Soutenance mémoire
MATIERES GRASSES DU LAIT
Paramètres génétiques laitiers des races Alpine et Saanen
Des estimations des paramètres génétiques laitiers aussi justes que possible étaient nécessaires pour optimiser au mieux le poids relatif accordé aux différents caractères dans le nouvel objectif de sélection.Les dernières estimations disponibles (Boichard et al., 1989) avaient été obtenues à partir d’un « modèle père » sur des données collectées entre 1982 et 1985. Les valeurs obtenues présentaient certaines caractéristiques inhabituelles relativement à la littérature disponible dans l’espèce caprine et dans d’autres espèces laitières. En particulier, les corrélations génétiques négatives entre les quantités de lait et les taux apparaissaient faibles. Ce point, particulièrement favorable à une sélection conjointe des quantités et des taux, et ainsi à l’introduction des matières grasses dans l’objectif de sélection caprin, méritait d’être vérifié. Nous avons donc souhaité réactualiser ces estimations à partir de données plus récentes et en utilisant un « modèle animal ».
Grâce à la progression de l’insémination artificielle (Leboeuf et al., 1998), des données plus récentes laissaient espérer un meilleur degré de connexion génétique entre cheptels.
Par ailleurs, le « modèle animal » présente de nombreux avantages relativement au « modèle père » : en permettant l’estimation des valeurs génétiques de tous les individus, mâles et femelles, à partir des données relatives à tous leurs apparentés, il s’avère plus performant qu’un « modèle père » où seuls les valeurs génétiques des mâles sont évaluées à partir de leurs seules filles et des mâles apparentés. Le modèle animal tient ainsi compte, en particulier, des accouplements raisonnés et des évolutions de la variabilité génétique au cours du temps (Boichard et al., 1992).
Matériels et méthodes
Les données
Les données de première lactation des chèvres Alpine et Saanen ayant mis bas entre le 1er septembre 1995 et le 31 août 1997 ont été extraites de la base nationale caprine du CTIG. Les performances de lactation pour les 5 caractères laitiers ont été calculées et corrigées à 250 jours selon les méthodes présentées dans la première partie.
Afin d’exclure les données atypiques, les données des chèvres âgées de plus de 30 mois à la mise bas n’ont pas été retenues. Afin d’assurer des connexions génétiques suffisantes entre les cheptels, les cheptels ayant moins de 5 chèvres ou moins de 15% de chèvres inséminées ont été exclus. Il est en effet recommandé d’exclure les cheptels les moins connectés lorsque l’on suspecte qu’il puisse y avoir des différences de niveau génétique entre cheptels et donc une confusion à leur échelle entre les effets d’environnement et les effets génétiques (Schaeffer, 1975 ; Diaz et al., 1985).
Les généalogies ont été retracées sur 3 générations. Les échantillons étudiés, probablement représentatifs du noyau de sélection, comprenaient ainsi 20 700 Saanen et 33 431 Alpines, avec respectivement 19 940 et 43 555 ancêtres connus.
Méthodes.
Des analyses bivariées ont été réalisées pour toutes les combinaisons des 5 caractères pris deux à deux (pour des raisons techniques, il n’était pas possible de réaliser une analyse simultanée des 5 caractères). Le modèle animal retenu pour ces 10 analyses était :
y = X β + Z u + e,
où y est la matrice des données (de dimension n * t, pour n animaux et t caractères), β est une matrice d’effets fixes (cheptel – année, année – âge à la mise bas, et année – mois de mise bas), u est la matrice des effets génétiques additifs aléatoires, X et Z sont les matrices des incidences correspondantes, et e est la matrice des effets résiduels aléatoires.
Les valeurs espérées des données sont définies comme :
E(y) = (I*X) β
où I est une matrice identité. Les valeurs espérées des effets aléatoires sont supposées nulles. Les matrices de covariance sont définies comme :
Var(u) = G*A, Var(e) = R*I, et Var(y) = G*ZAZ’ + R*I,
où * signale des produits de Kronecker, A est la matrice des parentés, et G et R sont les matrices de (co)variance entre les deux caractères considérés, respectivement pour les effets génétiques additifs et les résidus. Les covariances entre u et e sont supposés nulles.
L’âge à la mise bas est décrit en 7 classes (10, 11, 12, 13, 14, 15 à 18 et 19 à 30 mois) et le mois de mise bas est décrit en 6 classes (entre septembre et décembre, puis mois par mois de janvier à avril, puis entre mai et août).
Les composantes de (co)variance ont été estimées dans le logiciel VCE 4.2.5 par la méthode des maximum de vraisemblance restreinte (REML) multivariés basés sur des gradients analytiques (Neumaier et Groeneveld, 1998).
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Guide du mémoire de fin d’études avec la catégorie Effets du protocole AT4 |
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE. PRECISION DES PERFORMANCES ET DES INDEX ESTIMES A PARTIR DES DONNEES DU CONTROLE LAITIER ALLEGE.
I. MATERIEL ET METHODE
A. Données
B. Méthodes
I. Calcul des performances
II. Modèle d’estimation des index
III. Critères
II. RESULTATS
A. Qualité des performances estimées
I. Effets du protocole AT4
II. Effets de l’extrapolation des lactations en cours et des taux manquants sur la qualité des performances estimées en A4 ou en AT4
III. Effets des laits de mélange utilisés en A4
IV. Effets d’une correction des données AT4 par les coefficients Ki
B. Qualité des index estimés
I. Effets du protocole AT4
II. Recherche d’un modèle plus performant pour les données AT4
III. DISCUSSION
SECONDE PARTIE. PARAMETRES GENETIQUES LAITIERS DES RACES ALPINE ET SAANEN
I. MATERIELS ET METHODES
A. Les données
B. Méthodes
II. RESULTATS ET DISCUSSION
A. Variabilités génétiques
B. Corrélations entre caractères
TROISIEME PARTIE. INTRODUCTION DES MATIERES GRASSES DU LAIT DANS L’OBJECTIF DE SELECTION CAPRIN
I. METHODE
A. Description du schéma de sélection caprin
B. Modélisation du schéma de sélection caprin
C. Critères économiques
II. RESULTATS
III. LE CHOIX
CONCLUSION GENERALE
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
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