Soutenance mémoire
Au Sénégal, le sous-secteur de l’élevage occupe une place importante dans l’économie nationale avec 35 % de la valeur ajoutée du secteur agricole et 7,5 % dans la formation du PIB national. L’élevage composé d’une grande variété d’espèces animales connaît un taux de croissance d’environ 6 % par an. Au sein de l’élevage, l’aviculture (surtout moderne) constitue une activité porteuse de croissance. Sa contribution socio-économique en milieu rural, n’est plus à démontrer. De plus, elle joue un rôle extrêmement important, par son apport en protéine (viande, œuf) dans la lutte contre les malnutritions . Le système d’élevage avicole dit moderne, emploie de façon directe plus de dix mille personnes, et procure à l’économie nationale un chiffre d’affaire annuel de près de quarante milliards de francs. Le secteur avicole rural, avec un effectif estimé à près de 1,5 milliard de sujets constitue sans doute l’activité agricole la mieux répartie dans le pays . De ce fait, pour nourrir correctement la population qui croit rapidement et faire contribuer largement l’aviculture á la production de richesse, il faut enrayer toutes les contraintes à son développement. Au nombre des contraintes, il convient de citer les problèmes liés á l’alimentation et les maladies. En effet, les maladies aviaires sont une contrainte majeure, surtout dans des zones écologiquement chaudes et humides. En particulier la grippe aviaire, qui constitue une préoccupation mondiale de nos jours, est un frein et une menace majeurs pour le développement d’une filière aussi dynamique et prometteuse. Les conséquences socio-économiques d’une panzootie et d’une pandémie grippales seraient considérables. C’est pourquoi, tous les acteurs de la filière avicole se sont mobilisés pour protéger le Sénégal de ce fléau ou à défaut, maîtriser son impact et réduire ses conséquences. A cet effet, les efforts sont concentrés sur les programmes de contrôle et de prévention des foyers de la maladie. En pratique, il s’agit d’abord d’identifier et de caractériser les principaux types biologiques de ce pathogène, car du degré de précision du diagnostic et de la caractérisation précoce du pathogène responsable, dépendra l’efficacité des moyens de luttes engagés.
LA GRIPPE AVIAIRE : ETAT DES CONNAISSANCES
DEFINITION
L’influenza aviaire (IA) communément appelé grippe aviaire, est une affection virale cosmopolite à tropisme respiratoire, entérique ou nerveux; atteignant les oiseaux domestiques et sauvages. Elle est due à des virus grippaux de type A hautement pathogène. Elle sévit sous différentes formes, avec des symptômes très variés. La forme la plus grave se manifeste par une maladie aiguë et généralisée, causant une très forte mortalité chez les oiseaux. Cette mortalité peut aller jusqu’à 100%. Cette forme grave est appelée « peste aviaire » en raison d’une mortalité élevée rappelant les pestes humaines . C’est une zoonose virale et une zoo-anthroponose, car elle affecte aussi bien les animaux que les hommes et est transmissible de l’animal à l’homme. On parle d’épizootie (épidémie chez l’homme) de grippe aviaire, lorsque la maladie touche brutalement un grand nombre d’animaux à la fois dans une région donnée. On parle de panzootie (pandémie chez l’homme), lorsque la maladie se propage un peu partout dans le monde.
HISTORIQUE
Swayne et Halvorson écrivent dans la 11e édition de ‘Diseases of Poultry’, que la peste aviaire a été observée et décrite pour la première fois, comme une maladie grave de la volaille par Perroncito en Italie, en 1878. L’origine virale de la peste aviaire a été découverte en 1901 par Centanni et Savunozzi, mais ce n’est qu’en 1955 que les agents ont été caractérisés et identifiés comme étant des virus influenza de type A. La distribution des virus de l’IA est clairement liée à ce lle des oiseaux domestiques et sauvages, à l’emplacement des installations d’élevage, aux parcours migratoires des oiseaux, et aux saisons. Partout dans le monde, il n’est pas rare qu’on trouve des virus de l’influenza aviaire chez des oiseaux aquatiques migrateurs, des oiseaux de rivage et des oiseaux marins apparemment en bonne santé . L’incidence épidémiologique de ce phénomène, en rapport avec les flambées survenant chez la volaille domestique, semblerait indiquer que les oiseaux aquatiques et certains autres oiseaux migrateurs sont un réservoir d’IA et contribue ainsi à la dissémination de la maladie .
Ce qui signifie que le Sénégal n’est pas à l’abri d’une contamination, car le pays abrite d’importants parcs et réserves où les oiseaux migrateurs provenant de zones à risques séjournent saisonnièrement. Ces parcs qui peuvent être des portes d’entrée de la maladie au Sénégal sont : le parc de Djoudj et le parc de la langue de Barbarie (dans la région de St-Louis), la réserve de Guembel, la dépression du Ngaél, la réserve d’avifaune de Maka Diama (dans la région de Saint Louis également), le Ferlo, la réserve de biosphère du delta du fleuve Saloum (dans la région de Fatick), la lagune de Somone (dans le département de Mbour), le parc zoologique de Hann et le parc des îles de la Madeleine (à Dakar) et le parc de la Basse Casamance, la réserve de Kalisaye (à Ziguinchor).
Rappelons que le Comité National de Prévention et de Lutte contre la Grippe Aviaire (CONAGA), entre autres mesures, a en charge la surveillance épidémiologique permanente de ces zones.
Une infection directe de l’homme par le virus de la grippe aviaire de type A (H5N1), a été constatée pour la première fois au cours de la flambée qui a sévi en 1997 à Hong Kong en Chine. Depuis 2003, la propagation de la grippe aviaire s’est faite de manière inexorable, avec des conséquences humaines et économiques souvent catastrophiques : plus de 19 pays touchés et plus de 150 millions de poulets et de canards tués ou abattus.
ETIOLOGIE
CLASSIFICATION DE L’AGENT CAUSAL DE LA GRIPPE AVIAIRE
L’agent causal appartient au règne des virus. Ce sont des virus à ARN simple brin et à polarité négative. Il fait parti des virus,
– de la famille des Orthomyxoviridae,
– au genre Influenzavirus de type A. Ce taxon est subdivisé en sous-types de H1 à H16, dont les plus pathogènes sont H5, H7 et H9. Rappelons dans la famille des Orthomyxoviridae, on trouve les genres Influenzavirus de types B et C.
STRUCTURE ET ORGANISATION DES INFLUENZAVIRUS DE TYPE A
Les virus influenza A ont une forme sphérique ou filamenteuse, leur diamètre variant de 80 à 120 n m. Les particules virales sont constituées d’une matrice protéique, qui entoure huit nucléocapsides de symétrie hélicoïdale, constituées de l’association dans la particule virale des huit segments génomiques, chacun entouré par la nucléoprotéine virale notée NP (Figure 3). On distingue, au sein de la particule virale des protéines M1 et M2. Les M1 sont des protéines de matrice : on parle également de gène M1 par extension au gène codant ces protéines. Les M2 sont des protéines constituant les canaux ioniques : on parle comme précédemment de gènes M2 par extension aux gènes de ces protéines. L’extérieur de la matrice protéique est enveloppé par une membrane lipidique, dont la surface externe est couverte de deux types d’antigènes constituées, l’un d’une glycoprotéine virale dotée d’une activité hémagglutinante et d’une activité de fusion (ou hémagglutinine, notée HA ou H), l’autre d’une glycoprotéine virale dotée d’une activité neuraminidase (ou neuraminidase, notée NA ou N) . L’hémagglutinine (HA) est une glycoprotéine antigénique présente à la surface du virus de la grippe, et est responsable de la fixation de la particule virale à u n récepteur situé sur la cellule cible. Le nom hémagglutinine provient donc de la faculté de la protéine à agglomérer les érythrocytes. La neuraminidase est une classe d’enzymes de type glycoprotéine. C’est un antigène trouvé sur la surface des virus de l’influenza A. Elle fait partie de la famille des glycosilases et de la sous-famille des glycosidases qui comprend aussi les amylases (enzymes humaines digestives décomposant les longues chaines glycosées comme l’amidon). Ce sont ces antigènes qui sont utilisés pour la classification des différents sous-types. Seize sous-types de HA (H1 à H16) et neuf sous-types de NA (N1 à N9) ont été identifiés. Ces antigènes peuvent avoir toutes les combinaisons possibles. Ainsi, 16 hémagglutinines multipliés par 9 neuraminidases donnent 144 combinaisons possibles . Ce qui témoigne de l’extrême variabilité antigénique, qui caractérise les Influenzavirus de type A. Pour exemple, l’appellation H5N1 fait référence à deux sous-types d’antigènes présents à la surface du virus, l’hémagglutinine (HA) de type 5 et la neuraminidase (NA) de type 1.
