Les demandes d’examen cytobactériologique des urines

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RAPPELS ANATOMO-PHYSIOLOGIQUE 

Appareil urinaire

L’appareil urinaire est constitué par : le rein, la vessie et les canaux excréteurs (calices, bassinets, uretères, urètre).
Le rein
C’est un organe pair, situé de part et d’autre de la colonne vertébrale, en arrière du péritoine, à la hauteur des dernières cotes. Chacun mesure 12 cm de long, 6 cm de large et 3 cm d’épaisseur, pèse 150 grammes et a la forme d’un haricot. Ils sont reliés aux gros vaisseaux (aorte abdominale et veine cave inferieur) par une artère et une veine, qui forment les pédicules rénaux. Les voies d’excrétions du rein commencent dans le sinus rénal par les petits calices, qui se réunissent pour former les grands calices, à leur tour aboutissent à la formation du bassinet.
Son rôle principal est l’élaboration de l’urine et permet de maintenir l’équilibre intérieur de l’organisme en équilibrant les entrées et les sorties d’eau, des électrolytes (chlore, potassium, sodium, bicarbonate,…), de l’azote et permet d’éliminer de multiples autres substances toxiques ou médicamenteuses [9].
L’uretère
Ce sont les deux conduits qui transportent l’urine des bassinets vers la vessie. Les uretères sont des tubes musculaires qui poussent l’urine par des mouvements péristaltiques. Chez l’adulte, ils mesurent habituellement entre 25 à 35 cm de long [9].
La vessie
La vessie est l’organe du système urinaire dont la fonction est de recevoir l’urine terminale produite par les reins puis de la conserver avant son évacuation au cours de la miction. L’urine arrive dans la vessie par les uretères, et émise via l’urètre.
Chez la femme, elle est placée au-dessus du plancher pelvien, en avant de l’utérus et du vagin (figure 1) [9].
L’urètre
L’urètre est le canal de sortie de la vessie.
Chez la femme, l’urètre est court environ 3,7cm, pour un diamètre environ 6 mm et débouche sur la vulve entre le clitoris et l’ouverture du vagin par le méat urinaire [9].

Germes responsables

De nombreux micro-organismes peuvent être responsables de l’infection urinaire, mais les bacilles à Gram négatif sont de loin les plus courants. Et le réservoir bactérien des infections urinaires est le tube digestif du fait de la proximité entre l’appareil digestif et l’appareil urinaire.
Par ordre de fréquence, ces microorganismes sont : Escherichia coli (75-85%),
Proteus mirabilis (5-10%), Staphylococcus saprophyticus (10-15%), Klebsiella spp,
Pseudomonas, et les Entérocoques [10].

PHYSIOPATHOLOGIE

Mode de contamination

L’urine est physiologiquement stérile mais constitue un bon milieu de culture des bactéries après sa colonisation. Il existe trois modes de contamination des urines : rétrograde, hématogène, et iatrogène. Le mode de contamination rétrograde est le plus fréquent, il est lié à la colonisation de l’urètre par des bactéries normalement présentes dans le colon et le périnée.
Le mode de contamination hématogène est beaucoup plus rare, il est susceptible de survenir lors de bactériémie à staphylocoque responsable d’abcès rénaux multiples, de candidose généralisée, ou dans le cadre de la tuberculose.
Le mode de contamination iatrogène est lié à toute manœuvre urologique (cystoscopie, sondage, chirurgie,…) susceptible d’introduire des germes dans les urines. Ce sont généralement des bactéries hospitalières [11].

Facteur pathogène

L’arbre urinaire est normalement stérile hormis les derniers centimètres de l’urètre contaminés par la flore digestive, la flore cutanée, la flore génitale chez la femme. Le flux permanent de l’urine et le sphincter vésico-urétéral protège le rein contre l’invasion des bactéries. Le tube digestif est le réservoir habituel des germes retrouvés dans les infections urinaires. L’infection urinaire survient en cas d’anomalie fonctionnelle ou organique de l’appareil urinaire, de stase urinaire ou de reflux vers l’amont ainsi qu’à la virulence de certains germes.
L’infection urinaire commence par la colonisation du tube digestif par une souche uropathogène, puis elle gagne l’aire periurétral, remonte le long de la vessie, le long de l’uretère vers le rein [12-13].

Facteurs favorisants et facteurs de risque

Chez la femme, d’une part, le méat urinaire et l’anus sont très proches, et d’autre part, l’urètre est très court : les germes intestinaux remontent facilement dans la vessie et s’y développent.
Les facteurs hygiéno-diététiques (le coït, constipation, insuffisance de diurèse,…), les facteurs généraux (immunodépression, diabète, ménopause, grossesse,…), les facteurs locaux (les obstacles organiques ou fonctionnels sur les voies excrétrices responsable de stase, les reflux vésico-urétéraux, les uropathies obstructive ou malformative) sont également à l’origine d’une infection urinaire [11,14].

CLINIQUE

Présentation générale

On distingue classiquement :
 Selon sa localisation, une infection urinaire basse témoigne une atteinte vésicale (cystite), souvent d’origine bactérienne et le mode de contamination est toujours ascendant. Et une infection haute témoignant l’atteinte du parenchyme rénal, qui est potentiellement grave (pyélonéphrite, abcès rénal,…)[15].
 Selon sa gravité, une infection urinaire simple est une infection urinaire haute ou basse survenant chez une femme pré-ménopausée, sans facteur de risque, non enceinte. Une infection urinaire compliquée est une infection urinaire survenant en présence de facteur de risque, qui peut être physiologique, pathologique, ou mécanique (âge avancé, grossesse, immunodépression, diabète, anomalie des voies excrétrices, calcul, sondage vésical à demeure,…), et une infection urinaire récidivante ou récurrente se traduit par 4 épisodes par année, généralement c’est une nouvelle infection avec un germe différent [11].

Signes en faveur d’une cystite :

Ces signes comprennent : une douleur sus-pubienne, une pollakiurie, des urines troubles, des brûlures mictionnelles, une hématurie, une sensation de dysurie quelque fois, avec une fièvre qui ne dépasse 38°C [11].

Signes en faveur d’une atteinte parenchymateuse et d’une pyélonéphrite

Ces signes associent : une fièvre supérieure à 38,5°C, avec frissons, une douleur lombaire vive (irradiant vers le bas, spontanée ou provoquée par la palpation et la percussion de la fosse lombaire), des signes de cystite et parfois accompagné de trouble digestif (nausée, vomissement, diarrhée) [11].

Particularités

Infection urinaire chez la femme

La cystite

La cystite est une infection fréquente, c’est l’apanage de la femme jeune et âgée, car chez l’homme, elle est pratiquement toujours associée à une prostatite.
Le signe positif comprend : une douleur sus pubienne, une brulure mictionnelle, une pollakiurie, une hématurie, et les signes négatifs sont très importants pour le diagnostic : il n’y a pas de fièvre supérieure à 38°C, et absence de douleur lombaire. Il est important de distinguer une cystite unique de la cystite récidivante qui est caractérisée par la survenue de plus de 4 cystites par an et la dernière inférieure à 3 mois, souvent due à un traitement mal adapté, à un foyer méconnu de pyélonéphrite, ou une malformation de l’appareil urinaire [11].

La pyélonéphrite aigue

La pyélonéphrite est une inflammation microbienne du bassinet associée à l’envahissement de l’interstitium par des trainées suppuratives. Cependant il est important de distinguer, d’une part une pyélonéphrite simple ou primitive, sans lésion urologique, sans facteur favorisant et sans signe de gravité. Et d’autre part une pyélonéphrite compliquée ou secondaire, consécutive à une uropathie ou obstacle, avec signe de gravité (hypotension, AEG, hypothermie), et facteur favorisant (grossesse, infection urinaire datant de moins de 3 mois, diabète, immunodépression,…).
Le tableau clinique peut cependant être très voisin, qui est caractérisé par l’apparition brutale de fièvre supérieure à 38,5°C, violentes frissons, et douleur lombo-abdominale vive unilatérale accompagnée de nausée et vomissement.
L’évolution d’une pyélonéphrite aigue simple est bénigne sous antibiothérapie bien adaptée, avec disparition de la fièvre et de la douleur en 3 à 4 jours, les urines sont stériles en quelques heures, par contre une pyélonéphrite aigue compliquée peut aboutir à : un abcès rénal, un phlegmon péri-rénale, un pyonéphrose, une septicémie à germes Gram négatifs, avec risque de choc, de CIVD, et d’anurie [11, 16-18].

Infections urinaires et grossesse

La grossesse est un état physiologique d’immunodépression acquise, ce qui favorise l’infection urinaire.
Elles sont caractérisées par la fréquence de la bactériurie asymptomatique. Cette affection est potentiellement grave car elle favorise l’apparition de la pyélonéphrite gravidique qui s’accompagne d’un risque d’accouchement prématuré (l’infection et la fièvre entraine la contraction utérine) [8, 17].

MOYENS DE DIAGNOSTIC :

Il existe deux examens essentiels pour affirmer une infection urinaire.

La bandelette urinaire (BU)

La BU permet de détecter les infections urinaires asymptomatiques, et surtout d’orienter le diagnostic d’infection urinaire. Ces bandelettes réactives détectent l’estérase leucocytaire qui témoigne la présence de leucocyte et les nitrites qui témoignent de la présence de bactérie capable de transformer le nitrate en nitrite (pourvue de nitrite réductase), essentiellement l’entérobactérie. En revanche les cocci à Gram positif et les bactéries à Gram négatif aérobies strictes n’en possèdent pas.
Le test de BU peut être pris en défaut en cas d’urine acide, d’urine ayant séjourné moins de 4 heures dans la vessie, une infection urinaire sans leucocyte (diabétique), une protéinurie supérieure à 3g par ml, ou d’urine trop diluée, en cas de faible inoculum bactérien et en cas de bactérie dépourvue de nitrite réductase.
Les bandelettes réactives ont une sensibilité de 90% et une spécificité de 70%. Un résultat négatif est habituellement suffisant pour exclure une infection urinaire, sauf si les symptômes cliniques sont très évocateurs. Par contre un résultat de bandelette positif doit être confirmé par un ECBU, sauf en cas de cystite aigue simple chez la femme. La bandelette urinaire est un test de dépistage mais pas de diagnostic [19,20].

L’examen cytobactériologique des urines (ECBU)

L’ECBU est indiqué dans toutes les situations d’infection urinaire, à l’ exception des cystites aigues simples d’évolution favorable. Il autorise le diagnostic de certitude d’une infection urinaire, isole le microorganisme responsable et permet de déterminer la sensibilité de la ou des bactéries aux antibiotiques à l’antibiogramme [21,22]
La réalisation et l’interprétation de cet examen est difficile. Elle se repose sur quelques étapes et principes simples mais fondamentaux, ceci depuis la condition de prélèvement des urines jusqu’ à son interprétation.

Prélèvement d’urine

C’est une étape primordiale qui conditionne la qualité des résultats. Il peut se dérouler au laboratoire ou à domicile, l’essentiel étant de bien expliquer aux patients les conditions à respecter.
Le recueil d’urine doit se faire dans des conditions d’asepsie rigoureuse, car l’urine vésicale et sus vésicale sont stériles en absence d’infection, il n’en est pas de même pour la portion distale de l’urètre, le méat urinaire et le périnée, où l’on retrouve des flores commensales pouvant contaminer les urines lors du recueil.
Prélèvement d’urine chez un adulte non sondé coopératif : l’urine est recueillie aux mieux le matin, avant toute antibiothérapie ou 48 heures après l’arrêt de celle-ci, et après toilette soigneuse à l’eau et au savon ou à un antiseptique comme le dakin, suivie d’un rinçage au sérum physiologique ou à l’eau afin que des traces de savon ou d’antiseptiques ne soient pas entrainées par le jet d’urine.
– Chez la femme
Le recueille d’urine se fait après avoir nettoyé les petites lèvres, les grandes lèvres et la vulve, en cas de pertes vaginales, même banales, mettre une protection vaginale. Ensuite, la patiente élimine le premier jet urinaire (10 à 50 ml) afin de laver l’urètre antérieur et de le débarrasser de sa flore commensale; et elle recueille le milieu de la miction (2ème jet) dans un pot stérile.
– Chez la femme (si miction impossible)
Le sondage vésical doit demeurer exceptionnel (handicap neurologique, articulaire).
Geste particulier : La ponction sus-pubienne est alternative peu utilisée (en cas de miction impossible). Le prélèvement par cathétérisme permet de séparer l’urine du rein droite et du rein gauche [21,22].

Conservation et transport des urines

Les urines recueillies dans un récipient stérile doivent être ensemencées dans les 20 minutes. Elles ne doivent jamais être conservées plus de 2 heures à température ambiante ou à défaut conservées à +4°C pour une durée maximale de 24 heures. Des milieux de transport contenant de l’acide borique permettent de conserver les urines pendant 48 heures
. Ces délais maxima et ces températures incluent les conditions de transport du prélèvement qu’il est donc important de bien contrôler; Il faut donc noter l’heure du prélèvement [23].

Table des matières

INTRODUCTION
Première partie : RAPPELS
1. RAPPELS SUR L’INFECTION URINAIRE
1. DEFINITION
2. EPIDEMIOLOGIE
3. RAPPEL ANATOMO-PHYSIOLOGIQUE
3.1. Appareil urinaire
3.2. Germes responsables
4. PHYSIOPATHOLOGIE
4.1. Mode de contamination
4.2. Facteur pathogène
4.3. Facteur favorisants et facteurs de risques
5. CLINIQUE
5.1. Présentation générale
5.2. Particularités
6. MOYEN DIAGNOSTIC
6.1. La BU (bandelette urinaire)
6.2. L’ECBU (examen cytobactériologique des urines)
Deuxième partie : METHODES ET RESULTATS
II.METHODES ET RESULTATS
1. METHODES
1.1. Cadre de travail
1.2. Type d’étude
1.3. Période d’étude
1.4. population étudiée
1.5. Echantillonnage et taille d’échantillonnage
1.6. Méthode de recueil de dossier
1.7. Traitement des échantillons
1.8. Variables
1.9. Analyse statistique
1.10. Limites
1.11. Considération éthique
2. RESULTATS
2.1. Les demandes d’examen cytobactériologique des urines
2.2. Répartition des prélèvements reçus selon l’âge
2.3. Données concernant les renseignements cliniques
2.4. Répartition des données selon les germes isolés
2.5. Répartition des données concernant les résultats des antibiogrammes
Troisième partie : DISCUSSION
III.DISCUSSION
1. Les examens cytobactériologiques des urines
2. Répartition des ECBU selon l’âge
3. Répartition des cas selon les renseignements cliniques
4. Répartition des cas selon les germes isolés
5. Répartition des cas selon les résultats des antibiogrammes
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

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