Les « hotspots » en région méditerranéenne

Les « hotspots » en région méditerranéenne

Les « hotspots » en région méditerranéenne :

La région west l’un des 34 « hotspots » de la biodiversité mondiale, elle est reconnue comme candidat hyper-chaud pour le soutien de la conservation de ses plantes endémiques (13.000) (Myers et al., 2000). Les « hotspots » selon la Conservation Internationale (CI), sont des secteurs géographiques qui se caractérisent par leur concentration exceptionnelle en espèces animale et végétale et par des niveaux critiques de pertes d’au moins 70% de leurs habitats. Une analyse statistique réalisée par Nadin (2008) révèle que 25 000 espèces de plantes sont inventoriées en méditerranée, correspondant à 9,2% des espèces connues dans le monde, sur un territoire correspondant à 1,5% de la surface terrestre, la moitié sont des espèces particulièrement bien adaptées, notamment aux périodes sèches et ne se trouvent nulle part ailleurs dans le monde (espèces endémiques) (Nadin, 2008). Sur les 9 pays participant alors au programme régional de coopération statistique euroméditerranéen METSTAT II et à Eurostat (DZ, EG, IL, JO, LB, MA, PS, SY, TN), l’Algérie (DZ) est classée au deuxième rang par le nombre d’espèces de sa flore connues en 2008 (plantes vasculaires, mousses, lichens, champignons et algues) et au quatrième rang par le nombre d’espèces de sa faune et de sa flore. On peut donc s’attendre à ce que le nombre d’espèces de champignons macromycètes soit relativement élevé en Algérie et que des espèces endémiques particulièrement adaptées au climat semi-aride soient présentes. 10 secteurs sont définis par Medail et Quezel ( 1997) dans le bassin méditerranéen Le complexe Bético-Rifain fait partie de ces 10 hotspots. Il englobe la région sud-ouest espagnole et quatre zones au Maghreb. La région du Détroit de Gibraltar, le Haut et Moyen Atlas au Maroc, une zone dans le littoral oranais en Algérie (Véla et Benhouhou, 2007). De nouveaux bilans floristiques (Médail et Diadema, 2006) ont ajouté deux autres « hotspots » régionaux (îles de la Croatie et Kabylie-Djurdjura en Algérie) (Figure 1). Ces « hotspots » périméditerranéens abritent environ 5500 végétaux endémiques, soit 44% de la richesse floristique méditerranéenne sur 22 % des terres (Ca., 515 000 km2) (Abdel Samad, 2015). Diadema (2006). Le « hotspot »régional de Croatie n’est pas représenté dans cette Figure. Le cercle vert représente le littoral oranais. Ces points chauds de la méditerranée occidentale sont menacés par la désertification et une extension des conditions d’aridité. Les modèles climatiques actuels projettent une élévation de la température moyenne comprise entre 2,2 et 5,1 °C et une éventuelle baisse des précipitations annuelles de 4-27% sur le bassin méditerranéen sur la période 2080-2099 par rapport à la période 1980-1999 (IPCC, 2008). En climat méditerranéen à période estivale sèche, les zones arides et semi-arides représentent 36% des terres émergées (Nouaim et Chaussod, 1996). Les végétaux vasculaires et les champignons sont particulièrement soumis à cette sécheress

Diversité de la mycoflore dans les subéraies méditerranéennes

La désertification et la progression de la sécheresse sont en partie la cause de la dégradation des subéraies sur le pourtour méditerranéen, auxquelles s’ajoutent la pression anthropique, la coupe illicite, les incendies et le surpâturage. En Afrique du nord, trois millions d’hectares de chêne liège ont été réduits au quart suite à la pression anthropique et à la sécheresse estivale de plus en plus prolongée (Khiari et al., 2012).L’IPADE (Instituto de Promoción y Apoyo al Desarrollo, Institut pour la Promotion et le soutien de Développement) est une ONG espagnole appuyée par l’Organisation mondiale de protection de la nature (WWF, World Wide Fund for Nature) qui milite pour la sauvegarde du chêne liège et la conservation de la biodiversité des PFNL (Produits Forestiers Non ligneux) en particulier le miel, les pignons, les champignons, le caroubier et le myrte. L’ensemble du Maghreb, majoritairement représenté par l’Algérie, est au cœur de ces préoccupations mondiales en matière de Biologie de la conservation (Véla et Benhouhou, 2007). Pour la réussite et la gestion durable des forêts de chêne liège, il faut prendre en compte les champignons qui sont importants dans le fonctionnement des écosystèmes et pour la croissance et la survie des essences forestières. Il y a une grande diversité de champignons dans les pays du bassin méditerranéen. Le nombre d’espèces est important en Europe et même en France où le nombre est estimé à 30 000 espèces (Courtecuisse et Duhem, 2007) dont environ 15 000 sont connues alors que 20% des espèces de champignons (ca. 1,5 million) sont connus dans le monde. En Andalousie (Espagne), certains auteurs ont signalé la présence de plus de 3.800 espèces de champignons épigés et truffes; ces derniers sont des PFNL économiquement très importants dans les pays méditerranéens (Pettenella et Kloehn, 2008). La diversité de la mycoflore des forêts méditerranéennes dépend aussi de la composition des strates végétales (Richard et al., 2004; 2005; Azul et al., 2009). De nombreuses études ont été effectuées essentiellement sur la mycoflore sous Quercus ilex (Richard et al., 2004; Richard et al., 2011), Arbutus undo (Richard et al., 2004; Kennedy et al., 2012; Lancellotti et al., 2013) et Chapitre I Synthèse Bibliographique 7 Pinus halepensis (Piou, 1979; Diaz et al., 1996). La plupart des travaux sur la mycoflore du chêne liège ont été réalisés au Portugal par Azul et al. (1999, 2009, 2010 et 2011) mais ils ne présentent aucune étude taxonomique ou phylogénétique. De Roman et al. (2005) ont identifié 10 espèces fongiques associées au chêne liège du Portugal (Cenococcum geophilum, Hebeloma stoloniferum, Quercirhiza internangularis, Q. nodulosomorpha, Q. pedicae, Q. russulocystidiata, Q. sclerotiigera, Russula, Xerocomus chrysenteron, Tuber brumale). Un bilan fongique (Azul et al., 2011) dans les subéraies du Portugal a montré une grande diversité taxonomique des champignons associés à Quercus suber, un total de 170 taxons et 19 genres. Cette analyse est basée sur l’abondance des fructifications et le nombre cumulé d’individus par taxon et par parcelle étudiée. Une étude comparative des champignons mycorhiziens présents chez Quercus suber (malades et en bonne santé) a permis à Lancellotti et al. (2013) d’inventorier uniquement les genres. Dans le monde, 72 000 espèces de champignons sont décrites dont 78 seulement sont connues en Algérie, la majorité sont probablement des champignons phytopathogènes (Tableau 1). Il est important de signaler qu’il n’existe actuellement aucune base de données algérienne sur la diversité fongique. Les connaissances disponibles sur la diversité fongique au Maghreb, elles se présentent soit sous forme de check-list bibliographique, par exemple « Inventaire fongique de Tanger » (Outcoumit et al., 2014), soit sous forme d’études relatives à la synécologie des macromycètes d’une région. On peut citer par exemple, l’étude de la mycoflore d’El Kala au nord-est de l’Algérie (Djelloul et Samraoui, 2011) et la myco-écologie des subéraies du nord-est de l’Algérie (Adouane, 2011) et de la Tunisie (Ben Hassine Ben Ali et Aschi-Smiti, 2013). Maire et al. (2009) ont réalisés une actualisation de la mycolfore du Maroc. Les documents relatifs à la mycoflore algérienne sont nombreux mais assez épars. L’inventaire le plus important dans la littérature historique est celui de René Maire dans le bulletin de la société d’histoire naturelle d’Afrique du Nord entre 1920 et 1938, concernant les champignons des environs d’Alger. Les ouvrages Malençon et Bertault, (1970, 1975) font état de quelques descriptions de champignons récoltés en Algérie. Les 25 espèces récoltées dans les zones humides d’El Kala, plus précisément Chapitre I Synthèse Bibliographique 8 dans la cédraie d’El Kala, Cedrus atlantica (Parc National Algérien d’El Kala), sont décrites par les méthodes classiques de mycologie (Nezzar, 1998). En Algérie, le Tricholoma caligatum est signalé dans la cédraie de Chréa, dans le massif du Djurjura (Nezzar et al., 1996). En 2012, un rapport de la FAO signale de possibles exportations vers le Japon, l’Espagne et l’Italie de Tricholoma nauseosum ou T. caligatum, cette dernière est identifiée comme étant une espèce très commune en Algérie (Boa, 2004) et pourrait avoir un potentiel économique. En Algérie, les champignons comestibles forestiers sont récoltés et consommés surtout par les amateurs de ces champignons. La consommation la plus importante de champignons hypogés comestibles est celle des terfez ou truffes de désert qui se développent à l’état naturel dans les zones steppiques et sahariennes et même dans les régions littorales (Fortas, 1990 ; Fortas et Chevalier 1992 a, b; Fortas et Dib-Bellahoual, 2007; Fortas, 2009; Zitouni-Haouar et al., 2015). Les truffes du désert vivent en associations mycorhiziennes avec des espèces végétales naturelles et exotiques en méditerranée ; ils forment des endomycorhizes avec les Cistaceae et des ectomycorhizes avec Pinus halepensis (Zitouni-Haouar et al., 2014; Zitouni-Haouar et al., 2015).

