Soutenance mémoire
Le feu bactérien : une maladie sporadique
Matériel et méthodes
Des essais d’optimisation et de validation de techniques in vitro pour la détection ont été réalisés au préalable, permettant depuis l’année passée l’évaluation des populations bactériennes naturelles en vergers en lien avec l’apparition de la maladie. Cette évaluation se déroule tout d’abord sur le terrain par la récolte des échantillons, la notation de la phénologie et l’évaluation des symptômes, puis en laboratoire par le biais d’analyses qPCR. En premier lieu, il s’agit de récolter à plusieurs dates, différents types d’échantillons dans plusieurs vergers à travers plusieurs régions de la province du Québec. Dans un premier temps, des momies seront récoltées trois fois au cours de la fin de l’hiver, ceci pour élucider leur rôle éventuel en tant que source d’inoculum pour l’infection de l’année suivante. Puis, des fleurs ouvertes seront cueillies également à trois reprises dans les mêmes vergers au moment de la floraison (début, pleine et fin floraison), au possible suivant l’indice d’infection et la prédiction de la première infection par le logiciel RimPro-Erwinia. Pendant cette deuxième phase, il est important d’intervenir à la bonne date pour choisir des fleurs au stade adéquat (pistil vert à la première récolte), et il sera également noté pendant la période d’échantillonnage à la floraison la phénologie des arbres, puis l’étendue des symptômes. Afin de savoir si des populations bactériennes sont présentes dans les fleurs, et si elles sont vivantes, plusieurs prélèvements dans la saison permettent de se rendre compte si le signal de la qPCR a augmenté. Dans l’idéal il faudrait pouvoir récolter avant, puis près l’infection pour observer l’évolution des bactéries dans les fleurs. A la suite de ces étapes seront menées des analyses par qPCR, afin de quantifier les populations bactériennes présentes sur ces différents organes.
Récolte des échantillons
Situation géographique
Les échantillonnages de momies puis de fleurs sont effectués dans différentes régions du Québec : Missisquoi, Montérégie Est, Montérégie Ouest, Laurentides, Ile d’Orléans (Figure 8).
Plusieurs vergers sont échantillonnés dans chaque région (Tableau II) : six vergers en Montérégie Est, six vergers dans le Missisquoi, six vergers en Montérégie Ouest, six vergers dans les Laurentides, et trois vergers sur l’Ile d’Orléans à côté de Québec, soit un total de 27 vergers comprenant 62 parcelles.
Prévision des stades d’intervention pour l’échantillonnage
La phénologie des fleurs est prédite par le logiciel CIPRA, permettant de cibler les dates d’échantillonnage. Les dates de collecte des fleurs sont différentes selon les régions, en raison des variations de températures. Le stade de début de floraison pour la première collecte se situe au stade bouton rose avancé lorsque les pétales sont allongés sans étalement avec une teinte blanc rosé (environ 30% de floraison). Puis, la deuxième collecte a lieu au stade pleine floraison lorsque tous les pétales sont complètement étalés et les fleurs ouvertes (100% floraison). Enfin, la troisième et dernière collecte s’effectue en fin de floraison, au stade calice lorsque 90 % des pétales sont tombés.Dans l’idéal, il faut que la période d’infection suive au moins une date de collecte, afin de recueillir des échantillons potentiellement infectés. Les infections par E. amylovora sont prédites par le modèle RimPro-Erwinia. Ce modèle est utilisé par l’IRDA, car, comme indiqué en I.1.4, le modèle Betty Arnaud – Etude des populations naturelles de Erwinia amylovora et incidence sur pommiers
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Table des matières
I. Introduction et contexte de l’étude
1. Le feu bactérien : une maladie sporadique
1.1. Biologie et croissance de la bactérie Erwinia amylovora
1.2. Epidémiologie du feu bactérien
1.3. Stratégie de lutte contre le feu bactérien
1.4. Prédire la maladie : les modèles de prévisions du feu bactérien
1.5. Receiver Operating Characteristic (ROC) : principes et objectifs
2. Problématique : contexte et objectifs
II. Matériel et méthodes
1. Récolte des échantillons
1.1. Situation géographique
1.2. Prévision des stades d’intervention pour l’échantillonnage
1.3. Echantillonnage du matériel végétal
1.4. Notations phénologiques et modèle de développement
2. Quantification de E. amylovora par qPCR
2. 1. Pesée des échantillons et sonication
2.2. Concentration des échantillons de momies et fleurs
2.3. Pré-test incubation
2. 4. Quantification de E. amylovora par qPCR technologie Taqman
3. Evaluation des symptômes
III. Résultats
1. Echantillonnage et observations des fleurs
1.1. Prévision des stades d’intervention pour l’échantillonnage
1.2. Phénologie des fleurs et relation avec l’infection par modélisation des pistils
2. Evaluation des symptômes et relation avec les populations détectées dans les fleurs
2.1. Distribution des populations
2.2. Analyse Receiver Operating Characteristic (ROC)
3. Tests en vue de l’amélioration du diagnostic
3.1. Incubation de fleurs : préliminaire
3.2. Analyse qPCR des momies
IV. Discussion
V. Conclusion et perspectives
VI. Bibliographie
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