Soutenance mémoire
Structure et génome du virus
Comme tous les Flavivirus, le virus de la dengue est une petite particule de forme sphérique. Elle est formée par une nucléocapside icosaédrique, constituée d’une protéine C associée à un ARN génomique. Cette nucléocapside est elle-même entourée d’une enveloppe lipidique dans laquelle s’ancrent deux glycoprotéines structurales, la protéine d’enveloppe E et la protéine membranaire M qui est présente dans la forme mature du virus. Il existe une forme immature du virus dans laquelle on retrouve une protéine prM (3). La traduction de l’ARN donne un polypeptide unique qui sera ensuite clivé en trois protéines structurales (la capside C, la protéine pré-membranaire prM, la glycoprotéine d’enveloppe E) et sept protéines non structurales (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, NS5). La protéine pré-membranaire prM est une protéine structurale du virus sous sa forme immature. Son clivage donne une protéine membranaire M présente dans le virus mature (3) (Figure 1). Ces différentes protéines ont un large éventail d’activités biologiques. La glycoprotéine E est, par exemple, impliquée dans la liaison et la fusion du virus à la cellule hôte. De plus, comme pour la protéine membranaire M, la glycoprotéine E est disposée à la surface du virion. Ces deux protéines représentent donc des antigènes de surface stimulant les réponses immunitaires de l’hôte. Dans sa structure la glycoprotéine E comprend une partie transmembranaire surmontée par un ectodomaine intraluminal constitué de trois sous-domaines : le domaine central DI, le domaine de dimérisation DII (il contient un peptide de fusion essentiel pour la fusion de l’enveloppe du virus avec la membrane des cellules infectées) et le domaine de liaison aux récepteurs des cellules cibles DIII (5).
Les vecteurs du virus
Le virus de la dengue est un arbovirus (arthropod-borne-virus). Ce terme dérivé del’anglais désigne des virus transmis à des vertébrés par l’intermédiaire d’un arthropode hématophage. Cet arthropode est le vecteur de la maladie. Dans le cas de la dengue, le vecteur spécifique au virus DENV est un moustique du genre Aedes. L’hôte à qui est transmis le virus est principalement représenté par l’homme mais d’autres primates non humains (certaines espèces de singes) sont aussi impliqués (8). Comme tous les diptères, aux stades immatures (larve et nymphe) le moustique Aedes se développe en milieu aquatique. En pratique, les gîtes où croissent les larves et les nymphes de moustique sont des eaux stagnantes, présentes dans des contenants de nature très diversifiés. Il peut s’agir de récipients ou de réservoirs artificiels comme des citernes, des jarres… Ces contenants artificiels sont très souvent placés à proximité des habitations humaines. Les gîtes larvaires peuvent aussi être des éléments naturels comme des trous d’arbres ou des branches de bambou… L’abondance et l’adaptation du moustique à certains types de gîtes favorise une évolution du moustique dans un milieu plutôt rural ou plutôt urbain (8) (9). Les œufs, quant à eux, résistent à la dessiccation et restent viables plusieurs semaines ou parfois quelques mois en l’absence d’eau. Cependant, ils ont besoin d’être submergés à nouveau par de l’eau pour éclore (8).
Détection du génome viral par RT-PCR et RT-PCR en temps réel
La détection du génome viral par RT-PCR nécessite d’extraire, d’amplifier puis d’identifier les acides nucléiques du virus de la dengue. L’étape d’amplification est réalisée par le biais d’une réaction de PCR (Polymerase Chain Reaction). Elle nécessite une ADN polymérase, enzyme capable de synthétiser de nouveaux brins d’ADN à partir d’un brin initial, et des amorces spécifiques. Lorsque le matériel génétique à amplifier est de l’ARN, comme pour le virus de la dengue, on pratique une RT-PCR : l’ARN génomique est initialement transformé en un ADN complémentaire qui sera par la suite dupliqué plusieurs fois par PCR. Après l’étape d’amplification les brins d’ADN sont analysés par électrophorèse sur gel d’agarose ou d’acrylamide, par chromatographie, par hybridation en microplaque ou en tube. La RT-PCR en temps réel permet d’amplifier et d’analyser les séquences d’ADN en une seule étape. Par cette méthode on peut aussi s’affranchir des risques de contamination de la RT-PCR classique (8).Les techniques de PCR et RT-PCR ont permis d’améliorer le diagnostic pendant la phase symptomatique et de déterminer le sérotype du virus. Un diagnostic précoce est possible, cependant la RT-PCR présente surtout un grand intérêt dans la surveillance épidémiologique (8).
Expansion géographique de la maladie
La dengue a longtemps été limitée à l’Asie du sud-est, puis elle s’est propagée à l’océan Indien, dans le Pacifique, aux Antilles et à l’Amérique latine. Désormais la maladie est présente sous forme endémique dans plus d’une centaine de pays en Afrique, dans les Amériques, en Méditerranée orientale, en Asie du sud-est et dans le Pacifique occidental. La dengue est essentiellement présente dans les régions tropicales mais elle touche maintenant des régions plus au nord comme l’Europe ou l’Amérique du nord, du fait de l’implantation du moustique Aedes albopictus. Aujourd’hui, près de quatre milliards de personnes présentent un risque de développer la maladie dans 128 pays, soit plus de la moitié de la population mondiale (13) (22). L’expansion mondiale de la dengue est notamment liée à la diffusion globale de ses vecteurs. Aedes aegypti est à l’origine une espèce sauvage d’Afrique qui se reproduisait dans les forêts indépendamment de l’homme. L’espèce s’est ensuite adaptée à l’environnement humain péridomestique en se reproduisant dans des récipients de stockage de l’eau dans la région africaine. Les activités commerciales et l’esclavage ont introduit le moustique dans le nouveau monde. Il s’est par la suite répandu dans l’ensemble de la zone intertropicale. Le moustique reste cependant dans les limites géographiques correspondant aux isothermes de janvier et de juillet, car il ne survit pas aux faibles températures (23) (24).
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Table des matières
INTRODUCTION
PARTIE I DENGUE : GÉNÉRALITÉS
1. Le virus de la dengue et son mode de transmission
1.1 Présentation du virus
1.1.1 Structure et génome du virus
1.1.2 Diversité génétique du virus
1.1.3 Cycle cellulaire du virus
1.2 Les vecteurs du virus
1.2.1 Espèces principales impliquées dans la transmission du virus
1.2.2 Cycle de transmission du virus
2. Aspects cliniques, diagnostic et prise en charge
2.1 Aspects cliniques
2.1.1 Tableau clinique classique
2.1.2 La dengue sévère
2.1.3 Classification des niveaux de gravité de la dengue
2.2 Physiopathologie des formes graves de la dengue
2.3 Diagnostic biologique et prise en charge
2.3.1 Diagnostic biologique direct
2.3.2 Diagnostic indirect sérologique
2.3.3 Prise en charge
3. Épidémiologie
3.1 Progression de l’incidence de la dengue
3.2 Expansion géographique de la maladie
3.3 Progression des épidémies
PARTIE II DENGUE : MOYENS DE LUTTE
1. Prophylaxie non vaccinale
1.1 Protection personnelle antivectorielle (PPAV)
1.2 Lutte antivectorielle (LAV)
1.2.1 Suppression des gîtes larvaires
1.2.2 Action sur les moustiques adultes
1.2.3 Perspectives futures
1.3 Surveillance de la dengue et éducation de la population.
1.3.1 Surveillance entomologique
1.3.2 Surveillance épidémiologique
1.3.3 Education sanitaire de la population
2. Rappels sur la réponse immunitaire et la vaccination
2.1 Le système immunitaire
2.2 Principe de la vaccination et types de vaccins
2.2.1 La vaccination : principe
2.2.2 Les différents types de vaccins
2.2.3 Composition des vaccins
3. Le vaccin CYD-TDV, Dengvaxia®
3.1 Difficultés spécifiques au développement d’un vaccin contre la dengue
3.1.1 Construction d’un vaccin unique actif sur quatre sérotypes différents
3.1.2 Absence de corrélat de protection pour l’étude de l’efficacité des vaccins
3.1.3 Absence de modèle animal pertinent pour l’étude des symptômes cliniques
3.2 Caractéristiques du Dengvaxia®
3.2.1 Données précliniques
3.2.2 Données cliniques
PARTIE III LE DENGVAXIA®, LECONS A TIRER TROIS ANS APRES HOMOLOGATION
1. CYD-TDV : une efficacité et une sécurité variable
1.1 Variabilité de l’efficacité du CYD-TDV
1.1.1 Variation de l’efficacité du vaccin selon la zone géographique
1.1.2 Variation de l’efficacité du vaccin selon le sérotype
1.1.3 Variation de l’efficacité du vaccin selon le statut sérologique
1.1.4 Variation de l’efficacité du vaccin selon l’âge
1.2 Variabilité de la sécurité du CYD-TDV
1.2.1 Variation de la sécurité du vaccin suivant l’âge
1.2.2 Variation de la sécurité du vaccin suivant le statut sérologique
2. Analyses complémentaires apportées par Sanofi en post-hoc
2.1 Test utilisés pour l’analyse des données en post-hoc
2.2 Résultats des analyses complémentaires
3. Recommandations des institutions internationales et actions du fabricant
3.1 Actions du laboratoire Sanofi
3.2 Recommandations des institutions internationales et des instances nationales
4. Les futurs vaccins
4.1 Stratégies de développement de vaccins contre la dengue
4.2.1 Vaccins vivants
4.2.2 Vaccins atténués
4.2 Présentation de quelques candidats vaccins en cours de développement
4.2.1 Vaccins vivants en cours de développement
4.2.2 Vaccins inertes en cours de développement
CONCLUSION
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