Les poissons amphihalins de la directive Habitat – Faune – Flore du golfe de Gascogne

Préambule

Le golfe de Gascogne présente une biodiversité remarquable du fait de ses caractéristiques particulières : embouchures de la Loire et de la Gironde, canyons sous-marins, limite biogéographique d’espèces boréales et méridionales…Le réseau de sites Natura 2000, avec sa mosaïque d’habitats et ses cortèges d’espèces, s’étend principalement sur la bande côtière. Actuellement, des études sont en cours pour élargir ce réseau plus au large dans les eaux sous juridiction française en dehors des eaux territoriales.

Qu’est-ce que la boîte à outils Natura 2000 de la Sous-Région Marine Golfe de Gascogne ?

La boîte à outils regroupe des éléments techniques construits à l’échelle de la Sous-Région Marine (SRM) « golfe de Gascogne » dans l’objectif de faciliter l’élaboration des DOCOB des sites Natura 2000 marins. Cette boîte à outils se découpe en trois parties et comprend : un plan type de DOCOB de site Natura 2000 pour la SRM, un état des lieux des espèces et habitats (dont ce document fera partie) et, un inventaire des mesures proposées dans le cadre de DOCOB validés. A terme, elle sera également constituée d’un tableau de bord type pour les sites Natura 2000 de la SRM et un outil pour la rédaction de charte Natura 2000 en mer.
Ces outils remettent en perspective les réflexions locales et les replacent dans une logique de réseau d’aires marines protégées. Ils doivent également faciliter l’articulation entre les réflexions à l’échelle du site Natura 2000 pour l’élaboration du DOCOB et celles à l’échelle de chaque sous région marine pour l’élaboration des Plans d’Action pour le Milieu Marin (PAMM) dans le cadre de la Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM) du 17 juin 2008, transposée en droit interne (articles L. 219-9 à L. 219-18 et R. 219-2 à R. 219-17 du code de l’environnement). Ces outils sont donc également à destination des services de l’État en charge de l’élaboration des PAMM.
Dans un souci de cohérence à l’échelle métropolitaine, cette boîte à outils Natura 2000 de la Sous Région Marine golfe de Gascogne doit s’articuler avec les boîtes à outils Natura 2000 des SRM « Manche-Mer du Nord » et « Méditerranée occidentale». Un travail important ayant déjà été réalisé sur la façade Manche-Mer du Nord (Toison, 2013), l’exercice sur la façade Atlantique s’attachera à garder la même structure et méthodologie d’analyse des documents rédigés tant sur la forme que sur le fond. Des compléments d’analyse seront proposés et discutés au sein des trois façades. Une harmonisation de ces travaux réalisés sur les trois façades devrait par la suite être opérée.
Ces outils doivent être adaptés aux enjeux spécifiques de chaque site. Ils sont appelés à évoluer et à s’enrichir avec la mise en gestion à venir de nouveaux sites marins et l’acquisition progressive de nouvelles connaissances sur le milieu marin.

Pourquoi un état des lieux des espèces et habitats ?

Le présent document est produit à l’attention des opérateurs et animateurs des sites Natura 2000, dans la veine des référentiels existants (cahiers d’habitats du MNHN, référentiels technico économiques de l’AAMP). L’objectif de cet état des lieux est de faciliter l’élaboration ou la révision des diagnostics écologiques des documents d’objectifs au regard de différents niveaux d’échelles : local, SRM, national. C’est un document qui offre une vision d’ensemble (chiffres-clés, cartographies, références bibliographiques…), et plaçant le site local au sein d’un réseau plus large.

Quel lien avec les cahiers d’habitat ?

Ce document ne se substitue pas aux cahiers d’habitats parus entre 2001 et 2005. Il apporte une précision à l’échelle du Golfe de Gascogne et une actualisation des connaissances avec les données de répartition des habitats et des espèces acquises depuis la parution des cahiers d’habitats. Ceux-ci demeurent une référence essentielle pour la description écologique, biologique et fonctionnelle des habitats et des espèces.

Quel lien avec l’évaluation initiale « DCSMM » de l’état écologique de la SRM du golfe de Gascogne ?

La DCSMM, prévoit que les Etats membres parviennent à réaliser et à maintenir un bon état écologique des eaux marines européennes.
Les eaux sous juridiction ou souveraineté françaises ont été divisées en quatre sous-régions marines (Manche-Mer du Nord, Mers Celtiques, Golfe de Gascogne et Méditerranée Occidentale) qui bénéficient chacune d’un plan d’action pour le milieu marin (PAMM) comportant 5 éléments :
– une évaluation initiale de l’état écologique des eaux marines et de l’impact environnemental des activités humaines sur ces eaux
– la définition du bon état écologique pour ces mêmes eaux reposant sur des descripteurs qualitatifs
– la définition d’objectifs environnementaux et d’indicateurs associés en vue de parvenir à un bon état écologique du milieu marin
– un programme de surveillance en vue de l’évaluation permanente de l’état des eaux marines et de la mise à jour périodique des objectifs
– un programme de mesures qui doit permettre de parvenir à un bon état écologique des eaux marines ou à conserver celui-ci
Ce document ne se substitue pas à l’évaluation initiale des caractéristiques et de l’état écologique des eaux marines de la SRM « golfe de Gascogne » qui a été validée en décembre 2012 (DCSMM-PAMM de la sous-région marine Golfe de Gascogne, 2012). Il reprend et valorise certaines cartes et textes de cette analyse qui sont utiles à la compréhension des enjeux Natura 2000.
Les données issues de cette analyse « DCSMM » sont plus récentes et à plus large échelle que celles des cahiers d’habitats côtiers Natura 2000 (Bensettiti et al., 2004)

Les poissons amphihalins de la directive Habitat – Faune – Flore du golfe de Gascogne

Les poissons migrateurs amphihalins correspondent aux espèces réalisant une partie de leur cycle de vie en mer et une autre en eau douce. Au sein de ce groupe de poissons se placent l’esturgeon européen (Acipenser sturio), deux espèces d’aloses (Alosa alosa et Alosa fallax), deux espèces de lamproie (Petromyzon marinus et Lampetra fluviatilis) et le saumon atlantique (Salmo salar). Ces six espèces que nous décrirons dans la suite de ce document sont listées dans l’annexe II de la Directive Habitat – Faune – Flore et sont présentes dans la sous-région marine golfe de Gascogne. Ces espèces sont dites potamotoques ou anadromes, c’est -à-dire qu’elles se reproduisent en eau douce et grossissent en mer. La phase marine de ces espèces étant particulièrement difficile à suivre, un manque de connaissances scientifiques sur cette phase de leur vie est à relever.

Sources de données sur les poissons migrateurs

Les pêcheries maritimes et continentales

Aucune donnée sur la pêcherie des poissons migrateurs amphihalins n’existe dans les zones Natura 2000 en mer.
Les COGEPOMI suivent uniquement les prélèvements halieutiques professionnels et récréatifs (accidentels et autorisés) dans les eaux continentales en Bretagne, Loire, Gironde-Garonne Dordogne et Adour (Tableau 2). Par ailleurs, il faut noter que les prélèvements récréatifs peuvent se faire en aval mais également en amont des stations de contrôle contrairement aux pêcheries professionnelles qui restent en aval de celles-ci.

Les stations de contrôle et les comptages sur frayères

Pour pallier le manque de données sur la distribution des poissons migrateurs amphihalins en mer il est possible d’obtenir une approximation des flux de reproducteurs entrant dans les bassins versants via les données des stations de contrôle des flux migratoires et les comptages sur frayères.
Généralement installées au niveau de dispositifs de franchissement d’obstacles à la libre circulation des migrateurs, les stations de contrôle permettent de connaître l’effectif des géniteurs à l’échelle d’un cours d’eau.
Elles permettent de comptabiliser les poissons passant à l’amont des ouvrages soit par un contrôle vidéo, soit par un contrôle par piégeage, soit à l’aide d’outils hydroacoustiques (Tableau 3 et Tableau 4). Toutefois, elles ne permettent pas de visualiser les migrateurs se reproduisant en aval des obstacles. Des comptages sur frayères pour les salmonidés et lamproies et des bulls pour les aloses (reproduction bruyante et caractéristique de ces espèces) permettent d’estimer le nombre de migrateurs présents en aval des stations. Ces chiffres ne seront pas décrits dans le présent rapport du fait du manque de données à l’échelle du golfe de Gascogne. Certains individus peuvent se diriger vers des axes non contrôlés, ne jamais atteindre les stations de comptage ou utiliser le seuil plutôt que la passe à poissons notamment lors des forts débits. Les effectifs dénombrés au niveau de ces stations constituent donc une sous-estimation des effectifs réellement présents sur le bassin. Ils doivent donc être utilisés avec précaution. De plus, les aloses feintes et les lamproies fluviatiles se reproduisent en aval des fleuves et sont donc mal détectées par les stations de comptage.

Etat des connaissances sur les amphihalins et limites du diagnostic

Les poissons amphihalins et en particulier leur phase de vie marine sont mal connus. En 2009, la commission européenne a émis des réserves scientifiques pour les lamproies (marine et fluviatile) et pour l’ Alose feinte (en Normandie). Elle a demandé à la France d’apporter des éléments scientifiques sur la phase de vie marine de ces espèces afin de vérifier si le réseau de sites Natura 2000 existant était suffisant en termes de désignation pour ces espèces. Le Muséum National d’Histoire Naturelle a donc mené un programme de connaissance entre 2010 et 2013 sur les lamproies fluviatile et marine et sur les aloses feinte et vraie (Acou A. et al., 2013). L’amélioration des connaissances en mer est, pour ces espèces, un enjeu majeur.
Le présent diagnostic se base principalement sur les données acquises au niveau des fleuves et des estuaires. Le MNHN a toutefois obtenu des données suffisantes en mer pour modéliser les habitats marins des aloses (Trancart et al. 2014).
Les données sur les niveaux d’abondance approximatifs d’amphihalins reproducteurs dans les eaux continentales peuvent pallier le manque de données en mer. En effet, il est possible d’obtenir une estimation des effectifs d’amphihalins en additionnant les effectifs pêchés aux effectifs dénombrés dans les stations de comptage. Pour une estimation plus fine, il faudrait également y ajouter les reproducteurs se reproduisant en aval des stations, les échappements possibles, mais les données ne sont pas suffisantes pour l’instant.

Hiérarchisation des enjeux de conservation

Les six espèces de l’annexe II de la DHFF présentes dans le golfe de Gascogne ont connu une régression importante au cours du siècle dernier en raison notamment de l’aménagement des cours d’eau (installation d’obstacles à la migration), de la destruction d’habitats (exploitation de granulats en rivière et/ou colmatage des zones propices), de la dégradation de la qualité des eaux et de la pêche.
La gestion des sites Natura 2000 en mer pour les poissons migrateurs doit se faire en cohérence avec les outils de gestion à terre (sites Natura 2000, plan de gestion pour les migrateurs, schéma d’aménagement des eaux, plan saumon…) ou dans le cadre de la stratégie nationale pour les poissons migrateurs (STRANAPOMI).

Enjeux de conservation pour les espèces dans le golfe de Gascogne

L’esturgeon européen

L’esturgeon européen est en danger critique d’extinction et ne se reproduit que dans le bassin GaronneDordogne. La France et plus particulièrement la sous-région marine golfe de Gascogne ont donc une responsabilité importante dans la conservation de l’espèce. Toutefois les régions fréquentées par l’esturgeon lors de sa phase marine doivent également être surveillées. Le réseau n’a pas été conçu pour préserver la connectivité entre le système Pertuis-Gironde et les habitats marins (méconnus et non protégés) utilisés notamment par les individus de plus de 8 ans.
En 2007, le comité permanent de la convention de Berne a adopté un plan d’action pour la conservation et la restauration de l’Esturgeon européen, impliquant les pays signataires couvrant l’essentiel de l’aire de répartition historique et actuelle de l’espèce. Le plan national d’actions pour l’Esturgeon européen (2011-2015) constitue la contribution de la France à ce plan de dimension essentiellement européenne. Une de ses principales actions consiste à repeupler.
En France, quatre sites Natura 2000 marins ont été désignés pour l’esturgeon et ces quatre sites sont dans la sousrégion marine Golfe de Gascogne.

Les aloses

Les effectifs dans les rivières bretonnes ont augmenté dans les années 2000 et 2005 mais restent à des niveaux d’effectifs faibles en comparaison des niveaux historiques des autres grands fleuves français et fluctuent fortement selon les années (com. pers. Germis, 2015) alors qu’ils diminuent sur le plan national. L’Alose feinte est moins sensible que la Grande alose à l’installation d’obstacles sur les cours d’eau puisqu’elle se reproduit en général en aval de ceux-ci. Son aire de répartition semblerait actuellement plus étendue que celle de la Grande alose mais la présence d’individus sur un cours d’eau ne signifie pas qu’il existe des populations fonctionnelles. L’hybridation entre les deux espèces est possible notamment lorsque la Grande alose ne peut pas rejoindre ses frayères en amont des obstacles et utilise donc des frayères forcées proches de celles de l’Alose feinte. En France, trois groupes génétiquement homogènes ont été identifiés pour la Grande alose (Figure 14):
– Nivelle
– Golfe de Gascogne : Adour, bassin Garonne-Dordogne, Charente, Loire, Vilaine et individus capturés en mer (Sud-Bretagne, Oléron, Arcachon)
– Bretagne-Normandie : un sous-groupe Scorff-Trieux-Aulne et un sous-groupe Orne-Vire.
Comme pour les Grandes aloses, l’Alose feinte utilise le milieu marin pour s’alimenter. Les zones côtières ont un rôle trophique, notamment les embouchures des principaux bassins d’accueil (Gironde e t Loire). De même que pour les Aloses vraies, les sites Natura 2000 entre la Loire et la Gironde semblent être importants pour l’alimentation des Aloses feintes. Les estuaires constituent des nourriceries pour les jeunes de moins de 3 étés.
En France, 35 sites Natura 2000 marins ont été désignés pour l’Alose feinte dont 22 dans la sous région marine golfe de Gascogne (Annexe 1).

Les lamproies

L’aire de répartition des lamproies fluviatiles et marines s’est considérablement réduite du fait de l’installation d’obstacles à la migration. Très peu de connaissances sont disponibles sur ces espèces notamment durant leur phase de vie marine mais elle a un rôle trophique. Au niveau national, la lamproie marine apparaît comme une espèce quasi-menacée. Le fait qu’il n’y ait pas de homing chez la lamproie fait que de mauvaises conditions locales peuvent induire un afflux d’individus vers les zones où les conditions sont meilleures. Le nombre de lamproies franchissant les passes à poissons du bassin Garonne-Dordogne a fortement diminué depuis 2010 (Tableur Flux amphihalins entrant dans estuaires). Le programme de connaissances mené par le MNHN a démontré que la Lamproie fluviatile et la Lamproie de Planer n’était pas deux espèces différentes mais deux écotypes d’une même espèce, la Lamproie fluviatile étant migratrice et la Lamproie de Planer inféodée au milieu dulçaquicole. Il a également permis de mettre en évidence deux groupes génétiquement homogènes chez la Lamproie fluviatile, un en Manche-Mer du Nord et un sur la façade atlantique (Figure 16).

Table des matières
Remerciements
Préambule
I. Qu’est-ce que la boîte à outils Natura 2000 de la Sous-Région Marine Golfe de Gascogne ?
II. Pourquoi un état des lieux des espèces et habitats ?
III. Quel lien avec les cahiers d’habitat ?
IV. Quelle échelle de travail ?
V. Quel réseau Natura 2000 au sein de la SRM Golfe de Gascogne ?
VI. Quel lien avec l’évaluation initiale « DCSMM » de l’état écologique de la SRM du golfe de Gascogne ?
VII. Quel lien avec les directives DCSMM et DCE?
Les poissons amphihalins de la directive Habitat – Faune – Flore du golfe de Gascogne
I. La protection des amphihalins à différentes échelles
A. Protection et statuts de conservation
B. Plan National d’Action en faveur de l’esturgeon européen
C. Plan de Préservation du Saumon
D. Stratégie Nationale de gestion des Poissons Migrateurs
E. Natura 2000
II. Acteurs travaillant pour la protection des amphihalins de la DHFF
A. Structures et organismes
B. Les Comités de Gestion des Poissons Migrateurs
III. Sources de données sur les poissons migrateurs
A. Les pêcheries maritimes et continentales
B. Les données des campagnes halieutiques
C. Les stations de contrôle et les comptages sur frayères
IV. Etat des connaissances sur les amphihalins et limites du diagnostic
V. Fiches espèces
VI. Hiérarchisation des enjeux de conservation
A. A l’échelle européenne et française
B. Enjeux de conservation pour les espèces dans le golfe de Gascogne
C. Représentativité à l’échelle des groupes génétiques et des estuaires
D. Résultats de la hiérarchisation des enjeux de conservation
E. Objectifs, pressions, menaces, facteurs d’influence et mesures de gestion
Annexes
Bibliographie
Sitographie
Les habitats de la directive « Habitats Faune Flore »
I. Définition, classification et statuts de protection
A. Définition des habitats benthiques
B. Classification des habitats
C. Habitats OSPAR menacés et/ou en déclin
II. Eléments de cartographie des habitats benthiques
A. Les habitats physiques, le biotope
B. Identification des habitats génériques
C. Les peuplements benthiques
D. Identification des habitats élémentaires
E. Le programme de cartographie des habitats benthiques européens MESH Atlantic
III. Etat de conservation des habitats
A. Définition de l’état de conservation
B. Une évaluation à l’échelle biogéographique
C. Prise en compte de la structure et des fonctionnalités des habitats
D. Le réseau de surveillance de la faune et de la flore de la zone de balancement des marées (REBENT)
E. Caractéristiques de la colonne d’eau
IV. Etat des connaissances et limites du diagnostic
V. Fiche habitat
VI. Les principaux enjeux sur les habitats Natura 2000
A. Méthode de hiérarchisation des enjeux
B. Méthode de calcul de la représentativité du réseau de sites Natura 2000 français et de la sous région marine golfe de Gascogne
C. Résultats des calculs de représentativité
D. Enjeux de conservation pour les habitats génériques dans la sous-région marine golfe de Gascogne
E. Objectifs, pressions, menaces, facteurs d’influence et mesures de gestion
Bibliographie 
Sitographie

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