La récolte des fructifications fongiques

La récolte des fructifications fongiques

LA PRESENTATION GENERALE DE L’ENTREPRISE

Le CIRAD (Centre de coopération International Agronomique pour le Développement) est un établissement public créé en 1984. C’est l’institut français de recherche agronomique au service du développement des pays du Sud et de l’outre-mer français. La mission première du CIRAD est de « contribuer au développement rural des régions chaudes, par des recherches et des réalisations expérimentales, principalement dans les secteurs agricoles, forestiers et agroalimentaires ». En 2008, environ 1840 agents, dont 1100 cadres scientifiques, travaillent au sein de cet établissement dont le siège social est à Paris, dirigé par Gérard Matheron. Le CIRAD comprend 52 unités de recherche réparties en trois départements :Systèmes biologiques (Bios) concernant la caractérisation et l’exploitation du vivant.Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Persyst) en lien avec les processus biologiques en interaction avec l’environnement ; Environnement et Sociétés (ES) qui exploite les relations entre l’agriculture, la gestion des ressources naturelles et les dynamiques sociales. Les départements sont composés d’Unités de recherche, d’Unités de service et de services d’appui. Les unités de recherche en Métropole peuvent être propres (UPR), c’est-à-dire composées d’agents du CIRAD exclusivement, mixtes (UMR), c’est-à-dire composées d’agents du CIRAD et d’autres collectifs, Universités, Organismes de recherche …

Présentation de l’Unité Mixte de Recherche Ecologie des Forêts de Guyane (UMR
EcoFoG) :

L’UMR Ecologie des Forêts de Guyane créée en 2001 et dirigée par Bernard THIBAUTregroupe les forces scientifiques de l’INRA, de l’ENGREF et du CIRAD, sur Kourou, avecun objectif scientifique restreint aux aspects de fonctionnement et de gestion de l’écosystème.Les recherches conduites par l’Unité, centrées sur l’objet d’études « écosystèmes forestiersguyanais », ont pour but de contribuer à répondre à la question « Quelles sont les relationsentre la biodiversité et le fonctionnement des écosystèmes forestiers ? ». Le projet estd’intégrer diff érentes approches en écologie et sciences des matériaux pour : D’une part comprendre les relations entre biodiversité et fonctionnement des écosystèmes frestiers exploités et en évolution sous les pressions climatiques et anthropiques, D’autre part susciter l’innovation dans la valorisation des ressources forestières dans le contexte de cette forte biodiversité en tenant compte des contraintes d’utilisation liée au milieu tropical humide.

LA PRESENTATION GENERALE DE L’ENTREPRISE

Le CIRAD (Centre de coopération International Agronomique pour le Développement) est un établissement public créé en 1984. C’est l’institut français de recherche agronomique au service du développement des pays du Sud et de l’outre-mer français. La mission première du CIRAD est de « contribuer au développement rural des régions chaudes, par des recherches et des réalisations expérimentales, principalement dans les secteurs agricoles, forestiers et agroalimentaires ». En 2008, environ 1840 agents, dont 1100 cadres scientifiques, travaillent au sein de cet établissement dont le siège social est à Paris, dirigé par Gérard Matheron. Le CIRAD comprend 52 unités de recherche réparties en trois départements :Systèmes biologiques (Bios) concernant la caractérisation et l’exploitation du vivant. Performances des systèmes de production et de transformation tropicaux (Persyst) en lien avec les processus biologiques en interaction avec l’environnement ; Environnement et Sociétés (ES) qui exploite les relations entre l’agriculture, la gestion des ressources naturelles et les dynamiques sociales. Les départements sont composés d’Unités de recherche, d’Unités de service et de services d’appui. Les unités de recherche en Métropole peuvent être propres (UPR), c’est-à-dire composées d’agents du CIRAD exclusivement, mixtes (UMR), c’est-à-dire composées d’agents du CIRAD et d’autres collectifs, Universités, Organismes de recherche …

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Table des matières

SOMMAIRE
RESUME
REMERCIEMENTS
SOMMAIRE
LISTE DES FIGURES
LISTE DES TABLEAUX
LISTE DES ANNEXES
I INTRODUCTION
LA PRESENTATION GENERALE DE L’ENTREPRISE
II REVUE BIBLIOGRAPHIQUE
2.1. Les Champignons
2.1.1. Caractères généraux
2.1.2. Les champignons lignivores
La pourriture cubique ou brune
La pourriture fibreuse ou blanche
La pourriture molle
2.1.3. Place des champignons lignivores dans la classification
2.2. La notion d’espèce
2.3. Le concept de biodiversité des espèces
2.4. Méthodes de caractérisation taxonomique applicables aux champignons
2.5. Conclusion
III MATERIEL ET METHODES
3.1. Echantillonnage
Le réseau des placettes permanentes en Guyane
La récolte des fructifications fongiques
3.2. Isolement et production de mycélium
3.3. Etudes moléculaires
3.3.1. Extraction de l’ADN fongique
3.3.2. Amplification du gène de la petite sous unité ribosomique 18 S (SSU
3.3.3. Séquençage des produits de PCR
3.3.4. Purification des produits de séquençage
3.3.5. Analyse des séquences par comparaison avec les banques de donnéesBLASTn
3.3.6. Constitution d’un fichier de séquences de référence
IV. RESULTATS ET DISCUSSIONS
4.1. La récolte des fructifications
4.2. La culture des isolats
4.3. Extraction de l’ADN
4.4. Amplification du gène de la petite sous unité ribosomique 18 S (SSU
4.3. Analyse des séquences par comparaison avec les banques de données- 
V. CONCLUSIONS ET PERSPECTIVES
VI. REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES