Méthodes d’isolement et d’identification des champignons au LPM/HALD

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Généralités sur les mycoses superficielles

Les mycoses superficielles sont des affections fongiques dûes aux champignons microscopiques qui siègent au niveau de la peau, des ongles, du cuir chevelu et même au niveau des muqueuses.

Mycoses au niveau de la peau

Les mycoses au niveau de la peau sont dûes essentiellement aux dermatophytes, aux levures du genre Malassezia, rarement le genre Candida et exceptionnellement aux moisissures.

Epidermomycoses à Dermatophytes [32]

Les dermatophytes constituent un groupe de champignons adapté à la kératine humaine et animale. Les épidermomycoses sont des infections fongiques susceptibles d’envahir la peau avec des formes cliniques dépendantes de la localisation et de l’espèce en cause. Ainsi, les épidermomycoses à dermatophytes présentent principalement trois formes cliniques différentes.

Epidermophyties circinées

Autrefois appelées herpès circiné, les lésions débutent par une petite zone érythémateuse qui, progressivement, en 8 à 15 jours, s’étend de façon centrifuge dessinant un anneau inflammatoire parsemé de petites vésicules (Figures 1 et 2). Les lésions siègent dans n’importe quelle partie du corps. Elles sont isolées ou multiples, et dans ce cas parfois confluentes.
De nombreuses espèces peuvent être rencontrées, principalement Epidermophyton floccosum, Trichophyton rubrum, T. mentagrophytes, T. verrucosum, T. erinacei, Microsporum canis, M. persicolor et M. gypseum. En règle générale, les épidermophyties d’origine animale sont plus inflammatoires que celles d’origine humaine.

Epidermomycoses à Malassezia

Pityriasis versicolor [4]

La maladie elle-même est bénigne, c’est l’aspect inesthétique et les caractères prurigineux et récidivants des lésions qui vont amener le sujet, généralement un adulte jeune, à se faire consulter.
Dans la majorité des cas, la présence d’un semis caractéristique de macules dyschromiques brunes, roses ou dépigmentées, diversement groupées sur le haut du tronc (Figure 7), le cou ou la partie supérieure des bras, du dos (Figure 8) fait évoquer un Pityriasis versicolor.
la lésion élémentaire prend typiquement la forme d’une macule arrondie à bords nets, de 2 à 50mm de diamètre, de coloration uniforme. Sa surface est squameuse ou fripée. Un grattage appuyé décolle une squame cohérente et réalise le « signe du copeau ». outre la forme brune qui est la plus classique, on peut rencontrer des aspects trompeurs. La forme achromiante par exemple, ou l’hypo pigmentation apparait surtout après exposition au soleil (Figure 8), ou encore des formes érythémateuses, voir bigarrées. La taille, la distribution, l’extension et la topographie des lésions peuvent être très variables. La localisation préférentielle comprend le haut du thorax, le cou et les épaules. Cependant toute la surface cutanée peut être intéressée (paumes des mains et plantes des pieds exclues) ; les localisations au visage existent surtout en zone tropicale.

Folliculite à Malassezia [5]

La folliculite à Malassezia est une éruption ressemblant à de l’acné, localisée de manière caractéristique dans les zones «sébacées» du tronc (épaules, dos, poitrine). Il est déclenché par une occlusion ou une immunosuppression et s’accompagne généralement d’un prurit intense. Les coupes histologiques mettent en évidence un grand nombre de levures dans les unités pilosébacées détruites.

