Le virus du chikungunya

Réémergence du chikungunya

En avril 2005, il est confirmé que l’agent responsable d’une épidémie sur la côte Est du Kenya entrainant des symptômes proches de ceux de la dengue est en réalité CHIKV, ce qui en faisait sa première apparition dans le Sud-ouest de l’Océan Indien (18). Peu de temps après, d’autres cas furent signalés aux Comores, à Mayotte, sur l’Ile Maurice et à l’Ile de La Réunion.

Très rapidement, le nombre de cas s’est accru considérablement et on estime aujourd’hui que plus de 35% de la population de l’Ile de La Réunion a été infectée par le virus, avec 267 décès associés (19). De même, à la fin de l’année 2005 et après avoir en apparence disparu d’Inde depuis près de 32 ans, le virus du chikungunya a été simultanément détecté dans plusieurs états du sous-continent (20). A la fin de l’épidémie, le nombre officiel de cas s’élevait à plus de 1,3 millions. L’épidémie de CHIKV s’est alors encore étendue dans plusieurs pays d’Asie parmi lesquels le Sri Lanka où il a causé une épidémie très importante en 2006 (21). C’est au cours de cette épidémie que le virus a été introduit dans des zones jusqu’alors non-endémiques. Il a ainsi été détecté en Nouvelle-Calédonie, en Papouasie-Nouvelle-Guinée, au Bhoutan et au Yémen. En 2007, le continent européen connaît la première épidémie locale de chikungunya, tout d’abord en Emilie-Romagne, en Italie (22), puis dans le département Français du Var en 2010 (19). Enfin, en décembre 2013, l’OMS rapporte la première transmission locale de CHIKV dans l’hémisphère Ouest avec des cas dans l’île de Saint Martin, dans les Caraïbes

Dissémination du virus chez l’hôte vertébré

Suite à une piqûre par un moustique infecté, le virus pénètre dans les capillaires sous-cutanés où il débute sa réplication avec l’infection de certaines cellules présentes dans le derme, comme les macrophages, les cellules endothéliales ou les fibroblastes (34). La réplication locale semble limitée en intensité et dans le temps. Le virus dissémine rapidement aux noeuds lymphatiques locaux puis on note l’apparition d’une virémie qui serait à l’origine d’une infection secondaire des organes cibles : le foie, les muscles, les articulations et, parfois, le cerveau (13) (fig. 8). Les macrophages seraient les cellules à l’origine de l’infection des articulations, par un mécanisme de cheval de Troie (35). Pendant la première semaine de l’infection, la virémie peut atteindre des valeurs très élevées avec une charge virale du sang de voyageurs infectés évaluée à 3,3.109 particules virales par mL (36).

Le virus de la dengue

Le virus de la dengue est un virus de la famille des Flaviviridae transmis par des moustiques du genre Aedes. Il s’agit de l’arbovirose la plus répandue au monde puisqu’elle est présente dans toutes les régions intertropicales (42). Ainsi, on estime que près de 55% de la population mondiale vit dans une zone exposée au virus, celui-ci étant à l’origine d’environ 390 millions d’infections par an (43). La dengue est une infection virale systémique aiguë, le plus souvent autorésolutive mais qui peut se compliquer en dengue sévère sous la forme d’une fièvre hémorragique ou d’un syndrome de choc (42). Il existe quatre sérotypes de DENV, l’infection par l’un d’eux permettant d’acquérir une immunité de longue durée uniquement vis-à-vis de ce sérotype (44). A l’heure actuelle, il n’existe ni traitement ni vaccin.

Taxonomie

Le virus de la dengue appartient à la famille des Flaviviridae et au genre Flavivirus. Ce genre comprend de nombreux arbovirus comme le virus du Nil occidental (WNV), le virus de la fièvre jaune (YFV), le virus de l’encéphalite japonaise (JEV) ou encore le virus Zika (ZV) qui a émergé récemment (45). A l’heure actuelle quatre sérotypes de dengue ont été décrits (DENV-1 à DENV-4), chacun comprenant de très nombreux génotypes. L’annonce de la découverte d’un cinquième sérotype au cours de la troisième conférence internationale sur la dengue et la dengue hémorragique en octobre 2013 à Bangkok a semblé dans un premier temps remettre en cause ce constat mais aucune publication n’est venue confirmer cette annonce par la suite (46). Tout comme CHIKV, DENV appartient au groupe IV de la classification de Baltimore.

