La flore commensale bactérienne de l’œil

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Histologie de la cornée

La cornée est constituée de cinq couches (Figure 3). D’avant en arrière on distingue :
– L’épithélium cornéen
– La membrane de Bowman
– Le stroma cornéen
– La membrane de Descemet
– L’endothélium cornéen
L’épithélium cornéen est pavimenteux et stratifié, il représente 10 % de l’épaisseur totale de la cornée microscopie optique après coloration hématoxiline, éosine, safran (source : Allouch-Nahmias et al, 2011).
La membrane de Bowman est acellulaire et est formée de fibrilles et de collagène, elle sépare l’épithélium du stroma cornéen.
Le stroma représente à lui seul près de 90 % de l’épaisseur cornéenne. Il est constitué de lamelles de collagène, de kératocytes (qui assurent la biosynthèse du collagène et de mucopolysaccharides) et de substance fondamentale. Cette substance est riche en mucopolysaccharides et en eau et a un rôle dans la cohésion des fibres de collagène, permettant une bonne transparence cornéenne.
La membrane de Descemet composée de fibrilles de collagène de petit diamètre, représente la membrane basale de l’endothélium cornéen. Elle est amorphe, élastique et très résistante. Elle mesure environ dix microns et son épaisseur augmente avec l’âge.
L’endothélium cornéen ne comporte qu’une couche de cellules (environ 500 000) plates, hexagonales qui sont directement en contact avec l’humeur aqueuse (Figure 5). Leur nombre diminue physiologiquement avec l’âge, sans possibilité de création de nouvelles cellules. L’endothélium joue un rôle indispensable de barrière en modulant les échanges entre le stroma et l’humeur aqueuse afin d’assurer une bonne transparence cornéenne (Allouch-Nahmias et al. 2011). L’endothélium est formé d’une monocouche de cellules uniformes hexagonales plates, régulières d’où l’organisation en « nid d’abeilles » caractéristique. (source : (Allouch-Nahmias et al. 2011).

Le film lacrymal

Il constitue une interface entre l’œil et l’environnement extérieur. Il a pour rôle d’assurer une bonne hydratation cornéenne, une bonne qualité réfractive et une barrière contre les agressions extérieures. Il est composé d’eau, d’enzymes, de protéines, d’immunoglobulines, de lipides et de différents métabolites, répartis dans trois couches successives (lipidique, aqueuse et mucineuse) (Figure 6). Sa constitution dépend de plusieurs éléments que sont la sécrétion des larmes, l’étalement correct de celles-ci à la surface oculaire et leur résorption par le canal lacrymo-nasal ainsi que l’évaporation dans l’air.
L’épaisseur du film lacrymal a été évaluée entre 35 à 40 µm, pour un volume total de 7 à 9 µL (Bernard et al. 2008). La sécrétion basale du film lacrymal serait comprise entre 0.7 à 2 µL/min (Mishima 1981; Baudouin and Labbé 2006). Son pH varie de 7.14 à 7.82 avec une pression osmotique de 305 milliosmoles/kg.
La couche aqueuse, faite à 98 % d’eau contient les principaux composants organiques et protéiques (5 à 8 g/l). Elle joue un rôle antimicrobien majeur grâce à la présence de lysozymes, de béta-lysines, de lactoferrines, d’anticorps et d’immunoglobulines (A et G).

Les germes en ophtalmologie

Un AC est considéré, par argument de fréquence, d’origine bactérienne. En effet, 90 à 95 % des AC se révèlent d’origine bactérienne aux prélèvements microbiologiques (Barría, Chabouty, and Moreno 2016). Il est donc essentiel de connaitre les différentes bactéries en cause et leur mécanisme d’action afin d’optimiser la prise en charge thérapeutique.

Généralités bactériologiques

Les bactéries sont classées en différentes familles, genres et espèces, selon des critères morphologiques et physiologiques.
Tout d’abord, on distingue deux grands ensembles de bactéries selon leur mécanisme respiratoire. Il y a d’une part les bactéries aérobies et d’autre part les bactéries anaérobies. Les bactéries anaérobies n’ont une croissance qu’en milieu privé d’oxygène, contrairement aux aérobies qui ont besoin d’oxygène pour se développer.
Ensuite, les bactéries se présentent sous différentes formes. On distingue les bactéries de forme sphérique, les cocci, par opposition aux bactéries de forme allongée (en bâtonnets), les bacilles. De plus, les bactéries, cocci ou bacilles peuvent avoir une disposition spécifique. Elles peuvent s’organiser en amas, en chainettes, en ramification ou encore en paires.
Enfin, chaque bactérie, de forme ronde ou allongée, peut être différenciée selon si elle possède ou non une membrane externe en effectuant une coloration de Gram. On parle de bactéries à Gram négatif et de bactéries à Gram positif.
Ces différents paramètres (mécanisme respiratoire, forme, disposition et coloration), permettent de renseigner sur la taxonomie des bactéries.
La coloration de Gram
La coloration de Gram doit son nom au bactériologiste danois Hans Christian Gram. Cette technique a été mise au point en 1884.
Les bactéries présentent toutes une paroi constituée d’un peptidoglycane (composé de glycoprotéines) entourant la membrane cytoplasmique. Cette paroi est recouverte par une membrane externe chez les bactéries à Gram négatif, tandis que les bactéries Gram à positif en sont dépourvues. De plus, les bactéries à Gram positif ont un peptidoglycane plus épais (imperméable à l’alcool), tandis que les bactéries à Gram négatif ont une paroi fine (perméable à l’alcool) (Figure 7).
Plusieurs étapes permettent de réaliser la coloration de Gram (Figure 8).
Après réalisation d’un frotti et fixation de celui-ci sur une lame avec de l’éthanol, on procède à une coloration au violet de gentiane (colorant basique), suivi d’un rinçage et d’une nouvelle coloration au lugol (solution iodo-iodurée). Le violet de gentiane permet de colorer toutes les bactéries, le lugol assure une stabilisation de la coloration violette. Il s’en suit une décoloration à l’alcool, qui a pour rôle de pénétrer dans la bactérie en présence d’une membrane externe (bactérie à Gram négatif). Ainsi, devant une disparition de la coloration violette, on peut confirmer la pénétration de l’alcool dans la bactérie, attestant la présence d’une membrane externe et donc une bactérie à Gram négatif. En cas de bactérie à Gram positif, l’alcool ne pénètre pas et la coloration violette persiste. Une dernière étape de contre coloration avec de la fuchsine ou de la safranine permet de colorer les bactéries à Gram négatif en rose.
. Examen’direct’:’
. Cocci’à’Gram’+’type’staphylocoque-(CHU’Caen)
. Examen’direct’:’
. Bacilles’à’Gram’– type’entérobactéries'(CHU’Caen)

Les cocci

Parmi les cocci, selon l’examen direct, on distingue quatre catégories :
– Les cocci simples (monocoques),
– Les cocci réunis par deux ou diplocoques (pneumocoque, entérocoque, Neisseria),
– Les cocci groupés en chainettes (streptocoques),
– Les cocci groupés en amas (staphylocoques)
En ophtalmologie, un large nombre de cocci peuvent être mis en évidence (Tableau 1) (CMIT 2016).

Table des matières

Introduction générale
PARTIE I : État des connaissances 
1. La cornée et le film lacrymal
1.1. Généralités sur la cornée
1.2. Histologie de la cornée
1.3. Le film lacrymal
2. Les germes en ophtalmologie
2.1. Généralités bactériologiques
2.1.1. Les cocci
2.1.2. Les bacilles
2.2. La flore commensale bactérienne de l’œil
3. Les antibiotiques
3.1. Les antibiotiques en ophtalmologie
3.1.1. Les collyres antibiotiques commerciaux
3.1.2. Les collyres antibiotiques fortifiés
4. Les abcès de cornée
4.1. Evaluation diagnostique
4.2. Stratégie thérapeutique
4.2.1. Traitement ambulatoire
4.2.2. Hospitalisation
Objectifs de la thèse
PARTIE II : Étude n°1
Differential microbiology of severe vs. non-severe infectious keratitis: a monocentric retrospective study of 92 consecutive cases
PARTIE III : Étude n°2
Concentration au niveau cornéen des antibiotiques utilisés dans la prise en charge des abcès de cornée
Conclusion
Bibliographie 

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