Influenza A aviaire et porcin

Etude basée sur la surveillance des maladies respiratoires porcines

Zone d’étude ciblée et population

Concernant cette étude, la zone d’étude a été plus restreinte, il n’y a pas eu de tirage au sort des élevages puisqu’ils ont été choisis en fonction de la définition de cas qui sera expliquée par la suite. Les communes de Bac Giang ont été selectionnées, car il s’agissait de la zone avec le plus d’élevages. Par la suite, la méthode mise en place pour obtenir des déclarations et l’application sur le terrain sera expliquée.
La population cible concernait les mêmes élevages à Bac Giang que dans l’étude de viroprévalence. Concrètement des élevages constitués d’au moins un porc (porcelet, porc en croissance ou porc à l’engrais) ont été enquêtés, et dans lesquels des porcs présentaient des symptômes grippaux (voir la définition de cas). Concernant les volailles des élevages de porcs sélectionnés, nous avons travaillé sur les mêmes bases que pour l’étude de viroprévalence, à savoir les poulets, canards, et canards de barbarie.

Définition de cas

Établir une définition de cas implique de réfléchir aux conséquences des choix effectués. En effet, si elle est trop restrictive il peut y avoir un nombre insuffisant de déclarations, et au contraire si elle ne l’est pas assez, on peut s’attendre à avoir des sur-déclarations. L’étude s’est déroulée sur une courte période, de fin mars à début mai, et ont été menés en parallèle les prélèvements de l’étude de viroprévalence, la mise en place de la surveillance avec prise de contact avec les vétérinaires locaux et les éleveurs, et les prélèvements de cette étude. Pour cela, un problème de sous-déclaration était possible, et donc il a été nécessaire d’établir une définition de cas large pour avoir un maximum de déclarations. Plusieurs points ont été définis :
– Type d’élevage : élevages de petite à moyenne taille (comme défini précédemment pour l’étude de viroprévalence).
– Signes cliniques : le critère d’alerte se base sur un syndrome respiratoire associé à un fort abattement et une hyperthermie (voir I.2.3. Aspects cliniques).
– Age : les truies sont en général immunisées et manifestent peu de signes cliniques. On s’est donc intéressé aux porcelets, porcs en croissance, et porcs à l’engrais (jusqu’à 6 mois) (Sanchez et al., 2008).
La définition de cas retenue a donc été la suivante : les élevages de petite ou moyenne taille, avec un syndrome respiratoire chez plusieurs porcs de moins de 6 mois, soit de la toux et/ou une dyspnée et/ou du jetage, associé à un fort abattement et/ou une forte hyperthermie. Cette définition était à adapter selon les résultats sur le terrain.

Déclaration des cas

Il a fallu réfléchir au meilleur moyen d’informer les acteurs de terrain et de les inciter à déclarer des cas suspects d’influenza. Il a fallu cibler quels acteurs informer, par quel moyen, et déterminer quelle offre pouvait être faite en échange de déclarations.
Les acteurs ciblés ont été les vétérinaires de commune et les éleveurs eux-mêmes. En effet, les vétérinaires de commune ont été identifiés comme les mieux placés. Tout d’abord, ils sont en contact direct avec les éleveurs, contrairement aux vétérinaires de province ou de district, et ce sont eux qui sont appelés par les éleveurs en cas de maladie et qui interviennent. Ensuite, dans les 7 communes à Bac Giang, nous avons travaillé directement avec 7 vétérinaires de commune, un nombre raisonnable. Enfin, lors des enquêtes de prévalence, nous avons été amenés à travailler aussi avec eux, ils nous accompagnaient dans les fermes pour nous présenter, et nous aidaient à réaliser les prélèvements. Ils pouvaient donc faire le lien entre les éleveurs et nous-mêmes pour la déclaration de cas. L’information devait aussi être diffusée directement au plus grand nombre d’éleveurs.
La méthode choisie a été de distribuer des fiches d’information, deux fiches ont été faites, une adaptée aux vétérinaires, et une aux éleveurs (Annexes 4 et 5). Ces fiches étant traduites en vietnamien, elles devaient être simples et concises. Sur ces fiches se trouvaient : un titre, une explication de la définition de cas, l’offre faite en échange d’une déclaration, l’explication de ce qui allait être effectué dans l’élevage, le numéro à joindre, et une brève explication du contexte dans lequel se plaçait l’étude.
L’offre à faire aux éleveurs pour les inciter à déclarer les cas a longuement été réfléchie. Plusieurs idées ont été évoquées, à savoir leur offrir une rémunération pour un appel avec confirmation des symptômes lors de la visite ou leur offrir d’effectuer le diagnostic de la maladie respiratoire. Sur des enquêtes effectuées précédemment par le CIRAD au Vietnam, il est apparu que les éleveurs étaient intéressés par les résultats des analyses concernant la grippe porcine. Donc après discussion avec nos collègues vietnamiens, il a semblé intéressant de proposer un diagnostic de la maladie respiratoire aux éleveurs, en réalisant des analyses sérologiques sur les principaux agents des maladies respiratoires porcines : Pasteurella multocida, Mycoplasma hypopneumoniae, Streptococcus suis, et PRRsV (Porcine Reproductive and Respiratory syndrome Virus). Le choix de ces analyses concernant la méthode employée a été fait après discussion avec des vétérinaires cliniciens français, les scientifiques du National Institute of Veterinary Research (NIVR) et de la faculté vétérinaire de Hanoï. Ces analyses représentaient un coût supplémentaire, mais avaient un intérêt particulier pour les éleveurs et d’un point de vue scientifique. Une adaptation au cas par cas a été cependant envisagée, à savoir rémunérer les éleveurs lorsqu’ils n’étaient pas intéressés par un diagnostic.

Taille de l’échantillon

Le nombre de fermes prélevées allaient être fonction du nombre de cas déclarés. Afin d’avoir toutes les chances de détecter du virus, pour l’échantillonnage intra-élevage des porcs et des volailles, il a été décidé de prélever tous les porcs de l’élevage, et 15 volailles.

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Table des matières

RESUME ET MOTS-CLES
ABSTRACT AND KEYWORDS
SOMMAIRE
LISTE DES TABLEAUX
LISTE DES FIGURES
LISTE DES ANNEXES
LISTE DES ABREVIATIONS
REMERCIEMENTS
Introduction
I. Filières porcine et avicole au Vietnam et contexte Influenza
I.1. Présentation de la production porcine et avicole au Vietna
I.1.1. Présentation générale du Vietnam
I.1.2. Les productions porcine et avicole au Vietnam
a) Place des cheptels porcin et aviaire au Vietnam
b) Les systèmes de production porcine et avicole
I.2. Influenza A aviaire et porcin : caractéristiques virales et contexte en Asie du Sud-Est
I.2.1. Caractéristiques virologiques
a) Structure du virus
b) Des virus très évolutifs
I.2.2. Contexte épidémiologique et écologie des virus influenza A
a) Les sous-types porcins et aviaires en Asie du Sud-Est
b) Cas de transmission de l’influenza A entre les porcs, les volailles, et l’Homme
I.2.3. Aspects cliniques et excrétion des virus influenza A
a) Chez les porcs
b) Chez les volailles
I.3. Objectifs
I.3.1. Objectifs de la thèse de C. Trévennec
I.3.2. Objectifs de l’étude virologique
II. Matériel et méthode
II.1. Zone d’étude
II.2. Choix de la période d’étude
II.3. Echantillonnage
II.3.1. Etude de viroprévalence
a) Population cible et population source
b) Taille d’échantillon
c) Tirage au sort
II.3.2. Etude basée sur la surveillance des maladies respiratoires porcines
a) Zone d’étude ciblée et population
b) Définition de cas
c) Déclaration des cas
d) Taille de l’échantillon
II.4. Elaboration du questionnaire
II.5. Prélèvements et collecte d’informations sur le terrain
II.5.1. Etude de viroprévalence
II.5.2. Etude basée sur la surveillance des maladies respiratoires porcines1
II.6. Diagnostic et analyses en laboratoire
II.6.1. Diagnostic clinique dans les fermes avec symptômes respiratoires
II.6.2. Diagnostic avec le test Flu Detect Synbiotics® dans les fermes avec symptômes
II.6.3. Diagnostic de laboratoire
a) NIVR et essai inter laboratoire
b) Extraction d’ARN et RRT-PCR sur les écouvillons de porcs et de volailles
c) Culture et isolement viral par inoculation sur oeufs embryonnés
d) Sous-typage par inhibition d’hémagglutination
e) Analyse sérologique pour les fermes avec symptômes
II.7. Résultats attendus
III. Résultats
III.1. Nombre de fermes et de prélèvements
III.2. Résultats des analyses de laboratoire
III.2.1. Résultats des tests rapides sur le terrain pour l’étude de surveillance
III.2.2. Résultats des RRT-PCR
III.2.3. Résultats sérologiques pour les fermes avec symptômes
III.3. Analyse statistique concernant la viroprévalence
III.4. Epidémiologie des syndromes grippaux
III.4.1. Place et gestion des maladies respiratoires dans les élevages enquêtés
III.4.2. Commémoratifs des maladies respiratoires dans les élevages de porcs avec symptômes
IV. Discussion
IV.1. Les biais de l’étude
IV.1.1. Biais de sélection
IV.1.2. Biais d’observation
IV.2. Hypothèses concernant les résultats négatifs
IV.2.1. Échantillonnage et période de l’étude
IV.2.2. Réalisation et analyse des prélèvements
IV.2.3. Place de l’influenza porcin dans le complexe des maladies respiratoires porcines
IV.3. Propositions pour les études ultérieures
IV.3.1. Recommandations de la FAO concernant le virus Pandemic H1N1/2009
IV.3.2. La surveillance avec définition de cas des maladies respiratoires porcines
a) Comment inciter les éleveurs et les vétérinaires à déclarer les cas ?
b) Comment établir une définition du cas suspect adaptée ?
IV.3.3. Etudes en abattoir
IV.3.4. Etude de cinétique
IV.3.5. Choix des méthodes d’analyse en laboratoire
Conclusion
BIBLIOGRAPHIE
ANNEXES