Soutenance mémoire
Depuis l’identification du premier cas officiellement reconnu de Covid-19 le 1er décembre 2019, l’épidémie au coronavirus émergent SARS-CoV-2 s’est répandue de manière exponentielle sur l’ensemble du globe devenant ainsi une crise sanitaire mondiale sans précédent. Alors que la Chine et plus largement l’Asie affrontaient cette crise en se confinant, l’Europe s’est rapidement transformée en l’épicentre de cette épidémie mortelle. Le 11 mars 2020, l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS) déclarait une pandémie mondiale et le Dr Tedros Adhanom Ghebreyesus, directeur général de cette institution, s’inquiétait de cet état d’inertie des états : « Nous sommes extrêmement préoccupés tant par le niveau alarmant et par la sévérité de la propagation que par le niveau d’inaction ».
Les bouleversements provoqués par cette pandémie sont à l’origine d’une catastrophe humanitaire à l’échelle planétaire. La propagation des cas et le passage à un état de crise sanitaire se sont opérés de façon fulgurante en France. Que ce soit la population qui joue un rôle essentiel dans la lutte contre cette épidémie notamment par rapport à sa transmission, le corps médical ou les médias, tous ces acteurs occupent un rôle majeur dans la gestion de la crise. Tous participent à cette réponse multidimensionnelle sous contrôle de l’appareil étatique. « Nous sommes en guerre ». Il convient de rappeler cette expression scandée par le Président de la République, Monsieur Emmanuel Macron, lors de son discours solennel adressé aux français le 16 mars 2020, afin de relever la gravité de la situation dans laquelle nous nous trouvions. Chacun d’entre nous se retrouve alors « soldat de la Nation » en lutte face à cet ennemi invisible.
Les coronavirus
Les coronavirus humains : HCoV
Les coronavirus (CoV) sont un large ensemble de virus qui constituent la sousfamille Orthocoronavirinae de la famille Coronaviridae. Les coronavirus sont des virus sphériques enveloppés possédant un génome à ARN simple brin très long, non segmenté, de polarité positive. Leurs enveloppes renferment en partie des protéines S dont les spicules ancrés dans la membrane virale confèrent aux virions un aspect de couronne à l’origine de leur dénomination .
On distingue quatre genres de coronavirus : alpha, beta, gamma et delta. Tandis que les alphaCoV et les betaCoV infectent principalement les mammifères (les chauves-souris en seraient la principale espèce-réservoir), les gammaCoV et les deltaCoV infectent surtout les oiseaux. Sur la base des séquences génétiques, il apparaît que tous les coronavirus humains (HCoV) sont d’origine animale.
Leur mode évolutif fait intervenir plusieurs paramètres : la génération de nouveaux mutants lors de la réplication responsable d’une distribution en quasi-espèces de la population virale, la capacité à établir des infections persistantes, la possibilité de délétions importantes, la grande flexibilité du génome due à un fort taux de combinaisons, la capacité à franchir des barrières d’espèces et à s’adapter au nouvel environnement pouvant ainsi atteindre l’être humain parfois par le biais d’hôtes intermédiaires .
Il existe à ce jour 7 types de coronavirus humains (HCoV) recensés :
• 4 HCoV endémiques dont la circulation est hivernale : HCoV-229E, HCoV-NL63, HCoV-OC43 et HCoV-HKU1. Ces derniers sont ubiquitaires et circulent constamment dans différentes régions du monde. Ce sont des pathogènes des voies respiratoires supérieures associés au développement de rhinites, de laryngites et d’otites. On estime que ces quatre coronavirus sont à l’origine de 10 % à 30 % des infections respiratoires hautes de l’adulte. Dans certaines situations, ces virus adoptent un comportement opportuniste et peuvent infecter les voies respiratoires inférieures principalement chez les nouveau-nés, les jeunes enfants, les personnes âgées et les individus immunodéprimés, pouvant engager le pronostic vital, étant ainsi responsables de 2 à 7 % des hospitalisations consécutives à une infection respiratoire (3).
• 3 HCoV émergents, épidémiquesresponsables de syndromes respiratoires aigus sévères (SRAS) et étant associés à un taux de mortalité bien plus important que lors des infections à HCoV circulants :
➨ Le SARS-CoV (2002-2003), ou coronavirus à l’origine du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS : Severe Acute Respiratory Syndrome), apparu dans la province du Guangdong en Chine, avec pour hôte intermédiaire la civette palmée : plus de 8 000 cas ont été recensés dans 30 pays et 774 personnes sont décédées (le taux de mortalité est proche de 10%) entre le 1er novembre 2002 et le 31 juillet 2003 selon un rapport de l’OMS (4). Il a été rétroactivement intitulé SRAS-CoV-1.
➨ Le MERS-CoV (2012-2013), ou coronavirus du syndrome respiratoire du MoyenOrient, ainsi nommé du fait qu’il ait été détecté pour la première fois en Arabie Saoudite, semble avoir été transmis à l’homme par le dromadaire : 2 449 cas et 845 décès ont été recensés dans 27 pays (soit un taux de mortalité avoisinant 35%) en date du 30 juin 2019 (5).
➨ Le SARS-CoV-2 (décembre 2019), apparu en Chine, est l’agent pathogène à l’origine de la Covid-19 (acronyme anglais de Coronavirus Disease 2019).
La Covid-19
Son origine
Les autorités chinoises ont informé l’OMS le 8 décembre 2019 d’un épisode de cas groupés de pneumonies virales. Le 9 janvier 2020, un nouveau coronavirus (SARS-CoV-2) a été identifié comme étant la cause de cet épisode. La piste de la zoonose fut favorisée car les premiers cas détectés étaient des personnes travaillant ou ayant fréquenté récemment le marché aux poissons et animaux sauvages de Wuhan (province de Hubei). L’étude du génome du 2019-nCoV publiée le 23 janvier 2020 par Peng Zhou confirme qu’il ne s’agit ni du virus du SRAS, ni de celui du MERS mais d’un virus proche à 96 % du coronavirus présent chez la chauve-souris (BATCoV-RaTG13) et cette dernière pourrait représenter l’espèce-réservoir .
En vente à la consommation sur le marché de Wuhan, le pangolin aurait quant à lui pu jouer le rôle de l’hôte intermédiaire, étant porteur d’un coronavirus (Pangolin CoV) à 91,02 % similaire à celui du SARS-CoV-2 et à 90,55 % similaire au BATCoV .
L’interaction virus-cellule
Le virus SARS-CoV-2 est phylogéniquement très proche du SARS-CoV-1. Ils partagent 79,5 % de leur génome, mais également un mécanisme d’invasion cellulaire similaire : les spikes de leurs protéines S vont s’accrocher à l’enzyme de conversion de l’angiotensine II (ACE2) présente à la surface de la cellule hôte. Cette protéine membranaire de type I est exprimée dans les poumons, le cœur, les reins et l’intestin, d’où l’attirance du présent virus pour ces types de tissus.
L’affinité entre le SARS-CoV-2 et son récepteur ACE2 est jusqu’à 20 fois plus élevée que celle du SARS-CoV1, ce qui pourrait expliquer la facilité manifeste de la propagation interhumaine du virus. Par ailleurs il existe une grande identité entre les ACE2 de diverses espèces, y compris l’homme laissant supposer que cela favoriserait également la transmission inter-espèce .
La transmission interhumaine
La transmission interhumaine du SARS-CoV-2 se fait principalement par gouttelettes lors des efforts de toux, lors de contacts étroits et non protégés, par contacts manu-portés directs ou bien par fomites incluant des objets ayant pu être contaminés par ces mêmes gouttelettes et ayant pu servir à le transmettre. Selon les surfaces la survie du virus varie d’un maximum de 4 heures sur du cuivre, 24 heures sur du carton et jusqu’à deux à trois jours sur du plastique ou de l’acier inoxydable. Le virus peut également être détecté dans des aérosols (micro gouttelettes de moins de 5 microns en suspension dans l’air) jusqu’à 3 heures après avoir été projeté. Les gouttelettes peuvent parcourir une distance de quelques mètres à des dizaines de mètres dans l’air. L’infection par inhalation de micro-gouttelettes, transportant un contenu viral contaminant, exhalées par une personne infectée est donc possible (9). Ce faisceau d’arguments est en faveur d’une contamination virale importante en milieu intérieur clos.
Le virus est surtout présent dans le nez puis les voies aériennes supérieures mais la transmission oro-fécale reste une éventualité du fait de la possible localisation digestive de cet HCoV et il peut être détecté dans les selles entre 1 à 12 jours suivant la négativité des prélèvements respiratoires .
Plusieurs études montrent que la transmission du virus se fait majoritairement dans les premiers jours de la maladie et dans les quelques jours qui précèdent l’apparition des symptômes. Les patients infectés mais asymptomatiques sont également contaminants. La charge virale est élevée dès le début des symptômes puis décroit régulièrement jusqu’à la limite de détection à 3 semaines. La période de contagiosité débuterait 2,3 jours avant l’apparition des symptômes et atteindrait un pic à 0,7 jours .
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Table des matières
INTRODUCTION
PARTIE 1 : DONNÉES PRÉLIMINAIRES
1.1 Les coronavirus
1.1.1 Les coronavirus humains : HCoV
1.1.2 La Covid-19
1.1.3 Les données chiffrées de la Covid-19
1.2 SOS Médecins
1.2.1 La permanence et la continuité des soins
1.2.2 L’historique de SOS Médecins
1.2.3 L’association SOS Médecins Caen
1.3 La crise sanitaire
1.3.1 La gestion du risque sanitaire
1.3.2 La phase d’endiguement de la Covid-19
1.3.3 La phase d’atténuation de la Covid-19
1.3.4 SOS Médecins face à une crise sanitaire
PARTIE 2 : MÉTHODOLOGIE
2.1 Type d’étude
2.2 Durée de l’étude
2.3 Population étudiée
2.4 Critères d’inclusion
2.5 Objectifs de l’étude
2.6 Analyse statistique
PARTIE 3 : RÉSULTATS
3.1 Activité de SOS Médecins Caen sur la période
3.2 Typologie et devenir des patients suspects de Covid-19
3.3 Activité Covid-19 réalisée par SOS Médecins Caen en provenance du SAMU-Centre 15
3.4 Activité Covid-19 réalisée par SOS Médecins Caen en EHPAD
3.5 Évolution du codage « troubles anxieux » et du motif d’appel « douleur thoracique »
3.6 Évolution de l’activité sur les 4 semaines suivant le déconfinement
PARTIE 4 : DISCUSSION
4.1 Méthodologie
4.2 Résultats
4.3 Hypothèses et perspectives
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE
ANNEXES