Dermatite séborrhéique [4]

En fonction du terrain du patient, l’aspect clinique peut revêtir des degrés différents.
La forme classique touche l’adulte entre 20 et 40 ans, le plus souvent un homme sans antécédents. Les lésions sont de type érythémato-squameux, associées à une composante inflammatoire. Les plaques plus ou moins bien délimitées sont couvertes de squames grasses, d’épaisseur variable (Figure 10). L’érythème peut déborder de la lisière du cuir chevelu sous forme d’une bande à limite nette continue et sinueuse, ou parfois sous forme de taches arrondies. Le plus souvent une dermite séborrhéique du visage est concomitante (Figure 11), touchant les zones les plus riches en glandes sébacées (sourcils, sillons nasogéniens, plis des pavillons auriculaires et sous-labiaux).
La pathologie se manifeste sous formes de poussées avec des périodes de rémission spontanée, le prurit peut constituer une gêne fonctionnelle parfois intense.
Les formes sévères sont rencontrées dans le cas de déficits immunitaires (SIDA) ou d’atteintes neurologiques (Parkinson, syndromes extrapyramidaux lors de la prise prolongée de neuroleptiques).

Epidermomycoses à Candida

Les intertrigos candidosiques [7]

Les candidoses superficielles représentent les aspects cliniques les plus fréquemment rencontrés dans les infections à Candida. Elles se développent au niveau des revêtements cutanés, des phanères et des muqueuses. De par la présence commensale des levures du genre Candida au niveau du tractus gastro-intestinal, la plupart des infections à Candida sont d’origine endogène et font suite à un déséquilibre de la flore ou à un déficit immunitaire. On distingue les intertrigos des grands plis et des petits plis [8].
 Intertrigo des grands plis
Les lésions débutent habituellement au fond des plis inguinaux (Figures 12), sous-mammaires, interfessier ou axillaires. Ces lésions érythémateuses et mal délimitées sont souvent suintantes et recouvertes d’enduit blanchâtre, avec une périphérie constituée d’une collerette de vésicules.
 Intertrigo des petits plis
Au niveau des petits plis, interdigitopalmaire principalement (Figure 13), plus rarement plantaires à l’inverse des dermatophytes, les lésions sont souvent ulcérées, avec une bordure blanchâtre et décollée. Ces lésions se rencontrent plus fréquemment chez les individus dont les mains sont soumises de façon répétitive à l’humidité (ménagère, métiers de la restauration, pâtissiers, plongeur, coiffeur) ou à des produits décapants, et le troisième espace est le plus souvent touché.

Epidermomycoses à Moisissures

Epidermomycose à Fusarium

Fusarium spp est rarement incriminé dans la genèse d’intertrigo. Il s’agit d’un intertrigo humide d’aspect blanchâtre, le plus souvent localisé au niveau du dernier espace inter-orteils évoluant vers le troisième et le deuxième espace inter-orteil [9].

Fusariose cutanée

La forme clinique de la fusariose dépend largement du statut immunitaire de l’hôte et de la porte d’entrée de l’infection [10]. Le diagnostic est posé à partir d’une biopsie de tissu cutanée. Les filaments observés ressemblent à ceux du genre Aspergillus (cloisons bien marquées au niveau des filaments) [3].

Mycoses au niveau des ongles

Onychomycoses à dermatophytes [32]

Sur le plan clinique, Guy Badillet décrit classiquement quatre aspects :
 Les onychomycoses sous-unguéales distales
Elles représentent l’atteinte dermatophytique de l’ongle la plus fréquente, notamment au niveau des pieds. Le champignon gagne le lit de l’ongle à partir des bords latéraux des doigts. Il parasite la lame inférieure entraînant un épaississement de l’ongle et un décollement de l’extrémité distale. Celle-ci prend une teinte jaune à brune plus ou moins foncée (Figure 14).
Le lit de l’ongle devient ensuite très friable. Le champignon s’étend sur toute la table unguéale, et touche la matrice, engendrant une destruction généralisée de l’ongle.

Mycoses au niveau du cuir chevelu

Teignes du cuir chevelu

Ces lésions qui correspondent à l’atteinte du cuir chevelu pour les teignes sont des manifestations spécifiques des dermatophytes.
En fonction du type de parasitisme pilaire, on distingue classiquement quatre formes cliniques [32].

Les teignes tondantes microsporiques [18]

Elle se caractérise par la cassure des cheveux à quelques millimètres de l’ostium folliculaire du cuir chevelu entrainant une ou plusieurs zones (en principe, peu nombreuses) d’alopécie habituellement grisâtres de 1 à 3 cm de diamètre (Figure 20). C’est pourquoi cette teigne tondante est également appelée à grandes plaques, mais aussi microsporique, car elle est dûe à un parasitisme de type microsporique. Le cuir chevelu a un aspect squameux plus ou moins inflammatoire, il n’y a cependant pas de prurit. Sur les plaques, les cheveux cassés forment une sorte de brosse [19]. En pratique, trois espèces sont incriminées : deux espèces anthropophiles strictes, M. andouinii et M. ferrugineum, et une espèce zoophile inféodée surtout au chat, M. canis [32].

Les teignes tondantes trichophytiques [32]

Ces teignes, dites endothrix, touchent les enfants, mais aussi les femmes. Elles sont caractérisées par la présence de plaques d’alopécie souvent nombreuses, de petites tailles, et mal délimitées (Figure 21). L’examen sous lampe de Wood ne montre aucune fluorescence. Les dermatophytes responsables sont exclusivement des espèces anthropophiles : T. soudanense, T. violaceum et T. tonsurans.

Les teignes inflammatoires (suppurée ou kérion) [18]

Cette forme de teigne reste plus rare que la teigne tondante, et peut atteindre le cuir chevelu de l’enfant, de la femme adulte, ou l’homme au niveau de la barbe (on parle alors de sycosis). Cliniquement, on retrouve des placards érythémateux ronds et très inflammatoires, limités puis confluents, volontiers surélevés de plusieurs centimétres de diamètre. Puis des pustules apparaissent à la base des cheveux et viennent recouvrir ces placards. Ces derniers sont ensuite éliminés par un pus jaûntre qui en coule. Les cheveux s’éliminent alors spontanément. C’est pourquoi on parle aussi de teigne suppurée. Le terme de kérion de Celse est également employé (Figure 22, [20]). Une possible surinfection bactérienne entraine souvent une adénopathie satellite. Habituellement, il n’y a pas de fiévre.
Cependant, la douleur est très intense. L’évolution est spontanément régressive en quelques semaines ou mois, et les cheveux repoussent généralement sans séquelles ( sauf en cas de surinfection bactérienne additionnelle) [21-23,32].
En règle générale, les teignes inflammatoires sont plutôt le fait d’espèces zoophiles ou géophiles. Ainsi, quatre espèces cosmopolites sont habituellement responsables : T.mentagrophytes, T.verrucosum, M.gypseum et M.canis. Néanmoins, certaines espèces anthropophiles peuvent aussi être à l’origine de kérions. Il s’agit de T.soudanense, T.tonsurans, T.violaceum et plus rarement T.rubrum. Il convient de noter qu’en dehors d’un parasitisme à M.canis, il n’y a pas de fluorescence sous la lampe de Wood [32].

Les teignes faviques [18]

Dans la teigne favique, dite aussi favus, les cheveux ne se cassent pas mais se détachent car ils sont directement atteints à leur base. En effet le parasitisme intrapilaire est peu important, donc les filaments peu nombreux ne fragilisent pas le cheveu. Sa destruction provient de l’envahissement du follicule par le dermatophyte. Car l’accumulation du mycélium entraine la formation d’une croutelle de couleur jaune soufre, friable, centrée par le cheveu : il s’agit du godet favique, situé à la base du cheveu. Les cheveux alors décollés vont tomber, ce qui sera à l’origine d’une alopécie définitive. Il est possible que les godets faviques puissent ensuite fusionner pour donner des éléments de plus grandes tailles :les croutes faviques (Figure 23, [22]). Dans ce cas de lésions étendues, une odeur caractéristique dite « de nid de souris » peut etre dégagée.
L’infection est initialement discrète et la plupart du temps méconnue. Ce n’est qu’après des années d’évolution (les plaques ayant commencé à se former) que cela devient cliniquement significatif. Et contrairement aux autres teignes vues précédemment, il n’y a pas de guérison spontanée à la puberté. L’évolution se poursuit tant qu’il y’a des cheveux. C’est pourquoi l’alopécie cicatricielle est en fait définitive [21,22].
Un seul dermatophyte est à l’origine, il s’agit de l’anthropophile T.schoenleinii.

La piedra blanche

Il s’agit d’une atteinte des cheveux, de la barbe, de la moustache et des poils pubiens, inguinaux ou axillaires. Les lésions se présentent comme de petits nodules mous, blanchatres ou grisatres, fixés autour du poil sans l’altérer. Au niveau inguinal ou scrotal, la piedra blanche détermine un intertrigo prurigineux[8].

Pityriasis capitis

Le pityriasis capitis se manifeste par une desquamation abondante du cuir chevelu générant de nombreuses pellicules. Secondairement, des croutes épaisses se forment sans provoquer de chute de cheveux (Figure24). Dans les formes avancées, l’hyperkératose aboutit à la formation de croutes adhérentes : c’est la « fausse teigne amiantacée d’Alibert ». Le pityriasis capitis est favorisé par le stress et la séborrhée, et un prurit est fréquemment associé [8].

Les facteurs favorisants [4]

Malgré l’existence de quelque 69 000 espèces fongiques répertoriées, seul un nombre restreint d’entre elles se montre capable de se développer chez le sujet sain. Ce dernier est confronté en permanence aux spores fongiques qui pénètrent dans son organisme par inhalation, ingestion ou inoculation post-traumatique. En dépit de leur grande capacité adaptative, les champignons, à quelques exceptions près, ne montrent que peu de prédispositions à s’engager dans la voie du parasitisme chez l’homme.
De nombreux facteurs favorisent les mycoses. Ils dépendent à la fois de l’hôte, de son environnement, de la maladie sous-jacente mais aussi de facteurs extrinsèques, essentiellement iatrogènes.

Les facteurs généraux

Facteurs intrinsèques individuels

 L’âge
Les âges extrêmes de la vie prédisposent aux mycoses superficielles.
Dès la naissance, les levures colonisent les téguments du nouveau-né. Leur implantation est probablement favorisée par la finesse de la peau et l’absence de réaction immunitaire locale efficace.
Le sujet âgé est plus fréquemment colonisé par les levures en raison de troubles trophiques. Les candidoses sont les mycoses les plus rencontrées. Par ailleurs, l’insuffisance veineuse des membres inférieurs prédispose à d’autres infections fongiques comme les onychomycoses à dermatophytes, à moisissures, à levures.
 Etat pathologique
L’altération ou la rupture de la barrière cutanéomuqueuse : toute plaie, d’une excoriation minime aux brûlures étendues, peut être colonisée par des éléments fongiques. Par exemple la simple introduction d’une écharde permet aux spores de pénétrer le tissu cutané et de coloniser la peau. Les traumatismes touchant les ongles (chocs, mauvais appuis, port de chaussures trop étroites) ou les déformations du pied (hallux valgus) sont autant de facteurs favorisant les onychomycoses.

Facteurs extrinsèques

Depuis une cinquantaine d’années, ce type de facteurs prend une importance grandissante, du fait des progrès de la médecine en antibiothérapie, en chimiothérapie anticancéreuse d’une part, en techniques médicochirurgicales de réanimation et de greffe de tissus d’autre part.
La corticothérapie, les immunosuppresseurs (Ciclosporine, Azathioprine, etc.) représentent un facteur de risque important, en modifiant l’immunité cellulaire. Les antibiotiques à large spectre inhibent la flore bactérienne, laissant la possibilité aux espèces fongiques commensales de se développer.
La chimiothérapie anticancéreuse, tout comme l’irradiation sont à l’origine d’ulcérations qui, une fois colonisées par les Candida vont permettre une dissémination des levures dans l’organisme, à la faveur de l’immunodépression causée par ces mêmes traitements [4].

Les facteurs sociaux et environnementaux

Facteurs environnementaux

Tout facteur favorisant l’hypersudation et l’augmentation de la température du revêtement cutané accroît d’une façon importante le risque de mycoses à dermatophytes ou à Candida. L’atmosphère confinée de certains locaux (saunas, douches, etc.), la transpiration ou la macération des pieds dans des chaussures fermées sont autant de facteurs favorisants classiques.

Mode de vie et professions exposées

De façon générale, les pratiques agricoles, l’élevage des animaux (les bovins, les ovins, les animaux domestiques comme les chats, les hamsters …) constituent un facteur de risque de mycose zoophile.
Ainsi, les éleveurs, les vétérinaires seront plus exposés au risque de mycoses d’origine animale telles que les teignes inflammatoires.
Quant aux ruraux, aux agriculteurs, pêcheurs, bergers ou encore forestiers, ils sont exposés aux espèces fongiques telluriques car leur activité les soumet à de nombreux traumatismes cutanés.

Les activités sportives [24]

La fréquence d’apparition des mycoses notamment au niveau des pieds varie certes d’un sport à l’autre. Il convient en effet de distinguer les sports pratiqués pieds nus où dominent la contamination directe à partir des sols souillés [25], des sports avec des chaussures plus ou moins montantes où le pied est enfermé dans un milieu chaud et humide propice au développement d’une mycose [26].
La fréquentation régulière des salles notamment où le sport se pratique pieds nus est donc propice à la diffusion des champignons anthropophiles en particulier les dermatophytes [26-31].

Champignons responsables de mycoses superficielles [32]

Les mycoses superficielles, surtout celles de la peau, du cuir chevelu et des ongles, sont très fréquentes dans de nombreux pays et ont été rapportées dans le monde entier [33]. Les champignons les plus fréquents, agents de ces mycoses sont les dermatophytes, les levures et les moisissures [34].

Dermatophytes [32]

Les dermatophytes constituent un groupe de champignons adaptés à la kératine humaine et animale. Chez l’homme, la peau et les phanères (ongles, cheveux et poils) sont les sites privilégiés de ces champignons qualifiés de kératinophiles et kératinolytiques.
Sur le plan taxonomique, il s’agit des champignons microscopiques appartenant à la classe des Ascomycétes, à l’ordre des Onygénales et au genre Arthroderma. Ce sont donc des champignons filamenteux à thalle septé se multipliant sur le mode sexué, et produisant des ascospores. En pratique courante de laboratoire, il est toutefois difficile d’obtenir la forme sexuée de ces champignons. C’est pourquoi leur classification repose classiquement sur la reproduction asexuée ou conidiogénése. Les dermatophytes sont alors classés dans le phylum des Deutéromycètes (ou Fungi imperfecti, les champignons imparfaits) et la classe des Hyphomycètes.

Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : RAPPELS BIBLIOGRAPHIQUES
I. Généralités sur les mycoses superficielles
I.1. Mycoses au niveau de la peau
I.1.1. Epidermomycoses à Dermatophytes
I.1.1.1. Epidermophyties circinées
I.1.1.2. Intertrigos
I.1.2. Epidermomycoses à Malassezia
I.1.2.1. Pityriasis versicolor
I.1.2.2. Folliculite à Malassezia
I.1.2.3. Dermatite séborrhéique
I.1.3. Epidermomycoses à Candida
I.1.3.1. Les intertrigos candidosiques
I.1.4. Epidermomycoses à Moisissures
I.1.4.1. Epidermomycose à Fusarium
I.1.4.2. Fusariose cutanée
I.2. Mycoses au niveau des ongles
I.2.1. Onychomycoses à dermatophytes
I.2.2. Onychomycoses à Candida
I.2.3. Onychomycoses à Moisissures
I.2.3.1. Onychomycoses à Neoscytalidium
I.2.3.2. Onychomycose à Fusarium
I.3. Mycoses au niveau du cuir chevelu
I.3.1. Teignes du cuir chevelu
I.3.1.1. Les teignes tondantes microsporiques
I.3.1.2. Les teignes tondantes trichophytiques
I.3.1.3. Les teignes inflammatoires (suppurée ou kérion)
I.3.1.4. Les teignes faviques
I.3.2. La piedra blanche
I.3.3. Pityriasis capitis
II. Les facteurs favorisants
II.1. Les facteurs généraux
II.1.1. Facteurs intrinsèques individuels
II.1.2. Facteurs extrinsèques
II.2. Les facteurs sociaux et environnementaux
II.2.1. Facteurs environnementaux
II.2.2. Mode de vie et professions exposées
II.2.3. Les activités sportives
III. Champignons responsables de mycoses superficielles
III.1. Dermatophytes
III.1.1. Morphologie
III.1.1.1. Le genre Epidermophyton
III.1.1.2. Le genre Microsporum
III.1.1.3. Le genre Trichophyton
III.1.2. Mode de contamination des dermatophytes
III.1.2.1. Transmission interhumaine ou anthropophile
III.1.2.2. Transmission d’origine animale ou zoophile
III.1.2.3. Transmission d’origine tellurique ou géophile
III.2. Levures
III.2.1. Le genre Candida
III.2.1.1. Morphologie
III.2.1.2. Mode de contamination
III.2.2. Le genre Malassezia
III.2.2.1. Morphologie
III.2.2.2. Mode de contamination
III.2.3. Le genre Trichosporon
III.2.3.1. Morphologie
III.2.3.2. Mode de contamination
III.3. Moisissures
III.3.1. Le genre Fusarium
III.3.1.1. Morphologie
III.3.1.2. Mode de contamination
III.3.2. Autres moisissures impliqués dans les mycoses superficielles
IV. Diagnostic au laboratoire
IV.1. Le prélèvement
IV.1.1. Prélèvement sur les lésions cutanées
I.1.2.1. Prélèvement sur les ongles
IV.1.2. Prélèvement au niveau du cuir chevelu
IV.1.3. Prélèvement sur les lésions associées
IV.2. Examen direct
IV.3. Culture mycologique
IV.4. Identification et interprétation des cultures
V. Traitement antifongique des mycoses superficielles
V.1. Définition d’un antifongique
V.2. Les différentes familles d’antifongiques et leur mécanisme d’action
V.3. Classification et propriété des antifongiques
V.3.1. Antifongiques d’origine naturelle
V.3.1.1. La griséofulvine
V.3.1.2. Les polyènes
V.3.2. Antifongiques d’origine synthétiques
V.3.2.1. Les dérivés azolés
V.3.2.2. La terbinafine
V.3.2.3. L’amorolfine
V.3.2.4. La ciclopiroxolamine et le ciclopirox
VI. Prophylaxie ou prévention des mycoses superficielles
VI.1. La prévention des mycoses cutanées
VI.2. La prévention des onychomycoses
DEUXIÈME PARTIE : TRAVAIL EXPÉRIMENTAL
I. Cadre d’étude
I.1. Le CHU Aristide Le Dantec (HALD)
I.2. Le laboratoire de Parasitologie-Mycologie (LPM) de HALD
II. Période et type d’étude
III. Population d’étude
III.1. Critères d’inclusion
III.2. Critères de non inclusion
IV. Matériels et Méthodes
IV.1. Matériels de l’étude
IV.1.1. Matériels classiques de laboratoire
IV.1.2. Matériels d’isolement, d’identification et de conservation
IV.2. Méthodes de l’étude
IV.2.1. Méthodes d’isolement et d’identification des champignons au LPM/HALD
IV.2.1.1. Interrogatoire
IV.2.1.2. Prélèvement
IV.2.1.3. L’examen direct
IV.2.1.4. Culture
IV.2.1.5. Préparation des cultures pour l’identification
IV.2.1.6. Identification
IV.2.2. Collecte rétrospective des informations
IV.2.3. Analyse statistique
V. Résultats
V.1. Caractéristiques de la population
V.2. L’incidence hospitalière des mycoses superficielles et son évolution selon les années d’étude
V.3. Répartition des mycoses superficielles selon les données sociodémographiques
V.4. Distribution des mycoses superficielles selon les aspects cliniques
V.5. Résultats mycologiques
VI. Discussion
CONCLUSION
REFERENCES

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