Le SARS-CoV-2
Structure virale
La SARS-CoV-2 est un virus à acide ribonucléique (ARN) appartenant à la famille Coronaviridaes. Il est de forme sphérique et mesure entre 80 et 200 nm. le virus est couronné par des glycoprotéines ; les protéines S (pour spike). Elles se lient, avec une forte affinité, aux récepteurs des cellules de l’angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) de l’hôte qui sont présents au niveau pulmonaire. Les protéines S sont ensuite clivées par les protéases de la cellule hôte permettant la fusion des membranes cellulaires et participant à la réplication virale. L’enveloppe est formée par des protéines E et par une membrane composée de protéines M. Les protéines M jouent un rôle dans la formation intracellulaire des particules virales et dans la libération virale extra cellulaire. En son centre, se trouve la nucléocapside ou protéine N contenant le génome viral sous forme d’acide ribonucléique (ARN). Le génome du SARS-CoV-2 permet le codage des protéines de structure dont S, M, E, N et d’autres protéines non structurales permettant la réplication virale (2).
Transmission et pathogénèse
Les coronavirus sont divisés en 4 groupes, Alpha, Beta, Gamma et Deltacoronavirus. Des études phylogénétiques ont pu montrer que les coronavirus avaient un réservoir animal large : les rongeurs et les chauves-souris pour les types Alpha et Beta, les oiseaux pour les genres Gamma et Delta. Les coronavirus franchissent la barrière des espèces mais seuls 7 coronavirus peuvent infecter l’homme, on les appelle les Human Corona-virus (HCoV). Les HCoV sont principalement des bétacoronavirus. La majorité est responsable d’une zoonose bénigne à l’exception du SARS-CoV de 2003, du MERS-CoV en 2012 et du SARS-CoV-2 en 2019 (3).
La transmission interhumaine se fait principalement par contact avec des gouttelettes de sécrétions oropharyngées émises par une personne contaminée lorsqu’elle parle, tousse ou éternue. Les gouttelettes émises ne peuvent franchir plus de deux mètres et restent un temps limité dans l’air. Les transmissions aéroportées ou manuportées ont été décrites mais sont moins fréquentes, elles adviennent par contact avec du liquide biologique contaminé tels que les urines, les selles, des larmes ou des muqueuses ainsi que par contact avec des surfaces contaminées .
Un capacitaire d’hospitalisation tendu
Malgré le confinement décrété en France, l’afflux de patients dans les hôpitaux a été massif. Certaines régions comme le Grand Est ou l’Ile de France ont été particulièrement touchées. Face à cette augmentation du besoin sanitaire, une adaptation des centres hospitaliers et de la médecine de ville était nécessaire.
Avant l’épidémie, il existait 392000 lits d’hospitalisation sur l’ensemble du territoire français dont 5050 lits de réanimation adultes, 7339 lits de surveillance continue, 5844 lits de soins intensifs (cardiologiques, neurologiques et autres) (6). Le 14 avril 2020, au maximum de la 1ère vague, 32131 patients étaient hospitalisés, tous services confondus, dont plus de 7148 patients en soins critiques, Cet afflux de patients a entraîné une mise en tension du système de soins avec un taux d’occupation des lits en soins critiques de l’ordre de 139%. Le 30 avril 2020, plus de 22000 décès liés à l’infection à SARS-CoV-2 étaient recensés en France.
Pour assurer la prise en charge spécifique des patients COVID-19, tout en limitant la propagation virale, des unités d’hospitalisation conventionnelle et de soins continus et intensifs ont dû être créées. La création de ces unités dédiées a été permise par la déprogrammation des actes chirurgicaux et des soins non urgents. Ces services « éphémères » ont nécessité une mobilisation sans pareil de moyens humains et matériels devant un risque de dépassement des capacités de soins, comme cela a été le cas en Italie ou dans la région Grand Est.
