Soutenance mémoire
Microbiote et syndrome de l’intestin irritable (SII)
L’implication du microbiote intestinal dans le syndrome de l’intestin irritable a été suspectéeétant donné que cette pathologie advient souvent de manière brutale à la suite d’une gastroentérite ou d’une antibiothérapie. En effet, le microbiote semble lié aux caractéristiques physiopathologiques de cette maladie que sont : uneforte colonisation bactérienne du grêle, des anomalies de fermentation, la présence importante de protéases bactériennes (El-Salhy 2015). D’autre part, l’hypothèse est soutenue par l’efficacité des probiotiques et de certains antibiotiques contre cette maladie. Des études métagénomiques ont également mis en évidence une dysbiose chez les patients avec une diminution des lactobacilles, une augmentation de Veillonella spp,et de Ruminococcus productus(Joly et al., 2007; Salonen et al., 2010).
Microbiote et syndrome du grêle court
C’est le syndrome de la complication de la résection intestinale. Il conduit à une diminution du transit intestinal et une baisse de l’absorptiondes nutriments. L’absence d’une partie de l’intestin perturbe le microbiote intestinal, entrainant une dysbiose et la métabolisation des lipides, des protéines et des glucides, se trouve alors limitée. Ce syndrome est caractérisé par une pullulation bactérienne au niveau de l’intestingrêle (Goulet & Joly 2010). Il a été montré que le microbiote des patients atteints du syndromedu grêle court est principalement composé de lactobacilles (Kaneko et al., 1997). Citons également la présence notable de Lactobacillus mucosachez les malades contrairement aux personnes saines (Bartholome et al. 2004). Par conséquent, des encéphalopathies lactiques peuvent alors survenir suite à une trop grande production d’acide lactique généré par l’élévation de micro-organismes acidorésistants (Bartholome et al. 2004).
Microbiote et cancers digestifs
Certains liens entre microbiote intestinal et cancer ont également pu être établis. Tout d’abord, dans le cadre de certains cancers coliques, on a puconstater qu’il existait des différences de composition du microbiote intestinal entre les personnes malades et les sujets sains (Marteau, 2013). D’autre part, certaines bactéries sont capables de produire des substances toxiques pour l’épithélium colique et potentiellement carcinogènes (Rajilic-Stojanovic, 2013). De nombreuses données montrent le rôle que peut jouer le microbiote intestinal dans la cancérogenèse. Citons par exemple, la toxine CDT (Cytolethal distending toxin) produite par de nombreuses espèces bactériennes à Gram négatif : E. coli, Salmonella enterica , Helicobacter pylori. Guidi et al., (2013) ont ainsi pu montrer que cette toxine est capable d’entrainer des dommages à l’ADN, participer à l’inflammation locale chronique et probablement être responsable de la survenue de cancers colorectaux et hépatiques. Il a également été démontré que la colibactine, une toxine produite par certaines souches d’E. coli, une fois en contact avec les cellules de la tumeur, induisait des dommages de l’ADN pouvant contribuer au cancer de deux façons : soit par l’accumulation de mutations, soit par l’induction d’une sénescence cellulaire. Si les cellules sénescentes ne se multiplient plus, elles sécrètent des facteurs de croissance qui favorisent la multiplication des cellules cancéreuses n’ayant pas subies l’action toxique de la bactérie. Aujourd’hui au niveau médical, de petites molécules inhibitrices sont à l’étude et seraient capables de prévenir les effets génotoxiques et protumoraux de cette toxine bactérienne (Cougnoux et al., 2015).
Pathologies extra-intestinales
Microbiote et syndromes métaboliques
Diabète de type II, stéatose hépatique, obésité sont des syndromes métaboliques caractérisés par une dysbiose et une inflammation à bas niveau. De nombreuses données sur l’animal font le lien entre endotoxémie et maladies métaboliques.En effet, des souris soumises à un régime riche en graisse, ou à une consommation d’alcool voient leur concentration plasmatique de lipopolysaccharide (LPS) augmenter (Tilg & Adolph 2015). Cette concentration élevée en LPS conduit à une inflammation des tissus adipeux, hépatiques et musculaires.
L’inflammation tissulaire peut être réduite par uneprise d’antibiotique ou ineffective dans les modèles de souris délétées du Toll like receptor 4 (TLR4). De plus, les patients obèses ont une concentration plasmatique de LPS plus élevée que les personnes contrôle. Cette concentration en LPS est directement corrélée au volume de graisse intra-abdominale et aux valeurs de l’hémoglobine glyquée (Hb1ac) (Burcelin et al., 2011; Troseid et al., 2013).
Diabète de type II
Chez les personnes diabétiques, le microbiote montre une réduction quantitative du phylum Firmicutes et du genre Clostridiumainsi qu’un déséquilibre du ratio Bacteroidetes/Firmicutes corrélé à la concentration plasmatique de glucose. (Burcelin et al., 2011 ; Hartmann et al., 2012). S’ajoutant à cette dysbiose, les bactéries peuvent aussi contribuer aux complications du diabète. En effet, les infections bactériennes concourent à la médiocre cicatrisation de l’ulcère du pied diabétique, qui est lié à une neuropathie diabétique et à des complications microvasculaires affectant un grand nombre de patients (Gardner et al., 2008). De plus, des épisodes récidivants de diarrhée aqueuse sont l’une des complications digestives les plus fréquentes du diabète. Une étude a montré qu’une hyperprolifération bactérienne due à une réduction de la motilité intestinale secondaire à une neuropathie diabétique est à l’origine de cette complication et qu’une antibiothérapie en améliorait les manifestations cliniques (Beebeet al., 1992).
Stéatose hépatique alcoolique
La stéatose hépatique alcoolique est caractérisée par la pénétration de cellules lipidiques à l’intérieur de la glande hépatique, la présence de ces lipides au niveau hépatique étant liée à une consommation excessive d’alcool. La dysbiose qui qualifie la stéatose hépatique alcoolique se traduit par une réduction importante de la variété et du nombre de Lactobacilli et d’une baisse quantitative des Bacteroidetes, Proteobacteria et Fusobacteria (Burcelin et al.,2011; Hartmann et al., 2012).
Obésité
Le microbiote des sujets obèses est peu diversifié et présente une baisse du ratio Bacteroidetes/Firmicutes, et une diminution du nombre de bactéries anti-inflammatoires telle que Faecalibacterium prausnitzii . Ceci suggère donc un rôle potentiel du microbioteintestinal dans l’obésité. Alors que le rapport Firmicutes/Bacteroidetes est de 10 Firmicutes pour 1 Bacteroidetes (10/1) chez un adulte sain, il est de(100/1) chez une personne obèse. De plus, lors d’étude chez l’homme, il a été constaté que lorsque des sujets obèses perdaient du poids sur une période de 12 mois, la proportion des Firmicutes se rapprochait de celle observée chez des sujets minces. Il reste cependant à déterminer si ces modifications de la composition du microbiote associées à l’obésité sont une cause ou une conséquence de la surcharge pondérale(Ley et al., 2006, Tsai & Coyle 2009). Le microbiote intestinal joue cependant un rôle dans la prise de poids (Bäckhed et al, 2004). En effet, il a été montré que des souris axéniques soumises au même régime alimentaire que des souris conventionnelles ont une masse moins importante. Les souris conventionnelles grâce à leur microbiote seraient capables de digérer au moins en partie les fibres alimentaires et d’en extraire plus d’énergie que les souris axéniques. Une comparaison métagénomique des microbiotes «obèse» et «mince» a montré que les bactéries provenant des souris ob/ob contenaient des gènes codant pour des enzymes spécialisées dans la dégradation de polysaccharides non digestibles, par exemple : glucosidases, galactosidases, galactosidases ainsi que pyruvate formate-lyase.
Comparativement aux souris minces, la concentrationdes acides gras à chaînes courtes dans le contenu cæcal est plus élevée et la teneur en calories des fèces est plus basse chez les souris obèses, ce qui suggère que l’extraction de l’énergie à partir de l’alimentation est plus élevéechez ces animaux. La contribution quantitative des acides gras à chaînes courtes aux apports totaux en énergie nécessite cependant des évaluations supplémentaires avant de pouvoir conclure que le microbiote intestinal associé à l’obésité est une cause de celle-ci. Néanmoins, le microbiote intestinal aurait une influence sur le stockage des graisses que ce soit chez les animaux modèles ou chez l’homme (Keiman et al., 2015). Il a été démontré que la population bactérienne intestinale des souris obèses est plus efficace en terme d’extraction des calories à partir de l’alimentation et de stimulation pour l’accumulation des graisses que le microbiote des souris minces (Turnbaugh et al., 2006). Le transfert du microbiote de souris obèses(dont l’obésité a été induite par un régime spécifique oubien par modification génétique) vers des sourisaxéniques a été suffisant pour stimuler des dysfonctionnements métaboliques ainsi qu’une augmentation de leurs tissus adipeux. De manière similaire, des échantillons fécaux de souris obèses adultes transplantés ont pu induire des phénotypes associés à l’obésité chez les souris receveuses via le microbiote intestinal. Turnbaugh et al., (2008) ont aussi montré que l’alimentation de souris ex-axéniques ou conventionnelles mises à un régime de type occidental riche en lipides et en glucides induit une augmentation du rapport cæcal Firmicutes/Bacteroidetes, qui devient alors similaire à celui déterminé chez la souris ob/ob.
Cependant, contrairement au modèle ob/ob, l’augmentation des Firmicutes est due à la prolifération d’un seul clade bactérien, les Mollicutes. Il est intéressant de noter que le microbiote cæcal induit par le régime alimentaire occidental a d’avantage favorisé la survenued’une obésité que celui retrouvé suite à un régime témoin après leur inoculation chez la sourisaxénique (Turnbaugh et al., 2008)
Autres pathologies
Microbiote et troubles cardiovasculaires
Le microbiote intestinal serait impliqué dans la survenue de désordres cardiovasculaires. D’une part, une endotoxémie au LPS élevée serait liée à la survenue de problèmes vasculaires (Burcelin et al., 2011). D’autre part, une signature microbienne estobservée dans 50% des plaques d’athérosclérose des sujets. Les complications liées aux plaques d’athérosclérose sont fréquemment corrélées à une augmentation de triméthylamine N-oxyde produit par le métabolisme du microbiote. En fait, il s’avère que l’équilibre alimentaire est lié à ces phénomènes car la L-carnitine (présente dans la viande rouge), la choline et la phosphatidylcholine (présente dans les œufs) peuvent être transformées en triméthylamine (TMA) par le microbiote intestinal. Le TMA peut lui-même être oxydé secondairement par le foie en N-oxyde de triméthylamine (TMAO) qui affecterait alors le métabolisme ducholestérol et favoriserait le développement de l’athérosclérose.
Taxonomie
Avec l’émergence des techniques d’analyse moléculaire, le genre Pseudomonas a fait l’objet de nombreux remaniements. Des recherches d’homologies de séquences génomiques partechniques d’hybridations ADN-ADN et ADN-ARN, ainsique le séquençage de marqueurstaxonomiques tel que l’ARNr 16S ont conduit à une réorganisation de la taxonomie au sein dugroupe des Pseudomonas et genres apparentés (Anzai et al., 2000, Bodilis et al ., 2012)(Figure 7). Ces reclassements ont mis en évidence un groupe génétiquement hétérogène etdivisible en cinq sous-groupes d’ARN distincts. On distingue donc le genre Pseudomonassensu stricto appartenant au groupe ARN I, comprenant plus d’une centaine d’espèces différentes, des autres genres Pseudomonas sensu lato comprenant les groupes ARN II à V, regroupant les genres apparentés comme Achromobacter, Acinetobacter, Agrobacterium, Brevundimonas, ou Burkholderia. Le genre Pseudomonas sensu stricto est lui-même sous divisé en deux groupes: les Pseudomonas spp . fluorescents (tels que P. aeruginosa,P. fluorescens, P. mosselii, P. putida ou P. syringae ), et les Pseudomonas spp. non fluorescents (comme P. alcaligenes, P. fragi ou P. stutzeri ). Cette distinction, qui n’a pas officiellement de valeur taxonomique, se base sur la capacité du germe à produire ou non un pigment spécifique fluorescent sous UV, la pyoverdine (Meyer et al, 1996). Malgré l’hétérogénéité au sein des Pseudomonas , ces bactéries possèdent un certain nombre de traits phénotypiques communs qui permettent leur identification par des caractères biochimiques, l’aspect macroscopique des colonies, l’observation microscopique, et leurs activités enzymatiques intervenant dans le métabolisme glucidique et protéique. D’autre part, on classe aussi ces bactéries en fonction de leur tolérance thermique en distinguant les souches psychrotrophes des souches mésophiles, ce qui reflète leurs capacités à se développer ou non à certaines températures.