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PARTIE I : SYNTHESE BIBLIOGRAPHIQUE
1. Le virus du chikungunya
1.3. Biologie moléculaire
1.3.1. Structure du virion
1.3.2. Génome
1.3.3. Cycle infectieux et réplication virale
1.3. Epidémiologie
1.3.1. Historique
1.3.2. Re-émergence du chikungunya
1.3.3. Vecteurs et réservoirs
1.4. Physiopathologie de l’infection
1.4.1. Symptômes
1.4.2. Dissémination du virus chez l’hôte vertébré
1.5. Traitements et vaccins
2. Le virus de la dengue
2.1. Taxonomie
2.2. Biologie moléculaire
2.2.1. Structure du virion
2.2.2. Génome
2.2.3. Cycle infectieux et réplication virale
2.3. Epidémiologie
2.4. Physiopathologie de l’infection
2.4.1. Symptômes
2.4.2. Dissémination du virus chez l’hôte vertébré
2.4.3. Facteurs de risque associés à la survenue de dengue sévère
3. Un vecteur commun : Aedes albopictus
3.1. Position systématique
3.2. Description morphologique
3.2.1. Adulte
3.2.3. Larve
3.2.4. Nymphe
3.3. Cycle de développement
3.4. Répartition géographique
3.5. Importance en santé publique
3.5.1. Nuisance et pathogénie non vectorielle
3.5.2. Le vecteur de nombreux arbovirus
3.5.2.1. Capacité vectorielle
3.5.2.2. Modalité du repas sanguin et transmission d’un arbovirus
3.5.2.3. Agents pathogènes transmis par Aedes albopictus
3.5.2.4. Rôle de la salive dans la transmission et la pathogénicité des arbovirus
3.6. Moyens de lutte contre Aedes albopictus
4. Objectifs du projet
PARTIE II : ETUDE EXPERIMENTALE
1. Matériels et méthodes
1.1. Matériels d’étude
1.1.1. Elevage des Aedes albopictus
1.1.2. Souches virales utilisées
1.1.2.1. Virus CHIK
1.1.2.2. Virus DEN4
1.2. Protocole d’infection expérimentale des Aedes albopictus
1.3. Prélèvements des échantillons
1.3.1. Prélèvements de moustiques entiers pour immunohistochimie
1.3.2. Prélèvements des échantillons pour immunofluorescence
1.3.3. Prélèvements pour quantification du nombre de particules virales
1.3.4. Prélèvements pour analyse protéomique
1.3.5. Prélèvement de salive de moustique
1.4. Immunohistochimie et immunofluorescence
1.5. Quantification du nombre de copies d’ARN viral par RT-PCRq
1.5.1. Extraction de l’ARN de l’échantillon
1.5.2. RT-PCR
1.7. Analyse protéomique
1.7.1. Préparation des échantillons
1.7.2. Analyse par spectrométrie de masse
2. Résultats
2.1. Présence de CHIKV et de DENV4 dans l’organisme d’Aedes albopictus infectés expérimentalement
2.2. Présence de CHIKV et DENV4 dans la salive d’Aedes albopictus infectés expérimentalement
2.3. Cinétique d’infection d’Aedes albopictus par CHIKV et DENV4
2.3.1. Cinétique d’infection d’Aedes albopictus par CHIKV
2.3.2. Cinétique d’infection d’Aedes albopictus par DENV4
2.3.3. Cinétique de co-infection d’Aedes albopictus par CHIKV et DENV4
2.4. Protéomes de glandes salivaires et d’intestins moyens d’Aedes albopictus
2.4.1. Protéomes obtenus par la technique iTRAQ
2.4.2. Protéomes obtenus par la technique « label-free »
2.5. Protéomes d’Aedes albopictus infectés expérimentalement
3. Discussion
3.1. Les moustiques Aedes albopictus présents dans la région de Nice sont capables de transmettre à la fois
3.2. La co-infection de moustique Aedes albopictus par CHIKV et DENV4 potentialise l’infection du
moustique par CHIKV au détriment de DENV4
3.3. Les virus CHIKV et DENV4 influencent l’expression protéique de l’intestin moyen
3.3.1. Comparaison des résultats obtenus par la technique iTRAQ et par la technique « label-free »
3.3.2. Signification biologique de la modulation de la synthèse protéique
3.3.3. Conséquences de la modulation de la synthèse protéique sur la transmission d’arbovirus
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE