La pneumocystose au cours du SIDA en Afrique

La pneumocystose ou pneumonie à pneumocystis est une forme de pneumopathie causée par le micro-organisme Pneumocystis jirovecii (anciennement appelé Pneumocystis carinii). Pathologie opportuniste la plus fréquente au cours du SIDA, elle représente la deuxième cause de mortalité par opportuniste après la tuberculose. C’est une maladie retrouvée chez les malades immunodéprimés (infection opportuniste). Cet agent pathogène est spécifique des êtres humains. L’infestation est très courante dans la population générale, de l’ordre de 70 %, mais ne conduit à une maladie pulmonaire que lorsque le taux de lymphocytes T CD4 circulants est inférieur à 200/mm³. Les deux types de patients les plus concernés sont les greffés sous immunosuppresseurs et les patients séropositifs VIH au stade SIDA. Les symptômes sont principalement ceux d’une pneumonie avec fièvre, toux sèche, douleurs thoraciques et dyspnée. Pneumocystose pulmonaire (PCP) reste une des principales causes d’insuffisance respiratoire aiguë parmi les patients VIH non connus ou non traités [41]. Dans 10 à 30% des cas les pneumocystoses surviennent chez des patients atteints du sida, il existe de larges images kystiques prédominant aux lobes supérieurs, résolutives, mais pouvant se compliquer de pneumothorax parfois mortel. [42] Le diagnostic de certitude est apporté par la mise en évidence de P. jiroveci après lavage broncho-alvéolaire et colorations spécifiques (Gomori Grocott, Giemsa,). Chez les nourrissons et enfants immunodéprimés, l’issue de cette maladie est fatale dans 100% des cas, en l’absence de traitement. P. jirovecii serait aussi un facteur aggravant au cours des bronchiolites et des apnées du nourrisson.[4] On retrouve le Pneumocystis jiroveci dans le monde entier. Une augmentation inhabituelle des cas de pneumocystose a eu lieu aux États-Unis dans les années 1980. Ceci a entrainé une augmentation importante de la demande d’un antibiotique utilisé rarement le pentamidine qui a été le premier indice de santé publique de l’existence du Sida.

La pneumocystose reste d’actualité puisqu’elle représentait encore en France en 2001 la pathologie inaugurale de sida la plus fréquente (20,4%), survenant avant tout chez des patients non dépistés ou non suivis [33]. A la différence des pays du nord, où elle représente l’infection opportuniste la plus fréquente au cours du sida, la pneumocystose (PJP) est plus rare sur le continent africain : la plupart des études réalisées en Afrique à partir des données d’autopsie ou des résultats d’examens endoscopiques observent une fréquence de la PCP variant de 0 à 22 % chez les sujets séropositifs présentant une symptomatologie pulmonaire. Plusieurs hypothèses ont été avancées pour expliquer cette faible prévalence : une plus faible exposition des sujets africains au Pneumocystis, le manque des moyens diagnostiques sous évaluant ainsi le nombre de cas de PCP diagnostiquées, le décès des sujets infectés interviendrait à un stade peu avancé du déficit immunitaire avant l’apparition de cette pathologie (la tuberculose qui représente la première cause de mortalité des sujets africains au cours du sida), ou encore une immunité cellulaire des sujets de race noire différente de celle des sujets de race blanche.[46] Avant le développement de nouveaux traitements, la pneumocystose était une cause fréquente et commune de décès chez les patients atteints de Sida. L’incidence de pneumocystose a beaucoup diminué en instituant du cotrimoxazole pour prévenir la pathologie chez les patients qui ont un taux de CD4 inférieur à 200/mm3 . Dans les populations qui ne peuvent pas avoir accèsà un traitement préventif, la pneumocystose continue d’être une cause majeure de décès liée au Sida.

Du grec kustis [-cyste, cyst(o), -cistie], vessie et du grec -ôsis [-ose], suffixe désignant des maladies non inflammatoires ou/et des états chroniques. La pneumocystose humaine est due à un microorganisme, cosmopolite, très ubiquitaire à comportement opportuniste, Pneumocystis jirovecii, se développant principalement dans les poumons de patients profondément immunodéprimés.