Facteurs de virulence chez Pseudomonas
Les facteurs de virulence peuvent être classés en deux grands groupes : les facteurs de virulence membranaires et les facteurs de virulencesécrétés. P. aeruginosa et P. fluorescens partagent un certain nombre de facteurs de virulence en commun bien que leurs formes puissent varier entre ces deux espèces (Figure 8).
Facteurs de virulence membranaires
Le lipopolysaccharide (LPS)
Le LPS est une endotoxine majeure dont sont dotées les bactéries à Gram négatif. Il joue un rôle important dans le pouvoir pathogène des bactéries et possède des propriétés antigéniques. Le LPS est composé de trois parties : une région polysaccharidique très variable (l’antigène O), un coeur oligosaccharidique peu variable (core) qui possède un sucre spécifique le 3- Deoxy-d-manno-octulosonic acid ou KDO et une régionlipidique : le lipide A qui est ancré dans le cœur hydrophobe de la membrane (Figure 9) Cette dernière région est aussi la moins variable au sein d’une même espèce bactérienne. L’antigène O quant à lui, est en contact direct avec les cellules hôtes et joue donc un rôle clef dans la réponse inflammatoire. Il est également impliqué dans l’échappement au système immunitaire, en particulier à la phagocytose chez les bactéries à Gram négatif (Saldias et al., 2009).
Les systèmes de sécrétions
Les systèmes de sécrétions (SST) bactériens sont des ultrastructures ayant pour rôle le transport de toxines et d’effecteurs du cytoplasme bactérien vers le milieu extérieur ou vers le cytoplasme d’une cellule cible. Six types de systèmes de sécrétion ont pu être identifiés chez les bactéries (Figure 10). La présence de chacun d’entre eux a pu être mise en évidence chez des souches de P. aeruginosa mis à part le système de sécrétion de type IV (T4SS).
Les adhésines
Parmi les adhésines que possèdent les Pseudomonas , on peut citer les flagelles, les pili ainsi que les porines. Les adhésines sont des composantes indispensables à la colonisation bactérienne. L’adhésion des bactéries à une surface peut être spécifique : médiée par un récepteur membranaire bactérien ou bien non spécifique, via des interactions physicochimiques. Les Pseudomonas possèdent plusieurs flagelles polaires qui rendentpossible leur mobilité, ils sont constitués de l’assemblage d’uneprotéine appelé la flagelline. Ces bactériespeuvent utiliser différents modes de nage pour se déplacer en fonction de la composition du milieu dans lequel elles évoluent. En milieu aqueux, on parlera de swimming, en milieu semisolide on parlera de swarming. Ces organelles participant à la formation de biofilms (Fedman et al., 1998 ; Diaz et al., 2011) et intervenant dans les déplacements bactériens, jouent donc un rôle dans la dissémination des bactéries et sontalors rattachés à leurs pathogénicités. Chez P. aeruginosa , le flagelle participe à l’internalisation de la bactérie dans les cellules (Fleiszig et al., 2001).
Les pili (ou fimbriae) de type IV ont également un rôle dans la mobilité en particulier dans le mode de déplacement de type twitching. En plus de cette fonction ces structures participent aussi à l’adhésion comme c’est le cas pour l’attachement de P. aeruginosa aux cellules buccales des mammifères (Woods et al., 1980), et à la virulence (Comolli et al., 1999). Pour P. fluorescens, les pili favorisent l’adhésion au niveau de nombreux types cellulaires et sont impliqués dans les premières étapes de formation des biofilms (Vesper 1987 ; RodriguezNavarro etal., 2007).
Les porines quant à elles sont des protéines transmembranaires formant des canaux à travers la membrane et rendant possible le transport de petites molécules. Cependant, les porines sont également considérées comme des adhésines car elles peuvent aussi participer à l’adhésion des bactéries aux cellules comme c’est le cas pour OprF, porine majoritaire chez les Pseudomonas . Pour P. aeruginosa , elle participe à l’adhésion de la bactérie aux cellules humaines alvéolaires (Azhganui et al., 2002). OprF joue également un rôle dans la virulence car elle est liée à la capacité de la bactérie à induire l’apoptose chez une lignée cellulaire dérivée des vésicules séminales de rat (Buommino et al., 1999, Fitoboncompte et al., 2011).
Chez P. aeruginosa , cette porine est un senseur capable de moduler leQS et nécessaire à la formation de biofilms en anaérobiose (Hassett et al., 2002 ; De Lima Pimenta et al., 2003).
C’est grâce à OprF que P. fluorescens peut se lier de façon spécifique à la fibronectine(De Mot et al., 1994 ; Rebiere-Huet et al., 2002). Récemment Bruzaud et al., (2015) ont montré que les flagelles de P. aeruginosa PAO1 interviennent dans l’étape initiale d’adhésion de cette bactérie aux surfaces hydrophobes mais que les pili de type IV n’interviennent pas dansce phénomène.
Facteurs de virulence sécrétés
Les phospholipases C
Les phopholipases (PLC) sont des enzymes hydrolytiques extracellulaires, capables d’hydrolyser les phopholipides. Chez P. aeruginosa deux PLC ont été identifiées, l’une responsable de la dégradation des phosphatidylcholines et des shingomyélines, composants majoritaires des feuillets externes des membranes eucaryotes ; cette enzyme posséde également une activité hémolytique. Une autre enzyme est quant à elle capable d’affecter les phosphatidylsérines mais ne posséde pas de caractère hémolytique (Ostroff et al., 1990). Chez P. fluorescens, plusieurs PLC ont également été identifiées. L’une d’entre elle présente des propriétés biochimiques différentes de celles synthétisées par Bacillus cereus et C. perfringensmais possède une homologie avec une PLC de Legionella(Preuss et al., 2001).
La souche clinique P. fluorescens MFN1032 a une PLC hémolytique qui possède une activité cytotoxique in vitrocomparable à celle de P. aeruginosa (Rossignol et al,. 2008).
Le cyanure d’hydrogène (HCN)
Le cyanure d’hydrogène (HCN) est connu comme étant le plus puissant des poisons de la chaine respiratoire mitochondriale des cellules humaines. Cependant, il est également produit par un grand nombre de souches de P. aeruginosa et P. fluorescens (Freeman et al., 1975). Il a été démontré que HCN produit par Pseudomonas possède une forte cytotoxicité envers C. elegans (Gallagher & Manoil 2001 ; Neidig et al., 2011). Par ailleurs, HCN retrouvé dans les expectorations des personnes atteintes par la mucoviscidose, a également été reconnu comme jouant un rôle dans la pathogénie de P. aeruginosa envers les malades (Sanderson et al., 2008 ; Ryall et al., 2008). En ce qui concerne P. fluorescens, l’implication du HCN qu’elle produit a particulièrement été étudiée au niveau de la rhizosphère, révélant son pouvoir cytotoxique envers les champignons ainsi que certaines plantes (Nagarajkumar et al. 2004, Rudrappa et al. 2008).
