats lors de la lecture sur gel d’agarose
II.2.6. Prévalence des autres germes identifiés au cours des analyses
II.3. Résultat de l’analyse virologique
II.3.1. Prévalence du Virus de l’Hépatite A et des autres Virus entériques
II.3.2. Résultat du PCR en temps réel
TROISIEME PARTIE : DISCUSSION
I. Prévalence de Salmonelle
II. Contamination en Escherichia coli
III. Prévalence de Vibrio sp
IV. Liaison entre la prévalence des germes et le période de prélèvement
V. Prévalence des autres germes identifiés au cours de l’étude
VI. Prévalence des Entérovirus
VII. Recommandation
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES

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