Le virus West Nile

Le virus West Nile

Facteurs de virulence

Comme le montre la figure 7, il existe deux lignages génétiques principaux du virus West Nile, divergents à 30%, qui sont pathogènes pour l’Homme et le cheval. Le lignage 1 est mondialement répandu et a été à l’origine d’épidémies et d’épizooties mortelles (Roumanie en 1996, Russie en 1999, Israël en 2000, Amérique du Nord en 2002 et 2003). Il est divisé en 2 groupes, le groupe 1a et le groupe 1b. Le cluster méditerranéen du groupe 1a, regroupe les souches isolées lors des foyers récents en Europe Occidentale (France, Italie, Espagne, Maroc) et qui sont très proches génétiquement. Le cluster israélien et américain qui appartient au groupe 1a, regroupe des souches qui se caractérisent par une mortalité aviaire et équine (surtout aux Etats-Unis) élevée. Le lignage 2, au début localisé au sud et au centre de l’Afrique, a été retrouvé en Europe (Russie en 2004, Israël en 2010, Grèce en 2011) et n’a occasionné que peu de signes cliniques chez l’homme. Cependant, des études ont montré que les deux lignages sont neuro-invasifs et donc que le lignage 2 est possiblement pathogène (Botha et al., 2008). Les souches présentes en Europe de l’Est ont une variabilité génétique importante et appartiennent au lignage 1 (ex: Ro96), au lignage 2 (Hu04), 3 (RabV97) ou 4 (Rus98).

Les souches proches génétiquement entrainent des épidémiologies semblables comme par exemple au Maroc en 1996, en Italie en 1998 et en France en 2000 avec une atteinte importante des équidés ou en Tunisie en 1997, en Israël en 1998 et à New York en 1999 où le virus a provoqué des signes neurologiques chez l’Homme (Schuffenecker et al., 2005). Les mutations génétiques peuvent être à l’origine d’une diminution ou d’une augmentation de virulence. En effet, des mutations sur les sites de glycosylation entrainent une diminution de la réplication virale et de la pathogénicité du virus (Shirato et al., 2004). En 2005, Hanna et al. ont montré que la N-glycosylation de la protéine E permet la modulation de la stabilité, de la réplication et de l’assemblage des particules virales. Les protéines NS2A, NS2B, NS3, NS4A et NS4B contribuent à la résistance du virus à la réponse à l’IFN. Des mutations de ces protéines pourraient ainsi augmenter l’échappement du virus à la réponse immunitaire.

Les humains et les équins : hôtes occasionnels, culs-de-sac épidémiologiques

Chez l’Homme comme chez le cheval, la durée d’incubation varie de 3 à 15 jours. L’infection par le virus West Nile se traduit le plus souvent par une forme asymptomatique. Dans les autres cas, on observe un syndrome pseudo-grippal ou une atteinte neurologique. Chez l’Homme : dans 20 % des cas, l’infection peut se traduire par un syndrome grippal. Le patient est atteint d’hyperthermie (supérieure ou égale à 38,5°C), de céphalées, d’arthralgies, de myalgies, d’éruptions cutanées, de lymphadénopathies, de nausées et de douleurs abdominales. Les symptômes apparaissent après une période d’incubation de trois à quinze jours (InVS, 2011). Dans 1,5 % des cas, on observe des signes de méningite, d’encéphalite, de paralysie flasque ou un syndrome de Guillain-Barré (polyradiculonévrite) pouvant entrainer le décès de la personne (dans 1 à 15 % des cas). Les personnes âgées (plus de 50 ans) sont les plus à risque de développer une atteinte neurologique (dans des études italienne et israélienne réalisées en 2009 et 2011, la moyenne d’âge des patients atteints d’infection à virus West Nile avec une forme neuro-invasive était de 75 ans, Kopl et al., 2011, Angelini et al., 2009).

Chez le cheval : Dans 20 % des cas, on observe une forme pseudo-grippale avec un syndrome fébrile. Dans 10 % des cas, le virus touche la moelle épinière, le rhombencéphale et le mésencéphale et l’animal déclare une forme nerveuse. Celle-ci se caractérise par une faiblesse généralisée (94% des cas), une ataxie des postérieurs (72 %), des troubles comportementaux (67 %), une hyperthermie (65 %), des trémulations musculaires (61 %), une anorexie (57 %) et un déficit des nerfs crâniens VII (facial), XII (hypoglosse), IX (glossopharyngien) avec par exemple une dysphagie (44 % des cas). Plus rarement, on peut observer un syndrome parétique spontané, une atonie et des défauts de proprioception. Cette forme nerveuse de West Nile est appelée « lourdige » dans le Sud de la France. La mort survient alors dans 30 à 40 % des cas cliniques confirmés (Lafon, 2012). Chez le cheval, à la différence des oiseaux, les lésions sont surtout retrouvées dans le système nerveux central. On observe une polyencéphalomyélite, des manchons périvasculaires constitués de lymphocytes et de macrophages ainsi que des hémorragies (Castillo-Olivares et Wood, 2004). L’Homme et le cheval sont tous deux des culs de sac épidémiologiques puisqu’ils ne peuvent contaminer ni un moustique, ni un autre animal, leur virémie étant courte et faible pour pouvoir contaminer un vecteur (Bunning et al., 2002).

Les vecteurs

Les arthropodes hématophages, les principaux vecteurs Le virus West Nile est transmis par des arthropodes hématophages qui sont des vecteurs biologiques puisque le virus s’y multiplie. De nombreux moustiques peuvent être porteurs (plus de quarante-trois sont identifiés) mais sans pour autant pouvoir le transmettre. Les ornitophiles de la famille des culicidés sont les vecteurs majeurs (Nelms et al., 2013). Les culicidés sont abondants toute l’année dans les pays chauds et dans les pays tempérés surtout en été et en automne. Le repas sanguin et la présence d’eau sont essentiels à la reproduction de ces espèces. En effet, après l’accouplement, la femelle doit se nourrir de sang pour permettre la ponte des oeufs qui se déroule à la surface de l’eau, c’est pourquoi ces espèces sont hygrophiles. Les femelles sont très agressives après la fécondation. Les culicidés se nourrissent par solénophagie, c’est-à-dire directement dans un capillaire sanguin dans lequel leur salive est injectée plusieurs fois au cours du repas. La plupart des espèces ont une activité nocturne mais certaines peuvent être diurnes dans les régions très humides (Bussiéras et Chermette, 1991). En Europe, les principaux sont Culex pipiens, Culex modestus, Culex torrentium. En Afrique et en Israël, il semble que ce soit Culex univittatus.

Le genre Aedes a également été incriminé en Amérique du Nord, mais il ne semble pas capable de maintenir une infection et joue un rôle secondaire (Apperson et al., 2002). Culex pipiens se retrouve partout dans le monde sauf là où le froid est trop important (Antarctique), donc dans toute notre zone d’étude. Pour assurer sa reproduction, il nécessite de l’eau plutôt chaude et stagnante, riche en matières organiques. On le rencontre donc en zone urbaine (piscines ou eau de pluie stagnante) et périurbaine (mares, fossés intra forestiers, marécages). Il se multiplie donc mieux avec un climat chaud et humide. Les adultes s’éloignent peu des sites larvaires, au maximum trois kilomètres, sauf en cas de vent violent (Toussaint, 2003). C. pipiens a une activité nocturne et pique préférentiellement les passériformes (comme les moineaux retrouvés dans toute l’Europe mais aussi en Afrique du Nord) et les colombiformes (par exemple les pigeons, les colombes et les tourterelles qui ont une répartition très étendue dans notre zone d’étude et qui sont migrateurs pour certains, comme les tourterelles). Les gites larvaires de Culex modestus se trouvent dans des zones humides d’eau douce où légèrement salée comme des rizières, des roselières, des canaux d’irrigation et des marais semi permanents. C. modestus séjourne donc principalement en zone rurale humide, essentiellement au Maghreb, bien que leur présence soit discrète, mais aussi en Camargue. Les adultes sont présents de juillet à septembre avec un pic de population au mois d’août. Les femelles s’éloignent peu des gîtes larvaires (maximum un kilomètre). Les moustiques du genre Aedes ont une répartition cosmopolite, essentiellement dans les zones tropicales et tempérées où la température moyenne annuelle est supérieure à 20°C. Ils n’ont besoin que d’une petite quantité d’eau pour se reproduire (par exemple dans les coupelles de pots de fleurs, pneus, troncs d’arbres, base de feuilles). On les rencontre donc en zone urbaine, périurbaine et inhabitée. Les adultes peuvent piquer toute l’année mais leur activité augmente en été, essentiellement au crépuscule (Chermette R, 2008).

Cycle naturel

Le cycle naturel se déroule entre les moustiques et les oiseaux. Lorsqu’un oiseau est infecté, il va amplifier le virus et développer une virémie longue et des titres élevés en particules virales dans le sang (durée et titres variables selon les espèces, les passériformes seraient ceux qui auraient la virémie et les titres les plus élevés) (Komar et al., 2003). Par exemple, en Europe et en Amérique du Nord, ce sont les passériformes et surtout les moineaux qui sont majoritairement responsables du maintien du cycle viral car ils présentent des hauts titres viraux pendant 5 à 6 jours. Lors d’un repas sanguin sur un oiseau, le vecteur absorbe des particules virales qui passent dans l’hémolymphe pour gagner différents organes où le virus va se multiplier intensément. La période entre la piqûre par l’insecte et le moment où celui-ci peut infecter un animal est appelée la phase extrinsèque. La rapidité de cette phase est dépendante de la température de l’air, elle dure deux semaines en période froide et beaucoup moins lorsque la température est plus clémente. Le virus gagne ensuite les glandes salivaires de l’arthropode. Il inocule ainsi le virus à un hôte via sa salive, lors d’un autre repas sanguin Il existe une transmission verticale du virus chez les moustiques : les oeufs, les larves et donc les adultes sont infectés via leur mère ce qui constitue un réservoir pour le virus. La transmission trans-ovarienne a été démontrée expérimentalement chez Culex et Aedes par Baqar et al. en 1993 et naturellement au Kenya en 2000 par Miller et al. La capacité vectorielle, c’est-à-dire l’importance de la transmission du virus par les vecteurs est influencée par le climat et la géographie. La circulation virale est donc plus intense dans les régions où les moustiques sont nombreux, se multiplient et survivent longtemps et où la phase extrinsèque est rapide.

Table des matières

Introduction
PREMIERE PARTIE : LE WEST NILE, ASPECTS EPIDEMIOLOGIQUES, CLINIQUES ET REGLEMENTAIRES
EPIDEMIOLOGIE ANALYTIQUE
1) L’agent : le virus West Nile
Taxonomie et structure
Dissémination et pathogénie
Facteurs de virulence
2) Les hôtes
Les oiseaux : réservoirs
Les humains et les équins : hôtes occasionnels, culs de sac épidémiologiques
Autres espèces
3) Les vecteurs
Les arthropodes hématophages, les principaux vecteurs
Les tiques
4) Modes de transmission
Cycle naturel.
Rôle des oiseaux dans la dissémination du virus
Autres modes de transmission
DIAGNOSTIC
1) Epidémio-clinique
2) De laboratoire
Chez l’Homme
Chez le cheval
Chez les oiseaux
Chez les moustiques
REGLEMENTATION
1) En France
Chez l’Homme
Chez l’animal
2) En Union Européenne
3) Autres pays de la zone d’étude
Cas humains
Cas chez les animaux
EPIDEMIOSURVEILLANCE
1) Organismes
Le Ministère des Affaires Sociales et de la Santé
Le Ministère de l’Agriculture, de l’Alimentation et de la Forêt
Institut de Veille Sanitaire et les cellules inter régionales d’épidémiologie
Le Centre de coopération Internationale en recherche Agronomique pour le Développement et l’Entente Interdépartementale de Démoustication
Le Centre Européen pour la prévention et le contrôle des maladies
L’organisation mondiale de la santé animale
Le programme de surveillance des maladies émergentes
2) Méthodes
En France
Exemple dans d’autres pays
Déclaration des cas au niveau européen et mondial
DEUXIEME PARTIE : EVOLUTION DE L’INCIDENCE DE LA MALADIE DE 2000 A 2013 EN EUROPE ET DANS LE BASSIN MEDITERRANEEN
I.Objectifs de l’étude
II.Matériels et méthodes
1) Recherche Bibliographique
2) Recueil de données auprès d’organismes d’épidémiosurveillance et de prévention
3) Réalisation de cartes
III. Présentation des résultats
1) Dans l’ensemble de la zone étudiée
Année 2000
Année 2001
Année 2002
Année 2003
Année 2004
Année 2005
Année 2006
Année 2007
Année 2008
Année 2009
Année 2010
Année 2011
Année 2012
Année 2013
2) Etudes de certaines zones
En France
En Russie
En Italie
En Grèce
Discussion
1) Sur la fiabilité et l’exhaustivité des données
Différents systèmes de surveillances
Variabilité du nombre de cas
Etudes phylogénétiques
2) Sur la situation du virus West Nile en Europe et dans le bassin méditerranéen et l’évolution possible
Situation actuelle
Perspectives d’évolution
Conclusion
Bibliographie
Annexes

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