LES MYCOBACTERIES NON TUBERCULEUSES CHEZ LES PATIENTS AYANT LA MUCOVISCIDOSE

La mucoviscidose

Epidémiologie

Généralités

La mucoviscidose est une maladie génétique potentiellement grave la plus répandue dans la population d’origine caucasienne. Elle concerne 1 naissance sur 3500 en Europe (2). En France, il y a un gradient Nord-Sud avec une plus forte incidence dans le Nord (8). Cette maladie est présente dans tout le monde mais avec des incidences variables selon les régions. On la retrouve rarement en Afrique et en Asie .

Selon le registre français de la mucoviscidose de 2017 (11), 7114 patients ont été recensés . Ce nombre était d’environ 1500 cas en 1992, ce qui signe une augmentation importante du nombre de malades.

Initialement désignée comme une maladie infantile (82,2% des sujets malades en 1992 étaient des enfants), la mucoviscidose de nos jours atteint aussi bien les patients adultes qu’enfants.

On peut trouver plusieurs explications à cette augmentation du nombre de cas totaux et du nombre d’adultes :
– la réalisation du diagnostic néonatal permet une prise en charge précoce des patients atteints de la mucoviscidose.
– le développement de thérapies innovantes et l’accès à la transplantation pulmonaire améliorent le pronostic des patients.
– le nombre de patients diagnostiqués tardivement à l’âge adulte (forme clinique modérée de la mucoviscidose) a augmenté .

Le nombre de patients âgés de plus de 40 ans est sans cesse en augmentation avec un taux à 11,9% en 2017. L’âge moyen de cette pathologie est de 22,3 ans en 2017 .

Prévalence

La prévalence de la malade diffère selon les régions . Le Bretagne possède un taux de prévalence élevé à la différence de la zone Parisienne ou du Sud-Ouest de la France . Pour la Basse-Normandie, la prévalence est très hétérogène : elle est élevée dans le Calvados, modérée dans l’Orne et faible dansla Manche .

Mortalité et espérance de vie

Une meilleure prise en charge des patients malades grâce à un dépistage néonatal précoce systématique depuis 2002 ainsi que l’apparition de nouvelle thérapeutique a fait baisser le nombre de décès dû à la mucoviscidose. le taux brut de mortalité atteint son maximum à 19 pour 1000 patients en 2001 puis baisse jusqu’à 8,1 pour 1000 patients en 2017. Cette année-là, il y a eu 56 décès répertoriés pour un âge moyen de 35 ans (en 2009, âge moyen de décès était de 23,5 ans) .

En parallèle, l’espérance de vie de ces patients a beaucoup augmenté. En effet, en 1965, elle est de seulement 7 ans alors que depuis 2014, elle est passée à plus de 50 ans .

Génétique

Transmission

La mucoviscidose est une maladie génétique à transmission autosomique récessive. Il faut donc hériter de deux allèles mutés pour être malade. Il existe donc des porteurs sains hétérozygotes, qui représente 4% de la population générale occidentale (13). Pour un couple sain hétérozygote à chaque grossesse le risque statistique est :
– ¼ enfant malade
– ¼ enfant indemne non hétérozygote
– ½ enfant hétérozygote sain .

Gène

La mucoviscidose est due à une mutation dans le gène CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane conductance Regulator) qui se trouve sur le bras long du chromosome 7, plus précisément dans la région 7q31. Ce gène a une taille de 250 kilobases avec 27 exons (14). Il code pour une protéine transmembranaire CFTR qui a pour fonction principale le transport du chlore et du sodium à travers la membrane cellulaire .

