Soutenance mémoire
Description de la morphologie du riz
Les racines Elles sont du type fasciculé. La racine principale issue de la radicule dégénérera rapidement. Elle est remplacée par des racines adventives qui apparaissent en couronne aux premiers nœuds de la tige. Ils s’en forment tout au long de la vie de la plante. Ce système devient inactif à partir de la maturation des grains, même si le sol demeure humide. Le système racinaire se trouve surtout dans les 15 premiers centimètres de profondeur du sol. Anatomiquement, les racines du riz sont adaptées aux conditions aquatiques. (MAEP, 2006).
Les tiges Les tiges sont creuses et portent le nom de chaume. Elles sont cylindriques, divisées en entrenœuds qui sont séparés par des nœuds renflés. Les nœuds inférieurs de la tige donnent naissance à des racines adventives. Plus haut, les nœuds donnent naissance aux feuilles. A l’aisselle de chaque feuille, se forme un bourgeon. Les bourgeons les plus bas, en contact avec le sol se développent en tiges secondaires qui peuvent à leur tour donner des tiges tertiaires – les talles : c’est le phénomène du tallage. Chaque touffe de tiges plus ou moins épaisses comprend 3 à 50 talles. La tige est toujours terminée par une inflorescence : la panicule.
Les feuilles Les feuilles sont simples, sessiles, linéaires, et alternes. Elles comprennent une gaine et un limbe. La gaine s’insère sur un nœud et enveloppe la tige jusqu’au nœud suivant. Le limbe de couleur verte plus ou moins foncée, est parcouru de nervures fines et parallèles. Sa longueur varie de 30 cm à 1m, selon les variétés et l’ordre de leur apparition sur le pied.
L’inflorescence : L’inflorescence est une panicule de 20 à 40 cm de long. Elle part du nœud, d’où se développe la feuille paniculaire. Les fleurs sont groupées en une inflorescence qui est une panicule, longue de 20 à 40 cm, rameuse, dressée ou plus ou moins incurvée à la maturité. Chaque panicule porte des épillets dont chacun possède une seule fleur hermaphrodite à six étamines qui se transformeront en fruit.
Le fruit Le fruit est un caryopse, de couleur jaune, brun clair ou rouge, enveloppé des glumes et des glumelles, formant le grain – paddy.
La diversité spécifique du riz
Les espèces de riz qui existent dans l’univers appartiennent au genre Oryza. Ce genre comporte vingt trois espèces dont les variétés du riz cultivées se rapportent, soit à l’espèce Oryza sativa, qui comprennent les variétés originaires de l’Asie, soit à l’espèce Oryza glaberrima, cultivée dans l’Ouest africain (Mémento de l’Agronome, 1993). Les variétés d’O. sativa dérivent de l’espèce sauvage O. fatua, spontanée en Inde, en Malaisie, à Java et dans la péninsule indochinoise. Sa culture a gagné très rapidement l’Asie, puis la Grèce et Rome, plus tard à Madagascar, l’Afrique et enfin l’Amérique. Les principaux groupes génétiques reconnus dans cette espèce sont les groupes :
indica, variétés de culture aquatique tropicale, à tallage fort, à feuilles fines, à grains le plus souvent mince avec le rapport longueur sur largeur supérieur à 3 (L : l >3, d’après la classification BOURGUIGNON. 1997,( in RAFICAT, 2005)
japonica, avec deux principaux sous groupes morphologiques :
1- japonica tempéré, variétés de culture irriguée dans le Nord de la Chine, en Corée, au Japon, dans le bassin méditerranéen, à tallage moyen, feuilles fines, grains le plus souvent courts et arrondis (L : l << 3);
2- japonica tropical, variétés de culture pluviale (dont diverses variétés modernes), variété bulu d’Indonésie, type connu sous le nom de javanica et variété des USA, à tallage faible, feuilles larges, grains en général longs et larges. Le riz est la céréale autogame qui a un petit génome (2n = 24). Il se prête facilement à des manipulations génétiques. Ainsi, il est utilisé par les généticiens comme plante modèle dans les recherches en biotechnologie dans le domaine de l’amélioration variétale. Le riz est une plante qui possède de très nombreuses variétés. La collection mondiale des écotypes de riz cultivé, conservée par l’International Rice Research Institute (IRRI), comporte plus de cent mille entrées. Il existe de nombreuses autres collections de ressources génétiques à vocation régionale ou nationale. Sur chaque continent et dans chaque pays, des centres internationaux de recherche (IRRI en Asie, CIAT en Amérique du Sud et ADRAO en Afrique) et des services nationaux de recherche et de développement tiennent à jour des listes de variétés recommandées pour différents écosystèmes et différents systèmes de culture du riz. A Madagascar on compte environ 4500 variétés détenues au FOFIFA. Compte tenu de l’autogamie stricte du riz, les variétés cultivées sont généralement des lignées pures. Cependant la production de semences hybrides F1 est possible grâce à la stérilité mâle géno-cytoplasmique. En Chine, les cultivars hybrides F1 couvrent plus de la moitié des superficies cultivées en riz. Les milliers de variétés du riz sont parfois classées selon leur précocité, qui ont été classées historiquement en trois groupes : les variétés précoces : ce type de riz vit jusqu’à 90 jours au maximum ; les variétés semi tardives ou de saison : cycle végétatif allant jusqu’à 160 jours ; variétés tardives – jusqu’à 170 à 180 jours de végétation.