VIRULENCE DE L’AGENT ETIOLOGIQUE
La virulence est l’aptitude d’un agent infectieux à se multiplier dans un organisme vivant et à y entraîner des manifestations morbides. Elle traduit le pouvoir invasif de l’agent pathogène. Il existe une grande variabilité dans la virulence des virus Influenza de type A. Leur degré de pathogénicité dépend de la souche virale et de l’espèce aviaire en jeu. La virulence des Influenzavirus A, est déterminée à l’aide du test de l’indice de pathogénicité intraveineuse (IPIV). L’indice de pathogénicité est obtenu par inoculation par la voie intraveineuse, à des poussins âgés de 4 à 8 semaines, d’une solution physiologique stérile de liquide allantoïdien frais, infecté par le virus à étudier. Selon le degré de la rapidité de l’évolution vers la mort de ces poussins, un index de pathogénicité est calculé. Le virus est hautement pathogène (IAHP) si cet index est supérieur ou égal à 1,2. S’il est inférieur à cette valeur, le virus est dit faiblement pathogène (IAFP). Toutes les flambées d’influenza aviaire signalées depuis 1955 étaient causées par des virus de sous-type H5 ou H7 . Cependant toutes les souches des sous-types H5 et H7 ne sont pas hautement pathogènes, mais la plupart peuvent potentiellement le devenir : du fait que les virus grippaux sont .génomiquement très instables.
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Table des matières
INTRODUCTION GENERALE
PREMIERE PARTIE : SYNTHESE BIBLIOGRPHIQUE
I – LA GRIPPE AVIAIRE : ETAT DES CONNAISSANCES
1.1. DEFINITION
1.2. HISTORIQUE
1.3. ETIOLOGIE
1.3.1. CLASSIFICATION DE L’AGENT CAUSAL DE LA GRIPPE AVIAIRE
1.3.2. STRUCTURE ET ORGANISATION DES INFLUENZAVIRUS DE TYPE A
1.3.3. VIRULENCE DE L’AGENT ETIOLOGIQUE
1.3.4. RESISTANCE DU VIRUS AUX AGENTS PHYSIQUES ET CHIMIQUES
1.4. EPIDEMIOLOGIE
1.4.1. LES HOTES
1.4.2. LA TRANSMISSION
1.4.3. SOURCE DU VIRUS
1.5. PREVENTION – TRAITEMENT
1.5.1. PROPHYLAXIE SANITAIRE
1.5.2. PROPHYLAXIE MEDICALE
1.5.3. TRAITEMENT
1.6. DIAGNOSTIC DE LA MALADIE
1.6.1. SIGNES CLINIQUES DE LA MALADIE
1.6.2. LES LESIONS
II – DIAGNOSTIC DE LABORATOIRE DE LA MALADIE
2.1. AUTOPSIE
2.1.1. TECHNIQUE D’AUTOPSIE
2.1.2. MODE OPERATOIRE
2.2. PRELEVEMENT
2.2.1. DISPOSITION GENERAL
2.2.2. TECHNIQUES DE PRELEVEMENT
2.2.2.1. CHEZ LES OISEAUX
2.2.2.2. CHEZ L’HOMME
2.3. TRANSPORT ET CONSERVATION DES ECHANTILLONS
2.4. LES METHODES D’ ANALYSE AU LABORATOIRE
2.4.1. LA SEROLOGIE
2.4.1.1. LE TEST AGID
2.4.1.2. ELISA
2.4.2. LA VIROLOGIE
2.4.3. LA TECHNIQUE PCR
2.4.3.1. LA METHODE PCR STANDARD
2.4.3.1.1. PRINCIPE
2.4.3.1.2. LES DIFFERENTES ETAPES DE LA PCR
2.4.3.2. LA RT-PCR : UNE VARIANTE DE LA PCR STANDARD
DEUXIEME PARTIE : APPLICATION DE LA RT-PCR AU DIAGNOSTIC DE LA GRIPPE AVIAIRE A PARTIR D’ ECHANTILLONS ANIMAUX SUSPECTS
INTRODUCTION
I. MATERIELS ET METHODES
1.1. EXTRACTION
1.1.1. MATERIELS
1.1.2. METHODE
1.2. REALISATION DE LA RT-PCR
1.2.1. SYNTHESE DE L’ADNc
1.2.1.1. MATERIELS
1.2.1.2. METHODE
1.2.2. AMPLIFICATION DES cDNA
1.2.2.1. MATERIELS
1.2.2.2. MODE OPERATOIRE
1.2.3. IDENTIFICATION DES AMPLICONS PAR ELECTROPHORESE EN GEL D’AGAROSE
II RESULTATS
III. DISCUSSIONS
3.1. EXTRACTION
3.2. RT-PCR
CONCLUSION- PERSPECTIVES
BIBLIOGRAPHIE
