L’agent pathogène : le(s) virus de la rage

L’agent pathogène : le(s) virus de la rage

Généralités sur la rage

L’Institut Pasteur définit la rage comme une zoonose virale mortelle affectant tous les mammifères (majoritairement les carnivores et les chiroptères), due à plusieurs virus du genre Lyssavirus présentant un tropisme important pour les cellules nerveuses. Le virus rabique étant présent dans le cerveau et la salive d’un animal infecté, la rage se transmet généralement par morsure et, après une longue période d’incubation, entraîne une encéphalomyélite toujours mortelle dont les symptômes sont variables selon les individus (Institut Pasteur (a), s.d.). Selon l’OIE, qui est un acteur majeur de la lutte contre la rage au niveau mondial, la rage tue près de 70 000 personnes chaque année soit une personne toutes les dix minutes, principalement des enfants dans les pays en développement (OIE, s.d.). Le chien est la principale source de contamination de l’homme (plus de 99 % des cas humains) (OMS, 2015). L’importance de cette maladie est à la fois médicale (maladie mortelle) et économique (pertes d’animaux de rente, dépenses engendrées par les mesures sanitaires de lutte contre la rage et par les conséquences économiques et sociales du décès des patients humains) (Institut Pasteur (a), s.d.). A. L’agent pathogène : le(s) virus de la rage Bien que la rage soit redoutée depuis l’antiquité, il faut attendre 1880 pour que les travaux de Louis Pasteur mettent en évidence que la rage est dû à un virus (OIE (a), 2014). a. Classification et répartition géographique des Lyssavirus i. Classification du virus rabique Le virus rabique appartient à l’ordre des Mononegavirales (virus à ARN négatif non segmenté), à la famille des Rhabdoviridae et au genre Lyssavirus (du grec lussa qui signifie la folie), responsables d’encéphalites (ICTV, 2014). ii. Un nombre croissant d’espèces de Lyssavirus La majorité des Lyssavirus ont été détectés chez des chauves-souris, qui sont considérées comme les représentantes de l’hôte ancestral de ce genre viral. L’intérêt croissant pour les chauves-souris en tant qu’hôtes potentiels de virus en général et les études de plus en plus nombreuses réalisées sur celles-ci durant les dernières décennies ont permis de décrire de nombreuses nouvelles espèces du genre Lyssavirus (Banyard, et al., 2014). Selon le Comité international de taxonomie des virus (ICTV), on distingue actuellement quatorze espèces de virus de la rage reconnus au sein du genre Lyssavirus, dont l’espèce classique et majeure est RABV (Rabies virus). Les principales caractéristiques de ces espèces sont détaillées dans le Tableau 1. Les espèces du genre Lyssavirus se séparent en trois à quatre phylogroupes, dont deux principaux. Le premier comprend le virus rabique classique RABV (Rabies virus), le virus DUVV (Duvenhague virus), les virus EBLV-1 et EBLV-2 (European Bat Lyssaviruses de type 1 et 2), le virus ABLV (Australian Bat Lyssavirus) et le virus Irkut (IRKV). Les virus Aravan (ARAV), Khujand (KHUV), et Bokeloh (BBLV) font également partie du premier phylogroupe des Lyssavirus mais ne sont pas rattachés à des cas de rage chez l’Homme à ce jour. Le second 24 phylogroupe comprend le virus Lagos bat (LBV), le virus Mokola (MOKV) et le virus Shimoni bat (SHIBV). Trois autres espèces de Lyssavirus forment des phylogroupes indépendants, le virus WCBV (West Caucasian Bat Virus), le virus IKOV (Ikoma Lyssavirus) et le virus LLBV (Lleida Bat Lyssavirus), qui a été récemment décrit en Espagne, en 2012, mais n’a pas encore été enregistré au Comité international de taxonomie des virus (Banyard, et al., 2014) (Aréchiga Ceballos, et al., 2013).

Répartition géographique des Lyssavirus

En plus des différences en termes de distance génétique et de schémas de réponse antigénique dans les réactions avec un panel d’anticorps monoclonaux anti-nucléocapside, ces espèces du genre Lyssavirus se différencient également généralement par leur répartition géographique et les principales espèces réservoirs associées, mais les cas de transmission inter-espèces sont fréquents ou ont a minima déjà été signalées pour la majorité d’entre elles. Les réactions de séroneutralisation 25 croisée sont importantes entre les espèces d’un même phylogroupe, en revanche, elles sont très limitées voire absentes entre deux espèces appartenant à des phylogroupes différents (WHO Rabies Bulletin, 2014). Le virus de la rage proprement dit correspond au virus RABV, c’est de très loin le plus fréquemment identifié dans les cas de rage chez l’Homme. Cependant, les autres espèces de Lyssavirus peuvent également être à l’origine de cas d’encéphalite à la fois chez l’Homme et chez d’autres mammifères. L’identification et le typage des différentes souches du virus RABV et des autres Lyssavirus par des analyses de laboratoire permet de mieux comprendre l’épidémiologie de la rage. En effet, suite au séquençage génétique de nombreux isolats de Lyssavirus, il a été démontré que chaque isolat de virus issu d’une région géographique précise ou d’une espèce donnée possédait des séquences génétiques caractéristiques de cette région géographique. Ainsi, le typage d’un isolat de virus RABV, ou d’un autre Lyssavirus, identifié dans un cas de rage humain ou animal permet de renseigner sur l’origine à la fois géographique et spécifique de l’infection (OMS (b), 2013) (Anses, 2015). La Figure 1 présente la répartition géographique et la chronologie de la découverte et de l’isolement des différents Lyssavirus en Europe, en Afrique, en Asie et en Australie depuis plus d’un demisiècle.

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Table des matières

TABLE DES MATIERES
Table des annexes
Liste des abréviations
Liste des figures
Liste des tableaux
INTRODUCTION
PREMIÈRE PARTIE – GÉNÉRALITÉS SUR LA RAGE ET BILAN DE LA SITUATION
ÉPIDÉMIOLOGIQUE EN FRANCE
I. Généralités sur la rage
A. L’agent pathogène : le(s) virus de la rage
a. Classification et répartition géographique des Lyssavirus
i. Classification du virus rabique
ii. Un nombre croissant d’espèces de Lyssavirus
iii. Répartition géographique des Lyssavirus
b. Structure du virus rabique
i. Morphologie
ii. Structure
c. Propriétés physiques et chimiques
i. Température
ii. pH
iii. Produits chimiques et désinfectants
d. Antigénicité et pouvoir pathogène
i. Réactions antigéniques
ii. Adaptations spécifiques du virus rabique
iii. Neurotropisme marqué
iv. Multiplication du virus rabique
B. Contexte épidémiologique mondial de la rage
a. Espèces sensibles, vectrices et réservoirs
i. La rage sauvage ou selvatique
ii. La rage urbaine ou canine
b. L