Le rôle vecteur des Culicoides 

Le rôle vecteur des Culicoides 

Etat des lieux de l’identification des vecteurs

Les outils morphologiques

L’identification du vecteur majeur, C. (Avaritia) imicola est assez aisée en Europe où elle est la seule espèce représentante du complexe d’espèces Imicola. Sa récente découverte en Europe a fait l’objet d’une redescription complète (Delécolle et De La Roque, 2002). A la loupe binoculaire, il est assez facile, avec un peu d’expérience, de la reconnaître avec précision sur la base de tâches alaires caractéristiques. Cette aile typée a été utilisée pour développer une clé d’identification simplifiée, à l’observation basée uniquement sur le profil alaire, adaptée à une utilisation en routine pour des non-experts (Rawlings, 1996). Culicoides dewulfi et C. chiopterus s’identifient aisément au microscope. Cependant, l’identification à la loupe binoculaire n’est pas aisée ce qui conduit certaines études à traiter les quatre espèces suivantes ensemble, C. obsoletus, C. scoticus, C. chiopterus et C. dewulfi, ce qui peut aboutir à des résultats et conclusions hasardeuses sur leurs rôles vecteurs (Mehlhorn et al., 2007). En ce qui concerne C. obsoletus et C. scoticus, alors que l’identification des mâles ne pose aucun problème, l’identification précise des femelles est controversée. La taille des spermathèques des deux espèces présente un chevauchement de valeurs (Delécolle, 1985) qui, dans le cas où un spécimen présente une morphologie intermédiaire, ne permet pas de conclure à une identification précise. Une étude associant des mesures morphologiques avec des identifications moléculaires basées sur la région barcode, le Cytochrome oxydase c I (COI), montre que les caractères abdominaux pour séparer les femelles sont limités par une plage de valeurs communes aux deux espèces (Pagès et Sarto I Monteys, 2005). Une étude similaire tend à montrer l’inverse à savoir qu’il est possible d’identifier précisément les deux espèces par quelques mesures bien que les auteurs admettent qu’il peut y avoir de spécimens douteux pour lesquels le séquençage du COI est nécessaire (Augot et al., 2010). Récemment, une étude associant l’identification morphologique et moléculaire montre qu’il est possible de discriminer les quatre espèces C. obsoletus, C. scoticus, C. chiopterus et C. dewulfi à la loupe binoculaire sur la base de l’observation de la forme du palpe et du nombre de soies du 1er tergite abdominal (Nielsen et Kristensen, 2011).

Les outils moléculaires

L’identification moléculaire d’espèces par amplification de type PCR présentant des fragments de tailles spécifiques d’espèces s’est développée depuis une dizaine d’années chez les Culicoides. Une PCR spécifique de C. imicola par PCR a été développée et validée pour être utilisable en routine à partir de prélèvements de piégeages sans étape de pré-tri i.e. incluant tous types d’insectes (Cêtre-Sossah et al., 2004). Quelques études se sont intéressées à la détection d’espèces du groupe Pulicaris (Nolan et al., 2007; Pagès et al., 2009). La majorité des PCR spécifiques se sont focalisées sur les espèces du groupe Obsoletus en utilisant les techniques de PCR conventionnelles (Gomulski et al., 2005; Mathieu et al., 2007; Nolan et al., 2007; Schwenkenbecher et al., 2009b) mais aussi les techniques de PCR en temps réel (Monaco et al., 2010) basées soit sur les marqueurs COI soit les marqueurs ITS. La spectrométrie de masse a été évaluée récemment sur C. nubeculosus et se révèle prometteuse pour l’identification des espèces du genre Culicoides (Kaufmann et al., 2011). Une approche puce à ADN appliquée aux Culicoides vient de voir le jour et permettrait de traiter un grand nombre d’échantillons (Deblauwe et al., 2012).

Table des matières

Introduction générale 
ÉTAT DES CONNAISSANCES
Chapitre 1 : Le genre Culicoides 
1. Histoire de la description des espèces 
2. Diversité actuelle, morphologie et écologie 
Diversité actuelle
Morphologie
Ecologie
3. Etats des lieux des clés d’identification 
Encadré n°1 : Les types de clés d’identification
Théorie et réalité de l’identification
Clés d’identification à accès simple
Clés d’identification à accès libre
Chapitre 2 : Le rôle vecteur des Culicoides 
1. Découverte 
Encadré n°2 : La nuisance
Du pathogène vers le vecteur
Une transmission biologique démontrée
2. Rôle dans la transmission 
3. La FCO, actualité d’une crise sanitaire
Généralités, distribution et importance
Voies d’introduction du virus dans le bassin méditerranéen
Le vecteur majeur, distribution et changement climatique
Situation jusqu’en 2006
Situation après 2006
4. Etat des lieux de l’identification des vecteurs
Les outils morphologiques
Les outils moléculaires
Chapitre 3 : Le sous-genre Avaritia Fox, 1955
Définition morphologique
1. Importance vétérinaire 
2. L’imbroglio taxonomique 
Du sous-genre aux groupes
Le groupe Obsoletus
Le groupe Andicola
Le groupe Pusillus
Le groupe Actoni
Les groupes Imicola et Orientalis
3. Éléments de phylogénie 
Cadre et objectifs
RÉSULTATS
Chapitre 4 : Composition et échantillonnage du sous-genre Avaritia 
1. Liste des espèces appartenant au sous-genre Avaritia
2. Échantillonnage des spécimens
3. Conclusion 
Chapitre 5 : Phylogénie moléculaire du sous-genre Avaritia
1. Criblage de marqueurs moléculaires 
2. Phylogénie moléculaire 
3. Conclusion
Chapitre 6 : Clé d’identification interactive
1. Approche méthodologique 
2. Résultats
3. Conclusion
Chapitre 7 : Identification et quantification d’espèces cryptiques 
1. Approche méthodologique 
2. Résultats
3. Conclusion
DISCUSSION
Encadré n°3 : Diagnose des espèces du groupe Boophagus
Encadré n°4 : Diagnose des espèces du groupe Grahami
Encadré n°5 : Diagnose des espèces du groupe Imicola
Encadré n°6 : Diagnose des espèces du groupe et complexe Obsoletus
CONCLUSION ET PERSPECTIVES
Références
Annexes 
Index des espèces citées

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