Infections respiratoires ou pneumopathies nosocomiales

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Les facteurs environnementaux

Les établissements de santé constituent un environnement dans lequel se trouvent rassemblées des personnes infectées et des personnes chez lesquelles le risque d’infection est accru. Les patients atteints d’infections ou porteurs de micro-organismes pathogènes, lorsqu’ils sont hospitalisés, sont des sources potentielles d’infection pour les autres patients et pour le personnel. Ceux qui contractent une infection à l’hôpital constituent à leur tour une source d’infection. Les hôpitaux surpeuplés, les fréquents transferts de patients d’un service à l’autre et la concentration, dans un même secteur, de patients hautement vulnérables à l’infection tels que les nouveau-nés, les brûlés ou les patients en unités de soins intensifs, sont des facteurs qui contribuent tous au développement d’infections nosocomiales [28].
Les germes présents dans la flore microbienne peuvent contaminer des objets, des dispositifs médicaux et des substances qui entrent ensuite en contact avec des sites anatomiques vulnérables. De plus, de nouvelles infections associées à des bactéries, par exemple des bactéries véhiculées par l’eau (mycobactéries atypiques) et/ou à des virus ou des parasites sont régulièrement identifiées [28].
Enfin, l’architecture et la structure des services, la qualité de la maintenance de l’environnement, peuvent jouer un rôle dans le risque infectieux, et une attention particulière doit être portée, avec les services compétents de l’administration hospitalière, au cahier des charges des organismes chargés du bionettoyage, ainsi qu’à la prise en charge de l’entretien quotidien des matériels par les personnels du service [18].

Les facteurs organisationnels

L’urgence, la densité des soins et des actes nécessaires à la suppléance de fonctions vitales caractérisent la réanimation. Il est évident que plus les malades ont une affection grave, nécessitant de nombreuses suppléances, plus les actes sont nombreux, et plus les risques d’infection s’accroissent. Ce risque est d’autant plus important que les actes sont urgents et non programmés, et alors nécessairement effectués dans des conditions exposant à la rupture des procédures d’asepsie. La densité en personnel devient alors un facteur majeur de risque de survenue d’infection [18].
Il a ainsi été récemment montré qu’en réanimation, le nombre de gestes conduisant à une opportunité d’hygiène des mains dépassait fréquemment 20 par heure. Un ratio infirmières/patients inférieur à 0,5 accroît le risque de transmission croisée et d’infection de manière sensible. Les réanimateurs ne peuvent que se féliciter que les tutelles aient récemment établi des normes en personnel pour les unités de réanimation, bien que celles-ci restent en dessous des normes pratiquées chez la plupart de nos voisins européens. En tout état de cause, la plupart des services sont actuellement en deçà de ces normes récentes, en partie du fait des déficits en personnel actuellement disponibles [18].

Modalités de transmission

Source de contamination

On distingue habituellement différents modes de transmission des infections nosocomiales :
– Les infections exogènes ou hétéro infection : le malade fait une infection partir d’un germe qui lui a été transmis soit par manuportage (via le personnel de soins ou, plus rarement, directement de patient à patient, on parle d’infection croisée), soit par des matériels ou instruments mal désinfectés, soit par I’ environnement hospitalier (eau, air, surface, alimentation …). La majorité de ces infections sont évitables ; ce type d’infection est retrouvé en cas d’épidémie [5, 16, 43, 68].
– Les infections endogènes ou auto-infections : le malade fait une infection avec ses propres germes au décours d’une procédure invasive de soins (sondage vésical, cathétérisme ….) ou en raison d’une fragilité particulière [5, 16, 43, 68].
– La xéno-infection : les agents pathogènes sont transmis par des personnes venant de l’extérieur (personnel soignant, visiteur, sous-traitants et présentant eux même une pathologie infectieuse, déclarée ou en cours d’incubation [68].
– L’exo-infection : il ya un dysfonctionnement technique des matériels (filtre à air, eau, autoclave) destinés à la protection des patients [68].
Autres réservoirs possibles de contamination :
– L’eau (Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens, Clostridium difficile, Acinetobacter baumani, Legionella spp.)
– L’air (conséquence de la présence humaine, provenance cutanés ou rhino-pharyngées)
– Les médicaments contaminés
– Les matériaux médicaux
– Le linge souillé
– Les déchets
Selon les modes de transmission, la prévention repose sur des mesures spécifiques : hygiène des mains pour la transmission du manuportage, bio- nettoyage pour la contamination environnementale, ou respect des procédures de soins ou antibioprophylaxie pour les infections endogènes [5,37].

Mécanisme de transmission

La transmission peut se faire par contact, par gouttelettes et par voie aérienne.

Par contact

C’est la plus fréquente transmission nosocomiale. On distingue deux types :
– Le contact direct : il se fait avec la surface corporelle du patient ou les manoeuvres de percution ou de palpation ;
– Le contact indirect : l’interposition des différents objets entre la source et le réceptive, le toucher des objets contaminés (aiguilles, seringues, gants) [16].

Par gouttelettes

Des gouttelettes de sécrétion des voies respiratoires supérieures sont projetées au niveau des muqueuses conjonctivale, nasale ou buccale de la personne réceptive par la toux, la parole, l’aspiration des secrétions, la bronchoscopie [16].

Aérogène

Les particules sont dispersées par courant d’air très facile, inhalées par les sujets dans la même chambre ou à distance de patient qui est source de contamination [16].

LES PRINCIPALES INFECTIONS NOSOCOMIALES

La distribution des infections nosocomiales dans les services de réanimation est en général différente de celle observée dans les autres secteurs hospitaliers. Les infections nosocomiales dans les unités de réanimation polyvalente sont dominées par les infections respiratoires, les bactériémies et les infections urinaires. Les bactériémies apparaissent toujours comme la première ou la seconde infection nosocomiale la plus fréquente dans les unités de réanimation [25].

Infections respiratoires ou pneumopathies nosocomiales

La définition de la pneumopathie peut reposer sur des critères cliniques et radiologiques faciles à établir mais non spécifiques : opacités radiologiques récentes et progressives au niveau du parenchyme pulmonaire, expectorations purulentes et fièvre d’apparition récente. Le diagnostic est plus spécifique lorsqu’on peut obtenir des échantillons microbiologiques quantitatifs par bronchoscopie protégée.

Epidémiologie

Les pneumopathies nosocomiales s’observent chez plusieurs catégories de patients, principalement les patients sous ventilation artificielle dans les unités de soins intensifs, où leur taux peut atteindre 3 % par jour. La pneumopathie associée à la ventilation assistée possède un taux de létalité élevé, bien que le risque attribuable soit difficile à déterminer du fait de l’importance des co-morbidités.
Les micro- organismes colonisent l’estomac, les voies respiratoires supérieures et les bronches, et provoquent une infection pulmonaire (pneumopathie) ; parmi les risques connus figurent le type et la durée de la ventilation, la qualité des soins respiratoires, la gravité de l’état du patient (insuffisances organiques) et les antécédents d’antibiothérapie [28].
Les pneumopathies nosocomiales sont très souvent des pneumopathies acquises sous ventilation mécanique (PAVM). Les données épidémiologiques montrent une grande variabilité entre les services [21].

Diagnostic

Les Critères diagnostiques des pneumopathies nosocomiales (selon CTINLS pour l’adulte) sont :
 Les signes radiologiques
– deux clichés radiologiques ou plus avec une image évocatrice de pneumonie;
– en l’absence d’antécédents de cardiopathie ou de maladie pulmonaire sous-jacente, une seule radiographie ou un seul examen scannographique suffit.
 Les symptômes
– Et au moins un des signes suivants :
o Hyperthermie supérieure à 38°C sans autre cause ;
o Leucopénie (<4000GB/mm³) ou hyperleucocytose (>12000GB/mm³)
– Et au moins un des signes suivants (ou au moins deux des signes suivants pour le diagnostic de pneumonie possible ou clinique uniquement) ;
o Apparition de secrétions purulentes ou modifications des caractéristiques (couleur, odeur, quantité, consistance) ;
o Toux ou dyspnée ou tachypnée ;
o Auscultation évocatrice ;
o Aggravation des gaz du sang (désaturation) ou besoins accrus en oxygène ou en assistance respiratoire.

Infections du site opératoire (ISO)

Critères diagnostiques

Infection superficielle

C’est une infection survenant dans les 30 jours suivant l’intervention et affectant la peau (ou les muqueuses), les tissus sous cutanés ou les tissus situés au-dessus de l’aponévrose de revêtement, diagnostiquée par :
 Un écoulement purulent de l’incision,
 La présence de microorganisme associé à des polynucléaires neutrophiles à l’examen direct,
 L’ouverture de l’incision par le chirurgien avec la présence de l’un des signes suivants: douleur ou sensibilité à la palpation, tuméfaction localisée, rougeur, chaleur ou la présence de microorganisme isolé par culture ou culture non faite (une culture négative, en l’absence de traitement antibiotique, exclut le cas).

Infection profonde

C’est une infection survenant dans les 30 jours suivant l’intervention, ou dans l’année s’il y a eu mise en place d’un implant, d’une prothèse ou d’un matériel prothétique, affectant les tissus ou organes ou espaces situés au niveau ou au-dessous de l’aponévrose de revêtement, ou encore ouverts ou manipulés durant l’intervention, diagnostiquée par :
– Un écoulement purulent provenant d’un drain sous-aponévrotique ou placé dans l’organe ou le site ou l’espace.
– Une déhiscence spontanée de l’incision ou l’ouverture par le chirurgien et au moins un des signes suivants : une fièvre supérieure à 38◦C, une douleur localisée ou une sensibilité à la palpation, la présence de microorganisme isolé par culture, obtenue de façon aseptique, d’un prélèvement de l’organe ou du site ou de l’espace ou culture non faite.
– La présence d’un abcès ou autres signes d’infection observés lors d’une réintervention chirurgicale, d’un examen histopathologique, d’un examen d’imagerie ou d’un acte de radiologie interventionnelle [21, 25, 26, 31, 65].

Epidémiologie

Elle représente la 3ème cause d’infection nosocomiale. L’infection est en général acquise pendant l’intervention elle-même, avec une origine soit exogène (air, matériel médical, chirurgiens et autres soignants), soit endogène (flore cutanée ou flore présente sur le site opératoire ou, dans de rares cas, sang utilisé en peropératoire). Les micro-organismes infectieux sont divers, et dépendent du type et de la localisation de l’intervention et des anti-infectieux reçus par le patient [28, 31].
Il n’existe pas de données spécifiques aux services de réanimation. Dans les services de chirurgie du réseau ISORaisin, les ISO concernaient 1,46% des opérés entre 1999 et 2005. [21]

Facteurs de risque

Le principal facteur de risque est l’étendue de la contamination peropératoire (chirurgie propre, propre-contaminée, contaminée, sale), elle-même conditionnée par la durée de l’intervention et l’état général du patient. Les autres facteurs en jeu sont la qualité de la technique chirurgicale, la présence de corps étrangers (drains compris), la virulence des micro-organismes, la présence d’une infection concomitante sur un autre site, la pratique du rasage préopératoire et l’expérience de l’équipe chirurgicale [28, 31].

Prévention

Elle repose sur la réduction de la durée d’hospitalisation avant l’intervention chirurgicale, le traitement des infections préexistantes, la préparation cutanée de la zone opératoire, le lavage chirurgical des mains, l’équipement de protection, l’hygiène du bloc opératoire, la durée d’intervention opératoire, et l’asepsie postopératoire [16, 31, 36].

Infections liées au cathéter

Parmi les infections nosocomiales, quatre situations doivent être distinguées :

Contamination du cathéter

Culture positive de l’extrémité du cathéter, « non significative » en culture quantitative ou semi quantitative, en l’absence de signes locaux ou généraux d’infection.

Colonisation du cathéter

Présence d’une culture positive de l’extrémité du cathéter en quantité « significative » (plus de 15 UFC par la technique SQC ; plus de 10³UFC/ml en technique quantitative), en présence de signes généraux attribuables au cathéter. Localement, il peut exister un érythème, mais sans suppuration locale franche. La colonisation peut provenir d’un foyer à distance au même germe que celui isolé du cathéter.

Infection «clinique» sur cathéter

Présence d’une culture positive de l’extrémité du cathéter ; en présence de signes généraux ou locaux d’infection, avec régression au moins partielle des symptômes lors de l’ablation du cathéter.

Les infections « bactériémiques » sur cathéter

Présence d’une culture positive de l’extrémité du cathéter, associée à une bactériémie secondaire due au même germe que celui isolé du cathéter, en l’absence d’autre foyer infectieux au même germe [26, 31, 65, 66].

Epidémiologie

La colonisation (définie par la culture positive du cathéter sans tenir compte de l’existence éventuelle de tout signe clinique ou de données microbiologiques associés) est facile à affirmer, reproductible et plus intéressante sur le plan épidémiologique. À l’inverse, les infections locales, générales ou bactériémiques ont un intérêt clinique largement supérieur, mais ne sont pas toujours faciles à affirmer [21, 66].

Facteurs de risque

Les facteurs de risque sont l’existence d’une voie veineuse centrale, le site et la durée d’implantation, le type de matériel, l’implantation en urgence et la fréquence des manipulations de la voie veineuse avec les fautes d’asepsie que cela peut comporter [16, 25].

Les différents germes

Les bactéries

Ce sont les plus courants des agents pathogènes responsables d’infections nosocomiales. On peut distinguer :
– Les bactéries commensales présentes dans la flore normale des sujets en bonne santé. Elles jouent un rôle protecteur significatif en empêchant la colonisation par des micro-organismes pathogènes. Certaines bactéries commensales peuvent provoquer une infection si les défenses immunitaires de l’hôte sont affaiblies. Par exemple, les staphylocoques cutanés coagulase-négatifs provoquent des infections sur cathéter vasculaire et les Escherichia coli présentes dans l’intestin sont la cause la plus courante d’infections urinaires.
– Les bactéries pathogènes ont une virulence plus élevée et provoquent des infections (sporadiques ou épidémiques) quel que soit l’état immunitaire de l’hôte. Par exemple :
o Les bacilles anaérobies à Gram positif (par exemple Clostridium) provoquent la gangrène.
o Les bactéries à Gram positif : Staphylococcus aureus (bactérie cutanée qui colonise la peau et le nez du personnel hospitalier et des patients) provoquent une grande variété d’infections pulmonaires, osseuses, cardiaques et sanguines et résiste fréquemment aux antibiotiques. Les streptocoques bêta-hémolytiques sont également des agents pathogènes importants.
o Les bactéries à Gram négatif : les entérobactéries (par exemple Escherichia coli, Klebsiella, Proteus, Enterobacter, Serratia marcescens) peuvent coloniser certains sites lorsque les défenses immunitaires de l’hôte sont affaiblies (site d’insertion d’un cathéter, d’une canule, sonde urinaire) et provoquer des infections graves (infection du site opératoire, infection pulmonaire, bactériémie, infection du péritoine). Elles peuvent également être hautement résistantes.
o Les micro-organismes à Gram négatif comme Pseudomonas spp. sont souvent isolés dans l’eau et les milieux humides. Ils peuvent coloniser les voies digestives des patients hospitalisés.
o Plusieurs autres bactéries représentent un risque spécifiquement hospitalier. Par exemple, les diverses espèces de Legionella peuvent provoquer des pneumopathies (sporadiques ou endémiques) par inhalation d’aérosols impliquant de l’eau contaminée (climatisation, douches, aérosols à visée thérapeutique) [28,51].

Les virus

Il existe une possibilité de transmission nosocomiale pour de nombreux virus, notamment ceux des hépatites B et C (transfusions, dialyse, injections, endoscopie), le virus respiratoire syncytial, les rotavirus et les entérovirus (transmis par contact main bouche et par voie féco-orale). D’autres virus comme le cytomégalovirus, le VIH, le virus Ebola, les virus grippaux, les virus de l’herpès et le virus varicelle zona, sont également transmissibles [28].