Table des matières

Remerciements
Dédicace
Résumé
Abstract
Abréviation, Sigles et Acronymes
Glossaire
Liste des Figures
Liste des Photos
Liste des Tableaux
Sommaire
Introduction
Chapitre I Synthèse bibliographique
I .1. Les « hotspots » en région méditerranéenne :
I. 2. Diversité de la mycoflore dans les subéraies méditerranéennes
I. 2. 1. Identification moléculaire des basidiomycètes des subéraies algériennes
I. 3. Le chêne liège (Quercus suber l.)
I. 3. 1. Caractéristiques botaniques du chêne liège
I. 3. 2. Distribution géographique du Q. suber dans le bassin méditerranéen.
I. 3. 3. Les subéraies algériennes
I. 4. Présentation de la station d’étude: la forêt deM’sila
I. 4. 1. Localisation géographique
I. 4. 2. Caractéristiques géologiques et pédoclimatiques de la forêt de M’Sila
I. 4. 2.1. Caractéristiques géologiques
I. 4. 2. 2. Caractéristiques pédoclimatiques
I. 4. 2. 3. Caractéristiques pédologiques
I. 4 .2. 4. Paramètres climatiques
I. 5. Végétation de la forêt de M’sila
I. 6. Situation économique de la forêt de M’sila
I. 7. État des connaissances sur la classification des champignons
I. 7. 1. Classification traditionnelle
I. 7. 2. Classification phylogénétique des champignons
I. 8. Classification des basidiomycota
8. 1. Anciennes classifications
8. 2. Classification phylogénétique des Basidiomycota
I. 9. Concept d’espèce
I. 9. 1. Les critères morphologiques
I. 9. 2. Réactions macro-chimiques
I.9. 3. Compatibilité sexuelle : critères d’inter-fertilité
I. 9. 4. Caractères moléculaires
I. 9. 5. La contribution de la phylogénétique
I. 9. 6. Définition d’espèce
Chapitre II Matériels et méthodes
II.1. Choix du site d’étude: la forêt de M’Sila
II. 2. Prospections
II. 3. Analyse des paramètres écologiques du site d’étude
II. 3. 1. Données climatiques
II. 3. 2. Echantillonnage et analyse physico-chimique du sol
II. 3. 3. Relevé floristique
II. 4. Méthode de récolte et de conservation des sporophores
II .4. 1 .Méthode de récolte des échantillons de sporophores
II. 4. 1. 1. Confection d’un herbier
II. 4. 2. Identification des carpospores
II. 4. 2. 1. Approche morphologique
II. 4. 2. 1. 1. Examen macroscopique
II. 4. 2. 2. Examen microscopique
II. 4. 3. Approche moléculaire
II. 4. 3. 1. Préparation des échantillons pour extraction de l’ADN
II. 4. 3. 2. Extraction et précipitation de l’ADN
II. 4. 3. 3. Dosage de l’extrait d’ADN
II. 4. 3. 4. PCR: Réaction de Polymérisation en Chaîne
II. 4. 3. 5 Principe
II. 4. 3. 6. Amplification
II. 4. 3. 7. Les amorces utilisées
II. 4. 3. 8. Préparation du mélange réactionnel pour la PCR
II. 4. 3. 9. Programme d’amplification
II. 4. 3. 10. Visualisation des produits de PCR
II. 4. 3. 11. Séquençage des produits de PCR
II. 4. 4. Analyse bio-informatique des séquences nucléotidiques
II. 4. 3. 1. Séquences ambiguës
II. 4. 3. 2. Interprétation des hétéromorphismes
II. 4. 3. 3. Publication des séquences dans GenBank
II. 4. 3. 4. Recherche de séquences homologues
II. 4. 3. 5. Alignement des séquences ADN
Chapitre III Résultats et discussion
III. 1. Analyse des paramètres écologiques des sites d’étude
III. 1. 1. Paramètres climatiques
III. 1. 2. Caractéristiques physico-chimiques du sol
III. 1. 3. Le couvert Végétal :
III. 1. 4. Conclusion
III. 2. Analyse phylogénétique.
III. 2. 1. Ordre des Agaricales
III. 2. 1. 1. Plutoid clade
III. 2. 1. 1. 1. Volvopluteus gloiocephalus
III. 2. 1. 1. 2. Melanoleuca turrita
III. 2. 1. 2. Hygrophoroid calde
III. 2. 1. 2. 1. Hygrocybe sp.
III. 2. 1. 2. 2. Omphalotus olearius
III. 2. 1. 3. Trichlomatoid clade
III. 2. 1. 3.1. Lyophyllum littoralis
III. 2. 1. 3. 2. Tricholomataceae
III. 2. 1. 3. 2. 1. Tricholoma caligatum
III. 2. 1. 3. 2. 2. Tricholoma batschii
III. 2. 1. 3. 2. 3. Lepista sordida (Schumach.) Singer, Lilloa 22: 193 (1951) [1949]
III. 2. 1. 3. 2. 4. Infundibulicybe gibba: (Pers.) Harmaja, Ann. bot. fenn. 40(3):
(2003).
III. 2. 1. 4. Agaricoid Clade
III. 2. 1. 4. 1. Hebeloma limbatum : Beker, Vesterh. et U. Eberh., (Fungal biology : 2016).
III. 2. 1. 4. 2. Inocybe
III. 2. 1. 4. 2. 1. Analyse des séquences ITS d’Inocybe appartenant au sous-genre Inocybe:
III. 2. 1. 4. 2. 1. 1. Inocybe rufuloides Bon 1984
III. 2. 1. 4. 2. 1. 2. Inocybe tigrina et I. aff. tigrina
III. 2. 1. 4. 2. 2. Analyse des séquences ITSs du sous-genre Inosperma
III. 2. 1. 4. 2. 2. 1. Analyse des séquences du clade Mallocybe
III. 2. 1. 4. 2. 2. 2. Inocybe malenconii
III. 2. 1. 4. 2. 2. 3. Inocybe aff. agardhii
III. 2. 1. 4. 3. Gymnopilus spectabilis
III. 2. 1. 4. 4. Cortinarius :
III. 2. 1. 4. 4. 1. Clade Caeruleascentes
III. 2. 1. 4. 4. 2. Clade Dionysae
III. 2. 1. 4. 4. 3. Sous-genre Phlegmacium et phylo-géographie
III. 2. 1. 4. 5. Psathyrella cf. candolleana
III. 2. 1. 4. 6. Le genre Agaricus
III. 2. 1. 4. 6. 1. Agaricus subg. Spissicaules Agaricus sect. Spissicaules
III. 2. 1. 4. 6. 2. Agaricus subg. Flavoagaricus Agaricus sect. Arvenses
III. 2. 1. 4. 6. 3. Agaricus subg. Agaricus Agaricus Sect. Agaricus
III. 2. 1. 4. 6. 4. Agaricus subg. Pseudochitonia
III. 2. 1. 4. 6. 4. 1. Agaricus sect. Hondenses
III. 2. 1. 4. 6. 4. 2. Agaricus sect. Bivelares
III. 2. 1. 4. 6. 4. 3. Agaricus sect. Chitinoides
III. 2. 1. 4. 7. Lycoperdon radicatum
III. 2. 1. 4. 8. Macrolepiota
III. 2. 1. 4. 8. 1. Les séquences algériennes appartenant au groupe Macrolepiota:
III. 2. 1. 4. 8. 2. Analyse des séquences de la section Macrosporae
Macrolepiota aff. phaeodisca (PN sp.)
III. 2. 1. 4. 8. 3. Analyse des séquences appartenant au clade Mastoidea
III. 2. 1. 4. 8. 4. Analyse des séquences appartenant à la section Macrolepiota
III. 2. 2. Ordre des Boletales
III. 2. 2. 1. Suillus
III. 2. 2. 2. Analyses des séquences de Suillus collinitus
III. 2. 3. Ordre des Russulales Lactarius
III. 2. 4. Ordre des Théléphorales Boletopsis
Chapitre IV Discussion générale
IV. 1. Inventaire des espèces fongiques récoltées de 2010 à 2013
IV. 1. 1. Inventaire
IV. 1. 1. 1. Classification des espèces fongiques récoltées
IV. 1. 1. 2. Biologie des espèces fongiques récoltées
IV. 2. Analyse des séquences
Détermination des spécimens
IV. 3. Adaptation au biotope et choix des espèces pour mycorhizer les jeunes plants
Adaptation au climat méditerranéen
IV. 4. Perspectives
IV. 5. Remarques sur la démarche utilisée
IV. 6. Conseil pour ceux qui voudraient utiliser cette méthodologie
Conclusion générale
Références bibliographiques
INDEXES
Indexe I: Données climatiques
Indexe II: Bulletins d’analyse de terre
Indexe III: Séquences entières
Indexe IV: Exemple de fichier Sequin

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