INFECTION EQUINE PAR LE VIRUS WEST NILE

Virus WN

Le WNV appartient au groupe IV, à la famille des Flaviviridae, genre flavivirus [40-44]. Le WNV fait partie du sérocomplexe antigénique de l’encéphalite japonaise. Ce complexe comprend également le virus de la dengue, le virus de la fièvre jaune, le virus de l’encéphalite de Saint Louis, le virus de l’encéphalite japonaise, le virus Zika et le virus de l’encéphalite de Murray Valley [45, 46]. On le retrouve à la fois dans les régions tempérées et dans les régions tropicales. Le WNV est de forme sphérique [figure 1 : A] avec une nucléocapside ayant une symétrie icosaédrique, mesure entre 45 – 50 nm de diamètre, est enveloppé par une couche lipidique entourant une nucléocapside [figure 1 : B] de 25 – 30 nm de diamètre (enveloppe protéinique hélicoïdale) et d’environ 11 kb [40, 11, 13].

Mode de transmission du WNV

Le principal mode de transmission est vectoriel. Les vecteurs ornithophiles transmettent le WNV entre les oiseaux tandis que les vecteurs « ponts » le transmettent vers l’Homme et les chevaux après avoir piqué auparavant un oiseau porteur de virus [figure 8] [12, 40, 41, 43]. Les espèces les plus sensibles sont surtout les oiseaux mais aussi les équidés et les humains. La virémie chez l’Homme et le cheval est courte et de faible amplitude. Ainsi, on considère qu’il n’y a généralement pas de transmission de cheval à cheval ni de cheval à l’Homme ou inversement [13, 48], même à travers un moustique vecteur car la virémie n’est en général pas suffisamment forte pour infecter des vecteurs. Ainsi, les Hommes et les équidés sont considérés comme des « culs-de-sac » épidémiologiques. Une transmission interhumaine peut se produire lors d’une transfusion sanguine [101-103], de transplantation d’organe [103-106], lors de l’allaitement [107, 108] ou encore par voie transplacentaire [109, 110] [Figure 7]. Le virus infecte aussi d’autres espèces animales telles que les reptiles, les chiens, les petits ruminants, les amphibiens, les lémuriens…mais leurs infections sont sporadique et peu régulières et ils ne sont généralement pas considérés comme jouant un rôle important dans le cycle de transmission du WNV [81, 111].

Détection génomique du WNV

Il est à noter, en préambule que l’exploration directe par amplification génique est moins appropriée que les techniques de sérologie. Généralement, dans les infections à VWN, la virémie (présence du virus dans le sang circulant) est faible et fugace. Elle est donc terminée au moment de l’apparition des signes cliniques, ou indétectable par les tests biologiques actuellement disponibles. Le WNV étant un virus à ARN (acide ribonucléique), une extraction ARN suivie d’une réaction de RT (Reverse Transcription) est nécessaire avant de passer à l’étape de PCR (Polymerase Chain Reaction). La RT-PCR est une technique rapide, spécifique et sensible pour détecter le WNV dans les tissus infectés, frais et non fixés, que sont le cerveau et la moelle épinière, le sang et l’urine [166]. Plusieurs systèmes de détection capables de détecter l’ensemble des 8 lignées génétiques décrites ou celles appartenant à seulement certaines de ces lignées génétiques ont été développés aussi bien en PCR conventionnelle [167, 168] qu’en PCR en temps réel [169]. La détection directe par isolement viral (culture) reste possible mais longue (plus d’une semaine), et nécessite un laboratoire de confinement de haute sécurité niveau 3 (BSL-3).

Test de confirmation MIA/Luminex

60 échantillons, dont 50 positifs et 10 négatifs, déjà testés en ELISA ont été retestés en microsphère Luminex. Les 10 sérums négatifs appartenaient aux chevaux séronégatifs avant et après la saison des pluies. Parmi les 50 échantillons positifs, 36 correspondent aux chevaux trouvés séropositifs avant le début de la saison des pluies et 14 correspondent aux chevaux ayant séroconverti au cours de la saison des pluies. La technique d’analyse a été citée dans la partie rappels pour le diagnostic sérologique (cf : chap VI.2.1). Cette technique utilise des billes magnétiques : JEV, WNV, TBEV, E. Un seuil a été calculé pour chaque bille (JEV= 54, WNV= 55, TBEV= 61, E= 17). Si la valeur donnée de l’échantillon/CP (contrôle positif) est supérieure à un seuil d’une des billes, cela veut dire qu’un anticorps dirigés contre ce virus est présent dans le sérum du cheval. Quel que soit le flavivirus considéré, la bille sE sera positive.

Résultats des écuries incluses dans l’étude

Au sein des 12 districts inclus dans la zone d’étude, 8 éleveurs ou propriétaire n’ont pas accepté que leurs chevaux soient prélevés malgré notre assurance que la méthode de prélèvement serait réalisée dans de bonnes conditions sanitaires et nos explications sur les avantages pour la surveillance des maladies équines. Les poulains recensés ayant moins de 4 mois étaient aussi exclus de l’étude du fait de leur possible immunité maternelle. Au final, le nombre d’écuries prélevées avant la saison des pluies était de 30 dans lesquelles ont été répartis les 257 chevaux prélevés. Sur les 257 chevaux prélevés, 254 prélèvements ont été analysés car pour trois prélèvements le volume prélevé était insuffisant.

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Table des matières

INTRODUCTION
PREMIERE PARTIE : RAPPELS
I. Historique
II. Virologie
II.1 Virus WN
II.2 Génome viral
II.3 Cycle du virus : réplication
II.4 Propriétés physico-chimiques
II.5 Phylogénie
III. Répartition géographique
III.1 Afrique
III.2 Europe
III.3 Amérique
IV. Epidémiologie
IV.1 Réservoirs
IV.2 Vecteurs
IV.3 Mode de transmission du WNV
IV.4 Facteurs de risques
V. Etude clinique
V.1 Chez l’Homme
V.2 Chez les animaux
VI. Diagnostic
VI.1 Diagnostic différentiel chez le cheval
VI.2 Diagnostic de laboratoire
VII. Traitement
VIII. Prévention
VIII.1 Mesures préventives générales
VIII.2 Vaccination
DEUXIEME PARTIE : METHODES ET RESULTATS
I. Méthodes
I.1 Présentation de la zone d’étude
I.2 Type d’étude
I.3 Période et durée de l’étude
I.4 Population d’étude
I.5 Critère d’inclusion et d’exclusion
I.6 Variables étudiées
I.7 Collectes des données
I.8 Mode d’analyse des prélèvements
I.9 Traitement et analyses des données
I.10 Considérations éthiques
II. Résultats
II.1 Résultats du recensement
II.2 Résultats des écuries incluses dans l’étude
II.3 Séroprévalence
II.4 Séroconversion
II.5 Résultats du test de confirmation : MIA/Luminex
II.6 Facteurs de risques
II.7 Symptômes cliniques
TROISIEME PARTIE : DISCUSSION
I. Originalité de l’étude
II. Recensement
III. Moyen de diagnostic
IV. Résultats des analyses sérologiques : séroprévalence et séroconversion
IV.1 Prévalence
IV.2 Incidence
IV.3 Comparaison avec d’autres études
V. Résultats des analyses des facteurs de risque associés à l’exposition
V.1 Analyse univariée
V.2 Analyse multivariée
V.3 Comparaison avec d’autres études
VI. Résultats de la validité des modèles statistiques
VII. Les portées des résultats
CONCLUSION
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES
ANNEXES