La peste porcine africaine

La peste porcine africaine

Épidémiologie

L’ASFV touche les porcs domestiques et sauvages, et peut impliquer les tiques en tant que vecteurs biologiques. La capacité du virus à survivre à l’intérieur d’un écosystème particulier est définie par l’écologie de la population de ses hôtes sauvages et l caractéristiques des systèmes de production animale espèces hôtes et vecteurs, et leur relation

Hôtes

Porcs domestiques

L’introduction de la PPA dans une population porcine est caractérisée par des taux de morbidité et de mortalité élevés, une En effet, les porcs infectés peuvent transmettre pendant plusieurs semaines le virus aux porcs sensibles par contacts directs ou indirects, par l’intermédiaire des morsures de tiques ou de l’ingestion de viande de porc Cependant, de plus en plus de formes sub guérisons sont rapportés dans les zones où la PPA est endémique, associés à des taux de mortalité en diminution (Fasina et al., 2010) : Répartition de la peste porcine africaine en Europe entre juillet 2012 et juillet 2016 (OIE et WAHIS, 2016) Épidémiologie ASFV touche les porcs domestiques et sauvages, et peut impliquer les tiques en tant que vecteurs biologiques. La capacité du virus à survivre à l’intérieur d’un écosystème par l’écologie de la population de ses hôtes sauvages et l caractéristiques des systèmes de production animale. Ils influencent à la fois la densité des espèces hôtes et vecteurs, et leur relation (Costard et al., 2013a). Porcs domestiques L’introduction de la PPA dans une population porcine est caractérisée par des taux de morbidité et de mortalité élevés, une contagiosité forte et une expansion peuvent transmettre pendant plusieurs semaines le virus aux porcs sensibles par contacts directs ou indirects, par l’intermédiaire des morsures de tiques e l’ingestion de viande de porc contaminée. en plus de formes subcliniques ou chroniques, ainsi que des cas de guérisons sont rapportés dans les zones où la PPA est endémique, associés à des taux de (Fasina et al., 2010). Ce phénomène suggère une 27
: Répartition de la peste porcine africaine en Europe entre juillet 2012 et juillet 2016 ASFV touche les porcs domestiques et sauvages, et peut impliquer les tiques en tant que vecteurs biologiques. La capacité du virus à survivre à l’intérieur d’un écosystème par l’écologie de la population de ses hôtes sauvages et les influencent à la fois la densité des L’introduction de la PPA dans une population porcine est caractérisée par des taux de et une expansion rapide des foyers. peuvent transmettre pendant plusieurs semaines le virus aux porcs sensibles par contacts directs ou indirects, par l’intermédiaire des morsures de tiques cliniques ou chroniques, ainsi que des cas de guérisons sont rapportés dans les zones où la PPA est endémique, associés à des taux de . Ce phénomène suggère une immunité acquise suite à une exposition à une faible dose virale ou à un virus de faible virulence ou encore la présence de races porcines locales moins sensibles à l’infection par l’ASFV, notamment sur le continent africain (Costard et al., 2013a). Il laisse également entendre que ces animaux porteurs chroniques jouent un rôle épidémiologique important dans la persistance des zones endémiques, l’apparition sporadique de foyers et l’introduction en zones indemnes de la PPA (Penrith et al., 2004). Cependant, un portage viral durant toute la vie de l’animal n’a pas été démontré chez les porcs domestiques (Muhangi et al., 2015).