Les exotoxines
L’exotoxine A de P. aeruginosa est une toxine sécrétée par l’intermédiaire du SST2 et apparait comme l’un des facteurs de virulence les plus cytotoxiques produits par cette bactérie (Miyazaki et al., 1995). C’est une toxine de type A-B comparable à la toxine diphtérique (Pillar & Hobden, 2002). P. aeruginosa produit également les toxines S (ExoS), T (ExoT), U (ExoU) et Y (ExoY), qui sont délivrées directement dans le cytoplasme de la cellule cible par le SST3. L’action de ces toxines peut toucher l’hôte à différents niveaux : en impactant le métabolisme cellulaire entier comme c’est le cas pour ExoS possédant une activité RhoGTPasique (Wurtele et al. , 2001), en modifiant le cytosquelette de la cellule comme c’est le cas pour ExoT (Sundin et al., 2004) et enfin en désorganisant la membrane plasmique comme le fait ExoU qui a une activité phospholipase (Finck-Barbancon et al . 1997). ExoY est quant à elle une adénylate cyclase induisant une accumulation d’AMPc dans les cellules infectées par P. aeruginosa (Yahr et al., 1998). Ceci conduit à la formation de pores dans les membranes (Sayner et al ., 2004) et à la désorganisation du cytosquelette d’actine des cellules épithéliales corrélée à l’internalisation de P. aeruginosa (Cowell et al ., 2005). Le potentiel des exotoxines produites par P. fluorescens a été peu investigué jusqu’alors. Il a cependant été démontré que certaines de ses toxines sont nocives pour des larves, des pupes de moustiques et de mouches, sans pour autant présenter un profilcytotoxique envers les rats (Padmanabhan et al., 2005).
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Table des matières
Liste des abréviations
Etude Bibliographique
Chapitre I : Le microbiote intestinal, équilibre etdysbiose
1. Etablissement du microbiote intestinal
2. Composition du microbiote intestinal
2.1 Phyla bactériens et répartition topographique
2.2 Noyau phylogénétique et entérotypes
2.3 Evolution du microbiote intestinal au cours de la vie
3. Fonctions du microbiote intestinal
Production de molécules eucaryotes par le microbiote intestinal
4. Pathologies liées au microbiote intestinal
4.1 Pathologies intestinales
4.11 Microbiote et maladies chroniques inflammatoires de l’intestin (MICI)
4.12 Microbiote et syndrome de l’intestin irritable(SII)
4.13 Microbiote et syndrome du grêle court
4.14 Microbiote et cancers digestifs
4.2 Pathologies extra-intestinales
4.21 Microbiote et syndromes métaboliques
– Diabète de type II
– Stéatose hépatique alcoolique
– Obésité
4.22 Autres pathologies
– Microbiote et troubles cardiovasculaires
– Microbiote et eczéma/asthme
– Pathologies cérébrales
– Microbiote et dépression/anxiété/troubles comportementaux
– Microbiote et anorexie
– Microbiote et autisme
5. Notion de pathobionte intestinal
Chapitre II : Focus sur une bactérie à Gram négatifdu microbiote intestinal :Pseudomonas
1. Taxonomie
2. L’espèce Pseudomonas aeruginosa et pathologies associées
3. L’espèce Pseudomonas fluorescens et pathologies associées
4. Facteurs de virulence chez Pseudomonas
4.1 Facteurs de virulence membranaires
4.11 Le lipopolysaccharide (LPS)
4.12 Les systèmes de sécrétions
4.13 Les adhésines
4.2 Facteurs de virulence sécrétés
4.21 Les phospholipases C
4.22 Le cyanure d’hydrogène (HCN)
4.23 Les exotoxines
4.24 La pyoverdine et la pyochéline
4.25 Les biosurfactants
4.26 Les exopolysaccharides
4.27 Les protéases
4.28 La pyocyanine
5. Résistance aux antibiotiques chez Pseudomonas
Chapitre III Focus sur une bactérie à Gram positif du microbiote intestinal : Enterococcus
1. Taxonomie et niches écologiques des entérocoques
2. Les Entérocoques dans l’alimentation
3. Production d’amines biogènes
4. Les entérocoques, des bactéries pathogènes opportunistes
5. L’espèce Enterococcus faecalis
5.1 Généralités
5.2 Facteurs de virulence d’Enterococcus faecalis
5.21 Les acides téichoïques
5.22 Pili Ebp
5.23 Les adhésines
– Ace
– Esp
– EfaA
5.24 Substance d’agrégation (agg)
5.25 Exopolysaccharides
5.26 Protéases
5.27 Les molécules de communication
5.28 Facteurs sécrétés
5.29 L’anion Superoxide extra-cellulaire
6. Résistance aux antibiotiques chez les entérocoques
Chapitre IV Communication bactérienne
1. Le quorum sensing
2. Quorum sensing chez les bactéries à Gram positif
2.1 Généralités
2.2 Quorum sensing chez Enterococcus faecalis
3. Quorum sensing chez les bactéries à Gram négatif
3.1 Quorum sensing chez Pseudomonas aeruginosa
3. 2 Quorum sensing chez Pseudomonas fluorescens
4. Endocrinologie microbienne
5. Dialogue inter-règne et effet des molécules eucayotes sur les bactéries
5.1 Bactéries et molécules délivrées par le systèmeimmunitaire
5.2 Bactéries et hormones peptidiques
5.3 Bactéries et neurotransmetteurs
– Bactéries et catécholamines
– Impact de l’épinephrine et de la norepinephrine sur les bactéries
– Récepteurs adrénergiques bactériens
– Le système de quorum sensing AI-3/Epi/NE
Objectifs du travail
Résultats
Chapitre I Effet des facteurs neuroendocriniens intestinaux sur la virulence de Pseudomonas fluorescens
I. Introduction
II. Article 1: The pathogenic potential of Pseudomonas fluorescens MFN1032 on enterocytes can be modulated by serotonin, substance P and epinephrine
III. Résultats complémentaires
IV. Discussion
Chapitre II Effet de l’épinéphrine sur la virulence de Pseudomonas aeruginosa PAO1 et Enterococcus faecalis V583
I. Introduction
II. Résultats
III. Discussion
Chapitre III La substance P stimule la production d’acide lactique et la virulence chez Enterococcus faecalis V583
I. Introduction
II. Article 2 Substance P promotes acid lactic production and virulence in Enterococcus faecalis V583
III. Discussion
Chapitre IV Analyse du microbiote intestinal aérobie d’un modèle murin d’anorexie (souris ABA
I. Introduction
II. Résultats
III. Discussion
Conclusion générale et perspectives
Matériels et méthodes
1. Cultures et tests sur les bactéries
1.1 Cultures bactériennes
1.2 Prétraitement des bactéries avec les molécules
1.3 Effets des molécules sélectionnées sur la croissance bactérienne
1.4 Analyses de CMI (Concentration Minimale Inhibitrice)
1.5 Production de pyoverdine chez Pseudomonas
1.6 Etude de la formation des biofilms en microplaques 96 puits
1.7 Mobilité bactérienne
1.8 Hydrophobicité
1.9 Quantification d’acide lactique et de tyramine
1.10 Analyse LIVE/DEAD par microscopie confocale
1.11 Microscopie électronique à balayage (MEB)
2. Cultures et tests sur cellules eucaryotes
2.1 Culture cellulaire
2.2 Infection des cellules eucaryotes
2.3 Analyse de cytotoxicité par dosage de la lactate déshydrogénase (test LDH)
2.4 Analyse de cytotoxicité par test au rouge neutre
2.5 Dosage de l’interleukine 8 (IL8)
2.6 Résistance transépithéliale (TER)
2.7 Translocation bactérienne
2.8 Adhésion/Invasion bactérienne
2.9 Marquage de l’actine-F
3. Etude du microbiote intestinal de souris
3.1 Modèles d’étude : souris C, RA et ABA
3.2 Mise en culture
3.3 Identification bactérienne par MALDI/Biotyper
3.3.1 Dépôt direct
3.3.2 Extraction rapide
3.3.3 Extraction dans un mélange éthanol / acide formique
4. Statistiques
Références
Travaux en collaboration
I. Article 3
Cytotoxicity and inflammatory potential of two Pseudomonas mosseliistrains isolated from clinical samples of hospitalized patients
II. Article 4
Pseudomonas fluorescens Alters the Intestinal Barrier Function by Modulating
IL-1βExpression Through Hematopoietic NOD2 Signaling
Curriculum Vitae
Abstract
Résumé
