Inventaire de la Biodiversité et réseaux de suivis Piscicoles

Le terme biodiversité (biological diversity) est un terme récent, créé en 1988 et popularisé par la conférence au Sommet de la Terre à Rio en 1992, pour caractériser l’ensemble des organismes vivant (Centre National de la Recherche Scientifique). Depuis plusieurs décennies, il est constaté un phénomène d’érosion de cette biodiversité d’une intensité sans précédent sur l’ensemble de la planète, telle que d’ici à 2050, on estime que 38 % à 46 % des espèces animales et végétales pourraient disparaître (Boutaud). Les taux d’extinctions des différents groupes de vertébrés et des plantes ont été estimés entre 50 et 560 fois plus élevés au XXème siècle que pendant une période de 100 ans dite « hors crise » (Teyssèdre). Cette tendance s’observe également en France avec par exemple une régression d’un quart (23 %) des populations d’oiseaux communs les plus sensibles aux dégradations des écosystèmes entre 1989 et 2015 et près de la moitié (46 %) pour les populations de chauves-souris entre 2006 et 2014 (L’Observatoire Nationnal de la Biodiversité). Pour faire face à ce phénomène, différentes mesures ont été prises depuis de nombreuses années avec comme point de départ le Sommet de la Terre qui a eu lieu à Rio du 3 au 14 juin 1992. Cette conférence a été la première à placer les questions écologiques au rang des préoccupations internationales et a permis d’adopter une série de principes pour une gestion écologiquement rationnelle de l’environnement (Département de l’information). En France, des mesures ont également été prises, notamment sous l’impulsion d’une plus grande prise de conscience politique et de réglementations européennes. Ainsi en 1979, la directive Oiseaux (modifiée en 2009), a été mise en place pour promouvoir la protection et la gestion des populations d’espèces d’oiseaux sauvages du territoire européen (Parlement Européen, 2009). De même, en 1992, la directive Habitat Faune Flore (modifiée en 1997, 2003 et 2006) s’est attachée à la protection et à la gestion des espaces naturels à valeur patrimoniale (Parlement Européen, 1992).On peut encore citer en 1997 et en 2011 respectivement l’application de la convention de CITES relative à la protection des espèces par le contrôle de leur commerce (Commission Europénne) et la suspension de l’introduction dans l’Union européenne de certaines espèces de faune et de flore sauvages (Commission Européenne). Cependant, l’accélération et l’intensification de l’érosion de la biodiversité ces dernières années ont démontré que ces différentes mesures n’avaient pas eu l’efficacité attendue. Cette mise en danger des espèces a créé une nouvelle prise de conscience politique au niveau national, qui s’est traduite par la création de la loi pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages du 9 Août 2016 (Asemblée Nationale,2016) dans le but d’inverser cette tendance. Cette nouvelle loi appelle la mise en œuvre d’une stratégie nationale pour la biodiversité (SNB) qui vise à préserver, restaurer, renforcer et valoriser la biodiversité pour maintenir, à long terme, le fonctionnement des écosystèmes et leurs capacités d’adaptation et d’évolution (Direction générale de l’Aménagement du logement et de la Nature). Pour permettre d’atteindre ces objectifs, cette loi a conduit, le 1er Janvier 2017, à la création d’une nouvelle entité dédiée, l’Agence Française pour la Biodiversité (AFB) (Minitère de l’environnement, de lénergie et de la mer en charge des relations internationales sur le climat, 2016), regroupant l’Office Nationale de l’Eau et de Milieux Aquatique (ONEMA), l’établissement des Parc Nationaux, l’Agence des Aires Marines Protégées (AAMP), l’établissement Parc Nationaux de France (PNF) et le groupement d’intérêt public ATEN (Agence Française pour la Biodiversité). L’AFB a en outre pour objectif d’animer cette stratégie nationale et d’améliorer la connaissance, de protéger, de gérer, et de sensibiliser à la biodiversité terrestre, aquatique et marine. Pour atteindre ces objectifs, l’AFB tend à exercer en particulier les missions et actions de l’ancien ONEMA, étendues à l’ensemble de la biodiversité et donc au-delà des seuls milieux et espèces aquatiques (Ministère de l’Environnement de l’Energie et de la Mer).

Présentation de la Structure d’accueil 

L’Agence française pour la biodiversité (AFB) est un établissement public du ministère de la Transition Ecologique et Solidaire (MTES). Crée le 1er Janvier 2017 afin de réunir les différents acteurs publics liés à l’environnement, l’AFB regroupe alors l’Office Nationale de l’Eau et de Milieux Aquatique (ONEMA), l’établissement des Parc Nationaux (PNF), l’agence des Aires Marines Protégées (AAMP) et le groupement d’intérêt public GIP-Atelier Technique des Espaces Naturels (ATEN). Ainsi l’AFB peut lutter pour la préservation et le bon état d’un de l’ensemble des milieux et donc de la biodiversité dans son ensemble que ce soit aquatique, terrestre ou marine. Composée d’environ 1200 agents, répartis sur l’ensemble du territoire français que ce soit en métropole mais aussi en outre-mer, l’AFB a pour mission d’améliorer la connaissance, de protéger, de gérer, et de sensibiliser à la biodiversité terrestre, aquatique et marine (Ministère de l’Environnement de l’Energie et de la Mer). Cette organisation est complétée depuis sa création par l’unité mixte de service PATRINAT (AFB, CNRS, MNHN), centre d’expertise et de données sur la nature.

Les principales missions de l’AFB se déclinent au travers des actions suivantes :

• Organiser et développer les connaissances et les savoirs.
• Appuyer la mise en œuvre des politiques publiques liées à la biodiversité.
• Apporter conseils et expertises aux acteurs socio-professionnels, grâce à la recherche et l’innovation.
• Apporter des soutiens financiers à des actions partenariales.
• Mobiliser et sensibiliser la société.
• Former et structurer les métiers de la biodiversité.
• Vérifier le respect de la réglementation relative à la protection de la biodiversité avec le rôle de police de l’eau et de l’environnement.

Les 1200 collaborateurs de l’Agence française pour la biodiversité sont répartis en (Rivas et al.) :

• trois sites pour les services centraux à Brest (29), Montpellier (34) et Vincennes (94) ;
• sept directions régionales et trois directions inter-régionales qui maillent à travers quatre-vingt-douze services départementaux et trois services interdépartementaux l’ensemble du territoire;
• six antennes de façade maritime : trois en métropole et trois en outre-mer ;
• neuf parcs naturels marins : six en métropole et trois en outre-mer ;
• quatre pôles de recherche, développement et innovation, basés à Aix-en-Provence, Rennes, Orléans et Toulouse.

Ce stage, s’est déroulé au sein de la Direction Régionale Auvergne Rhône-Alpes de Bron dans le Service Production et Valorisation des Connaissances.

Matériels et Méthodes

Les données de biodiversité

Type de données

La première étape de cette étude a consisté à réaliser l’inventaire de toutes les données de biodiversité existantes sur la région Auvergne Rhône-Alpes. Cette étude ciblant l’ensemble de la biodiversité, le type de données recherchées a été le plus large possible. Ainsi, on a ciblé tous les groupes taxonomiques existant sur la région, sans exception. Cependant, ces données sont recherchées sous le format spécifique de bases de données dites « brutes », permettant une facilité d’utilisation, car ces dernières n’étaient soumises à de précédentes manipulations. Ainsi elles représentent uniquement des données observées et bancarisées dans une base de données facilement manipulable et utilisable permettant de réaliser le type d’analyse souhaité. De plus, les protocoles d’observations et les formats de données étant très différents selon les acteurs ou les groupes taxonomiques, il a semblé plus pertinent de se limiter au critère d’occurrence des espèces, en faisant abstraction de la fréquence ou de la densité des différents taxons qui auraient pu être disponibles dans certaines sources de données, notamment piscicoles. Ce choix est critiquable quant à la précision et la portée des analyses. Cependant il semble être le plus cohérent avec l’objectif de cette étude puisqu’un nombre considérable de taxons, essentiellement les moins étudiés comme par exemple les lichens (Witté et Touroult), se trouvent être uniquement renseignés en termes d’occurrence. Ainsi, pour permettre d’acquérir le plus grand nombre de données sur la biodiversité et sur l’ensemble de la région, le paramètre d’occurrence est apparu comme le plus pertinent pour cette étude. Enfin, cette recherche a aussi particulièrement ciblé les espèces à statut, que ce soit les espèces (EEE) ou les espèces protégées, qui semblent présenter une plus grande valeur indicatrice de la qualité d’un milieu (Guillain). Etudier la biodiversité sous l’angle de ces groupes fonctionnels a semblé essentiel, notamment pour tester son éventuelle capacité à classer des milieux dont les paramètres naturels (altitude, température, etc..) ou anthropiques sont très différents. On fait ainsi l’hypothèse que la proportion d’espèces exotiques envahissantes (EEE), comme de nombreuses écrevisses, ou d’espèces faisant l’objet d’un statut de protection régional ou national, (Gargominy et Demonet) apporte un gain d’information pertinent par rapport à la richesse spécifique, pour caractériser et différencier les stations étudiées. Ainsi le recours à ces paramètres permet de réaliser une analyse plus qualitative que la richesse spécifique.

Méthodologie de recueil des données 

Depuis la mise en œuvre de la stratégie nationale pour la biodiversité (SNB), la politique actuelle montre une réelle volonté de rendre disponibles et publiques les données de biodiversité au niveau national. Cette volonté s’est traduite par la mise en place en 2013 du Système d’Information de la Nature et du Paysage (SINP) géré par le Muséum d’Histoire Naturelle (Muséum d’Histoire Naturelle). Ce système d’information a pour objectif de renseigner toutes les données de biodiversité au niveau national et de les rendre disponibles afin de faciliter les échanges entre les différents acteurs (Taffoureau). Cependant, le SINP, qui devait permettre une recherche rapide et efficace de la récupération des données de biodiversité en toute autonomie, n’est actuellement pas totalement finalisé et opérationnel. On a donc préféré dans un premier temps établir l’inventaire de tous les acteurs locaux susceptibles d’avoir en leur possession des données de biodiversité afin de récolter directement les données accessibles ou, de contacter les différents acteurs pour obtenir ces dernières.

Table des matières

1 Introduction
2 Présentation de la Structure d’accueil
3 Matériels et Méthodes
3.1 Les données de biodiversité
3.2 La sélection des données
3.3 Méthodes d’analyses
4 Résultats Obtenus
4.1 Représentativité des stations
4.2 Les Données de biodiversité
4.3 Facteurs expliquant l’organisation spatiale de la biodiversité
5 Discussions
5.1 Intérêt des réseaux de suivis piscicoles
5.2 Qualité des données biodiversité
5.3 L’influence des paramètres sur la biodiversité
6 Conclusion
7 Tables des figures
8 Table des Tableaux
9 Table des Annexes
10 Bibliographie
11 Annexe

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