Mécanisme d’acquisition de la résistance aux antibiotiques

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L’épaississement

L’épaississement donne des boues liquides. Il peut se faire par simple décantation statique (gravité), par égouttage ou par flottation c’est à dire par insufflation d’air. Cette dernière technique, qui maintient les boues en aérobie, est plus souvent mise en oeuvre sur des boues de déphosphatation biologique pour éviter le relargage de P (phosphore) anaérobie.

Le filtrage sur filtre à presse

Le filtre à bandes presseuses, très répandu fonctionne en trois temps: floculation avec des polyélectrolytes, drainage de la boue floculée (qui provoque un épaississement rapide de la boue), et pressage de la boue drainée. Ce traitement permet d’obtenir des résultats satisfaisants sur la grande majorité des boues organiques.

La centrifugation

La centrifugation permet une bonne séparation des solides sur des boues très difficiles (boues très  organiques), avec un travail en continu et une surveillance réduite des machines .

Le séchage en vapeur d’eau surchauffée

Le principe du séchage thermique est basé sur l’évaporation de l’eau interstitielle contenue dans les boues, et donc sur son élimination. Il conduit à des boues semi- déshydratées (GUIVARCH, 2001).
La raréfaction des ressources en eau et la dégradation de leur qualité est un défi majeur pour le XXIe siècle. Afin de préserver la qualité des masses d’eau et pour diminuer les prélèvements dans le milieu naturel, il convient de chercher des approvisionnements alternatifs. La réutilisation des eaux usées épurées, peut constituer l’un de ces approvisionnements.

Réutilisation des eaux usées

Près du dixième de la population mondiale consommerait des aliments produits en utilisant des eaux usées (SCOTT et al., 2004). En fonction des exigences de qualité des consommateurs, deux grandes classes de réutilisation peuvent être définies :
– Les usages potables qui peuvent être directs, après un traitement poussé, ou indirects, après passage dans le milieu naturel.
– Les usages non potables dans les secteurs agricoles (irrigation), industriel et urbain (LANDREAU, 1982).

Réutilisation pour un usage alimentaire (eau « potable »)

Le progrès technologique du métier de l’eau permet de produire une eau de très bonne qualité, même à partir des eaux usées. Toutefois, les principales contraintes pour ce type d’usage sont psychologiques et culturelles associées à la perception de l’eau usée comme dangereuse et malsaine. De ce fait, la tendance principale aujourd’hui est l’usage indirect, après un séjour temporaire de l’eau usée traitée dans le milieu naturel (voir figure 1) (LAZAROVA, 1998).

Les usages non potables dans les secteurs agricoles (irrigation), industriel et urbain

L’agriculture urbaine et périurbaine

La problématique de la réutilisation des eaux usées en Afrique de l’ouest se présente différemment en fonction de la disponibilité de la ressource en eau. En effet, la situation n’est pas la même dans les pays côtiers et dans les pays sahéliens où la ressource en eau est plutôt rare, et où les eaux usées constituent plutôt un atout et une ressource à mettre à profit dans un contexte de pauvreté urbaine. Dans la ville de Dakar, 180 000 m3 d’eaux usées sont rejetées tous les jours. Sur cette quantité, seule une faible part est réutilisée dans l’agriculture urbaine.
Comme dans la plupart des grandes villes, Dakar n’échappe pas à la règle. Des études récentes menées dans la zone périurbaine de Dakar ont montré que la population a développé une stratégie locale qui s’est traduite par une utilisation des eaux usées comme source d’eau d’arrosage (CREPA., 2002).

Le secteur industriel

Les secteurs les plus grands consommateurs en eau sont les centrales thermiques et nucléaires (eau de refroidissement) et les papeteries (LAZAROVA, 1998). A Dakar, les eaux usées traitées sont surtout utilisées par les entreprises de bâtiment et travaux publics (BTP) pour les travaux de terrassement (www.aps.sn/spip.phparticle29084).
En somme, la réutilisation des eaux usées urbaines rejetées se présente comme une alternative assez intéressante pour résoudre le problème de la disponibilité en eau de boisson ou d’irrigation. Les avantages liés à cette pratique ne sont plus à démontrer, malheureusement, il en est de même des risques sanitaires connexes. Les micro-organismes (virus, bactéries, protozoaires et helminthes) constituent le principal danger sanitaire pour la réutilisation des eaux usées épurées. Parmi ces micro-organismes nous traiterons dans le deuxième chapitre l’espèce E. coli et plus particulièrement les Escherichia coli enterohémorragiques (EHEC) qui sont considérés actuellement comme des pathogènes émergents en santé publique.

les Escherichia coli

Taxonomie

Escherichia coli, l’une des premières espèces bactériennes étudiées par les scientifiques a été isolée pour la première fois en 1885 dans les selles de nourrissons par le pédiatre allemand Theodor Escherich qui lui donna le nom de bacille Bacterium coli commune (ESCHERICH, 1885). En 1919, pour rendre hommage aux travaux d’Escherich, Castellani et Chambers ont renommé la bactérie Escherichia coli (GRIMONT, 1987). Le genre Escherichia appartient à la famille des Enterobacteriaceae du fait de leur isolement fréquent du tube digestif de l’homme et /ou de fèces des mammifères (GREATOREX et THORNE, 1994). Les genres appartenant à cette famille sont des bacilles à gram négatif, ne possédant pas d’oxydase, aéro-anaérobies facultatifs et parfois mobiles grâce à une ciliature péritriche. Le genre Escherichia coli est constitué de 5 espèces : E. coli ; E.blattae ; E.fergusonii ; E.hermannii et E.vulneris dont les principaux critères différentiels de 4 d’entre elles sont présentés dans le (Tableau 1) (EUZEBY, 2007).

L’espèce Escherichia coli

Escherichia coli représente une espèce bactérienne très étudiée. Il existe de nombreuses différences entre les souches de cette même espèce . On peut distinguer trois grands groupes d’E. coli : des bactéries commensales, des bactéries pathogènes « intestinales » (les E. coli Enterohémorragiques (EHEC), les E. coli Entérotoxinogènes (ETEC), les E. coli Entéropathogènes (EPEC), les E. coli Entéroaggrégatifs (EAEC), les E.coli Entéroinvasifs (EIEC) et les E.coli à adhésion diffuse (DAEC)) et enfin le groupe des bactéries pathogènes « extraintestinales » (les E. coli uropathogènes (UPEC) et E. coli responsables du méningite chez le nouveau-né (NMEC) (CROXEN et FINLAY, 2010) (figure 2). Les premières sont des colonisatrices intestinales et ne présentent aucun danger pour leur hôte, celles du deuxième groupe provoquent des maladies intestinales (diarrhée, diarrhée hémorragique…) et les ExPEC (UPEC et NMEC) sont responsables de troubles au niveau de nombreux sites extra-intestinaux (RUSSO and JOHNSON, 2000).

Les EHEC « Enterohaemorrhagic E.coli »

Définition

Les souches EHEC sont des souches pathogènes pour l’homme. Elles ont été isolées chez des individus malades, qui présentaient des colites hémorragiques ou le syndrome hémolytique et urémique (SHU) typique post diarrhée particulièrement observé chez les jeunes enfants et chez les personnes âgées (AFSSA, 2008). Les souches, isolées chez ces patients, possèdent des facteurs de virulence, codés par des gènes de virulence, à l’origine de symptômes. Elles possèdent le gène stx qui code pour une Shiga-like toxine et elles possèdent le plus souvent le gène eae.
Les souches d’E.coli possédant le gène stx qui code pour une toxine sont qualifiées de STEC, tandis que les souches d’E.coli qui possèdent l’îlot chromosomique LEE, responsable des lésions d’attachement/effacement (A/E), sur lequel se trouve le gène eae sont qualifiées d’AEEC (figure 3). Parmi les AEEC, les souches responsables de diarrhées chez l’homme sont les EPEC. Il faut souligner que toutes les souches STEC et AEEC ne sont pas forcement pathogènes (VERNOZY-ROZAND et al., 2003).

