Soutenance mémoire
Les infections respiratoires basses non tuberculeuses (IRB) constituent un groupe hétérogène et sont définies par une atteinte infectieuse sous glottique de l’appareil respiratoire [18]. Elles constituent un problème majeur de santé publique en raison de leur fréquence, de leur gravité potentielle et de leur coût socio-économique. Elles représentent 26% de la pathologie infectieuse dans le monde [21]. La pneumonie est la première cause infectieuse de mortalité chez l’enfant [84]. Au Sénégal, une étude faite dans le service de pneumologie du CHU de Fann en 2005 a montré que les IRB aiguës représentaient 4,8% des hospitalisations [73]. L’un des facteurs pouvant accroitre la morbidité et la mortalité imputables aux IRB non tuberculeuses est la présence d’un déficit immunologique congénital ou acquis tel que l’infection à VIH.
La pandémie de l’infection par le VIH est un fléau affectant les pays et populations les plus démunis avec 36,9 millions de personnes vivants avec le VIH dans le monde dont les deux tiers se trouvent en Afrique subsaharienne en fin 2014 [25]. Le VIH affaiblit le système immunitaire, rendant le sujet vulnérable à des affections qualifiées de maladies opportunistes car occasionnées par des micro-organismes habituellement inoffensifs chez des sujets ayant un bon système immunitaire. Ces infections peuvent atteindre tous les organes faisant de cette affection une maladie systémique. La localisation pulmonaire est l’une des plus fréquentes. Cependant, grâce à l’avènement de la trithérapie à base d’antirétroviraux, la fréquence et la gravité de ces infections ont diminué. Malgré tout, les maladies opportunistes demeurent encore un motif fréquent de décès et d’hospitalisation notamment en Afrique [71]. Ces manifestations peuvent atteindre tous les organes faisant de cette affection une maladie systémique. Le poumon est un des sites les plus fréquemment touchés par la maladie .Les infections respiratoires basses non tuberculeuses chez les pvvih sont la 2ème cause d’hospitalisation après la tuberculose en Afrique. Très fréquemment associées à l’infection par le VIH, elles réalisent un tableau gravissime avec une mortalité élevée de l’ordre de 20% à 30% [60]. Elles sont très souvent la circonstance de découverte de l’infection à VIH. Le plus souvent il s’agit de patient très immunodéprimé, avec altération de l’état général et très probablement avec infection poly microbienne. . Au cours de l’infection à VIH, les pneumonies opportunistes peuvent être révélatrices du SIDA ou constituer des marqueurs cliniques du SIDA. Les étiologies sont diverses et variées [60, 87]. Ainsi les IRB chez les PVVIH sont fréquentes larges dominées par la tuberculose qui demeure l’infection opportuniste majeure, mais ne pas méconnaitre les IRA basses non tuberculeuses chez les PVVIH car certaines formes sont graves et engagent le pronostic vital et ceci d’autant plus que l’immunodépression est sévère avec :
– une augmentation avec l’âge et une incidence des pneumonies de 5/1000 de la pathologie infectieuse et inférieure à 5/100 des IRB [16].
– une morbidité de 9% des arrêts de travail et qui constitue l’un des motifs de consultation les plus fréquents [16].
– une mortalité de 2 à15% des pneumonies et présente la première cause de décès par maladies infectieuses [16].
– un coût élevé : c’est la première cause de consommation d’antibiotique [16]. C’est dans ce contexte que nous avons mené notre étude avec comme objectif général de:
-déterminer la prévalence globale des infections respiratoires basses non tuberculeuses chez les patients vivants avec le VIH suivis au service de maladies infectieuses et de pneumologie de 2011 à 2015.
GENERALITES SUR L’INFECTION AVIH
Définition
L’infection par le VIH est une infection virale chronique due à un rétrovirus, transmis par voie sexuelle, sanguine ou verticale et qui entraine un déficit profond de l’immunité responsable de complications infectieuses et tumorales majeures qui constituent le SIDA [73].
Epidémiologie de l’infection
Situation globale de l’infection à VIH dans le monde
En 2014, selon l’ONUSIDA (organisation des nations unies pour la lutte contre le sida), 36,9 millions de personnes vivaient avec le VIH dans le monde.
En juin 2015, 15,8 millions de personnes avaient accès au traitement. Parallèlement, bien que les nouvelles infections à VIH aient diminué, un nombre inacceptablement élevé de nouvelles infections à VIH et de décès liés au sida surviennent encore chaque année. En 2014, environ 2 millions de personnes ont été nouvellement infectées par le VIH et 1,2 million de personnes sont décédées de maladies liées au sida. Bien qu’il apparaisse que l’incidence du VIH se stabilise ou diminue dans le monde, force est de constater que l’épidémie reste toujours active. En effet, les nouvelles infections à VIH ont chuté de 35% depuis 2000 (de 58% parmi les enfants) et les décès liés au sida ont baissé de 42% depuis le pic de2004.
En Afrique subsaharienne
L’Afrique subsaharienne qui ne représente que 12% de la population mondiale se retrouve avec près de 70% des personnes vivant avec le VIH dans le monde. En 2014, selon l’ONUSIDA, sur les 36,9 millions de personnes vivant avec le VIH dans le monde, 25,8 millions (24,0 millions-28,7 millions) résideraient en Afrique sub saharienne. Les femmes y représentent plus de la moitié du nombre total des personnes vivant avec le VIH. Elles étaient de 11,1 millions en 2001 et 17,4 millions en 2014 avec 1,1 millions de décès lié au VIH en 2012. Malgré ces chiffres impressionnants, il existe une tendance positive concernant l’épidémie à VIH en Afrique subsaharienne depuis 2000. C’est ainsi que le nombre de nouvelles infections a enregistré une chute de 41% passant de 2,3 millions (2,2 millions-2,4 millions) en 2000 à 1,4 millions (1,2 millions-1,5 millions) en 2014. Le nombre de décès liés au SIDA quant à lui est passé de 1,2 millions (1 million-1,5 millions) en 2000 à 790000 (670000-99000) en 2014.
Au Sénégal
La prévalence de l’infection à VIH dans la population générale sénégalaise a été estimée à 0,7% selon l’enquête Démographique et de Santé à Indicateurs Multiples du Sénégal de 2010-2011 [36]. Cette faible prévalence cache toutefois des disparités importantes. Le Sénégal est un pays à épidémie concentrée c’est-àdire que la prévalence est faible dans la population générale mais élevée dans la population à risque (HSH) 18,5%, les travailleurs du sexe 18,5% et les toxicomanes par IV 10,2%. Cette disparité se retrouve également au niveau des régions avec une plus forte prévalence dans les régions du sud notamment à Ziguinchor (2,2%) et à Kolda (2%). En 2015, le Sénégal, compte 44000 (37000- 53000) personnes vivant avec le VIH [3] avec :
‒ un taux de prévalence chez l’adulte de 15 à 49 ans de 0,5%;
‒ des adultes âgés de 15 ans et plus vivant avec le VIH sida estimés à 40000 (34000-49000);
‒ des femmes âgées de 15 ans et plus vivant avec le VIH au nombre d’environ 17000 (15000-21000);
‒ des enfants âgés de 0-14 ans vivants avec le VIH de l’ordre de 3700 (3100- 4400).
Depuis quelques années, l’épidémie se féminise. La prévalence de l’infection à VIH chez la femme était de 0,7% en 2011, les femmes étaient pratiquement deux fois plus infectées que les hommes. Les régions ou le sexe ratio est plus élevé sont les régions de Matam (5), Kaolack (2,5), Fatick (1,8), Kédougou (1,5) et Sédhiou (˃2) .
Physiopathologie de l’infection à VIH
Agent pathogène
Le VIH est un virus à ARN. Il fait partie de la famille des rétrovirus, caractérisée par la présence d’une enzyme, la transcriptase inverse, qui traduit leur génome ARN en ADN, capable d’être intégré au génome de la cellule hôte. Il appartient au sous-groupe des lentivirus, (du latin lenti, signifiant lent), qui se caractérisent par une longue période d’incubation avec, par conséquent, une évolution lente de la maladie. On distingue le VIH1 et le VIH2. Vus en microscopie électronique, ces deux virus sont identiques. Il existe pourtant 50% de différences entre leur matériel génétique. Le virus se présente sous la forme de particules sphériques avec un diamètre variant de 80 à 120 nanomètres. Il comporte :
‒ une membrane composée de particules sphériques, entourées d’une couche d’origine cellulaire dans laquelle sont ancrées des glycoprotéines externes (SU gp 120) et transmembranaires (TM Gp41);
‒ une matrice, constituée de protéines (P17 MA) qui tapissent l’intérieur de la particule virale et contient la protéase virale;
‒ une capside, faite de protéines (P 24 CA), se présente sous forme d’un trapèze au centre de la particule virale et contient des protéines de la nucléocapside (P7NC), deux des trois enzymes virales (transcriptase et intégrase) et le matériel génétique du virus constitué de deux molécules d’ARN identiques .
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : REVUE DE LA LITTERATURE
1. GENERALITES SUR L’INFECTION AVIH
1.1 Définition
1.2 Epidémiologie de l’infection
1.2.1 Situation globale de l’infection à VIH dans le monde
1.2.2 En Afrique subsaharienne
1.2.3 Au Sénégal
1.3 Physiopathologie de l’infection à VIH
1.3.1 Agent pathogène
1.3.2 Le cycle de réplication virale
1.3.3 Modes transmission du VIH
1.4 Histoire naturelle de l’infection à VIH
1.4.1 La primo-infection
1.4.2 Phase asymptomatique
1.4.3 Phase de lymphadénopathie généralisée et persistante
1.4.4 Phase symptomatique
1.4.5 Classifications
1.5.1 Diagnostic indirect
1.5.2 Diagnostic direct
1.6 PRISE EN CHARGE DE L’INFECTION A VIH
1.6.1 Prise en charge psychosociale
1.6.2. Prise en charge nutritionnelle
1.6.3. Prise en charge médicale
1.6.4 Prise en charge des infections liées au VIH
1.7 Traitement antirétroviral
1.7.1 But du traitement
1.7.2 Principe du traitement
1.7.3 Moyens
1.7.4 Indications
1.7.5 PREVENTION DE L’INFECTION VIH
2. INFECTIONS RESPIRATOIRES BASSES AU COURS DU VIH
2.1 Définition et classification
2.2 Principales étiologies d’IRB au cours du VIH
2.2.1 Les bactérioses et mycobactérioses pulmonaires
2.2.2 Les viroses
2.2.3 Les parasitoses
2.2.4. Les mycoses
DEUXIEME PARTIE
I. PRESENTATION DU CADRE D’ETUDE
1. CLINIQUE DE PNEUMOLOGIE
II. Matériels et méthodes
1. Type et période d’étude
2. Description de la population d’étude
2.1. Critères d’inclusion
2.2. Critères de non inclusion
2.3.Définition de variable
2.4. Recueil de données
3. Modalités pratiques
3.1. Aspect éthique
3.3. Saisie et exploitation des données
III. RESULTATS
1. Caractéristiques de la population étudiée
2. Partie descriptive
2.1.caracteristiques de la population étudiée
2.1.1. Caracteristiques socio-demographiques
2.1.1.1 Répartition cumulée du nombre de cas en année, de 2011 à 2015 au service des maladies infectieuses et a la clinique de pneumologie de Fann75
2.1.1.2 Répartition mensuelle cumulée du nombre de cas de 2011 à 2015 au service des maladies infectieuses et à la clinique de pneumologie de l’hôpital Fann
2.1.1.3 répartition selon le lieu de résidence
2.1.1.4. Répartition de la population selon le genre
2.1.1.5. Répartition de la population d’étude selon les tranches d’âge
2.1.1.6 Répartition de la population d’étude selon l’activité professionnelle
2.1.1.6. Répartition de la population d’étude selon le statut matrimonial
2.1.2.6. Répartition selon le statut sérologique
2.1.2. Répartition selon les antécédents
2.1.2.1 Les conduites à risque
2.1.2.2 Répartition selon les autres antécédents
2.1.3. Répartition selon les aspects cliniques
2.1.3.1 Répartition selon les signes généraux
2.1.3.2 Répartition selon les signes fonctionnels respiratoires
2.1.3.3 Répartition selon l’examen physique pleuro-pulmonaire
2.1.3.4 Répartition selon les signes fonctionnels extra-respiratoires
2.1.3.5. Répartition selon l’atteinte des autres appareils
2.1.4. Répartition selon les signes paracliniques
2.1.4.1 Aspects biologiques
2.1.4.1.1. Répartition selon les résultats de l’hémogramme
2.1.4.1.2. Répartition selon les résultats des autres examens biologiques
2.1.4.1.3. Répartition de la population selon le taux de Lymphocyte CD4
2.1.4.2. Répartition selon l’imagerie
2.1.4.2.1. Radiographie du thorax
2.1.4.2.2. TDM thoracique
2.1.4.3. Examens microbiologiques et endoscopiques
2.1.5.4. Répartition selon les germes isolés
2.1.5. Coïnfection
2.1.6 Répartition selon le traitement
2.1.6.1 Répartition de la population de l’étude selon les traitements
2.1.6.2 Répartition selon le type d’antibiotiques prescrits
2.1.6.3 Répartition selon les traitements adjuvants prescrits
2.1.6.4 Répartition selon le protocole antirétroviral
2.1.6.5. Répartition de la population selon la durée d’hospitalisation
2.1.6.6 Répartition de la population de l’étude selon les modalités évolutives
3. Etude analytique
3.1. Analyse de facteurs épidémiologiques
3.1.1. Répartition des patients en fonction de l’évolution des IRB non tuberculeuses selon le sexe et l’âge
3.1.2. Répartition des patients en fonction de l’évolution des IRB non tuberculeuses selon le profil sérologique
3.1.3. Répartition des patients selon l’évolution des IRB non tuberculeuses selon les facteurs de risque
3.2. Analyse de facteurs cliniques, paracliniques et biologiques
3.2.1. Analyse bivariée selon les signes cliniques généraux, respiratoires et pleuro pulmonaires des patients
3.2.2. Analyse bivariée selon les signes cliniques extra respiratoires
3.2.3. Analyse bivariée selon les localisations extra pulmonaires
3.2.4. Analyse bivariée des facteurs de mortalité selon les données biologiques
3.2.5. Analyse bivariée selon la radiographie du thorax
3.2.6. Analyse bivariée selon le bilan des co-infections
3.3. Analyse de facteurs thérapeutiques
3.3.1. Analyse bivariée selon le type d’antibiotiques prescrits
DISCUSSION
CONCLUSION