Suidés sauvages

Le rôle épidémiologique de la plupart des Suidés sauvages reste encore mal défini, malgré la reconnaissance grandissante d’un cycle viral exclusivement sylvatique. En effet, les quatre genres de Suidés sauvages concernés : Phacochoerus, Potamochoerus, Hylochoerus et Sus, varient largement en termes de taxonomie, de distribution, d’écologie, de capacité de portage du virus, de symptomatologie ou encore de possibilité de contact avec des porcs domestiques. Les phacochères communs (Phacochoerus africanus) sont considérés comme le plus ancien et le plus important réservoir de l’ASFV en Afrique (Anderson et al., 1998), et leur rôle épidémiologique est bien décrit en Afrique de l’Est et du Sud. En effet, leur large répartition géographique et écologique favorise leurs contacts à la fois avec les porcs domestiques et avec les tiques molles de l’espèce Ornithodoros moubata, formant ainsi un cycle sylvatique. Les animaux sont contaminés jeunes, à la suite de morsures des tiques infectées vivant dans les terriers et deviennent porteurs asymptomatiques de la maladie. La virémie et la réplication virale ont lieu uniquement chez les jeunes animaux, mais le virus persiste dans les nœuds lymphatiques des adultes (Costard et al., 2009 ; Jori et Bastos, 2009). Les potamochères (Potamochoerus larvatus et Potamochoerus porcus) vivent essentiellement en Afrique subsaharienne et à Madagascar où ils ont été introduits par l’homme, mais leur rôle épidémiologique apparaît généralement moins important que celui des phacochères. Bien que la possibilité de réplication de l’ASFV dans les potamochères et sa transmission aux autres hôtes ont été démontrées (Anderson et al., 1998), l’ensemble des résultats des différentes études menées suggère une circulation de l’ASFV à bas bruit chez ces espèces (Ravaomanana et al., 2011). De plus, leur mode de vie nocturne et leur faible densité dans les zones d’interface avec les porcs domestiques, limitent les contacts avec les autres hôtes (Jori et Bastos, 2009) et sous-entendent un rôle de réservoir moins important. En Europe, il a été démontré que les porcs et sangliers sauvages (Sus scrofa) avaient la même sensibilité à l’ASFV que les porcs domestiques (Jori et Bastos, 2009). En Russie par exemple, plus de 400 foyers ont été déclarés parmi la population des porcs domestiques, et environ 600 cas chez les sangliers sauvages (Jori, 2014). Cependant, l’ASFV ne persistant généralement pas longtemps dans les populations de sangliers sauvages isolées, le contact avec les populations domestiques est nécessaire pour maintenir la circulation virale dans les populations sauvages. À l’inverse, dans les zones où la densité et l’abondance des sangliers sont importantes, la PPA peut subsister pendant de longues périodes. Ils constitueraient ainsi la principale voie de transmission de l’ASFV aux porcs domestiques, par contacts directs avec les porcs en divagation et l’ingestion de carcasses contaminées abandonnées, comme c’est le cas par exemple dans les pays du Caucase (Guinat et al., 2016). Les hylochères (Hylochoerus meinertzhageni) ont également été évoqués dans les espèces sauvages sensibles à l’AFSV, mais leur rôle est négligeable dans l’épidémiologie de la PPA (Jori et Bastos, 2009).

Tiques molles

En Afrique du Sud, Centrale et à Madagascar, il a été montré que les tiques de l’espèce Ornithodoros moubata sont capables d’infecter les porcs domestiques et sauvages. Elles ingèrent le virus en se nourrissant du sang d’animaux contaminés, puis le transmettent en mordant d’autres animaux sensibles. Elles sont capables de porter le virus pendant plus de 15 mois après leur première infection, permettant ainsi la persistance du virus en l’absence d’hôtes virémiques. De plus, une transmission transtadiale, transovarienne et sexuelle du virus a également été démontrée chez ces tiques (Plowright et al., 1974). C’est la raison pour laquelle, O. moubata joue un rôle important dans le maintien de zones endémiques ainsi que dans la réémergence de foyers (Roger et al., 2001). En Afrique de l’Ouest, des études ont démontré que la tique Ornithodoros sonrai était naturellement infectée par l’ASFV, mais son rôle de réservoir et de vecteur reste expérimental (Vial et al., 2007). En Espagne et au Portugal, Ornithodoros erraticus a été identifiée comme vecteur biologique et réservoir sauvage de l’ASFV, et est considérée comme jouant un rôle primordial dans le maintien de la PPA à long terme (Sanchez-Bojita, 1963)
 

Cycles de transmission

Cycle domestique

L’ASFV est présent dans toutes les sécrétions (sang, fèces, urines, salive, etc.) et tissus des porcs domestiques infectés, où il est capable de persister plusieurs semaines. Sa transmission peut donc s’effectuer par contact direct entre un individu infecté et un individu sensible, sur de longues périodes après l’infection. De plus, l’ASFV est résistant aux variations quasi-extrêmes de pH et de température. Ainsi, certains procédés de transformation de la viande de porc comme la maturation, le fumage ou le séchage, ne détruisent pas le virus. Il existe alors un fort risque d’infection des porcs par ingestion de déchets alimentaires contenant de la viande de porc non transformée contaminée, ou les produits qui en sont issus. En outre, l’ASFV est capable de résister dans l’environnement plusieurs jours, une transmission est alors également possible via tout type d’objet contaminé, comme les véhicules, le matériel, les vêtements ou les locaux (Costard, 2011). D’après les dernières études menées, les principaux facteurs de transmission de PPA à l’échelle de la ferme se sont révélés être la divagation des porcs et l’existence d’anciens épisodes de PPA (Fasina et al., 2010 ; Muhangi et al., 2014), ainsi que la vente et l’abattage d’urgence des porcs suspects afin de limiter les pertes économiques (Costard et al., 2015 ; Dione et al., 2015), tandis que le mouvement d’animaux infectés serait le facteur essentiel de l’expansion de la maladie à l’échelle nationale (Olugasa et Ijagbone, 2007).
 Cycle porcs-tiques Le cycle de transmission entre tiques Ornithodoros spp. et porcs domestiques a été beaucoup décrit en Afrique et en Espagne, où la fréquence des foyers de PPA a été significativement associée à la présence de tiques. En outre, par la longue rémanence du virus dans les tiques, elles constituent un risque important de réémergence de la maladie. À Madagascar, l’ASFV a été mis en évidence chez une tique vivant dans une ferme où aucun porc n’avait été présent depuis 4 ans (Ravaomanana et al., 2010). Ainsi, les mesures de contrôle et de prévention de la PPA doivent également prendre en compte le déparasitage des animaux et des enclos.

Cycle sylvatique

En Afrique de l’Est et du Sud, le cycle sylvatique comprend les phacochères et les tiques molles de l’espèce Ornithodoros moubata. Les jeunes phacochères sont infectés par les tiques vivant dans les terriers. Il s’ensuit une virémie transitoire durant 2 à 3 semaines, suffisante à la réinfection de tiques naïves via les repas sanguins. Le virus persiste chez les phacochères adultes dans les nœuds lymphatiques, qui restent porteurs asymptomatiques à vie (Anderson et al., 1998). Néanmoins, aucune transmission verticale ou horizontale n’a été démontrée au sein des phacochères, et le maintien du virus est directement dépendant de la présence de tiques. Cependant, la présence de ces deux hôtes dans une même région n’implique pas nécessairement la présence du cycle sylvatique (Costard et al., 2009 ; Jori et Bastos, 2009) : il existe par exemple au Mozambique (Quembo et al., 2012), mais n’a jamais été démontré au Kenya (Okoth et al., 2012). En Afrique de l’Ouest, l’existence d’un cycle sylvatique ainsi que la circulation de l’AFSV dans la population de phacochères, n’ont pas pu être démontrées (Vial et al., 2007) et seul le cycle domestique est responsable de la persistance de PPA (Sanchez-Vizcaino et al., 2009).

Cycle sylvatique

et cycle domestique Les mécanismes de transmission de la PPA entre porcs sauvages et porcs domestiques sont encore mal élucidés. Des contacts directs ainsi que des introgressions génétiques ont été rapportés uniquement entre potamochères et porcs domestiques (Stahl et al., 2014), et pourraient constituer un moyen de transmission entre cycle sylvatique et cycle domestique. Cependant, tous les porcs sauvages pourraient potentiellement s’infecter en se nourrissant des carcasses de porcs domestiques contaminées. De la même manière, les restes de carcasses de porcs sauvages contaminés et souvent abandonnés par les chasseurs, seraient une source de contamination pour les porcs domestiques (Jori et Bastos, 2009). Finalement, ce sont les tiques molles qui représentent le plus probable des mécanismes de transmission entre porcs sauvages et porcs domestiques, lorsqu’ils partagent les mêmes pâtures (Jori et Bastos, 2009).

Table des matières

LISTE DES TABLEAUX
LISTE DES FIGURES
LISTE DES ABRÉVIATIONS
INTRODUCTION
PREMIÈRE PARTIE : PRÉSENTATION DU CONTEXTE DE L’ÉTUDE
1. La peste porcine africaine : généralités
1.1. Étiologie
1.2. Histoire et distribution
1.3. Épidémiologie
1.3.1. Hôtes
1.3.1.1. Porcs domestiques
1.3.1.2. Suidés sauvages
1.3.1.3. Tiques molles
1.3.2. Cycles de transmission
1.3.2.1. Cycle domestique
1.3.2.2. Cycle porcs-tiques
1.3.2.3. Cycle sylvatique
1.3.2.4. Cycle sylvatique et cycle domestique
1.3.3. Épidémiologie moléculaire
1.4. Pathogénie et signes cliniques
1.4.1. Pathogénie
1.4.2. Signes cliniques
1.5. Diagnostics
1.5.1. Diagnostic différentiel
1.5.2. Diagnostic lésionnel
1.5.3. Diagnostics de laboratoire
1.5.3.1. Diagnostic virologique direct
1.5.3.2. Diagnostic sérologique indirect
1.6. Vaccin en développement
1.7. Prophylaxie et facteurs de risque
2. La peste porcine africaine à Madagascar
2.1. Présentation du pays
2.1.1. Biogéographie
2.1.2. Population
2.1.3. Politique et économie
2.1.4. Secteur agricole
2.1.5. Organisation des services de santé animale et d’élevage
2.2. Élevage porcin à Madagascar
2.2.1. Historique et place socioculturelle du porc
2.2.2. Filière porcine
2.2.2.1. Description du cheptel porcin
2.2.2.2. Organisation de la filière
2.2.2.3. Circuits de production et de consommation
2.2.3. Conduite de l’élevage porcin
2.2.3.1. Races porcines
2.2.3.2. Types d’élevages
2.2.4. Principales maladies porcines rencontrées
2.3. Situation de la peste porcine africaine à Madagascar
2.3.1. Historique et répartition
2.3.2. Épidémiologie
2.3.2.1. Cas du potamochère Potamochoerus larvatus
2.3.2.2. Cas de la tique Ornithodoros porcinus
2.3.2.3. Cycles et facteurs de transmission
2.3.2.4. Épidémiologie moléculaire
2.3.3. Impacts socio-économiques
2.3.4. Lutte contre la PPA et relance de la filière
3. Conclusion de la première partie
DEUXIÈME PARTIE : MÉTHODOLOGIE DE L’ÉTUDE
1. Zones d’étude
1.1. La région du Boeny
1.1.1. Généralités
1.1.2. Milieu social et humain
1.1.3. Agriculture et élevage
1.2. La région du Menabe
1.2.1. Généralités
1.2.2. Milieu social et humain
1.2.3. Agriculture et élevage
1.3. La région d’Atsimo-Andrefana
1.3.1. Généralités
1.3.2. Milieu social et humain
1.3.3. Agriculture et élevage
1.4. La région d’Atsinanana
1.4.1. Généralités
1.4.2. Milieu social et humain
1.4.3. Agriculture et élevage
1.5. La région d’Analanjirofo
1.5.1. Généralités
1.5.2. Milieu social et humain
1.5.3. Agriculture et élevage
2. Population d’étude et échantillonnage
2.1. Critères d’inclusion et d’exclusion
2.2. Échantillonnage
2.2.1. Unité d’échantillonnage
2.2.2. Taille de l’échantillon
3. Récolte des données et questionnaire
3.1. Elaboration du questionnaire
3.2. Enquêtes de terrains
3.3. Considérations éthiques
4. Outils statistiques
4.1. Unité d’analyse
4.2. Réalisation de la base de données
4.3. Traitement et description des données
4.3.1. Analyse statistique descriptive
4.3.2. Régression logistique
4.3.3. Cartographie
TROISIÈME PARTIE : RÉSULTATS DE L’ÉTUDE
1. Analyses statistiques descriptives
1.1. Caractéristiques générales des élevages
1.1.1. Types d’élevage et effectifs
1.1.2. Alimentation
1.1.3. Logement
1.1.4. Reproduction
1.2. Circuits de commercialisation et pratiques d’abattage
1.2.1. Commercialisation : achats d’animaux
1.2.2. Commercialisation : ventes d’animaux
1.2.3. Abattage à domicile
1.3. Biosécurité et aspects sanitaires
1.3.1. Interactions avec d’autres Suidés
1.3.2. Personnes ayant accès à l’élevage
1.3.3. Méthodes sanitaires préventives
1.4. Caractérisations des différentes affections connues de l’élevage
1.4.1. Affections générales
1.4.2. Peste porcine africaine
1.4.3. Principales difficultés rencontrées
2. Analyses des facteurs de risque associés à la présence de PPA dans les élevages
2.1. Résultats des analyses univariées
2.2. Résultats des analyses de régressions multivariées
2.3. Modèle final de régression logistique
QUATRIÈME PARTIE : DISCUSSION
1. Limites de l’étude
1.1. Biais de sélection
1.2. Biais d’information
1.3. Avantages de l’étude transversale par questionnaire
2. Interprétation des résultats
2.1. Caractéristiques générales des élevages
2.1.1. Type d’élevage et effectifs
2.1.2. Alimentation
2.1.3. Logement
2.1.4. Reproduction
2.2. Circuits de commercialisation et pratiques d’abattage
2.2.1. Commercialisation : achats et ventes d’animaux
2.2.2. Abattage à domicile
2.3. Biosécurité et aspects sanitaires
2.3.1. Interactions avec d’autres Suidés
2.3.2. Personnes ayant accès à l’élevage
2.3.3. Méthodes sanitaires préventives
2.4. Caractérisations des différentes affections connues de l’élevage
2.5. Peste porcine africaine
2.5.1. Caractérisation des foyers
2.5.2. Perception et connaissances des éleveurs
3. Synthèse et recommandations
4. Perspectives « OneHealth-EcoHealth »
CONCLUSION
BIBLIOGRAPHIE
ANNEXES
Annexe 1 : Questionnaire d’enquête
Annexe 2 : Liste des variables codant les différentes questions du questionnaire utilisées dans le logiciel Microsoft Excel®
Annexe 3 : Script des analyses statistiques de régression linéaire dans le logiciel R version 3.2.2. (R Development Core Team, 2015)

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