Soutenance mémoire
La pyélonéphrite aigüe est un motif très fréquent de consultation aux Urgences adultes. Les infections urinaires représentent le second site d’infection bactérienne après les infections bronchopulmonaires.
Les nouvelles recommandations de la SPILF mettent de plus en plus l’accent sur une prise en charge ambulatoire de cette pathologie notamment en réduisant le nombre d’examens complémentaires (bilan biologique, hémocultures, imagerie) dans les pyélonéphrites aigües simples. Malgré tout, cette pathologie reste un motif fréquent d’hospitalisation. L’objectif de cette thèse est d’étudier l’influence des hémocultures dans la prise en charge hospitalière des pyélonéphrites aigües afin de mettre en avant les éléments pouvant allonger ou raccourcir la prise en charge hospitalière de cette pathologie et à terme de favoriser une prise en charge ambulatoire.
Pyélonéphrite aigüe : généralités
Définition
La pyélonéphrite aigüe (PNA) est une infection bactérienne des voies urinaires hautes (supra vésicale) et du parenchyme rénal. Les infections communautaires sont principalement des infections par voie ascendante, cependant les pyélonéphrites aigües peuvent être d’origine hématogène notamment en cas de bactériémie (1). Les infections urinaires de l’adulte concernent les adultes de plus de 16 ans.
On distingue, d’après les dernières recommandations de la SPILF (2) (Société de Pathologie Infectieuse de Langue Française) en 2018, plusieurs formes de pyélonéphrites :
– Les pyélonéphrites simples
– Les pyélonéphrites à risque de complications
– Les pyélonéphrites graves .
Les facteurs de risque de complication sont les suivants : présence d’une anomalie organique ou fonctionnelle de l’arbre urinaire (lithiase, tumeur, geste urologique récent …), sexe masculin, grossesse, immunodépression grave, insuffisance rénale chronique sévère (clairance de la créatinine < 30 mL/min), sujets âgés de plus de 75 ans ou sujets âgés de plus de 65 ans avec plus de 3 critères de fragilité selon la classification de Fried (perte de poids involontaire au cours de la dernière année, vitesse de marche lente, faible endurance, activité physique diminuée). A noter que le diabète ne fait plus parti des facteurs de risque de complication.
Les critères de gravité des pyélonéphrites aigües regroupent quant à eux la gravité du sepsis (le choc septique, ou présence d’un sepsis avec score de QuickSOFA supérieur ou égal à 2), la nécessité d’un geste urologique chirurgical pouvant aggraver le sepsis en post-opératoire. Le choc septique est défini selon les critères suivant : présence d’un sepsis, nécessité de drogues vasopressives pour maintenir une pression artérielle moyenne supérieure à 65 mmHg, et des lactates supérieurs à 2mmol/L malgré un remplissage adéquat. Le score de QuickSOFA permet d’identifier un patient ayant un risque de mortalité par sepsis supérieur à 10% si celui est supérieur ou égal à 2. Il comprend 3 items : une fréquence respiratoire > 22/min, des troubles de la vigilance (confusions, score de Glasgow < 15), une pression artérielle < 100 mmHg.
Epidémiologie
Les infections urinaires sont des infections très fréquentes. Elles sont plus sévères chez l’homme que chez la femme. Il est important de noter qu’un tiers des femmes présentera une infection urinaire dans sa vie. Il existe des facteurs favorisant l’infection urinaire :
– Le sexe féminin
– La grossesse
– L’activité sexuelle
– La ménopause
– Le cathétérisme urinaire
– Anomalie sous-jacente de l’arbre urinaire .
Physiopathologie
Il s’agit le plus souvent d’une infection bactérienne se propageant jusqu’au rein à partir des voies urinaires basses. Les voies urinaires sont stériles hormis la dernière partie de l’urètre distal qui peut être colonisée par des germes de la flore digestive, cutanée ou génitale. Les micro-organismes gagnent la vessie via le flux urinaire ou la muqueuse, puis l’extension se poursuit via l’uretère jusqu’au parenchyme rénal. Dans très peu de cas, certaines pyélonéphrites peuvent être d’origine hématogène. Elles sont limitées à certains micro-organismes dont Staphylococcus aureus, Candida spp, Mycobacterium tuberculosis.
Epidémiologie bactérienne
Les pourcentages de résistance sont déterminés à partir de réseaux de surveillance en se basant sur Escherichia coli (souche la plus fréquemment retrouvée, environ 60 à 80% des germes). Cette bactérie est d’ailleurs mise en évidence dans 85 à 90% des cas de pyélonéphrites aigües. Les taux de résistance sont variables en fonction du type de patient et du type de pyélonéphrite. Le risque de résistance à l’amoxicilline – acide clavulanique est évalué à 30 – 40% dans la pyélonéphrite aigüe. Il est important de prendre en considération l’augmentation des résistances aux fluoroquinolones notamment chez les patients ayant reçu ce traitement dans les 6 derniers mois. Les céphalosporines de 3ème génération sont également concernées par l’émergence de résistance notamment par la production par les bactéries de bétalactamases à spectre étendu. Les E-BLSE sont tout de même encore sensibles à certains antibiotiques : fosfomycine-trométamol > 98%, nitrofurantoïne > 90%, pivmécillinam 70 – 90%, amikacine 90%, céfoxitime 90%, pipéracillinetazobactam > 80%. Par ailleurs, les antibiotiques de la classe des carbapénèmes demeurent toujours très efficaces sur les E-BLSE. Cependant, dans un souci d’écologie, il convient d’utiliser cette classe médicamenteuse seulement en dernier recours. Il est important d’évaluer la nécessité d’une antibiothérapie probabiliste. En effet, si l’antibiothérapie peut être différée il est préférable d’attendre les résultats de l’antibiogramme afin d’avoir le spectre le plus étroit possible.
Pour évaluer l’efficacité d’un antibiotique, il convient de prendre en considération plusieurs critères :
– L’efficacité de l’antibiotique sur la souche en cause. La souche en cause doit être sensible au traitement prescrit. Il est nécessaire de veiller à ce que l’antibiotique diffuse bien sur le site de l’infection.
– La tolérance du traitement : importance de la balance bénéfice / risque.
– L’impact écologique sur le microbiote intestinal en veillant à ce que celui-ci soit le plus faible possible. L’impact est important pour les C3G, les fluroroquinolones, l’amoxicilline-acide clavulanique et le cotrimoxazole.
Outils diagnostiques
La bandelette urinaire (BU)
La bandelette urinaire (3) permet de s’orienter vers une infection des voies urinaires. Elle est suffisante dans les cystites simples de la femme. Elle permet la détection des leucocytes dans les urines avec un seuil de sensibilité de 10⁴ /mm3 et la détection de nitrites signant la présence d’une entérobactérie (les autres bactéries fréquemment impliquées dans les infections urinaires ne produisent pas de nitrite). Le seuil de détection est de 10⁵ UFC/mL. A noter, que la bandelette urinaire a une forte valeur prédictive négative chez la femme. Il convient donc en cas de bandelette urinaire négative de rechercher un autre diagnostic. Au contraire chez l’homme, la bandelette urinaire a une forte valeur prédictive positive, et il convient de réaliser un ECBU en cas de BU positive.
Conditions de réalisation
La BU doit être réalisée sur un deuxième jet d’urine. Une toilette périnéale et un lavage soigneux des mains sont nécessaires. Il n’est pas utile d’être à jeun pour rechercher une infection urinaire. La bandelette doit ensuite être trempée dans les urines puis la lecture doit se faire à température ambiante environ 1 à 2 minutes après le trempage.
Interprétation des résultats
Une bandelette est considérée comme positive quand des leucocytes et/ou de nitrites sont détectés. A noter que la bandelette urinaire ne fait pas le diagnostic d’infection urinaire mais a seulement une valeur d’orientation.
L’examen cytobactériologique des urines (ECBU)
Il est indiqué en cas de suspicion clinique d’infection urinaire (sauf en cas de cystite simple). Une toilette antiseptique doit être réalisée avant le prélèvement. Si possible, l’antibiothérapie doit être débutée après la réalisation de l’ECBU.
Le seuil de leucocyturie pour le diagnostic d’une infection urinaire est supérieur à 10⁴ /mL (seuil pouvant varier en fonction des laboratoires). Les seuils de bactériurie varient eux en fonction de l’espèce bactérienne identifiée et du sexe du patient. Chez les femmes, il n’existe plus de distinction de seuil selon qu’il s’agit d’une cystite ou d’une pyélonéphrite aigüe. L’ECBU permet également la culture bactérienne et la réalisation d’un antibiogramme.
Afin de ne pas fausser les résultats, des conditions de transport doivent être respectées : les urines ne doivent pas être conservées plus de 2 heures à température ambiante. Cependant, elles peuvent être conservées 24 heures à 4 degrés sans modification de la bactériurie. En cas de leucocyturie abactérienne il faut évoquer : une infection urinaire décapitée par une antibiothérapie préalable, une urétrite, une vaginite, une tuberculose génitale, la présence d’un corps étranger dans l’appareil urinaire, une cystite interstitielle. A noter, que l’ECBU de contrôle n’est pas nécessaire sauf en cas d’évolution clinique défavorable.
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