Classification des EHEC

La classification des EHEC s’est faite en se basant sur les travaux de KAUFFMAN en 1947 mettant en évidence trois antigènes de surface : l’antigène somatique lipopolysaccharidique O, l’antigène flagellaire H et dans une moindre mesure l’antigène capsulaire polysaccharidique K. En complément du sérotype O157:H7 qui est le plus fréquemment retrouvé, les EHEC comptent 4 autres sérogroupes majeurs, classés ici selon leur importance décroissante : O26, O145, O103 et O111(ANONYME, 2007).
On parle «d’EHEC typique » et « d’EHEC atypique ». Les « EHEC typiques » sont considérés comme des souches capables de produire un ou deux types antigéniques de shiga-toxines (Stx1, Stx2) et possédant le locus chromosomique LEE qui porte le gène eae codant pour l’intimine. Ces EHEC possèdent également le plasmide EHEC de 60-MDa (LEVINE, 1987) (figure 4).
Les « EHEC atypiques » sont quant à eux des souches STEC qui ne produisent pas de lésion d’attachement et d’effacement et/ou ne possèderaient pas le plasmide EHEC. Les EHEC atypiques ne possèdent donc pas le gène eae mais possèdent au moins un des gènes stx1/stx2 (NATARO and KAPER, 1998).

Critères d’identification des « EHEC majeurs »

Sur la base de ces études, l’Agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA, 2008) a proposé une liste de souches EHEC typiques possédants des critères immunologique, génétique et biochimique (tableau 2).

les critères immunologiques:

– L’antigène somatique lipopolysaccharidique correspond à l’endotoxine des bactéries à Gram négatif. Il est composé de lipopolysaccharides (LPS) complexes, très toxiques, capables de provoquer dans l’organisme humain fièvre, leucopénie, bradycardie, hypotension et choc, coagulation intra-vasculaire disséminée et mort. Il est constitué d’une mosaïque d’antigènes dont certains sont des constituants communs à toutes les entérobactéries et d’autres, des constituants spécifiques de chaque espèce.
– L’antigène H n’est pas toxique. De nature protéique, il est constitué comme l’antigène O d’une mosaïque d’antigènes avec des constituants communs à toutes les entérobactéries mobiles et des constituants spécifiques à chaque espèce.
– Dans une moindre mesure l’antigène capsulaire K de nature polysaccharidique.
Plusieurs tests basés sur les critères immunologiques sont utilisés dans la détection des E. coli O157:H7
– Les Tests conventionnels ELISA/ELFA en microplaques
Après une phase d’enrichissement le plus souvent de 24 heures c’est une méthode qui donne des résultats au bout de 2 heures. Le principe consiste à une fixation des anticorps spécifiques d’E.coli O157 au fond des puits de microplaques. Puis l’aliquote du bouillon d’enrichissement est déposé dans ces puits. Après incubation et une série de lavages, un anticorps « révélateur » anti-O157 est ajouté pour détecter le couple anticorps-bactéries. Ce deuxième anticorps est couplé à une enzyme qui permet une révélation colorimétrique.
– Test en « une étape » immuno-chromatographique
C’est aussi une méthode qui donne un résultat en 15 minutes après la phase d’enrichissement. Le principe consiste à l’imprégnation d’une membrane de particules d’or ou de latex recouvertes d’anticorps spécifiques d’E.coli O157 :H7 tout cela soutenu par un support plastique, contenant un puits pour l’échantillon et une fenêtre de test et de contrôle. Le plus souvent 100µl de bouillon d’enrichissement est placé dans le puits où on doit mettre l’échantillon alimentaire qui diffuse le long de la membrane jusqu’à atteindre la zone test contenant l’anticorps anti-O157. Un test positif traduisant la présence d’E.coli O157 dans l’aliment se caractérise par l’apparition d’une ligne colorée dans la fenêtre test, après 10 à 20 minutes.
– Tests immunologiques automatisés
Ces tests sont nombreux, parmi lesquels on a choisi ceux validés par l’AFNOR pour la détection d’E. coli O157: H7 en France à savoir le système VIDAS ECO (ISO en 16141) et la technique de séparation immuno-magnétique (IMS) (ISO en 16654).
 La technique de séparation immuno-magnétique est une méthode qui utilise des particules magnétiques couvertes d’anticorps spécifiques de l’organisme ciblé ajoutées à l’échantillon d’aliment à analyser. Par le biais d’un aimant, l’organisme cible est capturé à la surface des particules magnétiques et l’ensemble est retiré de l’échantillon. Ensuite les organismes cibles sont séparés par centrifugation des débris alimentaires et des micro-organismes qui peuvent interférer avec les différents systèmes de détection. Après enrichissement, les billes sont généralement mises en culture sur des milieux sélectifs et les colonies caractéristiques sont ensuite confirmées à l’aide de tests biochimiques (galeries API, BioMerieux) et immunologiques (test d’agglutination latex O157, Recherche des Shiga-toxines par ELISA),
 La méthode VIDAS ECO consiste à un double enrichissement de l’échantillon alimentaire qui est réalisé dans du mTSB (modified Trypticase Soya Broth) pendant 6h à 42°C puis dans du bouillon MacConkey au sorbitol pendant 24h à 37°C. Une aliquote du bouillon d’enrichissement est ensuite analysée par le système VIDAS ECO. Lors d’une réponse positive avec ce système, une immunoconcentration est réalisée avec le système VIDAS ICE. Ce kit VIDAS ICE est composé des mêmes éléments que le kit VIDAS ECO (cône et barrette). Le cône est recouvert d’anticorps anti-O157 qui permettent de capturer les bactéries cibles qui sont ensuite relarguées sous forme d’un immunoconcentrat et peuvent être isolées sur des géloses spécifiques. Les colonies suspectes font, là encore, l’objet de confirmation (agglutination latex O157, identification de l’espèce, recherche de l’antigène H7, production de Shiga-toxine(s)).