Clinique
La COVID-19 est une pathologie à prédominance respiratoire mais avec diffusion possible à l’ensemble de l’organisme (7,8). Le délai d’incubation est de 3 à 5 jours, il peut cependant s’étendre à 14 jours. Il existe des formes asymptomatiques dans près de 40,5% des cas, paucisymptomatiques et des formes sévères, nécessitant une hospitalisation dans 2,9% des cas (9,10). La présentation est polymorphe, parmi les manifestations les plus fréquentes, on retrouve : le syndrome pseudo grippal associant fièvre, fatigue, asthénie, myalgie dans les premiers jours de la maladie, puis une à deux semaines après apparaissent des symptômes respiratoires haut et bas : odynophagie, toux, céphalée, dyspnée, détresse respiratoire. Les formes avec une présentation atypique existent mais sont peu courantes. Parmi ces symptômes, on note l’agueusie, la perte de l’odorat. Les formes digestives sont présentes chez 50,5% des patients avec nausées, vomissements, douleurs abdominales, diarrhées liquidiennes, anorexie (11). Il existe des formes cardiaques avec des douleurs thoraciques, des myocardites décrites dans 2,3% des cas, des troubles du rythme cardiaque et des embolies pulmonaires (12– 16). Les formes sévères ont une présentation initiale quasi exclusivement respiratoire se manifestant par un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA). Il se définit comme un « œdème lésionnel » lié à l’augmentation de la perméabilité des capillaires pulmonaires par agression de la membrane alvéolocapillaire et par inflammation parenchymateuse. L’œdème pulmonaire entraîne une hypoxémie avec nécessité de suppléance respiratoire artificielle. Le SDRA peut évoluer vers un tableau de défaillance multi-viscérale (respiratoire, rénale, hépatique, hémodynamique) et peut entraîner le décès du patient .
Facteurs de risque de morbi-mortalité
A partir des analyses démographiques françaises, des données du Centre Européen de Prévention et de Contrôle des maladies, des études de cohorte et séries de cas, des facteurs de risques de décès et d’hospitalisation en réanimation ont été identifiés (19–24). Parmi ces facteurs de risque on distingue l’âge. En France du 1er mars au 14 avril 2020, il y a eu 16 646 décès du COVID-19 (dont 10 129 chez des patients hospitalisés), parmi ces décès, 92% des personnes avaient plus de 65 ans. Au 14 avril 2020, 2806 patients avaient été admis en réanimation et la moyenne d’âge était de 61 ans. Le sexe masculin apparaissait aussi comme un facteur de risque ; sur les 2806 patients en réanimation, les hommes représentaient 73% de l’effectif soit un sexratio homme/femme de 2,7 et de 2,5 en cas de décès.
Certaines comorbidités semblaient liées à une augmentation de formes graves et de la mortalité. D’après Santé Publique France, les patients hospitalisés en soins intensifs entre le 16 mars et le 21 avril 2020, 67% présentaient au moins une comorbidité. Les comorbidités les plus décrites étaient l’hypertension artérielle 35%, l’obésité avec Indice de masse corporelle (IMC) > 40kg.m2 11%, le diabète 25% et les pathologies pulmonaires chez 16% des patients. Les pathologies cardiaques étaient présentes dans 19% des cas (25). Ces chiffres étaient confirmés par la cohorte Critical COVID-19 France (21). Le Haut Conseil de Santé publique, dans son avis relatif du 29 octobre 2020, associait aux précédentes comorbidités :
– Affections neuromusculaires, pouvant altérer la fonction respiratoire : maladies du motoneurone, myasthénie grave, sclérose en plaques, maladie de Parkinson, paralysie cérébrale, quadriplégie ou hémiplégie, tumeur maligne primitive cérébrale, maladie cérébelleuse progressive
– Cancer évolutif sous traitement (hors hormonothérapie) ;
– Cirrhose au stade B du score de Child Pugh au moins
– Immunodépression congénitale ou acquise
– Syndrome drépanocytaire majeur ou ayant un antécédent de splénectomie .
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Table des matières
I. Introduction
A. Le SARS-CoV-2
1. Structure virale
2. Transmission et pathogénèse
B. Un capacitaire d’hospitalisation tendu
C. Clinique
D. Facteurs de risque de morbi-mortalité
E. Diagnostic
1. RT PCR
2. TDM thoracique
F. Problèmes posés
G. Situation en Haute Normandie
1. Epidémiologie
2. Organisation au CHU de Rouen
H. Objectif de l’étude
II. Matériel et méthode
III. Résultats
A. Caractéristiques de la population
B. Données cliniques
C. Données paracliniques
D. Thérapeutiques
IV. Discussion
V. Conclusion
VI. Bibliographie
VII. Annexes
A. Fiche de recueil
B. Autorisation commission d’évaluation scientifiques des projets de recherches
C. Autorisation du Comité d’éthique local
D. Tableau résumé d’analyse comparative