Soutenance mémoire
Variabilité génétique
L’organisation génétique des VIH-1, VIH-2 et du SIV est similaire. Le virus peut se diviser en types, groupes et sous-types ou clades. On note l’absence du gène vpu au sein du génome des VIH-2 et SIVsm, et la présence d’un autre gène vpx. De plus l’analyse comparative précise de chaque élément génétique de ces virus a montré que le VIH-2 était proche du SIV macaque et SIV mangabé qu’il ne l’était du VIH-1 et de son homologue chez le chimpanzé SIVcpz [13]. Le génome du VIH-2 est sensiblement plus long que celui du VIH-1 (9600 protéines pour le VIH-2, contre 9200 pour le VIH-1 en ce qui concerne l’ARN) [13]. Ces variations sont prédominantes dans certaines régions du génome viral telles que le gène env C’est le cas du domaine V3 de l’enveloppe du VIH-1 qui possède d’importantes fonctions biologiques et immunologiques [13]. Cette diversité génétique des VIH n’est pas sans conséquence. Tous les VIH ne se multiplient pas à la même vitesse ni avec la même intensité dans une cellule hôte. Tous les VIH n’utilisent pas les mêmes cibles pour se multiplier. L’étude de la diversité génétique du V IH repose sur l’analyse statistique et phylogénétique des séquences nucléotidiques (ou d’acides aminés) des gènes env et gag [32]. Il existe d’importantes différences entre VIH-1 et VIH-2 :
– En fonction des zones géographiques,
– Au sein d’un même individu en fonction des cellules et des tissus, et en fonction du temps.
Au niveau génomique, il existe une homologie entre les séquences nucléotidiques des virus VIH-2 rod et VISagm ou VISmac de 72% et seulement de 42% entre le VIH-1brun et les deux virus précédents VIH-2/VIS. Pour le développement d’un vaccin efficace, une connaissance approfondie des conséquences immunologiques de la variabilité génétique du VIH est impérative. Aujourd’hui les VIH-1, VIH-2 et VIS sont sous-divisés en groupes. Le VIH-1 par exemple, comprend trois groupes «M, O et N». Un quatrième groupe a été décrit, le groupe P [33]. Le groupe majeur M compte 9 sous-types ou clades A-D, F-H, J et K. Le groupe A est surtout rencontré en Afrique Centrale, le groupe B en Amérique du Nord, le groupe C en Afrique du Sud, le groupe D en Afrique Centrale, le groupe E en Thaïlande, le groupe F au Brésil, les groupes G et H au Zaïre et au Gabon. Ceci indique que la divergence géographique du virus se reflète aussi dans sa divergence génétique. Mais il existe également des variants qui résultent de recombinaisons inter sous-types. Les CRFs sont nouvellement découverts et c’est le résultat d’une recombinaison génomique viral chez un même individu [34].Certains de ces r ecombinants occupent une place importante dans l’épidémie : c’est le cas du recombinant AG CRF02_AG, ou forme recombinante circulante numéro 2, qui résulte d’une recombinaison entre les sous-types A et G, et qui est le variant prédominant en Afrique de l’Ouest en général, et au Sénégal en particulier [35 ; 36]. Un deuxième groupe, le groupe O (« Outlier ») comprend certaines souches provenant du Cameroun qui sont très différentes des virus du groupe M. La découverte de ce groupe a été importante du fait que certains tests de dépistage sérologiques de la dernière génération ne révélaient pas les anticorps VIH correspondants, ce qui risquait de compromettre les dépistages entre autres dans les centres de transfusion. Des mesures ont été prises pour que les réactifs actuels détectent maintenant les anticorps VIH du groupe O. A côté de ces deux groupes bien définis, nous avons le groupe N (non-M, non-O).
Expression
Les protéines de régulation vont donner l’ordre à la cellule de fabriquer en priorité de nouveaux virus au détriment des protéines normalement produites par la cellule. La formation du virion est initiée par l’auto-assemblage des molécules du précurseur pr55gag au niveau de la face interne de la membrane plasmique, à p roximité d’une zone où sont exprimées les glycoprotéines d’enveloppe. Les différents éléments structuraux du virus, essentiellement les deux copies d’ARN génomiques, les précurseurs Pr160gag-pol, Pr55gag et quelques molécules de Vif, Vpr et Nef vont ainsi se retrouver incorporés dans le virion naissant qui va être libéré par bourgeonnement à travers la membrane plasmique. Ensuite, vient la maturation au cours de laquelle ces précurseurs vont faire l’objet d’un clivage ordonné par la protéase virale. Pour que de nouveaux virus soient formés, la protéase virale coupe comme des ciseaux les protéines virales produites par la cellule [39].
La transmission par transfusion sanguine
Les premiers cas de SIDA furent décrits en 1982 aux Etats-Unis chez les hémophiles après les homosexuels [45]. L’instauration du dé pistage systématique des dons de sang a considérablement réduit le risque de transmission. Néanmoins il subsiste une « fenêtre » chez des donneurs prélevés dans les semaines ou les mois suivant une contamination qui peuvent ne pas avoir encore développé d’anticorps anti-VIH détectables.
Marqueurs immunologiques et virologiques prédictifs
Au sein des multiples paramètres biologiques directement ou indirectement liés à la réplication du VIH, la détermination du taux de lymphocytes T CD4+ et la quantification de la charge virale plasmatique représentent les deux principaux marqueurs prédictifs de progression. Ainsi d’autres marqueurs jadis considérés sont devenus obsolètes tels que l’antigénémie p-24, la bêta-2 microglobuline, la néoptérine, le taux sérique ganglionnaire. La démonstration de la valeur pronostique de la numération des lymphocytes T CD4+, sa standardisation, et sa large diffusion ont permis de l’intégrer dans les classifications visant à définir des groupes homogènes de patients. La quantification de l’ARN–VIH-1 plasmatique est devenue le meilleur marqueur prédictif d’évolution de l’infection à VIH. La mesure de la charge virale plasmatique du VIH-2 n’a été que récemment mise au point par une technique PCR en temps réel. Elle n’est réalisable en France que dans les laboratoires de virologie impliqués dans l’étude de cohortes ANRS [52].
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Table des matières
INTRODUCTION
CHAPITRE I. RAPPELS BIBLIOGRAPHIQUES
I.1.Généralités sur le VIH
I.1.1.Historique
I.1.2.Classification-Structure-Organisation génétique-Réplication virale
I.1.2.1.Classification
I.1.2.2. Structure
I.1.2.3. Organisation génétique
I.1.2.4. Variabilité génétique
I.1.2.5. Cycle de réplication virale
I.1.3. Epidémiologie
I.1.3.1. Modes de transmission
I.1.3.1.1. Transmission sexuelle
I.1.3.1.2. Transmission sanguine
I.1.3.1.2.1. Transmission par des objets souillés
I.1.3.1.2.2. Transmission par transfusion sanguine
I.1.3.1.2.3. Transmission verticale
I.1.3.1.3. Autres modes de transmission
I.1.3.2. Prévalence
I.1.4. Physiopathologie de l’infection à VIH
I.2. Généralités sur les cellules du système immunitaire
I.2.1.Lymphocytes
I.2.1.1. Lymphocytes B
I.2.1.2. Lymphocytes T
I.2.1.2.1. Lymphocytes T cytotoxiques
I.2.1.2.1.1. Les lymphocytes T CD107a+ et CD107b+
I.2.1.2.1.2. Les lymphocytes T CD107a-/CD107b-
I.2.1.2.2. Lymphocytes T suppresseurs
I.2.1.2.3. Cellules Natural killer
I.2.1.2.4. Lymphocytes T auxiliaires
I.2.1.2.5. Les lymphocytes T γδ
I.2.2. Les cellules présentatrices d’antigènes(CPA)
I.2.3. Les cellules effectrices
I.2.4. Réaction du système immunitaire
I.2.4.1. L’immunité innée
I.2.4.2. L’immunité spécifique anti-VIH
I.2.5. Déficit immunitaire et conséquences immunopathologiques
I.2.5.1. La lymphopénie T CD4
I.2.5.2. Autres anomalies immunologiques induites par le VIH
CHAPITRE II. MATERIELS ET METHODE
II.1. Cadre d’étude
II.2. Population d’étude
II.3. Matériels et méthodes
II. 3.1. Matériels et réactifs
II.3.1.1. Matériels
II.3.1.2. Réactifs
II.3.2. Procédure de l’étude
II.3.2.1. Numération lymphocytaire au FASCount
II.3.2.2. Séparation cellulaire par gradient de Ficoll
II.3.3. Protocole technique
II.3.4. La cytométrie de flux
II.3.5. Analyse statistique
CHAPITRE III. Résultats
III.1. Caractéristiques démographique et immunologique de la population d’étude
III.2. Expression des marqueurs d’activation dans les groupes 1 et 2
CHAPITRE IV. Discussion
IV.1. Caractéristiques démographiques et immunologiques de la population d’étude
IV.2. Expression des molécules CD107a/b et la production d’IFN- γ par les LT CD8+
IV.2.1. Expression des molécules CD107a /b par les LT CD8+
IV.2.2. La production d’IFN- γ par les LT CD8+/CD107a/b+
Conclusions et perspectives
Références
bibliographiques
Annexe
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