les critères génétiques

La majorité des souches retrouvées dans des cas de pathologies humaines et responsables de symptômes typiques des souches EHEC possèdent au moins un des gènes codant pour une Shiga-toxine (Stx1/Stx2) ainsi que le gène eae codant pour l’intimine, responsable des lésions d’attachement et d’effacement des entérocytes. Il existe des variants de l’intimine dû à un domaine C – terminal peu conservé. D’après les études épidémiologiques, les types d’intimine correspondant aux sérotypes les plus incriminés sont les suivants, eae-α, eae-β, eae-ε, eae-ζ, eae-δ. Le typage de l’intimine nous renseigne sur l’origine humaine ou animale de cette protéine. En effet, une intimine alpha sera caractéristique d’une souche EHEC humaine classique tandis qu’une intimine bêta sera caractéristique d’une souche EHEC animale (OSWALD et al., 2000).

les Critères biochimiques

A la différence de la fermentation du sorbitol et de l’activité β-glucuronidase la plupart des réactions biochimiques d’E.coli O157:H7 sont typiques des E.coli (LINGWOOD et al., 1987). Environ 93% des souches d’E.coli isolées chez l’homme fermentent le sorbitol en 24 heures par contre E.coli O157: H7 ne le fermente pas (NEAVES et al., 1994). De ce fait l’incapacité à fermenter le sorbitol a permis la mise au point d’un milieu particulier pour l’isolement d’E.coli O157: H7; la gélose Mac Conkey au sorbitol (SMAC) (OKREND et al., 1990). E.coli O157: H7 étant β-glucuronidase négatif et sorbitol négatif forme des colonies blanches tandis que les colonies sorbitol négatives et β-glucuronidase positives virent au vert ou au bleu (TESH et al., 1991).

Facteurs de virulence et pouvoir pathogène des EHEC

Les Shiga-toxines

Les EHEC sont caractérisés par leur capacité à produire une ou plusieurs toxines responsables de l’essentiel des signes cliniques observés. Anciennement appelée vérotoxine du fait de sa toxicité sur les cellules Véro (cellules rénale du singe vert d’Afrique Cercopithecus aethiops sabaeus), la toxine présente une certaine homologie avec la toxine de Shigella dysenteriae type 1 ce qui est à l’origine de son appellation actuelle Shiga-toxines (ST) ou Shiga-like toxines(SLT) (O’BRIEN et al., 1982; STROCKBINE et al., 1988).

Structure et mécanisme d’action

Les shiga-toxines sont des hétéropolymères de 70 KDa et possèdent deux sous unités, une sous unité A de 33 KDa et 5 sous unités B de 7.7KDa. Les toxines Stx1 et Stx2 sont composées de deux sous unités, A et B qui sont liées entre elles. Les sous unités A de ces deux toxines présentent 55% d’homologie au niveau de leur séquence nucléotidique et les sous unités B présentent 57% d’homologie.
– La sous unité A (pour activity) est organisée en deux peptides, A1 et A2. Ces deux peptides sont liés par un pont dissulfure. Le peptide A1 possède une activité enzymatique et le peptide A2 permet de lier le peptide A1 à la sous unité B (pour binding).
– La sous unité B, pentamérique, est elle-même constituée de cinq sous unités. Ces sous unités, assemblées en anneau, permettent la fixation de la toxine sur un glycolipide membranaire spécifique, le globotriosylcéramide (Gb3) qui est présent à la surface des cellules eucaryotes (LINGWOOD et al., 1987). Une fois la toxine fixée sur le récepteur, elle est internalisée par endocytose dans la cellule cible. Ensuite, elle est transportée vers l’appareil de Golgi puis vers le réticulum endoplasmique.
La sous unité A est scindée en deux parties A1 et A2 par réduction du pont disulfure. La partie A1 ainsi activée est transloquée dans le cytoplasme où elle agit sur la sous unité ribosomale 60S. En effet, elle exerce une activité N-glycosidase sur l’adénosine située en position 2348 de l’ARN ribosomal 28S qui se traduit par l’inhibition de la synthèse protéique. La sous unité 60S du ribosome n’est alors plus capable d’interagir avec les facteurs d’élongation EF1 et EF2, ce qui conduit à l’arrêt des synthèses protéiques et finalement à la mort cellulaire (NATARO et KAPER, 1998).

Facteurs responsables des lésions d’attachement et d’effacement (A/E)

Les lésions A/E

Les EHEC sont connus par leur capacité à provoquer des lésions d’attachement/d’effacement des entérocytes. En effet, elles se caractérisent par une disparition des microvillosités intestinales au niveau des zones de contact entre la bactérie et la cellule cible (DONNENBERG et al., 1993). Ceci est dû à une dépolymérisation des filaments d’actine constituant les villosités, ce qui entraine une accumulation suivie d’une repolymérisation et la formation d’un piédestal sur lequel les bactéries peuvent s’enchâsser de façon étroite (structure pouvant s’allonger jusqu’à 10µm ressemblant à un pseudopode) (NATARO and KAPER, 1998).

Le LEE

Les gènes nécessaires à ces lésions (A/E) sont localisés sur un îlot génomique de pathogénicité appelé le LEE (Locus d’ Effacement des Entérocytes). Il est composé de trois régions fonctionnelles :
– La région 5’ code pour plusieurs protéines de régulation et de structure du système de sécrétion de type III (SST3)
– La région centrale code à la fois pour l’intimine et pour son récepteur Tir (Translocated intimin receptor), transloqué dans la cellule cible
– La région 3’ code pour d’autres effecteurs bactériens et d’autres protéines structurales impliquées dans la translocation (JUNKAL GARMENDIA et al., 2005).

L’intimine

C’est une protéine de membrane externe de 94 kDa. La fonction « adhésion » de l’intimine est assurée par les 280 acides aminés situés en C-terminal (FRANKEL et al., 1998; JERSE et KAPER, 1991) (figure 5). L’intimine est codée par le gène eae (pour « E. coli attaching and effacing ») au niveau du LEE 5.
(a)- Adhésion initiale d’une souche EHEC (représentée en rose) aux microvillosités intestinales (représentées en gris). (b)- Mise en place des composants de la seringue moléculaire (représentée en bleu) du SSTT(système de sécrétion de type III), l’intimine, et son récepteur cellulaire le Tir . (c)- Adhésion intime de la bactérie à la cellule hôte et lésion d’A/E.

Epidémiologie des affections liées aux EHEC

Les premiers EHEC sont apparus en 1982 lors de deux épidémies de colites hémorragiques sévères, aux Etats-Unis (Oregon puis Michigan), après la consommation de hamburgers insuffisamment cuits provenant d’une chaîne de restauration rapide. Une souche d’Escherichia coli d’un nouveau sérotype O157 :H7 a été mise en évidence dans les selles des malades et dans la viande de bœuf d’où provenaient les hamburgers.
Plusieurs épidémies importantes dues aux EHEC sont survenues notamment à Washington en 1993 liées à la consommation de hamburgers avec 501 malades, 45 SHU et 3 décès, en Ecosse en 1996 liées à de la viande de bœuf avec 137 malades et 10 décès ou encore au Japon en 1996 liée à des radis blanc avec 9451 malades et 12 décès. Aussi, les EHEC sont considérés dans les pays industrialisés comme pathogènes émergents en santé publique.
Récemment, en France, deux toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) ont été détectées, une première en décembre 2000, liée à E. coli O157 : H7 (10 cas) (HAEGHEBAERT et al., 2002) et une seconde en juin 2002, liée à E. coli O148:H8 , incriminant de la viande de mouton (ESPIE et LECLERC, 2003). De plus, 2 épidémies de SHU ont eu lieu en 2005, elles avaient une origine alimentaire (steak haché congelé et fromage au lait cru) (VERNOZY-ROZAND et al., 2003).
Au Sénégal, à l’état actuel des connaissances, aucun cas d’EHEC n’a été déclaré.

Réservoir

Les ruminants et notamment les bovins sont considérés à l’heure actuelle comme le réservoir principal d’EHEC. Néanmoins, ces bactéries ont été retrouvées dans l’intestin de nombreuses autres espèces animales (porcs, chevaux, petits ruminants, volailles, chiens, chats, mouettes, cerfs.…). Le portage et l’excrétion de souches EHEC par les ruminants domestiques sont, le plus souvent, asymptomatiques, ce qui ne facilite pas le dépistage des animaux porteurs de souches EHEC qui peuvent alors entrer dans la chaîne alimentaire (LOUKIADIS, 2007) .

Mode de transmission

Les principaux modes de transmission des infections à EHEC à l’homme sont la consommation d’aliments contaminés, la transmission de personne à personne, l’ingestion d’eau contaminée et le contact avec des animaux (notamment les bovins) (GRIFFIN et al., 2000) (figure 6).

Transmission alimentaire

La consommation d’aliments contaminés est la voie principale de transmission. Parmi les aliments contaminés on peut citer :
des produits carnés : principalement de la viande de bœuf, mais aussi des produits transformés à base de porc ou de la viande de cerf (VAILLANT et ESPIE, 2002) ;
du lait et des produits laitiers non pasteurisés (ALLERBERGER et al., 2001) ;
des légumes crus (salade, radis, etc.) (BREUER et al., 2001) ;
du cidre et du jus de pommes non pasteurisés (HILBORN et al., 2000).
La consommation d’aliments contaminés de manière croisée à partir de viande de bœuf hachée crue, notamment lorsque le personnel de cuisine ne se lave pas les mains après avoir touché la viande, a aussi été rapportée (NATARO et KAPER, 1998).

Transmission inter- humaine

La transmission de personne à personne s’effectue par voie oro-fécale, les épidémies faisant intervenir une transmission de personne à personne sont confinées dans les établissements de soins aux jeunes enfants, aux personnes âgées et aux personnes présentant des déficiences physiques ou mentales à cause des pratiques d’hygiène individuelle moins développées qu’en population générale. La très faible dose infectante peut faire craindre un fort taux de transmission de personne à personne parmi les cas sporadiques (PARRY et SALMON, 1998).

Transmission hydrique

La consommation d’eau de puits, d’eau douce privée et d’eau de distribution non traitées ainsi que l’ingestion accidentelle d’eau lors de baignade dans un lac ou toute autre étendue d’eau (y compris les piscines) ont été à l’origine de cas d’infections humaines dues aux EHEC (CAPRIOLI et al., 2005 ).

Contact avec les animaux et leur environnement

Le contact direct avec des animaux de ferme ou avec leurs déjections peut être à l’origine de cas isolés, sporadiques ou d’épidémies. En Suède, en 1997, une exploitation laitière a été impliquée dans un cas d’infection à STEC. La même souche a été isolée sur un échantillon fécal de la personne malade et des bovins. La visite occasionnelle de fermes a été associée à de nombreux cas d’infections sporadiques à O157 en Angleterre (O’BRIEN, 2001).

Table des matières

INTRODUCTION
Première partie : Synthèse bibliographique
Chapitre I : Les eaux usées
I-1-Définition des eaux usées
I-1-1-les eaux usées domestiques
I-1-2-les eaux usées industrielles
I-1-3-les eaux usées urbaines
I-1-4-les eaux pluviales
I-2-Traitement des eaux usées
I-2-1-Les procédés physico-chimiques
I-2-1-1- La décantation
I-2-1-2- La coagulation et la floculation
I-2-1-3- La flottation
I-2-2-Les procédés biologiques
I-2-2-1- Elimination du carbone
I-2-2-2- Elimination de l’azote
I-2-2-3- Le traitement des boues
I-2-2-3-1- Réduction du pouvoir fermentescible ou stabilisation
I-2-2-3-2- La réduction du volume
I-3- Réutilisation des eaux usées
I-3-1-Réutilisation pour un usage alimentaire (eau « potable »)
I-3-2- Les usages non potables dans les secteurs agricoles (irrigation), industriel et urbain
I-3-2-1- L’ agriculture urbaine et périurbaine
I-3-2-2- Secteur industriel
Chapitre II: les Escherichia coli
II-1-Taxonomie
II-2-L’espèce Escherichia coli
II-2-1- Les EHEC « Enterohaemorrhagic E.coli »
II-2-1-1- Définition
II-2-1-2- Classification des EHEC
II-2-1-3- Critères d’identification des EHEC majeurs
II-2-1-3-1- les critères immunologiques
II-2-1-3-2- les critères génétiques
II-2-1-3-3- les critères biochimiques
II-3-Facteurs de virulence et pouvoir pathogène des EHEC
II-3-1-Les Shiga – toxines
II-3-1-1- Structure et mécanisme d’action
II-3-2-Facteurs responsables des lésions d’attachement et d’effacement (A/E)
II-3-2-1- les lésions A/E
II-3-2-2- le LEE
II-3-2-3- l’intimine
II-4-Epidémiologie des affections liées aux EHEC
II-4-1- Réservoir
II-4-2-Mode de transmission
II-4-2-1- Transmission alimentaire
II-4-2-2- Transmission inter-humaine
II-4-2-3- Transmission hydrique
II-4-2-4- Contact avec les animaux et leur environnement
Chapitre III : RESISTANCE DES E. COLI AUX ANTIBIOTIQUES
III-1-Définition de la résistance bactérienne
III-1-1-La résistance naturelle
III-1-2-La résistance acquise
III-2-Mécanismes de résistance aux antibiotiques
III-2-1-Mécanismes biochimiques
III-2-1-1-Modification de la perméabilité de la membrane externe
III-2-1-2-Modification de la cible ou substitution
III-2-1-3- Synthèse d’enzymes d’inactivation de l’antibiotique
III-2-1-4- Efflux actif de l’antibiotique
III-2-2- Mécanismes Génétiques
III-2-2-1-Supports génétiques de la résistance
III-2-2-1-1-Les chromosomes
III-2-2-1-2- Les plasmides
III-2-2-1-3- Le transposon
III-2-2-1-4-Les intégrons
III-2-2-2-Mécanisme d’acquisition de la résistance aux antibiotiques
III-2-2-2-1- Mutation
III-2-2-2-2-Conjugaison
III-2-2-2-3-Transduction
III-2-2-2-4- La Transformation
III-3-Mise en évidence de la résistance par l’Antibiogramme
III-4 -Prévalence de la résistance des E. coli aux antibiotiques dans le monde
Deuxième partie : Etude expérimentale
Chapitre I : Matériel et méthodes
I-1- Contexte de l’étude
I-2- Caractéristiques des sites d’etude
I-2-1- Les abattoirs de Dakar
I-2-2- La station d’épuration urbaine de Cambérène
I-3- Démarche expérimentale
I-3-1- Réalisation des prélèvements d’effluents
I-3-2- Dénombrement et isolement de souches E.coli
I-3-2-1- Concentration des prélèvements
I-3-2-2- Dénombrement bactérien
I-3-2-3- Constitution d’une collection de souches
I-3-2-4- Recherche des souches d’E.coli porteuses des gènes eae, stx1 et stx2
– Extraction d’ADN à la soude..
– Recherche des gènes eae, stx1 et stx2 par PCR multiplexe
– Electrophorèse sur gel d’agarose
I-3-3- Realisation de l’Antibiogramme
I-3-3-1- Préparation de l’inoculum
I-3-3-2- Ensemencement de l’inoculum
I-3-3-3- Dépôt des disques chargés d’antibiotiques et incubation
I-3-3-4- Traitement desdonnées
Chapitre II : Présentation des résultats
II-1- Résultats du Dénombrement des Enterobacteries et E. coli
II-2- Résultats de criblage des gènes eae, stx1 et stx2
II-3- Résultats de l’antibiogramme
Chapitre III : Discussion et Recommandations
Conclusion Générale

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