Les infections bactériennes

Les infections bactériennes dues à Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, et Enterococcus faecalis, diverses dans leurs manifestations cliniques, sont parmi les plus fréquentes en pathologie infectieuse. Elles représentent aujourd’hui un problème de santé publique en Afrique du fait des difficultés d’identification et de l’augmentation de la résistance aux antibiotiques. En effet, Escherichia coli est responsable de 80 à 90% des infections urinaires communautaires, Enterococcusfaecalis5 à 15% des endocardites bactériennes et Pseudomonas aeruginosa constitue l’une des principales bactéries responsables d’infections nosocomiales [18 ; 24 ;26 ;28 ]. En plus de ce fort taux de prévalence, s’ajoute un accroissement de la résistance aux antibiotiques entraînant ainsi une difficulté de prise en charge de ces infections. Cependant, l’émergence de souches résistantes aux antibiotiques est de plus en plus liée à une antibiothérapie inadéquate qui peut être due à de mauvaises conditions de réalisation de l’antibiogramme mais également aux difficultés d’identification formelle des bactéries. Ainsi il devient indispensable de disposer et de bien conserver des souches de référence dans le but de faire des contrôles de qualité interne des milieux de cultures, des disques d’antibiotiques afin d’obtenir des résultats fiables.

RAPPELS BIBLIOGRAPHIQUES SUR LES SOUCHES ETUDIEES

Escherichia coli

Caractères morphologiques
Escherichia coli ou colibacille est une entérobactérie mesurant 2 à 4 μ de long sur 0,4 à 0,6 μ de large [21]. C’est une bactérie fine et allongée à extrémités arrondies, mobile grâce à une ciliature péritriche [14].

Caractères culturaux
Escherichia coli pousse facilement sur les milieux ordinaires en 24h à 37°C en aérobiose et en anaérobiose. Ces exigences nutritionnelles sont en général réduites et la bactérie se multiplie en milieu synthétique avec source de carbone simple comme le glucose. Sur milieu gélosé les colonies sont lisses, brillantes, de structure homogène [5].

Caractères biochimiques
E. coli possède une catalase mais est dépourvu d’oxydase. L’étude de l’activité enzymatique et de la fermentation des sucres est réalisée à l’aide de micro-méthodes validées disponibles dans le commerce sous forme de galeries [21 ; 23]. Escherichia coli fermente le glucose et le lactose avec une production de gaz, il est dépourvu d’une uréase, produit de l’indole, n’utilise pas le citrate de Simmons comme source de carbone, ne produit pas d’hydrogène sulfuré.

Pseudomonas aeruginosa

Habitat

Ce sont des bacilles à Gram négatif non fermentaires, ubiquitaires et saprophytes très répandues dans l’environnement, en particulier dans celui hydrique.

Caractères morphologiques

Bacilles fins et longs de 1-3 um de long sur 0.5-1 um de large. Pseudomonas aeruginosa est anciennement appelé pyocyanique du fait de sa capacité à donner un pigment de couleur bleu-vert. Il est mobile polaire avec ciliature de type monotriche [8;31].

Caractères culturaux
Le genre Pseudomonas est facile à cultiver sur de nombreux milieux de culture en aérobiose à 37°C ou 30°C. Les colonies larges isolées, grandes, au centre bombées et à bord irrégulier (œuf sur le plat), dégagent une odeur aromatique [3 ; 10]. Il produit un pigment bleu (la Pyocyanine) soluble dans l’eau et le chloroforme spécifique de Pseudomonas aeruginosa permettant ainsi de faire le diagnostic différentiel .

Caractères biochimiques

Les Pseudomonas constituent le modèle des bactéries oxydantes ou dites oxybiontiques [9]. Le rendement de la croissance est strictement dépendant de la concentration en oxygène dissout.
➤Les enzymes de la glycolyse (voie fermentative d’Embden-Meyerhof) sontabsentes,
➤L’oxydation complète du glucose en aérobiose est réalisée dans le shunt de l’hexose monophosphate ou voie de Warburg-Dickens-Horecker par l’intermédiaire du 6 P-gluconate, la voie du 2-céto-3 désoxygluconate (voie d’Entner-Doudoroff aboutissant au pyruvate qui alimente le cycle de Krebs). D’où l’intérêt du milieu de Hugh et Leifson (acidification dans le tube sans vaseline en aérobiose).

RAPPELS SUR LA CROISSANCE BACTERIENNE

Définition

La croissance bactérienne est l’accroissement ordonné de tous les composants d’un organisme. Chez la bactérie elle aboutit à une augmentation du nombre d’individus, Il ya multiplication d’une bactérie, donnant naissance par scissiparité, à deux nouvelles bactéries identiques. Au court de la croissance, le milieu s’appauvrit en éléments nutritifs disponibles et s’enrichit en produit du catabolisme, souvent toxiques.

Nutrition bactérienne

Toute bactérie vivante a besoin d’aliment qui lui sert de matériaux de constructions et de sources d’énergie nécessaire à la synthèse de ces constituants pour la croissance ainsi que le maintien de sa vie en dehors de toute croissance
Les besoins nutritifs des bactéries sont les suivants :
➤Besoins alimentaires ;
➤Besoins énergétiques ;
➤Besoins spécifiques.

Besoins alimentaires

Les besoins alimentaires correspondent aux divers aliments constitutifs des bactéries tels que :
❖ Le carbone
Le carbone est l’un des aliments les plus abondants de la bactérie. L’anhydride de carbone est la seule source de carbone des bactéries autotrophes tandis que les bactéries hétérotrophes ne l’utilisent que facultativement, elles dégradent une grande quantité des substances hydrocarbonées (alcool, acide lactique, acide acétique etc.).
❖ L’azote et le soufre
Les bactéries ont besoin de substances azotées pour synthétiser leurs protéines. Elles fixent l’azote atmosphérique ou incorporent de composé azoté Le soufre est incorporé par les bactéries sous forme de sulfates ou de composés organiques.
❖ Le phosphore
Le phosphore fait parti des acides nucléiques et intervient dans de nombreuses réactions enzymatiques. Il permet la répartition, l’accumulation et la distribution de l’énergie dans la bactérie. Il est incorporé sous forme de phosphate inorganique.
❖ Autres éléments
D’autres éléments jouent un rôle dans le métabolisme bactérien (Na+ ,k+ ,Mg2+ ,Cl) et dans les réactions enzymatiques (Ca2+, Fe+ , Mn, Se, Cu, Co et vitamines).

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Table des matières

INTRODUCTION
RAPPELS BIBLIOGRAPHIQUES
I-1Escherichia coli
I-2Pseudomonas aeruginosa
I-3-Enterococcus faecalis
II. RAPPELS SUR LA CROISSANCE BACTERIENNE
II-1- Définition
II-2- Nutrition bactérienne
II-3-Mesure de croissance
II-4 Les facteurs influençant la croissance
III. CONSERVATION DES SOUCHES MICROBIENNES
III-1 Définition
III-2-Méthodes de conservation des souches
III-2-1 La congélation
III-2-2 La déssication
III-2-3 Lyophilisation
III-2-4 Les applications
IV. LE CONTROLE DE QUALITE
IV-1 Définition
IV-2 CONTROLE QUALITE EXTERNE (QCE)
IV-3: Contrôle qualité interne (QCI)
DEUXIEME PARTIE : TRAVAIL EXPERIMENTAL
I. CADRE DE L’ETUDE : HOPITAL ARISTIDE LE DANTEC
II MATERIEL ET METHODES
II-1 Matériel et réactif d’isolement et d’identification
II-2 Matériel et réactifs de conservation des souches
III. SOUCHES BACTERIENNES
IV. LE CONTROLE DE QUALITE
Contrôle des milieux de culture
IV-1. Contrôle de la gélose et des bouillons
IV-2 Contrôle de la stérilité des milieux préparés
IV-3 Contrôle de l’efficacité des milieux et réactifs
V. ETUDE DE LA CONSERVATION
V-1 Isolement et identification d’Escherichiacoli ATCC 25922
V-1.1 Isolement
V-1.2 Identification
V-2 Isolement et identification de Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853
V-2.1 Isolement
V-2.2 Identification
V-3 Identification d’Enterococcus faecalis ATCC 29812
V-3.1 Identification
V-4 La conservation des souches
V-4-1 Décongélation des souches
V-4-2 Etude de la viabilité des souches conservées
VI- RESULTATS
VII- DISCUSSION
Conclusion
Bibliographie
Webographie
Annexes