Soutenance mémoire
Bien que la tuberculose soit une maladie connue depuis très longtemps, elle reste un problème d’actualité dans le monde. En effet il s’agit de la maladie infectieuse la plus répandue dans l’espèce humaine. Le risque de contracter la tuberculose est encore présent, en raison des caractères propres au bacille tuberculeux, mais aussi du mode de transmission et de la physiopathologie bien particulière de cette maladie [1]. La connaissance de l’épidémiologie de la tuberculose contribue à prévenir sa transmission. Deux grands axes y contribuent avec d’une part les enquêtes épidémiologiques classiques qui conservent tout leur intérêt : les enquêtes réalisées autour d’un cas ont pour objectif de dépister le plus rapidement possible des cas secondaires, afin de limiter la transmission de la tuberculose. D’autre part, la découverte du génome de Mycobacterium tuberculosis (MTB) a ouvert de nouvelles perspectives, en permettant la mise au point de techniques de biologie moléculaire à des fins diagnostiques et de typage épidémiologique. Tous ces éléments permettent d’étudier plus précisément la transmission de cette maladie et d’établir des liens entre les différents cas de tuberculose, notamment dans les situations de micro-épidémies.
Le Sénégal comme la plupart des pays à ressources limités, notifie les cas de tuberculoses par l’enregistrement du nombre de cas ainsi que le recueil de données démographiques. En effet le diagnostic de la tuberculose sur l’étendue du territoire national repose sur la microscopie et dernièrement sur le GeneXpert pour les cas de retraitement, de tuberculose extrapulmonaire et chez l’enfant. La culture n’étant cependant disponible que dans la région de Dakar. C’est ainsi que, les données épidémiologiques et biologiques (identification et étude de la résistance des souches) ne sont pas disponibles pour toute l’étendue du pays et ne reflètent pas la réalité (biais de sélection des patients dans la capitale). Des méthodes alternatives pour la culture et à moindre coût ont été développés comme la technique Ogawa-Kudoh qui a montré de très bonnes performances lors d’études antérieures effectuées .
La Tuberculose : situation actuelle et facteurs de risques
Situation dans le monde
Elevé au rang d’urgence mondiale par l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), la tuberculose (TB) est avec le virus de l’immunodéficience humaine (VIH), l’une des premières causes mondiales de mortalité par maladie infectieuse. Malgré les progrès indéniables accomplis dans la lutte mondiale contre la tuberculose, avec une diminution de la prévalence de la TB et du taux de mortalité depuis 1990, la TB est toujours l’une des maladies infectieuses humaines les plus dévastatrices, avec le VIH et le paludisme. C’est un problème majeur de santé publique dans le monde entier avec 2 à 3 milliards de personnes infectées par M. tuberculosis dont 5 à 15% qui développeront la tuberculose au cours de leur vie [15] . Selon le rapport mondial 2016 de l’OMS sur la TB, 10,4 millions de personnes ont développé la tuberculose.
L’apparition de la TB-MR est l’un des grands challenges dont fait face le succès du programme de contrôle global de la TB. En 2016, 490000 personnes ont développé une tuberculose multirésistante (TB-MR) et 100000 autres ont développé une TB résistante à la rifampicine (TB-RR) et ces dernières étaient également de nouvelles personnes remplissant les conditions pour un traitement de la TB-MR. Elle reste l’une des 10 principales maladies mortelles dans le monde, même si sur une période de 15 ans, le nombre de morts provoquées par cette maladie souvent associée à la pauvreté et aux conditions insalubres a baissé de 22% .
La tuberculose en Afrique
L’Afrique est le second continent le plus touché après l’Asie, et la persistance de la TB est attribuable principalement à la pauvreté, à la croissance démographique naturelle aggravée par les phénomènes migratoires et à l’augmentation importante des cas de TB dans les zones d’endémie VIH, spécialement en Afrique Subsaharienne. A ces trois facteurs s’ajoute aussi la paupérisation des systèmes de santé liée aux programmes d’ajustement structurels et par la négligence des autorités sanitaires nationales qui n’ont pas accordé à la lutte antituberculeuse le rang de priorité nécessaire pendant de longues années. En 2015, 87% des nouveaux cas se sont produits dans les 30 pays à forte charge de la tuberculose. Six pays ont totalisé 60% des nouveaux cas : Inde, Indonésie, Chine, Nigéria, Pakistan et Afrique du Sud. Les progrès mondiaux dépendent de ceux qui seront faits dans ces pays pour la prévention et les soins de cette maladie .
Situation de la tuberculose au Sénégal
Au Sénégal, la notification des cas de tuberculose avait enregistré 9.278 nouveaux cas de frottis positif en 2014 sur un total de 13.647 cas de tuberculose toutes formes confondues pour un taux de détection des frottis à TB pulmonaire de 70% (Rapport annuel du PNT, 2014). Les patients TB-MR confirmés sont passés de 7 en 2008 à 290 en 2016 comme le montre la figure 2 [18, 19]. Pays de l’Afrique de l’Ouest avec 15 millions d’habitants et avec une incidence de 139 cas pour 100 000 habitants en 2015, le Sénégal compte 14 régions dont la plus touchée par la TB est Dakar. En effet, la capitale économique polarisait en 2012, 5.734 tuberculeux (45%) suivie par la région de Thiès (1825) puis Diourbel (1.226) .
Le taux de détection des patients tuberculeux reste faible (57% des cas pulmonaires rapportés ont été confirmés bactériologiquement), ce qui peut sérieusement sous estimer le fardeau de la TB et favoriser la propagation de la maladie dans la communauté.
Facteurs de risque liés à cette maladie
L’épidémie du virus de l’immunodéficience humaine
La réémergence de la TB dans les années 1980 a été principalement due à l’épidémie du VIH SIDA notamment dans les pays africains [21, 22]. L’infection par le VIH favorise l’évolution d’une tuberculose latente en tuberculose maladie active et donc contagieuse. M. tuberculosis stimule les réplications du VIH et l’évolution naturelle du SIDA [21]. De plus les patients porteurs du VIH semblent présenter un risque accru d’être infectés et /ou réinfectés par une souche de M. tuberculosis par comparaison avec une tuberculose sur terrain non VIH [23- 25]. L’existence d’interactions médicamenteuses surtout entre les traitements utilisés contre ces deux maladies notamment la rifampicine, antituberculeux majeur, et de nombreux antirétroviraux, vient compliquer le traitement de ces patients [26]. A l’heure actuelle, l’augmentation du nombre de cas de co-infection VIH/TB aggrave considérablement la situation de la tuberculose dans le monde en favorisant notamment l’émergence et la circulation de bacilles tuberculeux résistants.
Emergence et propagation de souches résistantes
Parmi les facteurs ayant favorisé l’épidémie actuelle de TB, l’apparition puis la circulation de bacilles tuberculeux résistants aux traitements médicamenteux a joué un rôle important. Un des principaux facteurs contribuant au taux élevé de TB pharmaco-résistante, est la non-observance des patients tuberculeux [27, 28]. La durée du traitement est longue (généralement six mois ou plus) et constitue une combinaison de plusieurs médicaments qui ont souvent des effets secondaires, donc les patients peuvent être réfractaire au traitement. De plus, les patients éprouvant souvent une amélioration des symptômes, peuvent arrêter le traitement ; ce qui engendre des rechutes et la TB-MR. En 1990, l’OMS a recommandé le DOTS (Traitement directement observé, Short course) stratégie pour le contrôle de la TB. Cependant, le manque de supervision complète pendant la phase intensive de traitement, de suivi, de fourniture et de gestion du traitement contribue largement au développement de la TB-MR [29, 30]. En outre, la mauvaise qualité des médicaments peut aussi être l’une des raisons des cas de rechutes et de TB-MR [30, 31]. Les principales préoccupations du traitement de la TB-MR demeurent la durée (20-30 mois), l’utilisation des médicaments de deuxième ligne qui sont très coûteux et la gestion complexe du traitement. Des facteurs tels que la pauvreté, la migration, les voyages, l’infection par le VIH, les sans-abris, être en prison, la toxicomanie, la faiblesse du système immunitaire, l’alcool et le tabagisme étaient aussi liés à la transmission de TB-MR [28, 31]. Enfin, dans les régions à forte prévalence de souches virulentes de M. tuberculosis tels que les génotypes de Beijing ou de LAM, le risque d’avoir une TB-MR est également plus élevée .
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Table des matières
Introduction
I. La Tuberculose : situation actuelle et facteurs de risques
I.1 Situation dans le monde
I.2 La tuberculose en Afrique
I.3 Situation de la tuberculose au Sénégal
I.4 Facteurs de risque liés à cette maladie
I.4.1 L’épidémie du virus de l’immunodéficience humaine
I.4.2 Emergence et propagation de souches résistantes
I.4.3 Autres facteurs de risque
II. La Tuberculose maladie
II.1 Transmission et développement de la maladie
II.2 Infection
II.3 Progression de l’infection latente à la maladie
II.3.1 Tuberculose primaire
II.3.2 Tuberculose pulmonaire
II.3.3 Tuberculose chez l’enfant
II.3.4 Tuberculose extrapulmonaire
III. Tuberculose et mycobactéries
III.1 Définition et classification
III.2 Caractéristiques de Mycobacterium tuberculosis
III.3 Détection de M. tuberculosis
III.3.1 Microscopie
III.3.2 Culture
III.3.3 Identification des cultures de Mycobacterium
III.3.4 Nouvelles méthodes moléculaires
III.4 Détection de la résistance aux antibiotiques
III.4.1 La méthode de référence : l’antibiogramme
III.4.2 La technique MODS
III.4.3 L’antibiogramme pour les antituberculeux de deuxième ligne
III.4.4 Place de l’antibiogramme moléculaire
IV. Traitement de la tuberculose
IV.1 Les molécules antituberculeuses
IV.2 Régime de traitement standard contre la tuberculose pharmacosensible et la TB pharmacorésistante
IV.3 Nouveaux schémas thérapeutiques
V. Résistance de M. tuberculosis aux antituberculeux
V.1 Définition de la résistance bactérienne à un antibiotique
V.1.1 La résistance naturelle de M. tuberculosis aux anti-tuberculeux
V.1.2 La résistance acquise
V.2 Mécanismes moléculaires de résistance aux antituberculeux
V.2.1 Isoniazide
V.2.2 Rifampicine
V.2.3 Pyrazinamide
V.2.4 Ethambutol
V.2.5 Streptomycine
V.2.6 Fluoroquinolones
V.2.7 Molécules administrées par voie injectable
V.2.8 Autres molécules de deuxième intention
VI. Marqueurs génétiques utilisés dans le typage moléculaire des souches du complexe M. tuberculosis
VI.1 Le génome de M. tuberculosis
VI.2 Les séquences d’insertion
VI.3 Les courtes séquences d’ADN répétées
VI.3.1 Le Locus DR
VI.3.2 Les minisatellites
VII. Evolution des souches du Complexe M. tuberculosis
VII.1 Histoire évolutive et expansion clonale de MTBC
VII.2 Distribution globale des lignées de M. tuberculosis
Conclusion
