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Angine [21, 45, 48]
C’est une inflammation microbienne ou virale des amygdales et du pharynx. Ce syndrome concerne prioritairement l’enfant de plus de 2 ans et l’adulte de moins de 40 ans. La grande majorité des angines sont érythémateuses ou érythématopultacées. Les angines ulcéreuses et pseudomembraneuses sont beaucoup plus rares. Les angines érythémateuses et érythématopultacées sont causées par le streptocoque A dans 15 à 25 % des cas chez l’adulte et dans 25 à 50 % des cas chez l’enfant, notamment à l’occasion de phénomènes épidémiques. Les autres espèces bactériennes n’occupent pas de place quantitativement significative dans l’étiologie des angines. Plus de la moitié des angines sont d’étiologie virale.
Otite [16, 45, 48, 52]
Il s’agit presque toujours de la surinfection bactérienne d’une infection virale dont le point de départ est le rhinopharynx. C’est surtout une pathologie pédiatrique consécutive aux très nombreuses infections rhino-pharyngées de l’enfant, beaucoup moins fréquent à partir de 6 –7 ans. L’otite peut s’ observer très tôt, dès les premières semaines de la vie. Elle atteint 20% des enfants au moins une fois par an.
Les germes les plus fréquents sont : Streptococcus pneumoniae et/ou Haemophilus influenzae dans 90% des cas, Moraxella catarrhalis (10%), rarement Streptococcus pyogenes.
L’otite moyenne aiguë (OMA) est la première cause de prescription d’antibiotiques chez l’enfant de moins de 15 ans, soit 2,5 millions de prescriptions par an en France.
Sinusite [33,38,45]
C’est une inflammation des sinus des joues et du front. Elle fait généralement suite à la rhinopharyngite. Elle n’atteint pas l’enfant avant l’âge de 5 ans, de ce fait, est rare chez les bébés, dont les sinus ne sont pas encore totalement formés. Les agents bactériens sont les mêmes que dans l’otite.
Laryngite et épiglottite [37, 45]
C’est une inflammation du larynx pouvant siéger à l’étage sous-glottique, sus-glottique ou au niveau de l’orifice glottique. De nombreux virus, et parfois bactéries, peuvent pénétrer dans le corps par la gorge et infecter rapidement le larynx.
Bronchite aiguë [9]
C’est une inflammation de l’arbre trachéo-bronchite, le plus souvent d’origine virale, plus rarement bactérienne, parfois virale secondairement surinfectée par une bactérie. Des bactéries peuvent être en cause, notamment :
Généralités sur les infections respiratoires aiguës
Chlamydia pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae,.Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae et Moraxella catarrhalis sont les germes des poussées de surinfection.
Bronchiolite aiguë [9]
C’est une inflammation des bronchioles. Elle est fréquente chez le nourrisson, entre 1 et 9 mois. Elle est due dans 80 % des cas au virus respiratoire syncytial (VRS).
Pneumonie aiguë [ 3, 9,52,64]
Considérée comme une affection localisée du parenchyme pulmonaire d’origine inflammatoire, elle est la cause la plus fréquente de décès par IRA dans les PVD (pays en voie de développement) où elles constituent un véritable problème de santé publique.[3,64] Elle est dite communautaire si elle est acquise en milieu extrahospitalier ou si, à l’hôpital, elle survient au cours des 48 premières heures du séjour. Au delà, on parle de pneumonie nosocomiale.[52] Dans bon nombre de cas, elle est d’origine mixte, virale et bactérienne, la combinaison la plus fréquente étant l’infection à VRS et pneumocoque.[9]
DONNEES EPIDEMIOLOGIQUES
Les IRA peuvent représenter jusqu’à 30% des consultations d’urgence en pédiatrie générale.[2] Elles ont un impact socio-économique très important en ce qu’elles constituent les causes les plus courantes d’absence professionnelle et représentent aussi une majeure partie des frais médicaux et pharmaceutiques.[2]
Morbidités et mortalités dues aux IRA [9]
Le nombre de décès dû aux IRA chez les enfants de moins de 5 ans dans le monde est estimé actuellement à 1 900 000 / an. Les IRA sont les infections les plus fréquentes de l’enfant. Elles sont la cause de 30 à 40% des hospitalisations d’enfants, les pneumonies et broncho-pneumonies représentant 70 à 80% des admissions pour IRA.
Facteurs favorisant l’aggravation des IRA [9]
Un risque accru d’IRA est associé à :
des facteurs saisonniers et climatiques : saison froide et saison des pluies dans les pays du Sud, à une influence directe du climat (température ambiante, teneur en eau de l’atmosphère) et indirecte (mode de vie, promiscuité)
l’environnement : surpeuplement, pollution de l’air (tabagisme, fumées domestiques)
l’âge : le risque de décès le plus élevé est chez le nourrisson de 1 à 3 mois
la prématurité
l’état nutritionnel : arrêt de l’allaitement maternel, malnutrition protéino-énergétique,
un déficit immunologique congénital ou acquis (infection à VIH/SIDA)
un bas niveau d’éducation du père et de la mère
Les IRA sont transmises par contact direct avec les sécrétions respiratoires des malades et porteurs sains.
PRISE EN CHARGE THERAPEUTIQUE
Les infections respiratoires bactériennes et les surinfections bactériennes des maladies virales relèvent d’une antibiothérapie. L’amoxicilline, l’amoxicilline-acide clavulanique et les céphalosporines restent le traitement de première intention. Une autre possibilité est celle des macrolides et du cotrimoxazole. Toutefois, leurs taux de résistance sont particulièrement élevés pour les pneumocoques de sensibilité diminuée à la pénicilline (PSDP). Les phénicolés peuvent être une alternative d’autant que leur spectre englobe d’autres bactéries responsables d’IRA (M. pneumoniae, C. pneumoniae, certaines entérobactéries et des anaérobies non sporulés). Les macrolides (érythromycine) sont prescrits dans les pneumonies atypiques et les légionelloses.[9]
Caractères bactériologiques [26,27]
C’est un germe commensal de l’oropharynx chez l’homme, se présentant sous forme de diplocoque Gram positif lancéolé. Sa culture est délicate en raison de sa tendance à la lyse spontanée et exige des milieux nutritifs enrichis comme la gélose au sang de mouton. L’addition de gentamicine rend le milieu sélectif au pneumocoque.
Les colonies apparaissent petites, rondes, de 0,1 à 1,5 mm de diamètre, développent une hémolyse alpha avec verdissement du milieu.
Il peut être responsable de sinusite, d’otite, pneumonies, septicémie, méningite, péritonite.
Pathologies associées aux pneumocoques [36]:
¾ Les pneumonies : elles surviennent dans la grande majorité des cas après inhalation des bactéries. Elles s’accompagnent de lésions tissulaires très importantes liées à la réponse inflammatoire dépendante des polynucléaires.
¾ Les bactériémies et septicémies : elles sont souvent associées à des lésions tissulaires, en particulier pulmonaires. Cependant, elles peuvent exister en l’absence d’un foyer cliniquement patent. Elles sont toujours d’un mauvais facteur pronostic.
¾ Les bronchites suppurées.
¾ Les méningites : elles sont mortelles dans 10 à 30% des cas.
¾ Les infections ORL : ce sont les otites et sinusites de gravité et d’évolution diverses en fonction de l’âge et du terrain.
¾ Les autres localisations :
– péritonites primitives ou favorisées par le port d’un dispositif intra-utérin
– endocardites, péricardites et arthrites.
Streptococcus pyogenes [31,36]
Encore appelé Streptocoque bêta-hémolytique du groupe A, appartient à la famille des Streptococcaceae. Streptococcus pyogenes est un commensal des muqueuses nasale et pharyngée. Il est en effet retrouvé à l’état de simple portage chez 15 à 25% des enfants et moins fréquemment chez l’adulte.
Caractères bactériologiques [26, 32, 63]
Ce germe se présente sous forme de cocci Gram positif disposés en chaînettes courtes ou longues. Streptococcus pyogenes donne sur gélose au sang ordinaire des colonies grisâtres, de 0,5 à 1 mm, lisses, bombées ou convexes entourées d’une zone d’hémolyse totale de type bêta. C’est un streptocoque béta-hémolytique.
Pathologies associées [36]
¾ Infections de la sphère ORL : otites, sinusites, angines streptococciques ;
¾ Infections et suppurations cutanées :
– cellulites ;
– surinfections cutanées sur plaies ou brûlures ;
– gangrène sous-cutanée streptococcique ou syndrome de MELENEY : infection extensive avec nécrose atteignant le tissu cellulaire sous-cutané (bactéries « mangeuses de chair ») avec une mortalité de 50% ;
– la scarlatine provoquée par les souches productrices de toxine érythrogène ;
– érysipèle survenant chez les nourrissons ou les personnes âgées ;
– Impétigo streptococcique fréquent chez l’enfant, surtout dans le tiers-monde
¾ Autres infections locales ou générales
– surinfections d’atteinte broncho-pulmonaires d’origine virale ;
– endométrites streptococciques survenant après un accouchement ou un avortement septiques ;
– infections profondes rares mais graves : endocardites, pneumopathies, arthrites, méningites, péritonites, avec souvent bactériémies ;
– choc toxique streptococcique souvent dû au sérotype M1 et provoqué par la libération de toxines érythrogènes.
¾ Syndromes post-streptococciques
Ce sont des complications non suppurées à pathogénie de certaines infections à Streptococcus pyogenes. On distingue :
– le rhumatisme articulaire aigu (RAA) avec atteintes articulaire, cutanée et surtout cardiaque ;
– la glomérulonéphrite aiguë (GNA) de pronostic souvent favorable ;
– la chorée de Sydenham (danse de Saint-Guy) parfois associée à des atteintes rhumatismale et cardiaque ;
– l’érythème noueux et le purpura rhumatoïde peuvent relever d’une étiologie streptococcique. Haemophilus influenzae
Cette espèce appartient au genre Haemophilus, à la famille des Pasteurellaceae. Haemophilus influenzae est un commensal des voies aériennes supérieures. Ainsi, 50% des enfants sont porteurs de cette bactérie dans leur naso-pharynx..[34]
Caractères bactériologiques [52]
Ce sont des bacilles à gram négatif immobiles. La présence d’une capsule est habituelle.
C’est une bactérie très fragile qui exige des milieux spéciaux contenant des facteurs de croissance présents dans le sang : facteur V (hémine) et facteur X (NAD).
Pathologies associées [34, 47]
¾ Infections respiratoires :
La bactérie est responsable d’otites, sinusite, et plus rarement, chez l’enfant, d’une affection grave l’épiglottite.
Elle est souvent impliquée dans les surinfections survenant au cours des pneumopathies chroniques. Elle est également responsable de pneumonie chez l’enfant et chez l’adulte en particulier sur les terrains fragiles.
¾ Méningites :
Avant la vaccination H. influenzae, était la principale cause de méningite bactérienne chez le jeune enfant. La plupart des cas surviennent entre 3 mois et 3 ans et la mortalité est de l’ordre de 5%.
Moraxella catarrhalis [51]
C’est une espèce commensale de la flore oropharyngée de la famille des Moraxellaceae. Le taux de portage faible chez l’adulte (3 à 4 %) est beaucoup plus élevé chez l’enfant, tout particulièrement l’enfant de moins de 2 ans, où il peut passer de 9 à 40% en fonction des saisons.
Caractères bactériologiques [65]
Cette espèce apparaît comme étant un diplocoque à Gram négatif, avec une morphologie identique à celle des Neisseria.
Pathologies associées [65]
Le pouvoir pathogène de M. catarrhalis est actuellement assez mal connu. Son rôle est montré dans :
¾ Les infections broncho-pulmonaires : surtout chez les personnes
âgées, avec une insuffisance respiratoire ou cardiaque gauche, chez les prématurés, patients immunodéprimés. Le pronostic est en général favorable. Les rares cas de décès survenus dans le cadre d’une pneumopathie à M.catarrhalis sont le plus souvent imputables à une pathologie sous-jacente.
¾ Les infections ORL de l’enfant : otite moyenne, sinusite, rhinopharyngite
¾ Les septicémies, endocardites et méningites (exceptionnelles)
Appartenant à la famille des Micrococcaceae au sein de laquelle une espèce, Staphylococcus aureus (staphylocoque doré) occupe une place non négligeable dans les infections respiratoires aiguës. Cette espèce fait partie de la flore normale de nombreux individus qui sont des « porteurs asymptomatiques ». Les Staphylocoques sont retrouvés au niveau des fosses nasales antérieures.[31,63]
Caractères bactériologiques [63]
Staphylococcus aureus est un cocci Gram positif qui tend à se grouper en amas.
La bactérie doit son nom à l’aspect pigmenté de ses colonies.
Pathologies associées [36]
¾ Staphylococcies cutanées, sous-cutanées et muqueuses
Staphylococcus aureus peut être à l’origine d’infections cutanées superficielles (impétigo, onyxis ou folliculite) ou profonde (furoncle). Syndrome de Lyell staphylococcique
Au niveau des muqueuses, il est peut être impliqué dans les phlegmons de l’amygdale, des sinusites ou des otites parfois récidivantes
¾ Localisations viscérales à S. aureus
Staphylococcus aureus peut être responsable de staphylococcies osseuses, pleuro pulmonaires, urogénitale, neuroméningées, d’endocardite staphylococcique
¾ Septicémie
Légionella pneumophila [16,65]
C’est une bactérie d’origine hydro tellurique, présente à l’état naturel dans les eaux douces et sols humides.
Caractères bactériologiques [65]
Les légionelles sont des bacilles à Gram négatif, formant une famille de 46 espèces et 64 sérogroupes. L. pneumophila est l’espèce la plus importante en pathologie humaine.
Pathologies associées [65]
Les infections humaines sont généralement dues à L. pneumophila sérogroupe 1 dans plus de 80 % des cas, les autres espèces étant plus rarement en cause. La légionellose ou maladies des légionnaires :
Se traduit habituellement par une pneumopathie aiguë de sévérité variable. La fièvre du Pontiac C’est une atteinte bénigne des voies aériennes supérieures, se présentant sous forme de syndrome pseudogrippal.
Chlamydia pneumoniae [51, 52]
C’est une bactérie intracellulaire obligatoire à Gram négatif, de la famille des Chlamydiaceae, spécifiquement humaine qui se transmet par voie aérienne.
Il provoque diverses infections respiratoires le plus souvent bénignes, notamment, des infections broncho-pulmonaires, sinusites.
Mycoplasma pneumoniae [47,52]
C’est une bactérie de la famille des Mycoplasmataceae, qui a la particularité d’être dépourvue de paroi et d’être non colorable par la méthode de Gram. Elle colonise la muqueuse des voies respiratoires.
Elle est responsable de pharyngite, bronchite ou plus rarement de pneumonie atypique ; peut provoquer des pneumonies graves chez les sujets immunodéprimés ou âgés.
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE
1 VOIES DE CONTAGION ET D’INFECTION
1.1 Voies aériennes supérieures ou extrathoraxiques
1.1.1 Fosses nasales
1.1.2 Sinus
1.1.3 Larynx
1.1.4 Pharynx
1.1.5 L’oreille
1.2 Voies aériennes inférieures ou intra thoraciques
1.2.1 Trachée
1.2.2 Bronches et bronchioles
1.2.3 Poumons
2 AFFECTIONS DES VOIES AERIENNES : DEFINITIONS ET ETIOLOGIES
2.1 Affections des voies aériennes supérieures
2.1.1 Angine
2.1.2 Otite
2.1.3 Sinusite
2.1.4 Laryngite et épiglottite
2.2 Affections des voies aériennes inférieures
2.2.1 Bronchite aiguë
2.2.2 Bronchiolite aiguë
2.2.3 Pneumonie aiguë
3 DONNEES EPIDEMIOLOGIQUES
3.1 Morbidités et mortalités dues aux IRA
3.2 Facteurs favorisant l’aggravation des IRA
3.3 Transmission
4 PRISE EN CHARGE THERAPEUTIQUE
5 GERMES MAJEURS RESPONSABLES D’IRA
5.1 Streptococcus pneumoniae
5.1.1 Caractères bactériologiques
5.1.2 Pathologies associées aux pneumocoques
5.2 Streptococcus pyogenes
5.2.1 Caractères bactériologiques
5.2.2 Pathologies associées
5.3 Haemophilus influenzae
5.3.1 Caractères bactériologiques
5.3.2 Pathologies associées
5.4 Moraxella catarrhalis
5.4.1 Caractères bactériologiques
5.4.2 Pathologies associées
5.5 Staphylocoques
5.5.1 Caractères bactériologiques
5.5.2 Pathologies associées
5.6 Légionella pneumophila
5.6.1 Caractères bactériologiques
5.6.2 Pathologies associées
5.7 Chlamydia pneumoniae
5.8 Mycoplasma pneumoniae
6 DEMARCHE DU DIAGNOSTIC MICROBIOLOGIQUE
6.1 Diagnostic microbiologique direct
6.1.1 Prélèvement
6.1.2 Transport et enregistrement du prélèvement au laboratoire
6.1.3 Isolement de la bactérie
6.1.4 Identification de la bactérie
6.2 Diagnostic bactériologique indirect
6.3 Tests de sensibilité utiles au traitement antibiotique
7 NOTIONS D’ALGORITHME ET DE VALIDATION : DEFINITIONS ET PARAMETRES
7.1 Algorithme
7.2 Validation
7.3 Procédures et paramètres de validation
7.3.1 Procédures
7.3.2 Paramètres
DEUXIEME PARTIE
1 CADRE ET POPULATION D’ETUDE
1.1 Cadre d’étude
1.2 Population d’étude
1.3 Souches bactériennes
1.3.1 Souches de référence :
1.3.2 Souches à tester :
2 MATERIELS ET METHODE
2.1 Matériels et réactifs
2.1.1 Matériel de prélèvement
2.1.2 Matériel d’isolement
2.1.3 Matériel pour l’identification
2.1.4 Matériel pour antibiogramme
2.1.4.1 Matériel pour la détection de la production de bêta-lactamase (méthode à la cefinase)
2.1.4.2 Matériel pour l’évaluation de la sensibilité
2.1.5 Matériel de conservation des souches
2.1.6 Matériel d’exploitation des résultats
2.2 Méthodologie
2.2.1 Souches étudiées
2.2.2 Algorithme d’identification
2.3 Démarche diagnostique
2.3.1 Prélèvement
2.3.1.1 Conditions de réalisation
2.3.1.2 Transport et conservation des prélèvements
2.3.1.3 Récapitulatif de la démarche des prélèvements
2.3.2 Examen macroscopique
2.3.3 Examen microscopique après coloration de Gram
2.3.4 Culture
2.3.4.1 Tests préalables de stérilité et d’efficacité
2.3.4.2 Schéma récapitulatif de validité des milieux de culture
2.4 Identification des souches bactériennes
2.4.1 Les Streptocoques
2.4.1.1 Examen microscopique
2.4.1.2 Isolement
2.4.1.3 Identification biochimique : test à la catalase
2.4.1.4 Streptococcus pneumoniae
2.4.1.5 Streptococcus pyogenes
2.4.2 Haemophilus influenzae
2.4.2.1 Examen macroscopique des colonies
2.4.2.2 Examen microscopique
2.4.2.3 Test à la catalase
2.4.2.4 Test à la cytochrome oxydase
2.4.2.5 Mise en évidence de l’exigence en facteur X (hémine) et en facteur V (NAD).
2.4.2.6 Mise en évidence du phénomène de satellitisme
2.4.2.7 Microméthode d’identification API-NH (Neisseria-Haemophilus)
2.4.3 Moraxella catarrhalis
2.4.3.1 Examen macroscopique des colonies
2.4.3.2 Examen microscopique
2.4.3.3 Test à la catalase
2.4.3.4 Test à la cytochrome-oxydase
2.4.3.5 Microméthode d’identification :galerie API-NH
2.4.4 Les Entérobactéries
2.4.4.1 Examen microscopique
2.4.4.2 Aspect des colonies
2.4.4.3 Test à l’oxydase
2.4.4.4 Etude des caractères biochimiques
2.5 Mise au point des algorithmes
2.5.1 Streptococcus pneumoniae
2.5.2 Streptococcus pyogenes
2.5.3 Haemophilus influenzae
2.5.4 Les Entérobactéries
2.6 Validation de l’identification des souches
3 RESULTATS ET COMMENTAIRES
3.1 Population d’étude
3.2 Souches bactériennes isolées
3.3 Résultats de validation de l’identification des souches
3.3.1 Diagnostic de Streptococcus pneumoniae
3.3.2 Diagnostic de Streptococcus pyogene
3.3.3 Diagnostic d’ Haemophilus influenzae
3.3.4 Diagnostic de Proteus mirabilis
3.3.5 Diagnostic de Klebsiella pneumoniae
3.3.6 Diagnostic d’ Enterobacter cloacae
3.4 Résultats de la validation de la démarche
3.4.1 Expression des résultats
4 DISCUSSION
4.1 Démarche diagnostique
4.1.1 Le prélèvement
4.1.2 Examen microscopique direct
4.1.3 Milieu de culture et isolement
4.1.4 Identification
4.2 Analyse des résultats
4.3 Intérêts et limites de la validation
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
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