Protéine

La protéine CFTR se trouve sur la membrane apicale de l’ensemble des cellules épithéliales de l’organisme : intestin, pancréas, vésicule biliaire, bronches, glandes sudoripares et appareil génital. C’est un transporteur ATP-Binding Cassette (ABC) qui a de nombreuses fonctions (15). Sa fonction principale est le transport actif vers l’extérieur de la cellule du chlore et du sodium grâce à l’ATP (adénosine triphosphate) comme source d’énergie, en échange d’ion bicarbonate. Lors de la fixation de la molécule d’ATP sur un domaine de la protéine, un changement de sa conformation se produit, le canal s’ouvre et laisse sortir les ions chlore. La mutation de cette protéine chez les patients atteints de la mucoviscidose provoque un excès de chlore dans les cellules ce qui empêche la sortie passive d’eau. Chez ces patients, les sécrétions et le mucus se déshydratent, leurs viscosités augmentent et s’accumulent alors dans les bronches, le pancréas et le foie. Il faut noter que dans les glandes sudoripares, le mécanisme de transport des ions est inversé. Ainsi, chez les patients malades, le chlore reste à l’extérieur de la cellule car le transport est défectueux (10). La concentration en chlore dans la sueur chez les patients atteints est plus élevée que chez les sujets sains. C’est pourquoi on parle depuis le Moyen-âge de baisé salé et que de nos jours, le test à la sueur est réalisé pour confirmer une mucoviscidose. Cette protéine CFTR possède aussi d’autres fonctions comme la régulation du pH intracellulaire avec le transport d’ions bicarbonates, la stimulation de l’endocytose et de l’exocytose, la régulation de la sécrétion de glycoprotéines et de mucines, le transport de l’ATP et du glutathion et enfin la régulation de certaines cytokines pro ou anti-inflammatoires .

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Table des matières

INTRODUCTION
PARTIE I : LA MUCOVISCIDOSE
EPIDEMIOLOGIE
GENERALITES
PREVALENCE
MORTALITE ET ESPERANCE DE VIE
GENETIQUE
TRANSMISSION
GENE
PROTEINE
MUTATIONS
CORRELATION GENOTYPE-PHENOTYPE
DEPISTAGE ET DIAGNOSTIC
DEPISTAGE NEONATAL
TIR
Etudes génétiques
Test à la sueur
Organigramme
DEPISTAGE PRENATAL
DIAGNOSTIC
SYMPTOMES
ATTEINTE DIGESTIVE
ATTEINTE RESPIRATOIRE
Infections bactériennes
1. Staphylococcus aureus
2. Pseudomonas aeruginosa
3. Haemophilus influenzae
4. Stenotrophomonas maltophilia
5. Achromobacter xylosoxidans
6. Burkholderia cepacia complex
7. Streptococcus pneumoniae
8. MNT
Infections fongiques
Infections virales
PRISE EN CHARGE THERAPEUTIQUE
SYMPTOMATIQUE
TRANSPLANTATION
NOUVELLES THERAPIES
PARTIE II : LES MYCOBACTERIES NON TUBERCULEUSES CHEZ LES PATIENTS AYANT LA MUCOVISCIDOSE
GENERALITES
CLASSIFICATION
CARACTERISTIQUES
EPIDEMIOLOGIE
MYCOBACTERIES NON TUBERCULEUSES PATHOGENES
MYCOBACTERIES DU COMPLEXE AVIAIRE
MYCOBACTERIES DU COMPLEXE ABSCESSUS
TRANSMISSION
DIAGNOSTIC
FACTEURS DE RISQUE
TRAITEMENTS
TRAITEMENTS MEDICAMENTEUX
TRANSPLANTATION PULMONAIRE
RESISTANCES
MACROLIDES
MABSC
Résistance acquise
AMINOSIDES
IDENTIFICATION AU LABORATOIRE
DECONTAMINATION
MICROSCOPE
CULTURES
Milieux de culture solide
Milieux de culture liquide
Nouveaux milieux de culture
1. Gélose pour la recherche de Burkholderia cepacia
2. Gélose RGM
Conditions de culture
IDENTIFICATION
Tests phénotypiques
Test chromatographique
Séquençage de gènes de ménage
PCR avec hybridation sur support solide (Kit commercial)
PCR couplée à une restriction enzymatique
Sondes spécifiques
Spectrométrie de masse
PARTIE III : NOTRE ETUDE
OBJECTIF DE L’ETUDE
MATERIELS ET METHODES
ÉCHANTILLONS
PROTOCOLE DE DIAGNOSTIC DES MNT AU LABORATOIRE
Méthodes de cultures
Identification
Sensibilité aux antibiotiques
ETHIQUE
RESULTATS
CARACTERISTIQUES DES PATIENTS
Epidémiologie
Mutations
Diagnostic de la mucoviscidose
Infections bactériennes
ECBC
CONTAMINATION DES MILIEUX DE CULTURES
PATIENTS POSITIFS
Cas n°1
Cas n°2
Cas n°3
Cas n°4
Temps de pousse des cultures positives
GELOSE BURKHOLDERIA CEPACIA
DISCUSSIONS
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIES