Le virus de la panachure jaune du riz (RYMV)

Origine et domestication du riz

   Les espèces de riz cultivées appartiennent au genre Oryza et seraient toutes dérivées d’un ancêtre commun qui auraient existé sur le Gondwana à l’époque où les continents étaient unis (Chang, 1976 ; Khush, 1997). Les traces archéologiques de la domestication du riz remontent à 8000 ans av JC dans la partie médiane de la vallée du fleuve Yangzi (Sweeney and McCouch, 2007). L’espèce Oryza saliva a été domestiquée à partir d’Oryza rzifipogon, espèce complexe incluant la forme pérenne et la forme annuelle anciennement nommée Oryza nivara. Au moins deux domestications indépendantes de l’espèce 0. saliva auraient eu lieu en Inde et en Chine il y’a 8000 à 10000 ans (Second, 1985). Cette espèce regroupe les variétés les plus cultivées à Madagascar et dans la plupart des zones rizicoles du monde. Les navigateurs Malais l’on introduite à Madagascar vers le IVème siècle environ. Par la suite O. saliva s’est diversifiée pour donner les sous espèces O. indica et O. japanica (Glazmann, 1987). Parallèlement à O.sativa,O. glaberrima est issu de la domestication de l’espèce O.breviligulata (Bezanço et al., 1989), elle-même issue de l’espèce pérenne à rhizome O.longistaminata dans le Delta du Niger. En effet, des analyses électrophorétiques des formes moléculaires d’enzymes et de biologie moléculaire en utilisant des marqueurs d’ADN ont été effectuées par G. Second et 1. Doebley ont été réalisées. Et ces résultats ont confirmé la validité des propositions de Ogbe et collaborateurs qui avaient démontrés une origine indépendante de O.glaberrima à partir de l’évolution de l’espèce spontanée locale O.breviligulata. Ces analyses ont été suivies de rétro croisements impliquant d’autres espèces indigènes telles que O.longistaminata et O.punctata (Second, 1985).

Exigences écologiques du riz

   La culture du riz se prête à une large gamme de sol (Doorenbos et Kassam, 1980). Mais elle préfère les sols lourds dans lesquels les pertes d’eau par percolation sont faibles. Le riz possède également une bonne tolérance à l’acidité avec un pH optimal de 5,5 à 6 (Lacharme, 2001), mais peut supporter des pH de 4 à 8 (Cirad-Gret, 2005). Le riz est une plante d’origine aquatique et assez exigeante en eau par rapport à d’autres céréales car elle est caractérisée par une grande plasticité vis- à-vis de ses conditions hydriques (Moukoumbi, 2012). Par conséquent, en culture sèche il faut 160 à 300 mm par mois pendant toute la durée du cycle, soit 1000 à 1800 mm. La phase d’initiation paniculaire est particulièrement sensible (Cirad-Gret, 2005). Le besoin en température varie selon les variétés et aussi suivant les phases végétatives de la plante. En culture aquatique, la température de l’eau joue un rôle important pour la plante. En générale, le minimum est de 13-14°C, l’optimum de 3D-34°C et le maximum de 38-40°C. À 50°C la plante meurt. Le riz est une plante exigeante en lum ière. Les rendements les plus élevés sont obtenus sous forte luminosité (400 cal/jour/cm 2). Le vent léger a un effet favorable car il accélère la transpiration. Cependant le vent fort peut arracher les jeunes plants ou provoquer la verse et l’échaudage à maturité (Cirad-Gret, 2005).

Types de riziculture

Riziculture pluviale : La riziculture pluviale est pratiquée sur plus de 7500 ha (16% des superficies), en grande partie dans les régions des Hauts-Bassins, des Cascades, du Sud-Ouest, du Centre-Sud et une partie du Mouhoun, du Centre-Ouest, du Centre-Est et de l’Est (Ouédraogo el al.. 2005: Sangaré, 2011). Elle est largement tributaire de la pluviométrie et de sa répartition dans le temps (Kaboré, 2007 ; Sangaré, 20 Il).
Riziculture de Bas fond : C’est une riziculture pratiquée dans les bas-fonds (Sié, 1999). 11 existe trois types de bas-fonds selon leur niveau d’aménagement (Kaboré, 2007). Il s’agit des basfonds traditionnels, des bas-fonds à aménagements simples et des bas-fonds améliorés. Cette riziculture occupe 61 % des superficies cultivées et assure 45% de la production du pays. Cependant. la mauvaise répartition spatio-temporelle des pluies et la forte pression parasitaire notamment la pyriculariose et la virose contraignent les populations rurales à abandonner progressivement certains bas-fonds (Sié, 1999).
Riziculture irriguée : Elle a été introduite au Burkina Faso depuis les années 1960. Elle constitue le mode le plus performant de production de riz dans le pays (rendement de 4 à 5 tonnes/ha), notamment en raison de la maîtrise totale de l’eau permettant la double campagne annuelle (Ouédraogo et al., 2005). Toutefois, elle demeure handicapée par son fort coût d’investissement. En effet, le coût d’aménagement d’un hectare atteint les 7 à 10 millions de FCFA sans compter les charges récurrentes (Kaboré, 2007).

Divergences nucléotidiques

   L’alignement des séquences réalisé par la méthode des distances a permis de comparer les séquences deux à deux et de faire ressortir les similitudes entre elles. Les résultats mettent en évidence une divergence nucléotidique assez variable entre les différentes séquences. Au Burkina Faso et en Côte d’Ivoire, la divergence nucléotidique entre les séquences a atteint 17,9%. Le taux de divergence nucléotidique le plus élevé a été enregistré entre les séquences correspondant à des isolats provenant de Guédou et de Tougouri (B09/BO 19). Le plus faible (0,0%) taux a été enregistré entre les isolats issus de Tougouri et de Bagré (B020/B032). En s’intéressant à la divergence nucléotidique au sein de chaque pays, on note une diversité de l’ordre de 0,0 à 16,1% et de 0,6 à 6,2% entre les isolats du Burkina Faso et de la Côte d’Ivoire respectivement. Au Burkina Faso, le taux de divergence le plus faible (0,0%) a été enregistré entre les séquences de la souche SI provenant de Tougouri et de Bagré (B020/8032). Il a été plus élevé (16,1 %) entre les séquences provenant de Dédougou et de Tougouri (BO 16/80 19) appartenant respectivement aux souches SI et Sa . En Côte d’Ivoire, les séquences issues de Gagnoa et de Oureyo (BO 1IBO 11) ont enregistré les plus faibles taux de divergence (0,6%), par rapport à celles venant de Guédou et de Yamoussoukro (B09/806) chez qui ce taux est le plus élevé (6,1 %) .

Table des matières

INTRODUCTION GENERALE
Chapitre 1 : Généralités sur le riz
1. Connaissances générales sur la plante
1.1. Taxonomie du riz
1.2. Origine et domestication du riz
1.3. Morphologie et développement de la plante
1.3.1. Morphologie
1.3.2. Développement de la plante
1.4. Exigences écologiques du riz
II. Riz et riziculture au Burkina Faso
2.1. Types de riziculture
2.1.1. Riziculture pluviale
2.1.2. Riziculture de Bas fond
2.1.3. Riziculture irriguée
2.2. Diversité génétique du riz
2.3. Importance alimentaire et économique du riz
2.4. Contraintes de la rizicultlire
2.4.1. Contraintes abiotiques
2.4.2. Contraintes biotiques
Chapitre 2 : Panachure jaune du riz et adventices hôtes
I. Généralités sur les maladies virales du riz
II. Maladie de la panachure jaune du riz
2.1. Description et répartition de la maladie
2.2. Symptômes de la panachure jaune du riz
2.3. Mode de Transmission
2.4. Importance économique
III. Virus de la panachure jaune du riz (Riec Yellow MoUle Virus)
3.1. Classification et structure
3.2. ‘Organisation génomique
3.3. Variabilité du RyMV
3.3.1. Variabilité sérologique
3.3.2. Variabilité pathogénique
3.3.3. Phylogénie
IV. Adventices du riz
4.1. Définition
4.2. Classification et identification
4.2.1. Classification
4.2.2. Identification
4.3. Nuisibilité des mauvaises herbes
4.4. Adventices hôtes du RyMV
V. Méthodes de lutte contre la panachure jaune du riz
5.1. Pratiques culturales
5.2. Lutte chimique
5.3. Lutte génétique
5.4. Lutte intégrée
Chapitre 3 : MATERIEL ET METHODES
1. Caractérisation moléculaire des souches de RYMV
1.1. Matériel
1.1.1. Zones de collectes
1.2. Méthode
1.2.1. Multiplication des isolats
1.2.2. Extraction des ARNs totaux
1.2.3. Amplification du gène de la protéine de capside par RT-PCR
1.2.3.1. Retro transcription (RT)
1.2.3.2. Amplification par PCR
1.2.4. Electrophorèse sur gel d’agarose
1.2.5. Analyse des séquences
II. Evaluation de la résistances/tolérances au RYMV par criblage variétal
2.1. Matériel
2.1.1. Matériel végétal
2.1.2. Matériel viral
2.1.3. Mesure SPAD
2.2. Méthode
2.2.1. Dispositif expérimental
2.2.2. Inoculation du RYMV
2.2.3. Evaluation de la résistance/tolérance au RYMV
2.2.3.1. Délai d’apparition des Symptômes (DAS) et Incidence du RYMV
2.2.3.2. Mesure de la teneur en chlorophylle
2.2.3.3. Taux de réduction de la hauteur (TRH)
III. Inventaire des hôtes potentiels du virus dans les rizières infectées
3.1. Matériel
3.2. Méthode
3.2.1. Prospection et collecte d’échantillons d’adventices
3.2.2. Mise en place de l’essai
3.3. Production de l’inoculum viral et infection des plantes
3.4. Evaluation du peuplement d’adventice
3.5. Identification des espèces hôtes alternatifs du RYMV
Chapitre 4: RESULTATS ET DISCUSSION
l. RESULTATS
1.1. Caractérisation moléculaire des souches
1.1.2. Analyse moléculaire
1.1.3. Analyse phylogénétique
1.1.3.1. Divergences nucléotidiques
1.1.3.2. Arbre Phylogénétique
1.2. Identification des variétés résistantes/tolérantes au RYMV
1.2.1. Délai d’apparition des symptômes (DAS) et Incidence du RYMV sur les variétés criblées
1.2.2. Effet du RYMV sur la teneur des feuilles en chlorophylle
1.2.3. Impact du RYMV sur la hauteur des plantes
1.3. Inventaire des hôtes potentiels du virus dans les rizières infectées
1.3.1. Inventaire des adventices
1.3.2. Fréquences des Poaceae et Cyperaceae
1.3.3. Identification des adventices hôtes du RYMV
1.3.3.1. Symptomatologie
1.3.3.2. Test ELISA
II. DISCUSSION
2.1. Caractérisation moléculaire des souches de RYMV
2.2. Identification des variétés résistantes/tolérantes au RYMV par criblage variétal
2.3. Inventaire des hôtes potentiels du virus dans les rizières infectées
2.3.1.Adventices inventoriés
2.3.2. Adventices hôtes du RYMV identifiés
CONCLUSION ET PERSPECTIVES

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