Agent pathogène : Pneumocystis jirovecii

Historique
L’agent pathogène, aujourd’hui appelé Pneumocystis jirovecii a été découvert pour la première fois en 1909, au Brésil, dans les poumons de cochons d’Inde infectés par Trypanosoma cruzi. A cette époque, Carlos Chagas croyait avoir identifié une nouvelle forme (prékyste) de trypanosome.

En 1910, Carini a fait la même observation dans des poumons de rats infectés par Trypanosoma lewisi. [17] En 1912, le couple Delanoë, de l’Institut Pasteur de Paris, a observé ce kyste dans des poumons de rats d’égouts parisiens non infectés par le trypanosome et l’a décrit comme étant une entité biologique différente du trypanosome. [27] Ils le nommèrent Pneumocystis carinii : « pneumo- » en raison de son tropisme pulmonaire, « -cystis» pour sa forme caractéristique et « carinii » en hommage à Antonio Carini. [1] En 1913, Aragao a proposé de classer ce pathogène dans l’ordre des Coccidies parce qu’il présente des similarités avec Cryptosporidium muris.

Dès lors, commence le débat controversé de l’appartenance de Pneumocystis sp. au règne des parasites ou à celui des champignons. En 1976, Frenkel a suggéré que ces pathogènes rencontrés chez l’humain et chez le rat appartenaient à deux espèces distinctes du fait d’une spécificité d’hôte et de différences antigéniques. Il a alors vainement proposé de nommer Pneumocystis jirovecii le microorganisme infectant l’espèce humaine (jirovecii en hommage au Docteur Otto Jirovec). Il faudra attendre la fin des années 1980 pour que la biologie moléculaire confirme l’existence de plusieurs espèces de Pneumocystis sp. ainsi que l’appartenance fongique. L’Histoire officielle aura choisi de donner la primeur de la notation épidémie au bulletin hebdomadaire des CDC (Centers for Diseases Control) le Morbidity Mortality Weekly Report , édité à Atlanta, Géorgie. Le premier insert est du 8 juin 1981 : entre octobre1980 et Mai 1981, 5 jeunes homosexuels ont été traités à Los Angeles pour unepneumonie à Pneumocystis carinii, une maladie qui n’affecte autrement que des patients sévèrement immuno-déprimés Décembre 1981, contre-champs sur 2 autres revues de médecine à très grand tirage international cette fois, The Lancet (Londres), The New England Journal of Medicine (Boston). Cinq articles publiés simultanément rapportent : 11 cas de pneumocystosepulmonaire acquise entre 1979 et 1981 chez des hommes jeunes, 6 drogués, 5homosexuels… Dans le sang des patients, baisse des lymphocytes de la classe deslymphocytes T ; la réaction de ces lymphocytes aux stimulations (au laboratoire) sont déprimées…Un état d’immuno déficience avec baisse des lymphocytes T fait suspecter…chez les homosexuels ….une genèse pathologique de type immunodéficience …. Lescontacts sexuels avec les malades ne sont pas directement la cause de l’immunodéficienceobservée, mais marquent un certain style de vie…Homosexuels (« H1 »), Héroïnomanes (« H2 »), sans antécédents pathologiquesnotables…l’épidémie s’ouvrait en occident sur une porte étroite. Les maladies index (infections à microbes et virus opportunistes, sarcomes de Kaposi ) en donnaient la définition clinique, élargie en 1992 pour englober les lymphocytes TCD4+ du sang en nombres inférieurs à 200 par µL. Le terme AIDS fait son apparition au MMWR fin 1982- portant ses assonances compassionnelles – à l’Aide…. Suivi de peu en France de sa traduction linéaire : SIDA, vide de toute résonance. La nouveauté tenait à leur apparition chez de jeunes gens sans passé médical. De vrai, et de mémoire de médecins formés dans les années 1960-1980, on n’avait jamais vu ça. Un témoignage en ce sens, pour l’Histoire : en 1979 les immunologistes de l’Assistance Publique de Paris avaient été conviés tour à tour au chevet de cet ancien marin portugais qui se mourrait à l’hôpital Claude Bernard1 d’une maladie bizarre, inaugurée en 1973 par une pneumonie à Pneumocystis ; la pneumonie avait été suivie d’une infectiondouloureuse de l’œsophage- par levure opportuniste (candida albicans) -, puis d’une toxoplasmose cérébrale, puis de verrues multiples dues au papilloma virus. L’ensemble clinique était assez inaccoutumé pour que les médecins en charge de Mr F aient appelés à conseil consultants après consultants….Chauffeur de taxi parisien avant sa malade, le patient avait fait son temps militaire en Angola, puis au Mozambique, au début des années 1970, et l’un des spécialistes consultés annotera l’observation : a dû contracter enAfrique une …. inconnue ici ! La valeur du témoignage est dans la congrégation des spécialistes et dans leur étonnement. Pour dire que les docteurs des années 1960–80 n’auraient pas pu « rater » des malades de ce type, s’il en avait été avant 1980. Pas plus que leurs maîtres en pathologie infectieuse, formés dans les années 1940-60, souvent d’anciens médecins militaires qui avaient exercé leur art en Afrique ouestéquatoriale dans les années coloniales. L’auteur se souvient d’avoir argumenté dans ce même hôpital- en 1967- le cas inhabituel d’un homme atteint de méningite à cryptocoque de source mystérieuse – l’infection des méninges est due à cryptococcus neoformans, une levure reconnue aujourd’hui comme un traceur microbiologique de SIDA avéré. Depuis l’exhumation des cas de méningites de ce type, dans le bassin du Congo (belge), dans lesannées 1955-1960, la datation clinique de l’émergence du SIDA maladie s’est vue affirmée. En 1994, lors des troisièmes ateliers internationaux sur les protistes opportunistes (IWOP-3), la nomenclature trinomiale préconisée par l’ICBN (International Code of Botanical Nomenclature) a été adoptée temporairement. Les souches, considérées comme des « formae speciales» (f.sp.), sont alors nommées en utilisant le nom de genre et d’espèce du champignon suivi du nom de l’hôte. Ainsi l’organisme isolé chez le lapin est appelé Pneumocystis carinii f.sp. oryctolagi. Puis peu à peu, la « formae speciales» a substitué le nom d’espèce.