Parasites et champignons

Certains parasites (par exemple Giardia lamblia) se transmettent facilement chez l’adulte et l’enfant. De nombreux champignons et autres parasites sont des agents opportunistes et provoquent des infections en cas de traitement antibiotique prolongé et d’immunodépression sévère (Candida albicans, Aspergillus spp, Cryptococcus neoformans, Cryptosporidium). Ils sont une cause majeure d’infection généralisée chez les patients immunodéprimés. La contamination de l’environnement par des germes aéroportés comme Aspergillus spp. présent dans les poussières et le sol est également préoccupante, en particulier lors de la construction d’hôpitaux.
Sarcoptes scabies (agent de la gale) est un ectoparasite qui provoque régulièrement des flambées épidémiques dans les établissements de santé [28, 51].

Les prélèvements

Les règles

Ils doivent être effectués avant toute antibiothérapie, dans des conditions strictes d’asepsie. Le détail des techniques de prélèvements varie en fonction du produit pathologique. Il faut envoyer le prélèvement au laboratoire avec des renseignements précis sur le malade et son état clinique. Il est important d’insister sur la qualité du prélèvement car celle-ci conditionne la prise en charge thérapeutique. Il faudrait faire les prélèvements au moment des pics fébriles (température supérieure à 38,5°C) ou en cas d’hypothermie (température inférieure à 35°C) et faire au moins trois prélèvements par jour pour augmenter la sensibilité. Il faut faire les prélèvements le plus tôt possible dès la suspicion [26, 31].

Les différents types de prélèvements

– Prélèvement du sang pour les hémocultures
– Examen cytobactériologique des urines
– Examen bactériologique des secrétions trachéobronchiques et pulmonaires
– Examen cytobactériologique du pus et du liquide péritonéal
– Analyse bactériologique des selles
– Examen cytobactériologique et chimique du liquide céphalo rachidien
– Examen bactériologique des prélèvements oto-rhino pharyngés et ophtalmologiques
– Prélèvements génitaux chez la femme et chez l’homme

L’examen au laboratoire

Il comprend plusieurs étapes successives qui sont :
– Un examen macroscopique qui permet d’apprécier la qualité du prélèvement ;
– Un examen microscopique qui comprend un examen direct des bactéries (morphologie, groupements, abondance et mobilité) et un examen cytologique quantitatif et qualitatif ;
– Une culture dans différents milieux ;
– Une coloration des bactéries ;
– Une identification
– Un antibiogramme qui permet de déterminer la sensibilité ou la résistance des différents germes trouvés.

La résistance des bactéries aux antibiotiques

La résistance bactérienne aux antibiotiques est un facteur majeur compliquant la chimiothérapie antibactérienne et le contrôle des maladies infectieuses et de la dissémination de souches multi résistantes.
La résistance peut être naturelle ou acquise.

Notions de résistance

Chaque antibiotique possède un spectre d’activité, c’est à dire un éventail d’espèces bactériennes sensibles qu’il peut inhiber à certaines concentrations. Une espèce qui n’entre pas dans le spectre d’activité d’un antibiotique, est dite résistante. Il existe deux types de résistance :

Résistance naturelle

La résistance naturelle est une caractéristique propre appartenant à l’ensemble des souches d’une espèce bactérienne ou d’un même genre bactérien. Son support est génétique, généralement chromosomique. Son mécanisme est cependant variable.

Résistance acquise

La résistance acquise ne s’applique qu’à certaines souches au sein de la même espèce bactérienne. Elle apparaît chez quelques souches d’une espèce normalement sensible à un antibiotique. Elle est due à une modification génétique: mutation ou apport de matériel génétique étranger.

Mécanismes de résistance

Quatre mécanismes principaux sont responsables de la résistance aux antibiotiques. Il s’agit de modifications de la cible des antibiotiques, de la diminution de la perméabilité bactérienne, de la synthèse d’enzymes inactivant les antibiotiques et du support génétique [25].