La latitude et l’altitude
Ces deux paramètres agissent sur le riz par l’intermédiaire des températures. La latitude agit le plus par l’intermédiaire de la photopériode. Le riz est une plante très exigeante en lumière. Une forte insolation de l’ordre de 500 cal/m2/j est indispensable pour sa bonne croissance. Pour un cycle de culture de 120-130 jours, la somme des radiations solaires nécessaires correspond à 1000 à 1200 heures d’ensoleillement, le minimum étant de 400 heures. Les rendements les plus élevés sont obtenus sous forte luminosité : 400 cal/jour/cm². En zone équatoriale où le ciel est souvent couvert, la faible luminosité constitue un facteur limitant de la production. Ceci détermine sa zone de distribution. En fait, le riz est cultivé depuis le 40° Sud, en Argentine, jusqu’au 53° Nord, en Chine. Cependant sa principale zone de culture est l’Asie intertropicale. La plus haute altitude de culture se situe au Népal, à plus de 3000 m, mais la plus grande partie des surfaces cultivées se trouve au dessous de 300 m
Les méthodes de diagnostic de la maladie
Les symptômes ne sont pas toujours des indicateurs du RYMV. C’est que ce dernier est très variable d’une localité à l’autre. A part la symptomatologie, la méthode standard dénommée ELISA (Enzyme Linked Immunosorbent Assay) peut détecter l’infection par le RYMV sur les plantes sans symptôme (CLARK.and ADAMS, 1997 ; JEAGLE and VAN RENGENMORTEL, 1985). Elle permet de détecter la présence de virus dans les tissus de la plante infectée. Elle est basée sur le fait que les particules virales provoquent une réponse immunitaire chez les animaux. Des anticorps peuvent être produits par l’inoculation des virus dans une hôte appropriée (lapin ou cobaye). Ces anticorps peuvent être purifiés, concentrés, puis utilisés pour détecter le virus dans les tissus de la plante comme antigène. La réaction anticorps-antigène peut être visionnée et quantifiée à l’aide d’un enzyme qui digère un substrat ajouté à la préparation. Cette digestion provoque une coloration mesurable en densité optique par spectrophotométrie.
Contournement de la résistance élevée
Le déploiement de variétés à résistance élevée dans les champs suscite des craintes à l’émergence de nouveaux pathotypes virulents du RYMV. Des isolats des souches S2 et S4 inoculées par des passages en série sur la variété à résistance élevée Giganté et la variété à résistance partielle Azucena ont pu casser ces résistances après le quatrième passage (FARGETTE et al, 2002). De même, la résistance élevée de la variété malgache Bekarosaka a été contournée par l’isolat Mg16 provenant de Marovoay après son inoculation sur 150 plantes de cette variété dans la serre (RAKOTOMALALA, 2008). Cette étude offre l’opportunité de vérifier si on peut retrouver cet isolat virulent ou s’il y a d’autres nouveaux pathotypes virulents existent dans la région de Marovoay.
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Table des matières
INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE
I- PRESENTATION DU SITE D’ETUDE
1. Localisation
2. Caractéristiques climatiques
a) Température
b) Vent
c) Pluviométrie
d) Hydrographie
e) Inondation
3. Caractéristiques des sols
4. Calendrier rizicole
DEUXIEME PARTIE
II- APERÇU BIBLIOGRAPHIQUE
1. Généralités sur le riz
a. Botanique
b. Diversité spécifique
c. Ecologie
d. Cycle végétatif
e. Importance du riz
2. Généralités sur la panachure jaune du riz
a. Historique
b. Agent pathogène
c. Symptômes de la maladie
d. Epidémiologie
d.1. les modes de transmission de la maladie
d.2. les foyers des germes
e. Méthodes de diagnostic
f. Les travaux de criblage
g. Mesures de lutte appropriées et les précautions
g.1- Résistances naturelles
g.2- Contournement de la résistance élevée
TROISIEME PARTIE
III. MATERIELS ET METHODES
a. Matériels
1.a. Matériels utilisés dans la serre
1.b. Matériels utilisés dans la rizière
1.b.1. Matériels aratoires
1.c. Matériels biologiques
b. Méthodes
2.1. Prospection d’isolats et inoculation
2.1.1. Mode de prélèvement et de collecte
2.1.2. Elevage en serre
2.2. Semis en serre
2.3. Travaux d’inoculation
2.3.1 Préparation d’inoculum
2.3.2. Inoculation proprement dite
2.4. Observations
QUATRIEME PARTIE
IV- RESULTATS ET DISCUSSIONS
A- RESULTATS
A.1 – Comportements des isolats viraux collectés
A.2 – Apparition d’isolats virulents sur la variété à résistance élevée
A.2.1 Isolat ATM
A.2.2 Isolat TS
B- DISCUSSIONS
CONCLUSION ET PERSPECTIVES
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