La taxonomie bactérienne

La taxonomie bactérienne

Dissémination et moyens de lutte

Les activités humaines sont la cause principale de la dissémination de la maladie. Ainsi au sein des pépinières, le prélèvement de greffons à partir de pieds mères portant la maladie, une forte densité de plants et une irrigation par aspersion favorisent la dissémination de la bactérie sur les jeunes plants. Des organes apparemment sains, destinés à la multiplication, sont commercialisés parfois à grande échelle, permettant la dispersion de la maladie d’une région ou d’un continent à l’autre. Une fois les arbres plantés, le passage d’engins agricoles et l’utilisation d’outils préalablement contaminés non désinfectés d’un arbre à l’autre et l’aspersion de l’eau d’irrigation peuvent être aussi à l’origine d’une dissémination de la maladie au sein des vergers (60). D’autre part, les facteurs naturels ont aussi un rôle dans la dissémination de la maladie.

Taxonomie de l’agent pathogène de la maladie des taches noires du manguier

La bactérie est probablement originaire de l’Inde car elle a été retrouvée dans des échantillons d’herbier au Bihar datant de 1881. Elle a été caractérisée pour la première fois par Doidge en 1915 en Afrique du Sud sous le nom d’Erwinia mangiferae (45), puis dénommée Pseudomonas mangiferae-indicae (125, 126). À partir des années 1970, la bactérie est classée au sein du genre Xanthomonas, sous le nom de Xanthomonas campestris f. sp. mangiferaeindicae (151). L’agent causal de la maladie des taches noires du manguier devient l’un des 141 pathovars de l’espèce campestris, sous le nom de Xanthomonas campestris pv. mangiferaeindicae, en se basant sur des caractères phénotypiques, au moment où les critères de dénomination des bactéries phytopathogènes ont été établis (48).

Xanthomonas isolés d’Anacardiacées

Le manguier est historiquement l’hôte le plus ancien de la maladie des taches noires du manguier, donnant ainsi son nom au pathovar mangiferaeindicae (48). Les plus sévères épidémies ont été décrites sur cet hôte dans toutes les régions du monde où le manguier est cultivé à l’exception du continent américain, de l’Afrique de l’ouest et du nord et des zones non tropicales ou subtropicales. Toutefois, des Xanthomonas formant des colonies blanches ont été isolées de manguier dans les régions nord, nord-est et sud-est du Brésil. Ces bactéries sont à l’origine de symptômes apparemment différents de ceux provoqués par l’agent pathogène de la MTNM (150). Sur manguier, des souches atypiques formant des colonies jaunes ont été décrites, notamment au Brésil, en Floride, en Afrique du Sud et à la Réunion. Cependant, ces souches sont peu pathogènes sur manguier après inoculation artificielle, et pourraient être des Xanthomonas opportunistes sur manguier

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Table des matières

Chapitre I Introduction
1. Les Anacardiacées
1.1. Le manguier
1.2. L’anacardier
1.3. Le pistachier
1.4. Le prunier de Cythère
1.5. Le faux poivrier
2. Xanthomonas du manguier et des Anacardiacées
2.1. La maladie des taches noires du manguier.
2.2. L’agent pathogène de la maladie des taches noires du manguier
2.3. Xanthomonas isolés d’Anacardiacées
2.4. Diversité des Xanthomonas isolés dAnacardiacées
3. La taxonomie bactérienne
3.1. Notion d’espèce bactérienne
3.2. Méthodes de taxonomie phénétiques
3.3. Méthodes génétiques
3.4. Méthodes basées sur la phylogénie
3.5. Définition polyphasique de l’espèce
3.6. Vers une approche populationnelle de la taxonomie bactérienne ?
3.7. Taxonomie des bactéries phytopathogènes : le genre Xanthomonas
4. Interactions entre plantes et bactéries phytopathogènes
4.1. Entrée de la bactérie dans les tissus internes de la plante
4.2. Interactions entre la plante et la bactérie pathogène
4.3. Les déterminants du pouvoir pathogène
5. Problématique
Chapitre II Trois pathovars de Xanthomonas infectent les Anacardiacées
1. Problématique
2. Méthodologie
3. Résultats et discussion
3.1. Relations génétiques intrapathovar
3.2. Pouvoir pathogène et clarification de la classification en pathovar
3.3. Diversité génétique des souches de X. axonopodis pv. mangiferaeindicae
4. Conclusion
Pathological variations within Xanthomonas campestris pv. mangiferaeindicae
support its separation into three distinct pathovars that can be distinguished by AFLP
First report in Myanmar of Xanthomonas axonopodis pv. mangiferaeindicae causing mango bacterial canker on Mangifera indica L.
Chapitre III Les pathovars mangiferaeindicae et anacardii font partie de la nouvelle espèce Xanthomonas citri
1. Problématique
2. Méthodologie
3. Résultats et discussion
3.1. AFLP et MLSA
Xanthomonas des Anacardiacées 4
3.2. Détermination de la position taxonomique
4. Conclusion
Polyphasic characterization of xanthomonads pathogenic to Anacardiaceae and their relatedness to different Xanthomonas species
Discussion générale
Références bibliographiques