Table des matières

PREMIERE PARTIE
1. GENERALITES
1.1. Epidémiologie
1.2. Facteurs de risque
1.2.1. L’hôte
1.2.2. Les facteurs environnementaux
1.2.3. Les facteurs organisationnels
1.3. Modalités de transmission
1.3.1. Source de contamination
1.3.2. Mécanisme de transmission
1.3.2.1. Par contact
1.3.2.2. Par gouttelettes
1.3.2.3. Aérogène
2. LES PRINCIPALES INFECTIONS NOSOCOMIALES
2.1. Infections respiratoires ou pneumopathies nosocomiales
2.1.1. Définition
2.1.2. Epidémiologie
2.1.3. Diagnostic
2.1.4. Facteurs favorisants
2.1.5. Prévention
2.2. Infections urinaires nosocomiales
2.2.1. Définition
2.2.2. Epidémiologie
2.2.3. Facteurs de risque
2.2.4. Prévention
2.3. Infections du site opératoire (ISO)
2.3.1. Critères diagnostiques
2.3.1.1. Infection superficielle
2.3.1.2. Infection profonde
2.3.2. Epidémiologie
2.3.3. Facteurs de risque
2.3.4. Prévention
2.4. Infections liées au cathéter
2.4.1. Définition
2.4.1.1. Contamination du cathéter
2.4.1.2. Colonisation du cathéter
2.4.1.3. Infection «clinique» sur cathéter
2.4.1.4. Les infections « bactériémiques » sur cathéter
2.4.2. Epidémiologie
2.4.3. Facteurs de risque
2.4.4. Prévention
2.5. Bactériémies nosocomiales
2.6. Autres types d’infections nosocomiales
3. MICROBIOLOGIE
3.1. Les différents germes
3.1.1. Les bactéries
3.1.2. Les virus
3.1.3. Parasites et champignons
3.2. Les prélèvements
3.2.1. Les règles
3.2.2. Les différents types de prélèvements
3.4. La résistance des bactéries aux antibiotiques
3.4.1. Notions de résistance
3.4.1.1. Résistance naturelle
3.4.1.2. Résistance acquise
3.4.2. Mécanismes de résistance
DEUXIEME PARTIE
1. PATIENTS ET METHODES
1.1. Cadre d’étude
1.1.1. Les locaux
1.1.2. Le personnel
1.1.3. L’organisation des soins
1.2. Type et durée d’étude
1.3. Patients
1.3.1. Critères d’inclusion
1.3.2. Critères de non inclusion
1.4. Méthodologie
1.4.1. Sources de données
1.4.2. Paramètres étudiés
1.4.2.1. Les données socio-démographiques
1.4.2.2. Les données clinques
1.4.2.3. Les données bactériologiques
1.4.2.4. L’antibiothérapie
1.4.3. Analyse des données, données quantitatives et qualitatives
2. RESULTATS
2.1. Incidence
2.2. Les données socio-démographiques
2.2.1. Le sexe
2.2.2. L’âge
2.3. Les données cliniques
2.2.3. Pathologie sous jacente
2.2.4. Délai d’apparition des signes d’infection
2.2.5. Principaux signes retrouvés
2.2.6. Prélèvements réalisés
2.2.7. Foyers infectieux
2.4. Bactériologie
2.4.1. Germes isolés
2.4.1.1. Germes isolés aux prélèvements bronchiques
2.4.1.2. Germes isolés aux hémocultures
2.4.1.3. Germes isolés aux urocultures et bouts de sonde
2.4.1.4. Germes isolés dans les prélèvements de pus
2.4.1.5. Germes isolés sur les bouts de cathéter
2.4.1.6. Germes isolés dans les prélèvements de liquide péritonéal
2.4.1.7. Répartition selon le type de germe
2.4.2. Sensibilité des germes isolés aux antibiotiques
2.4.2.1. Profil de sensibilité de Klebsiella
2.4.2.2. Profil de sensibilité de Staphylococcus aureus
2.4.2.3. Profil de sensibilié de Pseudomonas aeruginosa
2.4.2.4. Profil de sensibilité d’Escherichia coli
2.4.2.5. Profil de sensibilité d’Acinetobacter baumani
2.4.2.6. Profil de sensibilité d’Acinetobacter spp
2.4.2.7. Profil de sensibilité des Bacilles Gram Négatif non fermentaires .
2.4.2.8. Profil de sensibilité d’Enterobacter spp
2.5. L’antibiothérapie
2.5.1. L’antibiothérapie de première intention
2.5.2. L’antibiothérapie de deuxième intention
2.6. Evolution
2.6.1. Evolution favorable
2.6.2. La mortalité
2.6.3. La durée moyenne d’hospitalisation
3. DISCUSSION
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXE

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