Le virus de l'hépatite C

Le virus de l’hépatite C

L’organisation génomique et les protéines virales

Le génome du VHC se compose de trois régions distinctes. La région 5′ non codante est le site d’entrée du ribosome. La région 3′ non codante est le site de l’initiation de la réplication virale. Ces deux extrémités encadrent la troisième région qui correspond au cadre de lecture.
Le cadre de lecture contient 9 600 paires de base (pb) et code pour une polyprotéine d’environ 3 000 acides aminés. Cette polyprotéine est le précurseur des protéines structurales (les protéines de capside et les glycoprotéines d’enveloppe E1 et E2) et non structurales (p7, NS2, NS3, NS4A, NS4B, NS5A et NS5B) du VHC [6].

Le cycle viral

Dans la circulation sanguine, le VHC peut être soit libre,soit lié aux « Very Low Density Lipoprotein » (VLDL) ou aux « Low Density Lipoprotein » (LDL) [10]. Mais, le virus étant un parasite intracellulaire obligatoire, il doit impérativement entrer dans une cellule pour assurer sa réplication.
L’hépatocyte est la cellule cible du VHC où se déroulele cycle viral. Le VHC y entre par un processus lent et complexe. Il s’attache à la surface membranaire via les glycoprotéines d’enveloppe E1 et E2 qui interagissent avec des récepteurs spécifiques du virus comme la protéine CD81 et la claudine-1. Puis, il est endocyté et sa membrane fusionne avec celle d’un endosome [8].
La nucléocapside est relarguée dans le cytoplasme puis décapsidée pour libérer l’ARN viral. La réplication de l’ARN génomique est réalisée au niveau du complexe de réplication, par l’ARN polymérase NS5B dépendante de l’ARN viral. Les brins d’ARN de polarité positive servent de matrice pour la synthèse de brins d’ARN de polarité négative. Ces derniers servent à leur tour de matrice pour la synthèse de nouveaux brins positifs qui sont encapsidés pour former de nouveaux virions.L’ARN génomique sert également d’ARN messager en permettant la traduction du cadre de lecture en polyprotéine. Ce précurseur est clivé au niveau de la membrane du Réticulum Endoplasmique (RE), pendant et après la traduction. Le clivage des protéines structurales est assuré par les peptidases cellulaires. Concernant les protéines nonstructurales, la métallo-protéase NS2-NS3 s’autoclive puis clive le reste des protéines nonstructurales : NS4A, NS4B, NS5A et NS5B [7].

À l’échelle inter-individuelle : les génotypes et les sous-types.

Les souches virales sont classées en six génotypes selon le degré d’homologie de leur séquence nucléotidique. Les génotypes sont numérotés de 1 à 6. Parmi ceux-là, plus de 80 sous-types se distinguent dont les sous-types 1a et 1b [10]. Les génotypes et les sous-typesdiffèrent les uns des autres respectivement par 31 à 33% et 20 à 25% de leurs nucléotides Les régions les mieux conservées sont celles impliquées dans la réplication ainsi que les régions 3′ et 5′ non codantes. La région 5′ non codante est la région du génome la plus conservée avec plus de 90% de séquence commune entre les différents génomes. La région codant pour les protéines de capside est également très bien conservée.A l’inverse, la région codant pour les glycoprotéines d’enveloppe E1 et E2 est la plus variable. Le gène E2 contient deux régions hypervariables HVR1 et HVR2 oùles différences entre les génomes concernent plus de 50% de la séquence .Des recombinaisons entre génotypes ont également été mises en évidence. Ceci s’explique par le fait qu’un même individu peut être contaminé par différents génotypes en cas d’expositions répétées. Cependant, la détection des recombinaisons est difficile. En effet, la plupart des études sur la variabilité du VHC sont basées sur l’analyse d’une seule région du génome comme la polymérase NS5B, et non sur l’ensemble du génome.Une répartition géographique des génotypes et sous types est observée. Dans l’ouest de l’Europe, les sous-types 1a et 1b ont la prévalence la plus élevée. Le génotype 3 est plus fréquent en Inde, au Népal et au Pakistan. Le génotype 4 est plus répandu en Afrique et au Moyen-Orient. Le génotype 5 est principalement localisé en Afrique du Sud. Enfin, le génotype 6 se retrouve dans les pays du Sud-Est asiatique .Les génotypes 1a, 3 et 4 sont généralement transmis suite à l’usage de drogue par voie intraveineuse alors que les génotypes 1b et 2 correspondent plutôt à une transmission par transfusion sanguine ou nosocomiale .

Le rapport de stage ou le pfe est un document d’analyse, de synthèse et d’évaluation de votre apprentissage, c’est pour cela rapport gratuit propose le téléchargement des modèles gratuits de projet de fin d’étude, rapport de stage, mémoire, pfe, thèse, pour connaître la méthodologie à avoir et savoir comment construire les parties d’un projet de fin d’étude.

INTRODUCTION
INTRODUCTION GÉNÉRALE
I- Généralités
I-1- Le virus de l’hépatite C
I-1-1- Découverte
I-1-2- Taxonomie
I-1-3- Structure
I-1-4- L’organisation génomique et les protéines virales
I-1-5- Le cycle viral
I-1-6- Variabilité génétique
I-2- Épidémiologie
I-2-1- Les modes de transmission
I-2-2- Épidémiologie à l’échelle mondiale
I-2-3- Épidémiologie du VHC en France
I-3- Physiopathologie de l’infection par le VHC
I-3-1- L’hépatite aiguë
I-3-2- L’infection chronique
I-3-3- Les manifestations extra-hépatiques
I-4- Dépistage et diagnostic de l’hépatite C
I-4-1- Dépistage
I-4-2- Démarche diagnostique
I-5- Le traitement
I-5-1- Traitement immunomodulateur : interférons alfa-2 pegylés et ribavirine
I-5-2- Traitement antiviral spécifique : bocéprévir et télaprévir
I-5-3- Stratégies thérapeutiques
I-6- Résistance aux antiviraux
I-6-1- Le principe de la résistance virale aux “Direct-acting Antiviral Agent“
I-6-2- La notion de barrière génétique
I-7- Nouvelles perspectives thérapeutiques
I-7-1- Les autres inhibiteurs de la protéase NS3-4A
I-7-2- Les inhibiteurs de NS5A
I-7-3- Les inhibiteurs de la polymérase NS5B
I-7-4- Les autres cibles potentielles
I-7-5- L’amélioration des traitements non spécifiques
II- La protéase NS3-4A et les inhibiteurs de la protéase
II-1- La protéase NS3-4A
II-1-1- Structure
II-1-2- Fonction protéasique
II-2- Le polymorphisme de la protéase du VHC et les mutations à l’origine de la résistance aux inhibiteurs de la protéase
II-2-1- Polymorphisme naturel de la protéase NS3
II-2-2- Les mutations de la protéase NS3 associées à une résistance aux inhibiteurs de la protéase NS3
MATÉRIEL ET MÉTHODES
I- Échantillons
II- Méthode : de l’extraction de l’ARN du VHC au séquençage de la protéase NS3
II-1- Extraction de l’ARN viral
II-2- RT-PCR
II-3- Électrophorèse et révélation des produits de PCR
II-4- Purification des produits de la RT-PCR
II-5- PCR de séquençage
II-6- Purification des produits de la PCR de séquençage
II-7- Séquençage
II-8- Analyse de l’électrophorégramme et des séquences protéiques
RÉSULTATS
I- Les résultats du suivi biologique des patients
II- Les résultats du séquençage de la protéase NS3
II-1- Les séquences de la protéase NS3 obtenues
II-1-1- Échantillons pré-thérapeutiques
II-1-2- Échantillons des patients en échec thérapeutique
II-2- Analyse des séquences de la protéase NS3
II-2-1- Analyse des séquences pré-thérapeutiques
II-2-2- Analyse des séquences chez les patients en échec thérapeutique
DISCUSSION
I- Les résultats du séquençage de la protéase NS3
I-1- Les difficultés techniques
I-1-1- La charge virale optimale et une technique optimisée
I-1-2- La démarche qualité
I-1-3- Les limites du séquençage direct
I-2- L’intérêt du séquençage de la protéase NS3
I-2-1- Suivi des patients sous trithérapie au CHU d’Angers
I-2-2- Étude multicentrique
I-3- Les autres facteurs d’échec thérapeutique
II- La place du pharmacien d’officine dans la prise en charge de l’hépatite C
II-1- Rôle du pharmacien d’officine lors de la délivrance
II-1-1- La détection des interactions médicamenteuses
II-1-2- Les conseils associés
II-1-3- La gestion des effets indésirables
II-2- Implication du pharmacien d’officine pour favoriser l’adhésion thérapeutique du patient
II-2-1- L’évaluation de l’observance
II-2-2- Les moyens d’aide à l’observance
II-2-3- L’éducation thérapeutique du patient
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE