Méthodes d'isolement et d'identification des champignons

MYCOTOXINES ET MYCOTOXINOGENESE

Triage

Le café vert obtenu est ensuite soumis aux triages, granulométrique densimétrique et colorimétrique. Le classement granulométrique permet d’obtenir des grains de même taille, ce qui facilite les triages suivants, la torréfaction, et l’élimination des défauts qui sont concentrés dans les catégories inférieures.
Le triage densimétrique permet d’éliminer les fèves les plus légères (piquées, malformées, avortées, etc…), les brisures, les morceaux d’enveloppe, les grains non décortiqués, les pierres, etc. Cette opération est pratiquée à l’aide de « catadors », machines qui font un nettoyage par flux d’air ou, mieux, de tables densimétriques.
Le triage colorimétrique permet de séparer les grains qui ont une couleur indésirable (grains noirs, blancs ou bruns). Le triage colorimétrique peut être manuel ou avec une machine électronique qui projette une lumière sur les grains. Le triage électronique est une technique colorimétrique basée sur la mesure de la différence de réflectance entre le grain et une référence. L’utilisation de deux longueurs d’onde différentes permet d’éliminer des grains de couleurs différentes (fermentés ou pourris) qui donnent des mauvais goûts au café (Full et al., 1999).

Stockage

Le café est stocké avant d’être torréfié ; ce dernier stade demande beaucoup de précautions pour que la denrée conserve toute sa qualité et donne une boisson aromatisée (Petraco, 2001). Pour garantir une bonne conservation du café, il est nécessaire de stocker un café bien sec avec un degré d’humidité faible (11-13%, environ 0,55-0,65 d’humidité relative à l’équilibre) et uniformément réparti, conditions dans lesquels il n’y a pas croissance microbienne. Des travaux dans un système modèle ont montré que l’eau pouvait être rapidement redistribuée en phase gazeuse dans une masse de grains de café verts (Frank, 2001).

Torréfaction

La torréfaction est une opération qui consiste à amener avec rigueur le grain de café vert au juste degré de grillage souhaité, soulignant ainsi les qualités principales du café : arôme, couleur et corps. Cette transformation du café est menée sous l’effet de la chaleur. Des réactions chimiques se développent, accompagnées de modifications morphologiques (destruction des acides chlorogéniques, changement de couleur et augmentation du volume des grains).
La torréfaction se fait par chauffage direct, par chauffage indirect ou par fluidisation dans un courant d’air chaud. Le chauffage indirect est le procédé le plus utilisé dans l’industrie du café. Au cours de la torréfaction, on distingue deux phases : la première phase correspond au séchage (température des grains aux environs de 100°C). Au cours de cette phase, les réactions sont endothermiques. La seconde phase appelée torréfaction est exothermique (température du grain comprise entre 160 et 260°C). C’est elle qui provoque les réactions de dégradation et de polymérisation de certains composés précurseurs d’arômes (Illy et Viani, 1998). Les réactions génèrent du gaz carbonique et des composés volatils. Les réactions endothermiques se font aux environs de 210°C. C’est lors de cette phase qu’on peut entendre le craquement des grains de café dû à la pression interne. C’est la fin de la torréfaction.Cette étape doit être suivie rapidement d’un refroidissement afin d’arrêter la torréfaction au degré voulu et d’éviter un grillage important qui détériorerait les arômes (Guyot, 1993).

La boisson

Le café boisson se présente sous différentes formes, variant des solutions pures (ex. café filtré) aux émulsions (ex. café par décoction) et aux fortes suspensions (ex. le café style turc). L’effervescence, quand elle est présente, se traduit par la formation de bulles de gaz. La formation en surface d’une couche de mousse est due à la matière grasse (expresso). Un certain nombre d’additifs peuvent être ajoutés à la boisson basique, lesquels sont dispersés dans une phase homogène (ex. le sucre) et quelque fois donnent un système multiphasé (ex. du lait dans le capuccino).La FAO estime qu’environ un quart des récoltes de la planète est susceptible d’être contaminée par les mycotoxines (FA0, 2006). Une fois contaminées, les denrées alimentaires peuvent difficilement être débarrassées de ces toxines. Les procédés de conservation (stérilisation, pasteurisation, lyophilisation, congélation…), s’ils agissent sur les moisissures, ne détruisent pas ou très peu la plupart des mycotoxines. D’où l’intérêt que nous portons à ces métabolites.

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Table des matières

INTRODUCTION GENERALE
REVUE DE LA LITTERATURE
I. LE CAFE
I.1 Eléments botaniques, écologiques et répartition géographique
I.2. Structure de la graine de café
I.3. Valeur nutritive et propriétés Thérapeutiques du café boisson
I.4. Importance économique du café
I.5. La microflore du café
I.6. Les traitements post-récoltes
I.7. La boisson
II. MYCOTOXINES ET MYCOTOXINOGENESE
II. 1. Les mycotoxines
II.2. Mycotoxicogénèse
III. L’OCHRATOXINE A
III.1. Structure chimique et propriétés physico-chimiques
III.2. Toxicologie de l’OTA
III.3. L’OTA dans les aliments
III.4. Présence d’OTA dans le café en fonction de son origine
III.5. Moisissures produisant de l’OTA dans le café
III.6. Facteurs de développement et de toxinogénèse
III.7. Législation sur l’OTA
IV. TRAÇABILITE
IV.1. Définition
IV.2. Enjeux
IV.3. Intérêt de la traçabilité
IV.4. La traçabilité agroalimentaire
IV.5. La géotraçabilité
IV.6. Biomarqueurs
IV.7. Méthodes d’analyse de la biodiversité microbienne
IV.8. Les acides nucléiques et les techniques de biologie moléculaire utilisées en communauté microbienne
IV.9. La méthode de PCR-DGGE
MATERIEL ET METHODES
I. MATERIEL
I.1.Le Café
I.2. Souches fongiques
II. METHODES
II.1. Echantillonnage
II.2. Dosage de l’OTA dans le café
III. Méthodes d’isolement et d’identification des champignons
III.1. Milieux de culture utilisés pour l’isolement et l’étude des caractères phénotypiques
III.2. Isolement des moisissures
III.3. Identification des moisissures
IV. DETERMINATION DU PROFIL FONGIQUE PAR PCR-DGGE
IV.1. Extraction direct de l’ADN des moisissures présentes sur le café et amplification par PCR
IV.2. Électrophorèse en gel d’acrylamide avec gradient dénaturant (DGGE)
RESULTATS ET DISCUSSION
I. TENEUR EN OTA DES GRAINS DE CAFE
I.1. Degré de contamination par l’OTA
I.2. Discussion
I.3. Conclusion partielle
II. ISOLEMENT ET IDENTIFICATION DES MOISISSURES
II.1. Campagne caféière 2009
II.2. Campagne caféière 2010
II.3. Discussion
II.4. Analyses en composantes principales des deux campagnes caféières
II.5. Conclusion partielle
III. EVALUATION DE LA MYCOFLORE PAR PCR-DGGE
III.1. Vérification de la qualité de l’ADN extrait
III.2. Amplification des ADN extraits par Réaction de Polymérisation en Chaîne (PCR)
III.3. Application de l’Électrophorèse en gel d’acrylamide avec gradient dénaturant (DGGE) à l’analyse des moisissures
III.3. Discussion
III.4. Conclusion partielle
IV. APPLICATION DE LA PCR-DGGE A LA DETERMINATION DE L’ORIGINE GEOGRAPHIQUE DU CAFE
IV. 1. Influence des sites et des traitements sur le profil DGGE
IV. 2. Discussion
IV. 3. Conclusion partielle
CONCLUSION GENERALE
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES