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RAPPELS BIBLIOGRAPHIQUES FONDAMENTAUX
Historique de la Tuberculose
La tuberculose est aussi ancienne que l’espèce humaine. Des fragments de colonne vertébrale appartenant à des momies égyptiennes datant de 2400 ans avant Jésus CHRIST présentaient des signes pathologiques manifestes de dégénérescence due à la tuberculose.
La tuberculose, également connue sous les noms de phtisie (ce qui signifie dépérissement), consomption ou peste blanche, apparaît pour la première fois dans des textes grecs. Vers 460 ans avant Jésus CHRIST, Hippocrate la présente comme la maladie la plus répandue dans son temps. Au début du XIX e siècle, LAENNEC individualise la tuberculose. En 1865, Jean Antoine VILLEMIN montre que la tuberculose humaine est transmissible par inoculation au lapin et au cobaye. Robert KOCH découvre et cultive sur sérum de bœuf coagulé en 1882 le bacille responsable (actuellement nommé M. tuberculosis). En 1889, Rivolta découvrit lebacille de la tuberculose aviaire. En 1902, Dorset met au point un milieu de culture à œuf qui sera amélioré par divers auteurs (Löwenstein, Jensen, Coletsos, Petragnani). Toujours en 1902, M. bovis, agent de la tuberculose bovine fut découvert par Behring. En 1921, Calmette et Guérin obtiennent un vaccin, le bacille de Calmette etGuérin (B.C.G.), après 13 ans de subculture d’une souche pathogène de M. bovis sur la pomme de terre biliée glycérinée. Waksman découvre en 1944 la streptomycine, premier antibiotique actif sur le bacille tuberculeux. Puis viennent, en 1949 l’acide para-amino-salicylique, en 1952 l’isoniazide. En 1953, Buhler et Pollak confirment le pouvoir pathogène occasionnel de certaines espèces de mycobactéries. La rifampicine fut découverte en1967. En 1968, Castets, Boisvert, Grumbach, Brunel et Rist décrivent une variété africaine de bacille tuberculeux, qui est élevée rapidement au titre d’espèce et appelée Mycobacterium africanum.
Définition des Mycobactéries
Les Mycobactéries sont des micro-organismes responsables de maladies chez l’homme et chez les animaux. Elles appartiennent à la famille des Mycobacteriaceae qui n’est constituée que d’un seul genre: le genre « Mycobacterium » qui signifie « bâtonnetchampignon », car ces bactéries peuvent former des extensions filamenteuses présentant parfois des branchements courts. Ces formes filamenteuses ramifiées sont rares et une faible perturbation suffit à les fragmenter en formes bacillaires ou coccoïdes. Elles sont des bacilles droits ou légèrement incurvés de 1 à 10 µm de long sur 0,2 à 0,6 µm de large. Ces bactéries possèdent en commun plusieurs caractères : ce sont des bacilles acido-alcoolo-résistants (BAAR), c’est-à-dire qu’une fois colorés par la fuchsine ou par un fluorochrome comme l’auramine ou la rhodamine, ils ne sont décolorables ni par les acides, ni par l’alcool. Il s’agit là d’une propriété tinctoriale qui est basée sur la coloration de Ziehl-Neelsen. Cettecaractéristique des Mycobactéries donne à l’examen microscopique toute son importance.
Cependant, cette propriété est perdue à certaines étapes de la croissance par une proportion variable des corps bactériens. Par exemple, une culture de Mycobactéries à croissance rapide ne contient que 10% de BAAR. Les formes jeunes de M. tuberculosis ne sont pas acidoalcoolo résistantes, mais les formes matures le deviennent. L’acido-alcoolo-résistance peut disparaître sous l’action de plusieurs antibiotiques: isoniazide, éthionamide, pénicilline. Après la coloration de Gram, ces bactéries sont très peu colorées. Elles sont immobiles, non sporulées et sans capsule; leur métabolisme est aérobie strict. Leur croissance est lente ou très lente (2 jours à 8 semaines) et leur température optimale de croissance est variable selon les espèces. Ces bactéries synthétisent souvent des pigments caroténoïdes (jaune, orangé ou rose) et contiennent beaucoup de lipides dans la composition desquels entrent des acides gras hydroxylés et ramifiés de 60 à 90 atomes de carbone appelés acides mycoliques.
La structure de la paroi des Mycobactéries
L’une des caractéristiques majeures, concernant les mycobactéries est la composition de leur enveloppe. La structure particulière de la paroi des mycobactéries assimilée à un Gram positif est certainement en partie responsable de la résistance intrinsèque à bon nombre d’antibiotiques. L’architecture de l’enveloppe mycobactérienne observée à la microscopie électronique révèle plusieurs zones électroniques denses alternant avec des zones transparentes et soulignant la présence d’une importante barrière lipidique à l’extérieur de la cellule. Les lipides représentent 20 à 45 % de l’ensemble de la bactérie. Mise en évidence par des études biochimiques, de calorimétrie et de diffraction aux rayons X, l’ultra-structure des Mycobactéries externe est composée, d’une part, des longues chaînes lipidiques des acides mycoliques et, d’autre part, d’un assemblage de lipides libres plus courts, tels que le mycocérosate, les glycolipides phénoliques et différents phospholipides. En outre, une série de polysaccharides et de glycolipides inhabituels, pour la plupart spécifiques de l’espèce, sont associés à la partie externe de la paroi. Les acides mycoliques de la paroi sont reliés de manière covalente au peptidoglycane par l’intermédiaire de l’arabinogalactane. La paroi présente donc une structure unique de type mycolyl-arabinogalactanepeptidoglycane (mAGP). Le lipoarabinomannane (LAM), qui peut être considéré comme le « lipopolysaccharide (LPS) mycobactérien», s’intercale de manière non covalente dans cet enchevêtrement complexe.
Caractères biochimiques
Toutes les mycobactéries produisent de l’acide nicotinique (ou niacine) qui joue un rôle crucial dans les réactions d’oxydoréduction. En raison d’une voie métabolique bloquée, M. tuberculosis et certains isolats de M. simiae et M. chelonae en produisent les plus grandes quantités [33]. M.tuberculosis est aérobie strict. Il est catalase positive, possède le nitrate réductase. Au cours de sa croissance il synthétise une quantité importante d’acide nicotinique ou niacine qui peut être mise en évidence par une épreuve biochimique, le test de KONNO ou niacine-test. Toutefois, un faible pourcentage, environ 2 à 3% des souches de M. tuberculosis ont un niacine-test négatif. La positivité de cette épreuve est spécifique de M. tuberculosis. M. bovisa une activité catalasique thermolabile. Mais il ne produit pas de niacine et ne réduit pas les nitrates en nitrite. Il ne possède pas d’uréase, ni la nicotinamidase et ni la pyrazinamidase. M. africanuma une activité catalasique thermolabile. Il est micro-aérophile, ne réduit pas les nitrates en nitrites, produit peu de niacine et est sensible à l’acide thiophène-2-carboxylique. Il hydrolyse l’urée, le nicotinamide et le pyrazinamide.
Caractères antigéniques
Les caractères antigéniques sont liés d’une part à des substances excrétées telles que la tuberculine dont provient de nombreux antigènes protéiques et d’autre part à certains constituants de la paroi, les glycolipides. Les principaux glycolipides de la paroi de M. tuberculosisayant un caractère antigénique sont : le Lipoarabinomannane, les Mycosides A, les Cires D et le Cord-factor qui ont des activités immuno-modulateurs.
Résistance aux agents physiques et chimiques
Agents physiques
M. tuberculosis est classé parmi les bactéries pathogènes non sporulées les plus thermorésistantes. Il est détruit à la chaleur humide en 30 minutes à 65°C, 10 minutes à 72°C ou 2 minutes à 100°C. M. tuberculosisest sensible à la lumière solaire, aux rayons UV et aux radiations ionisantes. Le sang, le sérum et autres protéines protègent les bacilles contre les rayons UV. Par contre, il résiste au froid : à +4°C, il n’est pas affecté dans sa viabilité pendant plusieurs années ; à -80°C il se conserve indéfinition. Il est résistant également à la dessiccation.
Agents chimiques
M. tuberculosisest résistant à la plupart des désinfectants usuels, aux alcools et aux acides forts. Cependant, il est généralement sensible aux désinfectants chlorés, iodés, formolés et crésolés. En effet, le bacille tuberculeux peut être détruit par le phénol à 2%, le crésol à 3% pendant 4 heures, alors qu’il est détruit par la teinture d’iode en 5 minutes.
Génétique
Jusqu’à présent aucun plasmide n’a été mis en évidence chez M.tuberculosis et la résistance aux antibiotiques antituberculeux est le résultat de la sélection de mutants résistants. La connaissance de la génétique des mycobactéries a beaucoup progressé ces dernières années grâce au développement de nouveaux outils et au décryptage de la séquence du génome de M. tuberculosis H37Rv, M. tuberculosis CDC1551, M. tuberculosis Beijing 210 etc. Les travaux génétiques et génomiques sur M. tuberculosis et sur d’autres mycobactéries ont donc permis de recueillir d’innombrables informations sur l’organisation génétique des mycobactéries. Ces données génétiques ont, de plus, apporté des éléments clés dans la compréhension des mécanismes moléculaires mis en jeu par M. tuberculosis pour infecter l’hôte mais aussi dans l’effet protecteur du vaccin B.
L’aspect dysgonique des colonies de M. bovisse modifie à la suite de repiquages successifs.
On voit ainsi apparaître à la surface d’une colonie lisse un petit bourgeon d’aspect rugueux.
Cette mutation connue sous le nom de dissociation, conduit à la formation d’une colonie qui a la morphologie de M. tuberculosis. Repiquée à son tour, cette colonie donne habituellement naissance à une souche eugonique mais qui garde les caractères biochimiques de M. bovis.
Parfois, tout en gardant les caractères biochimiques de M. bovis, la nouvelle souche est avirulente pour le lapin et le cobaye.
La primo-infection
La primo-infection est l’ensemble des manifestations anatomiques, cliniques..
biologiques présentés par un organisme après le premier contact infectant avec le bacille de Koch. Après leur entrée dans les poumons, les bactéries sont phagocytées par les macrophages. Une de cette réponse d’hypersensibilité se développe et des nodules petits et durs, appelés tubercules se forment ; ceux-ci sont caractéristiques de la tuberculose et donnent leur nom à la maladie. Dans 90% des cas en moyenne, chez les sujets immunocompétents, cette infection restera latente, mais dans 10% des cas elle évoluera vers une tuberculosemaladie, le risque étant maximal dans les deux ans suivant l’infection. Le processus pathologique s’arrête habituellement à ce stade, les bactéries restant néanmoins vivantes au sein des phagosomes des macrophages. On peut expliquer cette survie par la résistance de M. tuberculosis aux agents oxydants, à l’inhibition de la fusion lysosome-phagosome et à l’inhibition de la diffusion des enzymes lysosomiales. Avec le temps, le tubercule peut prendre une consistance de fromage (caséification) et est alors appelé une lésion caséeuse. Si de telles lésions se calcifient, elles s’appellent complexes de Ghon et se révèlent facilement à la radiographie du poumon. S’il existe des signes radiologiques, il s’agit d’une infection patente (primo-infection) et elle doit être traitée comme un cas de tuberculose. Parfois les lésions tuberculeuses se liquéfient et forment des cavernes tuberculeuses remplies de l’air. De ces cavernes les bactéries peuvent se répandre vers de nouveaux foyers d’infection dans l’organisme. Cette extension est souvent appelée tuberculose milliaire à cause des nombreux tubercules, de la taille des grains de mil, formés dans les tissus infectés. Dans ces cas, on parle également de tuberculose de réactivation parce que les bactéries ont été réactivées dans le site initial d’infection.
Localisations
IL existe deux types de localisation de la tuberculose : les localisations pulmonaires et les localisations extra-pulmonaires.
Localisations pulmonaires
Elles sont les plus fréquentes (90% des cas) et les plus dangereuses épidémiologiquement. En effet, ce sont les cavernes qui permettent la transmission du bacille par voie aérienne et sa localisation préférentielle au niveau des poumons [42, 43].
Localisations extra-pulmonaire
Les bacilles peuvent être transportés dans tout l’organisme par le sang ou la lymphe.
La tuberculose peut donc atteindre tous les organes. Outre les poumons, elle peut se développer au niveau : de la trachée et du larynx, des os et des articulations, de la colonne vertébrale, des intestins, des reins et des voies uro-génitales, des ganglions (intra et extrathoraciques), des méninges, du péricarde, de la plèvre, de la peau. Lorsque la tuberculose atteint plusieurs organes, on parle de tuberculose disséminée. La tuberculose pulmonaire est la forme la plus fréquente quel que soit l’âge. Les enfants de moins de cinq ans présentent davantage de tuberculoses ganglionnaires intra-thoraciques [44-50].
Symptômes
Les symptômes de la tuberculose-maladie sont peu spécifiques ; ils varient en fonction de sa localisation. En cas d’atteinte pulmonaire on peut observer :
Une toux persistante plus de trois semaines, des expectorations parfois teintées de sang, une difficulté respiratoire, une douleur thoracique ;
Des symptômes généraux : fièvre prolongée, fatigue, faiblesse générale, perte d’appétit, perte de poids, amaigrissement, sueurs nocturnes.
En cas d’atteinte extra-pulmonaire, la symptomatologie dépend de l’organe atteint. Les symptômes sont parfois discrets, voire inexistants et la maladie peut passer totalement inaperçue ; cela peut arriver chez les enfants ou les adolescents, de même que chez les sujets dont l’immunité est amoindrie : personnes âgées, séropositifs pour le VIH. Chez les petits enfants, par contre, les symptômes peuvent être très marqués, et l’évolution parfoisrapidement mortelle [40, 43, 48, 51].
Conséquences
Le bacille de la tuberculose détruit les tissus du poumon. Il en résulte que le malade souffre d’une toux prolongée (plus de deux semaines), habituellement accompagnée de crachats, et parfois aussi de sang. Beaucoup de personnes souffrent de douleurs dans la poitrine, d’un manque d’appétit, de sueurs nocturnes, de fièvre, de perte de poids et de fatigue.
Sans un traitement adéquat, la mort peut s’en suivre après quelques mois ou quelques années.
Si le traitement est appliqué avec beaucoup de retard, il se peut que les malades ne récupèrent jamais complètement des poumons intacts ni l’intégralité de leurs forces. En outre, il se peut que ces malades contaminent d’autres personnes autour d’eux au cours de la période pendant laquelle ils ne sont pas soignés [40, 52, 53].
Physiopathologie
Après inhalation des gouttelettes, les bacilles de Koch vont se loger dans les alvéoles où ils sont phagocytés par les macrophages. M. tuberculosis exprime sa pathogénicité en se multipliant à l’intérieur des macrophages alvéolaires qui l’ont phagocyté. La réaction locale aboutit en un peu plus d’un mois à une lésion histologique caractéristique: le granulome ou tubercule qui est constitué de cellules épithélioïdes et de cellules géantes multinucléées entourées d’une couronne lymphocytaire et centrées par une zone de nécrose caséeuse. Tout peut s’arrêter à ce stade par un enkystement et une calcification des lésions suivis d’une autostérilisation spontanée du chancre d’inoculation. C’est la situation la plus fréquente. Parfois, certains macrophages infectés ont pu migrer jusqu’à un ganglion satellite qui empêchera la progression de l’infection et évoluera aussi vers l’auto-stérilisation. Plus rarement, si la multiplication bactérienne est importante, le caséum se ramollit, les bacilles débordent les défenses ganglionnaires et se disséminent dans l’organisme par voie lymphatique puis sanguine. Le sujet réceptif entre alors dans la tuberculose maladie avec une atteinte préférentielle du poumon isolée ou associée dans les formes graves d’emblée à une miliaire ou encore plus rarement à une méningo-encéphalite. En dehors du poumon, la localisation
sera plus souvent limitée à l’appareil génito-urinaire ou ostéo-articulaire.
Chez les bovins, M. bovis entraine des lésions pulmonaires, ganglionnaires et aussi mammaires, avec passage du bacille dans le lait. L’homme s’infecte surtout par consommation de produits laitiers crus. La porte d’entrée des bacilles est donc principalement digestive, ce qui pourrait expliquer la prédilection apparente de M. bovis à donner des localisations extra pulmonaires (adénites cervicales). M. bovisest le plus virulent des bacilles de la tuberculose. Il est très virulent pour le cobaye et les autres animaux de laboratoire. Mais
il est également virulent pour le lapin infecté par voie veineuse à la dose de 0,01 mg et le lapin fait en 1 à 2 mois une tuberculose mortelle avec lésions pulmonaires massives et granulations disséminées sur la rate et les reins. M. africanum est pathogène pour le cobaye mais non pathogène pour le lapin [8, 10, 13].
Tuberculose et le VIH
La tuberculose est la principale cause de mortalité chez les personnes séropositives et elle joue un rôle dans la moitié des décès dus au sida. Selon l’OMS, au moins un tiers despersonnes vivant avec le VIH dans le monde sont infectées par le bacille tuberculeux bien qu’elles n’aient pas toutes encore développé une tuberculose évolutive. Les personnes vivant avec le VIH et infectées par la tuberculose courent de 29 à 31 fois plus de risques de développerune tuberculose évolutive que les personnes qui ne sont pas infectées par le VIH.
La tuberculose et le VIH, qui accélèrent mutuellement leur progression, forment une association meurtrière. Une personne positive pour le VIH qui est aussi infectée par le bacille a beaucoup plus de risques de développer une tuberculose évolutive. En 2013, environ 360 000 personnes sont décédées d’une tuberculose associée au VIH. Près de 25% des décès parmi les personnes vivant avec le VIH sont dus à la tuberculose. En 2013, on estimait à 1,1 million le nombre de nouveaux cas de tuberculose chez des personnes positives pour le VIH, 78% d’entre elles vivant en Afrique [77, 78, 87, 88].
Au Tchad, l’analyse de la situation du VIH confirme une épidémie généralisée de type évolutif touchant toutes les régions du pays. Selon le rapport de 2013 du Programme National de lutte contre la tuberculose (PNT), stipule 5711 cas de co-infection tuberculose / VIH. La tendance évolutive s’explique par la persistance des conflits armés et des comportements sexuels à risque favorisés par les pesanteurs socioculturelles, l’analphabétisme et la pauvreté [86, 89].
Situation de résistance aux antituberculeux dans le monde
Latuberculose, maladie ancestrale, reste la maladie infectieuse la plus meurtrière dans le monde. Elle demeure en expansion constante malgré les efforts réalisés pour la contrôler [90]. Toutefois la résistance aux médicaments s’accroît toujours malgré les antituberculeux standards utilisés depuis des décennies [79]. Le traitement de la tuberculose reste une contrainte pour les patients et une lourde charge pour le système de santé [91].A la fin des années 1970, la mise en place d’une polychimiothérapie obligatoire d’une durée de six mois était acceptée comme l’élément majeur de la lutte contre la tuberculose [90]. Et, surtout la stratégie DOTS (Traitement de courte durée sous observation directe) mise en place en 1994 par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) et l’Union Internationale Contre la Tuberculose et des Maladies Respiratoires (UICTMR) constitue encore à ces jours, la meilleure stratégie de prise en charge médicale de l’infection tuberculeuse [92]. Entre 2000 et 2013, on estime que 37 millions de vies ont été sauvées grâce au diagnostic et au traitement efficace de la tuberculose dans les pays ayant adopté la stratégie OMS et UICTMR de lutte contre cette maladie [77]. Le taux de guérison qui se situe en général au dessus de 80%, représente un espoir énorme de voir cette pandémie décroître voire même éradiquée si l’on tient en compte des efforts concomitamment consentis dans la mise au point d’un vaccin plus efficace contre cette pandémie. Cependant, cet enthousiasme est tempéré par la survenue du phénomène de résistance menaçant ainsi, l’essentiel des efforts jusqu’ici consentis dans la lutte antituberculeuse. En effet, le taux de résistances (ou de multi-résistances) aux molécules anti tuberculeuses sont de plus en plus rapportés dans des proportions inquiétantes. Et, selon l’OMS en 2013, 480 000 malades tuberculeux avaient une tuberculose multirésistante et 9% des cas étaient des cas de tuberculose ultrarésistante [52, 77]. Les bacilles tuberculeux multirésistants sont causés par l’absence de prise en charge du traitement correct des patients et, la co-infection par le VIH, qui augmente considérablement le nombre de patients infectés évoluant vers une tuberculose maladie contagieuse [90].Cependant, le Tchad comme tous les pays en voie de développement vit cette situation de la tuberculose multirésistante dont la prévalence est estimée à 1,9% en 2009. La transmission des souches multirésistantes se produit à partir de cas non diagnostiqués dans les collectivités, les polycliniques, les hôpitaux et autres contextes de promiscuité.
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Table des matières
1. RAPPELS BIBLIOGRAPHIQUES FONDAMENTAUX
1.1. Historique de la Tuberculose
1.2. Définition des Mycobactéries
1.3. La structure de la paroi des Mycobactéries
1.4. Classification
1.5. Etude des Mycobactéries du complexe M. tuberculosis
1.5.1. Caractères bactériologiques
1.5.1.1. Habitat
1.5.1.2. Morphologie
1.5.1.3. Culture
1.5.1.4. Caractères biochimiques
1.5.1.5. Caractères antigéniques
1.5.2. Résistance aux agents physiques et chimiques
1.5.2.1. Agents physiques
1.5.2.2. Agents chimiques
1.5.3. Génétique
1.6. La Tuberculose
1.6.1. Définition
1.6.2. Transmission
1.6.3. Localisations
1.6.3.1. Localisations pulmonaires
1.6.3.2. Localisations extra-pulmonaire
1.6.4. Symptômes
1.6.5. Conséquences
1.7. Physiopathologie
1.8. Immunité et Allergie tuberculeuse
1.8.1. Immunité acquise
1.8.2. Allergie tuberculinique
1.9. Diagnostic
1.9.1. Diagnostic de la tuberculose latente
1.9.1.1. Test tuberculinique
1.9.1.2. ELISPOT
1.9.1.3. Quantiferon-TB Gold
1.9.2. Diagnostic de la tuberculose active
1.10. Les antibiotiques antituberculeux
1.10.1. Définition des antibiotiques
1.10.2. Différents groupes des antibiotiques
1.10.3. Mécanisme d’action des antibiotiques
1.10.4. Schéma thérapeutique normale
1.11. Les résistances de Mycobacterium tuberculosis aux antituberculeux
1.11.1. Résistance naturelle
1.11.2. Résistance acquise
1.11.3. Multirésistance (MDR-TB)
1.11.4. Ultrarésistance (XDR-TB)
1.11.5. Traitement des tuberculoses MDR-TB et XDR-TB
1.12. Prophylaxie
1.12.1. Prophylaxie d’exposition
1.12.2. Prophylaxie de prédisposition
1.13. Epidémiologie de la tuberculose
1.13.1. Situation dans le monde
1.13.2. Situation en Afrique
1.13.3. Situation au Tchad
1.13.4. Tuberculose et le VIH
1.13.5. Situation de résistance aux antituberculeux dans le monde
1.14. Les nouvelles techniques de la biologie moléculaire
1.14.1. Définition de la biologie moléculaire
1.14.2. Les marqueurs utilisés pour le typage moléculaire du complexe Mycobacterium tuberculosis
1.14.3. Définitions des différentes techniques des typages
1.14.3.1. La séquence d’insertion IS6110
1.14.3.2. LaDR
1.14.3.3. La PGRS
1.14.3.4. LaRFLP
1.14.3.5. Lespoligotypage
1.14.3.6. Les lignées du complexe Mycobacterium tuberculosis
1.14.3.7. MIRU-VNTR
1.14.4. LaPCR
1.14.5. L’électrophorèse en gel
1.14.6. Identification des espèces du complexe Mycobacterium tuberculosis et la détection des résistances
1.14.6.1. Le test Génotype ® MTBC
1.14.6.2. Gene Xpert MTB/RIF
1.14.6.3. Le test Génotype ® MTBDRplus version 2
1.14.6.4. Expression du gène pncA, facteur de résistance au pyrazinamide
2.1. CADRE D’ETUDE
2.1.1. Laboratoire de Recherches Vétérinaires et Zootechniques de Farcha à N’djaména (Tchad)
2.1.2. Laboratoire de Bactériologie-Virologie de l’hôpital Aristide Le Dantec de Dakar (Sénégal)
2.2. MATERIEL ET METHODES
2.2.1. Périodes d’étude et villes de collectes des échantillons
2.2.2. Population d’étude et le nombre des échantillons collectés
2.2.3. Transport des prélèvements
2.2.4. Traitement des prélèvements
2.2.5. Mise en culture des prélèvements
2.2.5.1. Milieu Bio FM®(Bio RAD)
2.2.5.2. Milieu de Löwenstein-Jensen
2.2.6. Extraction de l’ADN
2.2.7. Quantification et dilution des ADN
2.2.8. Identification des espèces du complexe Mycobacterium tuberculosis
2.2.9. Caractérisation des sous-espèces du complexe M. tuberculosis
2.2.10. Identification génotypique des souches résistantes aux antituberculeux de première ligne
2.2.11. Caractérisation phénotypique des souches résistantes aux antituberculeux de seconde ligne
2.2.12. Test de sensibilité au Pyrazinamide et aux Fluoroquinolones
2.2.13. Génotypage par MIRU-VNTR
2.2.14. Les analyses statistiques
3. RESULTATS
3.1. La population d’étude et le nombre des échantillons collectés avant la mise en culture
3.2. Analyse de la population d’étude et les souches du complexe Mycobacterium tuberculosis isolées après la culture
3.3. Identification des espèces du complexe M. tuberculosis
3.4. Etude par lespoligotypage des sous-espèces du complexe Mycobacterium tuberculosis
3.5. Etude des résistances aux antituberculeux de première ligne
3.5.1. Résistance à la rifampicine et/ou à l’isoniazide
3.5.2. Identification des gènes des mutations conférant la résistance à la Rifampicine et à l’Isoniazide
3.6. Analyse des résistances aux antituberculeux de seconde ligne
3.7. Sensibilité génotypique au Pyrazinamide et aux Fluoroquinolones
3.8. MIRU-VNTR des souches MDR-TB et XDR-TB
3.9. Combinaison du Spoligotypage et MIRU-VNTR
3.10. Le profil des souches résistantes par ville
4. DISCUSSION GENERALE
CONCLUSION GENERALE
RECOMMANDATIONS
PERSPECTIVES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES
