Indications et techniques de prélèvement de fèces

INDICATIONS ET TECHNIQUES DE PRÉLÈVEMENT DE FÈCES

Indications Elles sont nombreuses. Le prélèvement de fèces est particulièrement indiqué lors de diarrhée néonatale. Ainsi, il est possible de déterminer l’étiologie de la diarrhée. De même, il a un certain intérêt dans le cas des diarrhées de l’adulte en particulier lors de suspicion de salmonellose qui est une zoonose. Des cas d’amaigrissement avec ou sans diarrhée sont une indication de prélèvement de fèces en vue de la recherche de paratuberculose.

Les fèces peuvent également être prélevées en vue de la réalisation d’une coproscopie, d’une part toujours dans le cas de diarrhée pour la recherche de parasite hépato-digestif mais aussi dans le cas d’animaux qui ont une croissance ralentie et une baisse de production. Il ne faut pas oublier qu’on peut aussi l’utiliser dans le cadre de la recherche de Dictyocaulus viviparus. C’est une indication qui redevient d’actualité, car on s’en est peu préoccupé ces dernières années et avec une saisonnalité moins marquée due à des hivers de plus en plus doux, on assiste à une résurgence de ce parasite [27, 91]. Les coproscopies ont aussi pour intérêt de permettre de savoir quelle vermifugation pratiquer sur les différentes classes d’âge d’un cheptel.

Technique La technique est simple : elle consiste chez l’animal adulte à prélever des fèces à l’aide d’un gant de fouille directement dans le rectum lors d’un examen transrectal. Chez le veau, il faut stimuler la défécation à l’aide d’un thermomètre ou avec un doigt ganté. On met ensuite les fèces dans un pot stérile pour les transporter. Pour une recherche de germes anaérobies, il faut remplir le pot à ras bord et le fermer aussitôt.

Bonnes pratiques Il est important de ne pas prélever sur le sol pour éviter les contaminations bactériennes et parasitaires. En effet, le sol est plein de bactéries (ce qui gênerait une culture) et de nématodes libres (ce qui pourrait induire une confusion avec des espèces pathogènes).

Il faut suivre les règles de préparation et d’envoi de l’échantillon. On place les fèces dans un pot et on ne les laisse pas dans le gant. Cela permet de répondre aux règles de l’hygiène et évite une contamination zoonotique avec la salmonellose par exemple. Le tube digestif étant naturellement colonisé par des bactéries, il faut vérifier que la bactérie supposée pathogène l’est vraiment. Par exemple, quand on trouve un Escherichia coli (E. coli), il est nécessaire de rechercher d’éventuels facteurs de virulence, la plupart des biotypes étant saprophytes.

Pour une recherche coprologique, il faut conserver l’échantillon entre 2 et 8°C car les parasites sont susceptibles de mourir ou d’évoluer. Il n’y a plus que 15% des Dictyocaulus viviparus présents au départ au bout de 24h à température ambiante (et aucun après 70h) [27]. Les Giardies meurent en une ou deux heures lorsqu’elles sont sous la forme de trophozoïtes. [14]. De plus, il faut choisir avec soin la technique utilisée. Il faut éviter la technique de flottaison pour rechercher des œufs de Fasciola hepatica car ceux-ci sont très denses et on aurait une faible sensibilité [14]. De plus, lors de l’interprétation des résultats, il est nécessaire de savoir que la plupart des parasites sont excrétés par intermittence. C’est le cas par exemple des œufs de la grande douve qui sont excrétées lors de la vidange biliaire. Il faut réaliser 3 prélèvements à 48h d’intervalle lors de la recherche de Giardia pour conclure que l’animal est négatif.

Le choix des animaux à prélever est également important pour augmenter la sensibilité des analyses. S’il n’y a qu’un animal concerné, on prélève celui-ci. S’il s’agit d’une épidémie sur des veaux, on prélève plusieurs animaux. On choisit des animaux diarrhéiques et des animaux apparemment sains qui sont en contact avec les animaux malades. On augmente le coût de la recherche mais on augmente en même temps la sensibilité [67]. S’il s’agit d’un sondage avec pour objectif de mettre en place un traitement antiparasitaire, on prélève plusieurs animaux de chaque classe d’âge et on fait un mélange des échantillons pour chacune des classes. Ainsi, on peut traiter spécifiquement les différentes catégories d’animaux.

Lors de Dictyocaulose, des formes immatures peuvent provoquer un syndrome respiratoire aigu, ce qui exclut la détection d’œufs dans les fèces [27]. Enfin, on peut noter que les méthodes de diagnostic en matière de paratuberculose sont toutes tardives et peu sensibles (à part la biopsie), ce qui oblige à combiner plusieurs méthodes.

Il est possible de pratiquer de nombreux examens sur les fèces. C’est un prélèvement qui concerne pratiquement les problèmes digestifs et en particulier les diarrhées, mais il est parfois utile pour les maladies respiratoires ou lors de perte de production ou d’état. Ce prélèvement a aussi un intérêt dans la gestion des antiparasitaires et donc une importance économique, écologique et biologique.

Table des matières

Introduction
Première partie: Etude bibliographique
Introduction
1. Le prélèvement de sang
1.1. Indications et technique
1.1.1. Indications
1.1.2. Technique
1.1.3. Bonnes pratique
1.2. Analyses au chevet du malade
1.2.1. Observation macroscopique
1.2.2. Hématocrite
1.2.3. Protéines
1.2.4. Bicarbonates
1.2.5. pH
1.2.6. Glycémie
1.2.7. Lactates
1.2.8. Evaluation du processus de coagulation
1.2.9. Fibrinogène
1.2.10. Autres analyses réalisables au chevet du patient
1.3. Analyses au cabinet
1.3.1. Recherche de parasites sanguins
1.3.2. Etude des cellules sanguines
1.3.2.1. Etude des érythrocytes
1.3.2.2. Etude des leucocytes
1.3.2.3. Etude des thrombocytes
1.3.3. Evaluation du fibrinogène
1.3.4. Electrolytes
1.3.5. Métabolites
1.3.6. Enzymes
1.4. Analyses au laboratoire
1.4.1. Analyses déjà praticables au chevet du malade ou au cabinet
1.4.2. Métabolites
1.4.3. Enzymologie
1.4.4. Virologie
1.4.5. Immunologie
1.5. Conclusion
2. Le prélèvement d’urine
2.1. Indications et technique
2.1.1. Indications
2.1.2. Techniques
2.1.3. Bonnes pratiques
2.2. Analyses au chevet du malade
2.2.1. Observations macroscopiques
2.2.1.1. Viscosité
2.2.1.2. Coloration
2.2.1.3. Limpidité
2.2.1.4. Odeur
2.2.2. Bandelette urinaire
2.2.2.1. Protéines
2.2.2.2. Corps cétoniques
2.2.2.3. Glucose
2.2.2.4. Sang
2.2.2.5. Pigments biliaires
2.2.2.6. Leucocytes
2.2.2.7. Nitrites
2.2.2.8. pH
2.2.2.9. Densité
2.2.3. Protéines
2.2.4. Densité urinaire
2.2.5. pH urinaire
2.2.6. Bactériurie
2.3. Analyses au cabinet
2.3.1. Hémoglobinurie, myoglobinurie et hématurie
2.3.2. Pyurie
2.3.3. Cylindres et sédiments
2.3.4. Bactériologie
2.4. Analyse au laboratoire
2.4.1. Biochimie
2.4.2. Mesures physiques
2.4.3. Bactériologie
2.4.4. Substances minérales
2.4.5. Recherche de toxique
2.5. Conclusion
3. Le prélèvement de fèces
3.1. Indications et technique
3.1.1. Indications
3.1.2. Technique
3.1.3. Bonnes pratiques
3.2. Analyses au chevet du malade
3.2.1. Observation du prélèvement
3.2.2. Kit de diagnostic rapide pour une recherche bactérienne, virale et de cryptosporidies
3.2.2.1. Recherche bactérienne
3.2.2.2. Recherche virale
3.2.2.3. Recherche de cryptosporidies
3.2.3. Kit de diagnostic rapide pour la recherche de Giardia
3.3. Analyses à la clinique
3.3.1. Détection de sang dans les fèces
3.3.2. Recherche de parasites digestifs
3.3.3. Recherche de parasites hépatiques
3.3.4. Recherche de parasites respiratoires
3.4. Analyses au laboratoire
3.4.1. Coprologie
3.4.2. Virologie
3.4.3. Bactériologie
3.5. Conclusion
4. Le prélèvement de lait
4.1. Indications et technique
4.1.1. Indications
4.1.2. Technique
4.1.3. Bonnes pratiques
4.2. Analyse au chevet du malade
4.2.1. Observation du lait
4.2.2. Californian mastitis Test (CMT)
4.2.3. Test de Whiteside
4.2.4. pH 56 4.2.5. Test de conduction
4.2.6. Recherche de corps cétoniques
4.3. Analyse à la clinique
4.3.1. Comptage cellulaire
4.3.2. Mise en culture
4.4. Analyse au laboratoire
4.4.1. Comptages cellulaires
4.4.2. Bactériologie
4.4.3. Antigènes des neutrophiles
4.4.4. Antigènes bactériens
4.5. Conclusion
5. Le prélèvement de placenta et fœtus
5.1. Indications et techniques
5.1.1. Indications
5.1.2. Techniques
5.1.3. Bonnes pratiques
5.2. Analyses au chevet du malade et à la clinique
5.2.1. Détermination de l’âge
5.2.2. Observation des lésions
5.2.3. Utilisation de tests rapides
5.3. Analyses au laboratoire
5.3.1. Recherche de protozoaires et champignons
5.3.2. Recherches bactériennes et virales
5.4. Conclusion
6. Le prélèvement de sécrétion bronchique
6.1. Indications et techniques
6.1.1. Indications
6.1.2. Techniques
6.1.2.1. Ecouvillon naso-pharyngé
6.1.2.2. Aspiration trans-trachéale
6.1.2.3Lavage bronchoalvéolaire
6.1.3. Bonnes pratiques
6.2. Analyses au chevet du malade
6.3. Analyses à la clinique
Cytologie
6.4. Analyses au laboratoire
6.4.1. Cytologie
6.4.2. Bactériologie
6.4.3. Virologie
6.5. Conclusion
7. Le prélèvement de jus de rumen
7.1. Indications et techniques
7.1.1. Indications
7.1.2. Techniques de prélèvement
7.1.3. Conservation
7.1.4. Bonnes pratiques
7.2. Analyses au chevet du malade
7.2.1 Observation
7.2.1.1. Observation de l’échantillon normal
7.2.1.2. Observations en cas d’acidose
7.2.1.3. Observation en cas d’alcalose
7.2.1.4. Observation en cas d’indigestion simple
7.2.1.5. Observation en cas de putréfaction du rumen ou de stase
7.2.1.6. Observation lors de météorisation du veau d’élevage
7.2.2. Réalisation de tests sur l’échantillon
7.2.2.1. Sédimentation-flottaison
7.2.2.2. Potentiel rédox
7.2.3. Intérêt de la mesure du pH
7.2.3.1. Acidose latente et mesure de pH
7.2.3.2. Facteurs de variation
7.3. Analyse à la clinique
7.3.1. Observation au microscope
7.3.2. Tests réalisables à la clinique
7.4. Analyse au laboratoire
7.4.1. Suspicion de reflux de la caillette
7.4.2. Suspicion d’alcalose
7.4.3. Confirmation d’acidose
7.4.4. Bactériologie
7.5. Conclusion
8. Le prélèvement d’organes
8.1. La biopsie hépatique
8.1.1. Indications et techniques
8.1.1.1. Indications
8.1.1.2. Techniques
8.1.1.3. Bonnes pratique
8.1.2. Analyses au chevet du malade et au cabinet
8.1.2.1. Coloration
8.1.2.2. Méthode de flottaison
8.1.3. Analyses au laboratoire
8.1.3.1. Histologie
8.1.3.2. Toxicologie
8.1.3.3. Bactériologie
8.1.5. Conclusion
8.2. La biopsie pulmonaire
8.2.1. Indication et technique
8.2.1.1. Indication
8.2.1.2. Technique
8.2.1.3. Bonnes pratiques
8.2.2. Analyses au chevet du malade et au cabinet
8.2.3. Analyses au laboratoire
8.2.3.1. Bactériologie et mycologie
8.2.3.2. Cytologie
8.2.3.3. Histologie
8.2.4. Conclusion
9. Le prélèvement de tégument
9.1. Indications et techniques
9.1.1. Indications
9.1.2. Techniques de prélèvement
9.1.2.1. Raclage cutané
9.1.2.2. Trichogramme
9.1.2.3. Peignage
9.1.2.4. Calque cutané et test à la cellophane adhésive
9.1.2.5. Cytoponction
9.1.2.6. Biopsie
9.1.3. Bonnes pratiques de prélèvement
9.2. Analyses au chevet du malade
9.3. Analyses à la clinique
9.3.1. Parasitologie
9.3.2. Mycologie
9.3.3. Bactériologie
9.3.4. Cytologie
9.4. Analyses au laboratoire
9.4.1. Bactériologie et mycologie
9.4.2. Cytologie et Histologie
9.4.3. Oligo-éléments et toxiques
9.5. Conclusion
10. Le prélèvement de liquide céphalorachidien
10.1. Indication et techniques
10.1.1. Indications
10.1.2. Techniques de prélèvement
10.1.2.1. Ponction atlanto-occipitale
10.1.2.2. Ponction en zone lombosacrée
10.1.3. Bonnes pratiques de prélèvement
10.2. Analyses au chevet du malade
10.2.1. Débit
10.2.2. Observation macroscopique
10.3. Analyses à la clinique
10.3.1. Gestion de la contamination sanguine
10.3.2. Dosage des protéines
10.3.3. Etude des cellules présentes dans le LCR
10.3.4. Examen bactériologique
10.4. Analyses au laboratoire
10.4.1 Cytologie
10.4.2. Bactériologie, virologie et parasitologie
10.4.3. Dosage des molécules du LCR
10.5. Conclusion
11. Le prélèvement du liquide synovial
11.1. Indications et techniques
11.1.1. Indications du prélèvement
11.1.2. Techniques de prélèvement
11.1.3. Bonnes pratiques de prélèvement
11.2. Analyses au chevet du malade
11.2.1. Observation directe
11.2.2. Test physique et évaluation des protéines
11.3. Analyses à la clinique
11.3.1. Etude des cellules
11.3.2. Etude qualitative du liquide synovial
11.3.3. Bactériologie
11.3.4. Biochimie
11.4. Analyse au laboratoire
11.4.1. Cytologie
11.4.2. Bactériologie
11.4.3. Biochimie
11.4.4. Intérêt d’une électrophorèse
11.5. Conclusion
12. Le prélèvement de liquides d’épanchement
12.1. Le liquide péritonéal
12.1.1. Indications et techniques
12.1.1.1. Indications
12.1.1.2. Techniques
12.1.1.3. Bonnes pratiques
12.1.2. Analyse au chevet du malade
12.1.2.1. Déduction lors du prélèvement
12.1.2.2. Observation du prélèvement
12.1.2.3. Mesure de la densité
12.1.2.4. Mesure des protéines
12.1.3. Analyse à la clinique
12.1.3.1. Comptage cellulaire
12.1.3.2. Cytologie
12.1.3.3. Bactériologie
12.1.3.4. Biochimie
12.1.4. Analyse au laboratoire
12.1.4.1. Biochimie
12.1.4.2. Autres
12.1.5. Conclusion
12.2. Le liquide pleural
12.2.1. Indications et techniques
12.2.1.1. Indications
12.2.1.2. Technique
12.2.2. Analyse au chevet du malade
12.2.3. Analyse à la clinique
12.2.4. Analyse au laboratoire
12.2.5. Conclusion
12.3. Liquide péricardique
12.3.1. Indications et technique
12.3.1.1. Indications
12.3.1.2. Technique
12.3.1.3. Bonnes pratiques
12.3.2. Analyse au chevet du malade
12.3.3. Analyse à la clinique
12.3.4. Analyse au laboratoire
12.3.5. Conclusion
Deuxième partie : Etude personnelle
L’utilisation des prélèvements en pratique rurale : Enquête auprès des vétérinaires ruraux et mixtes travaillant sur le terrain et des laboratoires vétérinaires départementaux
Introduction
1. Matériel et méthode
1.1. Choix de l’échantillion
1.2. Diffusion du questionnaire
1.2.1 GTV
1.2.2. Planete-vet
1.3. Réalisation du questionnaire
1.3.1. Premier essai
1.3.2. Deuxième essai
1.4. Contenus des questionnaires
1.4.1. Questionnaire destiné aux vétérinaires praticiens
1.4.2. Questionnaire destiné aux laboratoires vétérinaires départementaux
1.5. Réalisation des analyses
1.5.1. Questionnaire destiné aux vétérinaires
1.5.2. Questionnaire destiné aux laboratoires
1.6. Analyse des résultats
1.6.1. Questionnaire destiné aux vétérinaires
1.6.1.1. Déroulement de l’analyse descriptive
1.6.1.2. Utilisation des outils
1.6.1.3. Expression des résultats
1.6.2. Questionnaire destiné aux laboratoires
1.6.2.1. Déroulement de l’analyse descriptive
1.6.2.2. Expression des résultats
2. Questionnaire destiné aux vétérinaires
2.1. Résultats
2.1.1. Résultats généraux
2.1.2. Analyses au chevet du patient
2.1.2.1. Californian Mastitis Test (CMT)
2.1.2.2. Utilisation de la bandelette urinaire
2.1.2.2.1. Affection métabolique
2.1.2.2.2. Affection rénale
2.1.2.2.3. Affection hépatique
2.1.2.3. Examen du jus de rumen
2.1.2.3.1. Papier pH
2.1.2.3.2. pH mètre
2.1.2.4. Utilisation du réfractomètre
2.1.2.4.1. Densité urinaire
2.1.2.4.2. Protéines sériques
2.1.2.5. Tests de diagnostic rapide
2.1.2.5.1. Diarrhées néonatales
2.1.2.5.2. Maladie respiratoire
2.1.2.5.2. Transfert de l’immunité colostrale
2.1.2.5.2. Bactériurie
2.1.2.6. Appareil portatif
2.1.2.6.1. Glucose
2.1.2.6.2. Lactate
2.1.2.6.3. Hématocrite
2.1.2.7. Test de coagulation
2.1.3. Analyses au cabinet
2.1.3.1. Kit d’identification de l’agent et antibiogramme pour les mammites
2.1.3.2. Automates
2.1.3.2.1. Electrolytes
2.1.3.2.2. Protéines
2.1.3.2.3. Créatines phosphokinases (CPK)
2.1.3.2.4. Glucose
2.1.3.2.5. Lactate
2.1.3.2.6. Enzymes hépatiques
2.1.3.2.7. Urée et créatinine
2.1.3.2.8. Bilirubine
2.1.3.2.9. Hématologie
2.1.3.2.10. Equilibre acido-basique
2.1.3.3. Microscope
2.1.3.3.1. Parasites sanguins
2.1.3.3.2. Parasites respiratoires, digestifs ou hépatiques
2.1.3.3.3. Parasites cutanés
2.1.3.3.4. Cytologie sanguine
2.1.3.3.5. Cytologie sur un autre substrat
2.1.3.3.6. Identification de Gram
2.1.3.3.7. Microorganismes ruminaux
2.1.4. Analyses au laboratoire
2.1.4.1. Recours au LVD/LDA du département d’exercice
2.1.4.2. Recours à un LVD/LDA autre que celui du département d’exercice
2.1.4.3. Recours à un laboratoire d’analyse en humaine
2.1.4.4. Recours à un laboratoire d’anatomo-pathologie
2.1.4.5. Recours à un laboratoire spécialisé
2.1.4.6. Conclusion
2.1.5. Commentaires libres
2.1.6. Détermination de relations entre deux types différents d’analyse
2.1.6.1. Relations entre différents tests effectués au chevet du malade
2.1.6.1.1. Réfractomètre
2.1.6.1.2. pH ruminal
2.1.6.1.3. Tests rapides
2.1.6.2. Relations entre différentes analyses effectuées au cabinet
2.1.6.2.1. Enzymes hépatiques et musculaires
2.1.6.2.2. Cytologie et Hématologie
2.1.6.2.2. Cytologie sanguine et autre cytologie
2.1.6.2.3. Cytologie sanguine et parasitologie sanguine
2.1.6.3. Relations entre analyses effectuées au chevet du patient et analyses au cabinet
2.1.6.3.1. Analyses du même paramètre
2.1.6.3.1.1. Protéines
2.1.6.3.1.2. Glucose
2.1.6.3.1.3. Lactate
2.1.6.3.2. Analyse de paramètres différents
2.1.6.4. Conclusion
2.1.7. Détermination de relation entre trois types d’analyse
2.1.7.1. Relation entre analyses pour l’analyse d’un même organe
2.1.7.1.1. Pathologie hépatique
2.1.7.1.2. Pathologie rénale
2.1.7.2. Relation entre analyses réalisées avec le même type de matériel
2.1.7.2.1. Bandelette urinaire
2.1.7.2.2. Microscope
2.1.7.2.3. Appareils portatifs
2.1.7.3. Conclusion
2.1.8. Détermination de relation entre les lieux d’analyse
2.1.8.1. Détermination de classes
2.1.8.2. Recherche d’associations statistiques
2.1.8.2.1. Au chevet du bovin et à la clinique
2.1.8.2.2. A la clinique et au laboratoire
2.1.8.2.3. Au chevet du malade et au laboratoire
2.1.8.2.4. Relation entre les trois paramètres
2.1.9. Conclusions
2.1.9.1. Analyses individuelles
2.1.9.2. Analyse de paramètres combinés
2.1.9.3. Relations entre les lieux de réalisation des analyses
2.2. Discussion
2.2.1. Protocole
2.2.1.1. Echantillon
2.2.1.2. Questionnaire
2.2.1.2.1. Questions
2.2.1.2.2. Réponses
2.2.1.2.3. Durée du questionnaire
2.2.2. Résultats
2.2.2.1. Influence des caractéristiques de l’échantillon
2.2.2.2. Formules utilisées
2.2.2.3. Intervalles de confiance
2.2.2.4. Combinaison des paramètres
2.2.2.5. Mise en perspective
2.2.3. Conclusion
3. Questionnaire destiné aux laboratoires
3.1. Résultats
3.1.1. Analyse globale
3.1.1.2. Caractéristiques des laboratoires
3.1.1.2.1. Type de clientèle
3.1.1.2.2. Analyses réalisées
3.1.2. Analyses des prélèvements sanguins
3.1.2.1. Sérologies
3.1.2.2. Biochimie
3.1.2.3. Cellules sanguines
3.1.2.4. Autre analyses sanguine
3.1.3. Fèces
3.1.4. Urine
3.1.5. Lait
3.1.6. Sécrétions
3.1.7. Liquide synovial
3.1.8. Liquide céphalorachidien
3.1.9. Jus de rumen
3.1.10. Tégument
3.1.11. Organes ou biopsies
3.1.12. Ponctions abdominale et péricardique
3.1.13. Placenta et avorton
3.1.14. Autopsies
3.1.15. Commentaires
3.1.16. Conclusion
3.2. Discussion
3.2.1. Protocole
3.2.1.1. Echantillonnage
3.2.1.2. Questionnaire
3.2.1.2.1. Questions
3.2.1.2.2. Réponses
3.2.2. Résultats
3.2.2.1. Influence des caractéristiques de l’échantillon
3.2.2.2. Présentation des résultats
3.2.2.3. Mises en perspective
3.2.3. Conclusion
Conclusion
Annexes
Bibliographie

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