Il faudra attendre 2005 pour que la dénomination Pneumocystis jirovecii soit définitivement validée pour la forme exclusivement humaine de Pneumocystis sp. L’appellation P. carinii est conservée pour l’une des deux espèces retrouvée chez le rat (Rattus norvegicus). Actuellement de nombreuses espèces ont été mises en évidence chez divers animaux aussi bien domestiques que sauvages. De plus, d’après des analyses de séquences d’ADN, il existerait de nombreux génotypes au sein de l’espèce P. jirovecii.

Le terme « Pneumocystis hétérogène de micro-organismes eucaryotes étroitement adaptés aux mammifères et largement répandus dans l’écosystème. [ Il existe différentes espèces de morphologiques mais qui affectent de façon spécifique les divers mammifères. Pour le moment, cinq espèces ont été décrites : le rat, P. murina chez la souris, l’espèce humaine.

Table des matières

LISTE DES ABREVIATIONS
I.INTRODUCTION
II. OBJECTIFS
III. GENERALITES
1/ Définitions
2/ Agent pathogène
3/ Physiopathologie
4/ Epidémiologie
5/ Présentation clinique
6/ Diagnostic de la PCP
7/ Traitement
IV. METHODOLOGIE
V. RESULTATS
VI. COMMENTAIRES ET DISCUSSIONS
VII. CONCLUSION
VIII. RECOMMANDATIONS
IX. REFERENCES

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