Soutenance mémoire
Une épidémie de pneumonies d’agent pathogène inconnu a émergé à la fin du mois de décembre 2019 dans la ville de Wuhan (province de Hubei, Chine). Le 9 janvier 2020, la découverte d’un nouveau coronavirus le SARS-CoV-2 a officiellement été annoncée par les autorités sanitaires chinoises et l’Organisation mondiale de la santé. Ce nouveau virus est l’agent responsable de cette nouvelle maladie infectieuse respiratoire appelée la COVID-19. (1) Les coronavirus sont une grande famille de virus qui provoquent des maladies allant du simple rhume à des maladies plus graves telles que le Syndrome Respiratoire du Moyen-Orient (MERS-CoV, responsable d’une épidémie en 2012 en Arabie Saoudite) et le Syndrome Respiratoire Aigu Sévère (SRAS-CoV-1, responsable d’une épidémie en 2003). En ce qui concerne les infections à SARS-CoV-2 confirmées, les maladies signalées vont de personnes asymptomatiques à des personnes présentant des formes graves et l’infection est létale dans environ 1% des cas. Le 24 janvier 2020, 3 premiers cas ont été déclarés sur le sol français et le 11 mars l’OMS a qualifié la COVID-19 de pandémie. (2,3) Le 31 décembre 2020, date à laquelle ont été bornées les données épidémiologiques dans le cadre cette thèse, on dénombrait en France plus de 2,6 millions de cas et 64632 morts. (2) Les autorités de santé publique ont activé les plans de préparation pandémique, pour endiguer l’épidémie nécessitant une coordination étroite entre cliniciens et autorités de santé publique au niveau local, étatique et mondial, et la diffusion rapide des données cliniques. Devant l’avancée de l’épidémie en France, le pays a été placé en confinement le 17 mars pour limiter la progression du virus et la saturation du système de soins hospitaliers (notamment des places en réanimation). (3) Dans ce contexte, les médecins de premiers recours, qui peuvent se sentir parfois isolés, ont une place stratégique pour améliorer la prise en charge et limiter les conséquences de cette nouvelle maladie. Cette situation exceptionnelle a conduit à un rapprochement des professionnels de santé de la région sud Manche au travers d’un groupe de discussion créé spontanément via l’application de messagerie Whatsapp® afin de partager le vécu de cette crise et se tenir mutuellement informés en pouvant échanger des documents scientifiques. L’idée de réaliser des webconférences animées par Pr Emmanuel Piednoir (Infectiologue au CHAG) est survenue au décours de ces discussions afin d’échanger au plus près de la crise et des attentes des professionnels de santé qu’ils exercent en ville ou à l’hôpital.
Infection à SARS-CoV-2
Le virus
Taxonomie
Le SARS-CoV-2 est un coronavirus, les coronavirus sont responsables d’anthropozoonoses, c’est-à-dire qu’ils peuvent se transmettre de l’animal à l’homme. Ils forment un grand groupe de virus infectant généralement les mammifères et les oiseaux, et entraînant diverses maladies mortelles (maladies respiratoires, gastro-intestinales, du système nerveux central). Le terme coronavirus fait référence à la famille des Coronaviridae et à la sous-famille des Coronavirinae. Selon la taxonomie actuelle, les Coronavirinae sont subdivisés en quatre genres nommés Alpha-, Beta-, Gamma- et Deltacoronavirus .
En 2020 on compte sept coronavirus humains décrits :
• Deux coronavirus dits « classiques » : HCoV-OC43 et -229E, identifiés dans les années 1960.
• Deux coronavirus dits « nouveaux » : HCoV-NL63 et -HKU1, car ils ont été identifiés plus récemment, au début des années 2000.
Ces quatre premiers HCoV sont ubiquitaires et habituellement associés à des infections respiratoires hautes et basses peu sévères chez l’immunocompétent.
• Trois HCoV émergents : le SARS-CoV-1, le MERS-CoV, et le SARS-CoV-2 qui sont les seuls à être associés à un syndrome de détresse respiratoire aigu.
Les HCoV-229E et -NL63 appartiennent au genre Alphacoronavirus. Les cinq autres coronavirus humains appartiennent au genre Betacoronavirus qui est lui même subdivisé en quatre clades nommés A, B, C et D. Les HCoV-HKU1 et -OC43 sont inclus dans le clade A, le SARS-CoV-1 et le MERS-CoV appartiennent aux clades B et C respectivement. Le SARS-CoV-2 est classé dans le même sous-genre, Sarbecovirus, que le SARS-CoV-1 et celui des chauves-souris (type SARS). Le séquençage génomique a montré que le SARS-CoV-2 était étroitement lié aux bêta coronavirus détectés chez les chauves-souris, mais différent du SARS-CoV-1.
Le SARS-CoV-1 et le MERS-CoV étaient transmis à l’homme par des hôtes intermédiaires, respectivement par les civettes et par les dromadaires avec pour réservoir naturel des chauvessouris. Concernant le SARS-CoV-2 le réservoir semble être la chauve-souris mais la transmission à l’homme parait s’être faite via un réservoir animal intermédiaire qui n’est pas connu pour le moment. L’infection liée au SARS-CoV-2 témoigne donc d’une adaptation de souches virales animales à l’homme. Cette évolution permet la transmission interhumaine directe. De nombreux coronavirus connus chez les animaux circulent sans infecter l’homme.
Description
Les coronavirus sont de grands virus dont la taille varie de 80 à 200 nanomètres (nm), à ARN à brin positif, enveloppés et pléomorphes. L’observation en microscopie électronique révèle des projections d’environ 20 nm à la surface du virus . Ces projections sont constituées par la protéine de surface S ou Spike . Celle-ci est ancrée dans la membrane virale et lui donne un aspect de couronne d’où le nom de ce virus, le terme « corona » signifiant « couronne » en latin. Cette protéine S sert de médiateur pour l’entrée du virus dans les cellules hôtes. En plus de la protéine S, la particule virale est constituée par trois autres protéines structurales : la protéine de la nucléocapside N dans laquelle loge le génome, la protéine de membrane ou matrice M et la protéine d’enveloppe E qui joue un rôle important dans l’assemblage du virus. Les Betacoronavirus de clade A dispose d’une protéine supplémentaire HE, qui forme une seconde rangée de projection à la surface du virion.
Les coronavirus sont capables de muter et de se recombiner et donc de s’adapter à de nouveaux environnements avec une relative facilité. Ainsi, ils peuvent affecter de nouveaux hôtes et de nouveaux tissus. Bien que ce soit rarement le cas, certains coronavirus qui n’affectent généralement que certaines espèces animales peuvent générer de nouvelles souches qui peuvent passer à l’homme et se transmettre ensuite entre humains. Comme l’homme n’a jamais été exposé à de tels virus, il n’est pas protégé, ni par l’immunité naturelle, ni par une possible vaccination (il n’existait pas de vaccin contre les coronavirus avant 2021). Ces mutations peuvent donc rapidement conduire à des épidémies voire des pandémies. C’est le cas avec le SARS-CoV-2.
Historique des épidémies précédentes à coronavirus
Les coronavirus classiques et nouveaux (HcoV-229E, NL63, OC43 et HKU1)
Ils sont ubiquitaires et ont une circulation bien établie dans la population humaine sous forme d’épidémies saisonnière en automne et en hiver dans les régions tempérées de l’hémisphère nord. Ils représenteraient avec les rhinovirus, la majorité des infections respiratoires aiguës hautes (de type rhinite), soit 5 à 10% des détections virales respiratoires. Cependant les symptômes induits étant majoritairement bénins, chaque individu peut rencontrer l’un de ces virus sans qu’il ne fasse l’objet d’un diagnostic viral. Une étude en 2008 montrait que plus de 90 % d’un groupe de 196 adultes représentatifs de la population général avait été exposé aux HCoV-OC43, -229E et -NL63, et une proportion plus faible de 59,2 % avait été exposée à HcoV-HKU1. (10) Les coronavirus sont à l’origine de 2 à 7 % des hospitalisations consécutives à une infection aiguë du tractus respiratoire, notamment chez les enfants et les personnes âgées ou immunodéprimées. La séroconversion vis-à-vis de ces coronavirus a lieu dans les trois premières années de la vie chez la plupart des enfants. Les réinfections sont fréquentes tout au long de la vie. (4,5) Les symptômes sont non spécifiques et varient selon les patients, le plus souvent il s’agit d’une rhinite ou d’une rhinopharyngite. Les pathologies induites par ces différents coronavirus sont similaires et le tableau clinique seul ne permet pas de les distinguer entre eux ou par rapport à d’autres virus respiratoires (rhinovirus, virus Influenza, métapneumovirus, virus syncytium respiratoire, virus para influenza). Des infections plus sévères voire mortelles peuvent survenir chez les personnes âgées, les jeunes enfants et les patients immunodéprimés (par exemple des bronchiolites et des broncho-trachéites dues au HcoV-NL63 chez des nourrissons (11) des pneumonies communautaires dues au HCoV-HKU1 chez des personnes âgées ou présentant une pathologie sous-jacente).
L’épidémie de SARS-CoV-1
En novembre 2002 dans le sud de la Chine (dans la région de Canton), une vague de pneumonies atypiques et non liées épidémiologiquement a touché au moins 11 personnes donnant naissance à au moins deux clusters épidémiques dans cette région au cours de l’hiver 2002-2003. En février 2003, un médecin ayant soigné des patients infectés par le SARS-CoV-1 à l’hôpital de Zhongshan (proche de Canton) a transmis le virus lors d’un voyage à Hong-Kong à des clients de l’hôtel où il séjournait ce qui a probablement été à l’origine de la propagation de l’épidémie lorsque les personnes infectées sont rentrées dans leur pays respectifs (notamment au Vietnam, au Canada et aux USA). (13) La conséquence a été une épidémie de 144 jours qui a touché 29 pays. En mars 2003, l’OMS a déclenché une alerte mondiale devant la propagation du SARS-CoV-1 dans le monde (figure 4). HongKong a été particulièrement frappée en mars-avril 2003 avec deux épidémies majeures :
• la première s’est révélée à l’Hôpital Prince of Wales de Hong-Kong, entraînant 156 cas (14)
• la seconde occasionnant 321 cas, des résidents d’un complexe d’appartement, l’Amoy Gardens, contaminés à partir d’un seul cas index, un patient suivi à l’Hôpital Prince of Wales .
Le SRAS désigne la pathologie induite par le SARS-CoV-1. Le virus se transmet par gouttelettes et la période d’incubation varie de 2 à 14 jours. Il se présente comme un syndrome pseudo-grippal qui dans 80% des cas guéri spontanément au bout d’une semaine. Les premiers symptômes observés sont donc une fièvre supérieure à 38°C, et un syndrome respiratoire modéré. Certains patients présentent une toux, des céphalées, des maux de gorge, une asthénie et parfois des troubles digestifs avec notamment de la diarrhée. Quelques cas d’infections sont asymptomatiques. L’évolution peut entraîner en quelques jours un syndrome de détresse respiratoire aiguë pouvant nécessiter une aide respiratoire.
Aucun traitement antiviral ni aucun vaccin ne sont disponibles actuellement. Le traitement est symptomatique et la prévention repose sur les mesures d’hygiène, d’isolement et de dépistage pour limiter un maximum la propagation de la maladie.
L’OMS a déclaré la fin de l’épidémie en juin 2003. Le SRAS aurait infecté plus de 8000 personnes dont 774 sont décédées, essentiellement en Chine, soit un taux de mortalité global de 10% et de plus de 50 % chez les seniors. (16) L’épidémie de SARS-CoV-1 a été contrôlée grâce à des mesures sanitaires drastiques comprenant la fermeture des frontières ce qui a entraîné un coût économique important notamment pour l’Asie estimé entre 40 et 54 milliards de dollars.
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Table des matières
1. Introduction
2. Infection à SARS-CoV-2
2.1. Le virus
a) Taxonomie
b) Description
2.2. Historique des épidémies précédentes à coronavirus
a) Les coronavirus classiques et nouveaux (HcoV-229E, NL63, OC43 et HKU1)
b) L’épidémie de SARS-CoV-1
c) Dix ans plus tard la pandémie de MERS-CoV
2.3. Historique de l’épidémie de SARS-CoV-2
a) Chronologie d’une pandémie mondiale
b) Sur le territoire français
c) Localement dans la Manche
2.4. Données épidémiologiques
a) Modes de transmission
b) Durée d’incubation
c) Contagiosité
d) Fréquence des formes asymptomatiques
e) Personnes à risque de formes graves
f) Définition des formes sévères
g) Caractéristiques démographiques et taux de létalité
2.5. Histoire naturelle de l’infection à SARS-CoV-2
a) Manifestations cliniques
b) Manifestations biologiques
c) Manifestations radiologiques
d) Diagnostic
e) Traitement
f) Prévention
3. Matériel et méthode
3.1. Contexte
3.2. Objectif
3.3. Typologie de l’étude
3.4. Population de l’étude
3.5. Questionnaire
a) Description de la population étudiée
b) L’impact du contenu des webconférences
c) La perception du rôle de l’infectiologue
d) La communication ville-hôpital
3.6. Déroulement de l’enquête et recueil des données
3.7. Analyse des données
a) Analyse quantitative
b) Analyse qualitative
4. Résultats
4.1. Caractéristiques de la population
a) Sexe (Question 1)
b) L’âge (Question 2)
c) Caractéristiques du mode d’exercice (Questions 3 à 9)
4.2. Réponses concernant la crise de la COVID-19
a) La crise du CORONAVIRUS a-t-elle-modifié votre perception de la prévention du risque infectieux ? (Question 10)
b) Pensez-vous que cette crise va sensibiliser durablement aux gestes barrières ? (Au-delà du Coronavirus, dans les contextes de maladies hivernales…) (Question 11)
c) De quelle façon la crise a-t-elle modifié votre perception de la vaccination ? (Question 12)
d) Les mesures de prévention de l’antibiorésistance reposent sur le bon usage des antibiotiques et la prévention de la transmission croisée. Pensez-vous que cette crise aura un impact positif au long terme sur : (Question 13)
e) Avez-vous trouvé pertinent d’être informé de l’épidémiologie locale (nombre de cas hospitalisés, nombre de cas en réanimation…) ? (Question 14)
f) Avez-vous trouvé efficient d’être informé sur l’évolution des organisations hospitalières ? (Question 15)
g) Ces webconférences ont-elles eues une influence sur votre pratique en matière de : (Question 16)
h) Concernant l’utilisation de sites internet d’aide à la décision médicale (Questions 17 et18)
i) Comment évaluez-vous les webconférences auxquelles vous avez participé ? (Question 19)
4.3. Réponses concernant l’après crise de la COVID-19
a) De quelle façon la crise du CORONAVIRUS a-t-elle-modifié votre perception de la spécialité d’infectiologue dans votre secteur d’activité ? (Question 20)
b) Après cette crise, pensez-vous faire plus souvent appel à l’infectiologue de votre secteur ? (Question 21)
c) Pensez-vous qu’un infectiologue puisse être aidant dans votre pratique courante à venir ? (Question 22)
d) Que pensez-vous de la disponibilité de l’infectiologue pour obtenir un avis ? (Question 23)
e) Lorsque vous sollicitez un infectiologue, vous attendez-vous à obtenir facilement? (Question 24)
4.4. Concernant le mode decommunication
a) Ces webconférences peuvent-elles être un mode de communication ville-hôpital efficient ? (Question 25)
b) Souhaitez-vous que le CHAG communique plus souvent sur ce mode ? (Question 26)
c) Jugez-vous intéressant de pérenniser le lien entre professionnels via des groupes de discussion type WatsApp® ? (Question 27)
d) Pensez-vous qu’il serait souhaitable de mettre en place un réseau de ville rapidement mobilisable en cas de crise ? (Question 28)
e) Quel lien souhaiteriez-vous voir développer entre le monde hospitalier et la médecine de ville ? (Question 29) (Annexe 3)
f) Commentaire libre (Question 30) (Annexe 4)
5. Discussion
6. Conclusion
