Macroéconomie de l’aviculture

Situation nationale

L’aviculture en France représente 12 % de la production brute standard de l’agriculture nationale. Les 2/3 de cette production sont géographiquement concentrés dans 4 régions administratives : la Bretagne (33 %), les Pays de Loire (21 %), Rhône Alpes (6 %) et l’Aquitaine (7 %). Cette concentration géographique s’accompagne d’une concentration structurelle avec le développement d’élevages hébergeant des effectifs de plus en plus importants. Ainsi, dans les Pays de la Loire, les systèmes de production se sont intensifiés, notamment pour le poulet et le canard (on compte, en moyenne, 15000 poulets par exploitation en 2010 contre 12000 en 2000, 10300 canards à rôtir en 2010 contre 6500 en 2000) (AGRESTE, 2011a et 2012 ; BEN ARFA et al., 2008).

En France, trois espèces dominent la production de volailles de chair : le poulet (Gallus gallus), la dinde (Meleagris gallopavo) et le canard (Anas platyrhynchos, Cairina moschata et leurs hybrides) (figure 3). L’évolution vers des élevages de moins en moins nombreux mais de plus en plus importants est également visible si l’on considère la production brute standard (PBS). La majorité des exploitations avicoles ont une PBS supérieure à 25000 euros (PBS variant entre 25000 et 100 000 euros pour les exploitations moyennes versus PBS supérieure à 100 000 euros pour les grandes exploitations). En 2010, 12600 exploitations de volailles, moyennes à grandes, sont dénombrées, pour une PBS moyenne par exploitation de 370,6 milliers d’euros (AGRESTE, 2011b). La France, malgré un net recul de la production avicole depuis les années 1990, reste le premier producteur européen de volailles de chair (figure 4). Ce repli est largement lié à une perte de positions à l’exportation, y compris sur le territoire européen par manque de compétitivité, et à une plus forte pénétration des importations (JEZ et al., 2009 ; MAGDELEINE, 2003). L’évolution de la filière oeuf est similaire : la production française demeure la première de l’Union européenne (figure 5). Cependant, elle est actuellement orientée à la baisse malgré un léger regain en 2010 (AGRESTE, 2011c). Selon les bilans du SSP, elle aurait atteint 12,9 milliards d’oeufs en 2011 (soit 783 000 tonnes), en repli de 10 % par rapport à 2010.

Sélection génétique

La sélection avicole est réalisée par un nombre très restreint de grands groupes internationaux. A titre d’exemple, Aviagen (groupe allemand), Hubbard (groupe français) et Cobb Vantress (groupe américain) contrôlent le marché mondial de la sélection des souches de poulets de chair (AZARD et al., 2007). Les critères de sélection génétique varient logiquement en fonction du type de production et impliquent de facto le recours à des lignées génétiques spécialisées (viande ou ponte). En filière chair, ils concernent l’augmentation du GMQ avec, en parallèle la diminution de l’indice de consommation pendant la phase d’élevage, la qualité des viandes et le rendement des carcasses (développement des muscles pectoraux) après abattage. Concernant les performances de croissance, plusieurs stratégies de sélection sont possibles. En élevage intensif, les souches à croissance rapide sont privilégiées (courte période d’engraissement) alors que des souches à croissance lente sont utilisées pour les productions de volailles sous signe de qualité. Les élevages extensifs proposent donc au consommateur un produit plus âgé à l’abattage.

La chair est plus ferme, plus grasse et son goût plus prononcé. En filière ponte, le nombre d’oeufs pondus pendant le cycle de ponte, le poids de l’oeuf en début et fin de ponte, la diminution de l’IC, la docilité et la rusticité des poules pondeuses, la qualité externe comme interne de l’oeuf (résistance de la coquille, hauteur du jaune versus de l’albumen, qualité de l’albumen…), constituent autant de caractères considérés dans les schémas de sélection (BENNETEAU et al., 2002). Dès les années 1930, la sélection génétique s’est orientée vers l’augmentation de la résistance aux maladies. Par exemple, les troubles locomoteurs, engendrant souffrance animale et pertes économiques sont fréquents en élevage avicole surtout chez les souches ou lignées à croissance rapide. La sélection cherche donc à améliorer la résistance aux boiteries. Des études ont également été entreprises pour identifier des marqueurs de résistance à la coccidiose à Eimeria tenella chez la poule, maladie très répandue (PINARD VAN DER LAAN et al., 2003). De même, dans un cadre plus large de santé publique, une sélection effective sur la résistance au portage des salmonelles permettrait de prévenir les risques de toxi-infection alimentaire (BEAUMONT et al., 2003). Les entreprises de sélection offrent un choix varié de combinaison de croisements pour obtenir, au final, des sujets dont les caractéristiques (vitesse de croissance, aptitude au parcours extérieurs…) sont adaptées au mode d’élevage (BISIMWA, 2003 ; REMIGNON, 2007).

Ecologie et biologie de la moisissure Aspergillus fumigatus

Dans son oeuvre Nova Geneva Plantarum publiée en 1729, Micheli décrit pour la première fois le genre Aspergillus qu’il dénomme ainsi car la morphologie du champignon lui évoquait un aspergillum ou goupillon, instrument religieux utilisé pour répandre l’eau bénite. En 1872, Fresenius crée le nom d’espèce « Aspergillus fumigatus ». Le premier cas humain a été mentionné en 1842 par Bennett et Edinburgh. Les premières descriptions d’aspergillose aviaire datent de 1813, par Montague sur un fuligule milouinan (Aythya marila) et de 1832 par Owen sur un flamant en captivité (CONVERSE, 2007 ; KUNKLE, 2003). A l’heure actuelle, le genre Aspergillus compte environ 190 espèces. Certaines sont associées à l’expression d’un pouvoir pathogène chez les animaux, la plus fréquente étant Aspergillus fumigatus et dans une moindre mesure A. flavus, A.nidulans, A. glaucus, A.niger et A. candidus. La distinction entre les différentes espèces s’est longtemps basée sur la reconnaissance de caractéristiques morphologiques observées sous microscope optique.

Cependant des erreurs d’identification sont fréquentes, surtout lorsque la morphologie microscopique n’est pas suffisamment discriminante, rendant indispensable le recours à des techniques récentes de génétique moléculaire permettant l’identification au niveau de l’espèce. La taxinomie est une science en perpétuelle évolution. Actuellement, Aspergillus fumigatus appartient au règne des Eucaryotes Opisthokonta, à l’embranchement des Ascomycètes (champignon à mycélium cloisonné, existence d’une reproduction sexuée avec formation d’asques) sous embranchement des Pezizomycotina, classe des Eurotiomycètes, ordre des Eurotiales (reproduction asexuée par des phialoconidies, reproduction sexuée donnant des asques), famille des Trichocomaceae. Le genre Aspergillus se répartit en plusieurs sous-genres, eux-mêmes divisés en « sections », établies selon des critères morphologiques, immunologiques, biochimiques et biomoléculaires (séquençage d’ADN). Aspergillus fumigatus appartient au sous-genre Aspergillus et à la section Fumigati.

Cycle d’Aspergillus fumigatus

Les champignons se nourrissent par absorption des nutriments présents dans le milieu environnant. Aspergillus fumigatus, moisissure aérobie et thermophile, peut se développer dans une gamme de température allant de 25 à 50°C (optimum à 30°C). L’activité de l’eau (Aw) minimale autorisant sa croissance est de 0,82 à 40°C ce qui en fait un xérophile marginal. Ainsi, cette faculté de pouvoir croître dans un milieu aride avec une température élevée lui confère un avantage écologique sous climat tropical par exemple. Il peut vivre en saprobiose en tirant partie de substances organiques mortes et n’a pas de besoins nutritionnels spécifiques. Il s’agit donc d’un champignon qui peut s’adapter à différents milieux de l’environnement (PITT et HOCKING, 1997). Il est ainsi capable de se développer sur des matières en décomposition, des ensilages, des litières organiques, des aliments moisis, des composts… Cependant, Aspergillus est également capable d’exploiter des substances organiques d’êtres vivants, et de se comporter, à ce titre, comme un parasite opportuniste d’animaux. Le développement des Aspergillus s’opère principalement par voie asexuée. A partir du mycélium, des sections d’hyphes s’élargissent et forment des cellules particulières dites « foot cells » ou « cellule du pied ». Un filament conidiophore se développe alors verticalement et perpendiculairement à celles-ci, puis s’élargit à son sommet pour former une vésicule (figure 20). Cette dernière se recouvre, chez certaines espèces, de métules, portant elles-mêmes des phialides conidiogènes qui vont produire des spores asexuées ou conidies assemblées en chaînes. L’ensemble (vésicule + métules + phialides + conidies) constitue la tête aspergillaire (figure 21) (QUINN et al., 2011 ; RAPER et FENNEL, 1965).

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Table des matières

TABLE DES MATIERES
Liste des abréviations
Liste des figures et des tableaux
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : BIBLIOGRAPHIE
I) Macroéconomie de l’aviculture
1) Marché mondial
2) Situation nationale
II) Organisation des filières de production en aviculture
1) Spécialisation des élevages avicoles : la structure pyramidale
1.1) Sélection génétique
1.2) Accouvage
1.3) Elevages de production
1.3.1) Grande diversité de productions
1.3.2) Principe de la conduite en bande en tout plein tout vide, commun à tous les élevages
1.3.3) Gestion de l’élevage
III) Ecologie et biologie de la moisissure Aspergillus fumigatus
1) Historique et classification
2) Aspect des colonies
3) Morphologie microscopique
3.1) Mycélium d’Aspergillus fumigatus
3.2) Paroi d’Aspergillus fumigatus
3.3) Membrane plasmique d’Aspergillus fumigatus
4) Cycle d’Aspergillus fumigatus
5) Pouvoir pathogène et virulence
IV) Aspergilloses aviaires
1) Epidémiologie
1.1) Epidémiologie descriptive
1.2) Epidémiologie analytique
1.2.1) Source d’Aspergillus fumigatus
1.2.2) Modes de contamination
1.2.3) Réceptivité et sensibilité
1.3) Epidémiologie synthétique
1.4) Impact économique de l’aspergillose
2) Physio-pathogénie
3) Expression clinique
3.1) Chez le poussin : forme aiguë majoritaire
3.2) Chez l’adulte : forme chronique majoritaire
V) Diagnostic d’aspergillose et traitement en élevage avicole
1) Diagnostic clinique
2) Diagnostic lésionnel
3) Culture fongique
4) Histologie
5) Fluorescence et immunohistochimie
6) Sérologie
7) Méthodes diagnostiques à l’étude
DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL PERSONNEL
I) Matériel et méthodes
1) Enquête épidémiologique
1.1) Population cible
1.2) Population source
1.3) Echantillon
1.4) Questionnaire d’enquête
1.4.1) Conception des questionnaires
1.4.2) Test du questionnaire
1.5) Recueil des informations et relances
1.6) Analyses du questionnaire
2) Exploitation de la base de données Elanco
2.1) Présentation du laboratoire
2.2) Fonctionnement de la base de données
2.3) Echantillons
2.4) Analyse des données brutes
3) Exploitation de la base de données du Réseau Cristal
3.1) Présentation du Réseau Cristal
3.2) Fonctionnement de la base de données
3.3) Echantillon
3.4) Analyse des données brutes
II) Résultats
1) Résultats de l’enquête par questionnaire auprès des vétérinaires avicoles
1.1) Taux de sondage et taux de retour
1.2) Présentation de l’échantillon
1.3) Présentation des résultats de l’enquête
1.3.1) Caractéristiques des élevages infectés
1.3.2) Expression de la maladie
1.3.3) Diagnostic
1.3.4) Traitement
1.3.5) Facteurs favorisants
2) Résultats de la base de données Elanco
3) Résultats de la base de données du réseau Cristal
III) Discussion
1) A propos du questionnaire
1.1) Choix de la population cible
1.2) Erreurs et biais
1.2.1) Biais d’échantillonnage
1.2.2) Biais d’observation et de mesure
1.3) Analyse des résultats
2) A propos des bases de données
2.1) Choix des échantillons
2.2) Biais d’échantillonnage
2.2.1) Base de donnée Elanco
2.2.2) Base de données du réseau Cristal
2.3) Biais de mesure
2.4) Analyse des résultats
2.4.1) Base de données Elanco
2.4.2) Base de données du réseau cristal
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE