Implémentation de l’application web

Présentation de l’organisme d’accueil

Le CIRAD Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement a été créé en 1984, sur la base des instituts de recherche agricole coloniaux. C’est un EPIC, sous la double tutelle du ministère de la recherche et du ministère des affaires étrangères. Il emploie 1650 personnes, dont 800 chercheurs, avec un budget annuel de 200 millions d’euros en 2015. Le CIRAD comprend 3 départements scientifiques, Performance des systèmes de production et de transformation tropicaux (Persyst), Systèmes biologiques (Bios), Environnement et société (ES), ainsi que 33 unités de recherches et 13 directions régionales à travers le monde (Figure1). Durant mon stage j’ai été accueillie par l’unité de recherche AGAP, dans l’équipe ID (Intégration de Données), du département Bios et l’unité AIDA du département Persyst. Mon encadrement était composé : d’une informaticienne de l’équipe AIDA, d’une statisticienne de l’équipe Plasticité et Adaptation des Monocotylédones et d’un un généticien de l’équipe Dynamique de la diversité, Environnements et Sociétés, coordinateur d’un des projets nécessitant un système d’information permettant de gérer les données issues d’essais agronomiques.

UMR AGAP

Créée en janvier 2011, cette unité mixte de recherche placée sous la tutelle de trois organismes (Cirad, Inra et Montpellier SupAgro) a pour objectif l’amélioration génétique des plantes tropicales et méditerranéennes. L’équipe ID développe en interactions fortes avec les biologistes des autres équipes de l’UMR Agap et d’autres UMR partenaires des outils de bio-informatique visant à répondre aux problématiques de la génétique et de la génomique des plantes tropicales et méditerranéennes. L’équipe PAM (Plasticité Phénotypique et Adaptation des Monocotylédones) analyse les interactions G (génotype) x E (environnement) x C (conduite) et développe des connaissances et des modèles intégrés des processus morpho physiologiques d’adaptation des plantes au milieu agroécologique.

UPR AIDA : Créée le 1er janvier 2014, cette unité est issue de la fusion des unités Systèmes de Culture Annuels (SCA) et Systèmes et Ingénierie Agronomique (Sia). Elle est structurée en cinq équipes de recherche animées pour mettre en oeuvre des démarches interdisciplinaires au service de l’intensification écologique. L’étude, la conception et la proposition de systèmes de culture annuels (riz, blé, sorgho, canne à sucre, cotonnier…), répondant aux exigences de performances agronomiques et environnementales, caractérisent aujourd’hui la demande sociétale et les besoins du développement.

Contexte du stage

Le projet Biomass For the Future (BFF) (http://www.biomassforthefuture.org/) est une bonne étude de cas pour illustrer les besoins de développement d’un système d’information adapté à la gestion de données issues d’essais agronomiques. Il s’agit d’un projet impliquant 22 partenaires publics et privés, dont 9 laboratoires publics, 1 institut technique, 10 PME ainsi que 2 Communautés d’Agglomération, visant à développer de nouvelles variétés et des systèmes de cultures de deux espèces, le miscanthus et le sorgho, au nord et au sud de la France. Dans ce cadre, chaque année, plusieurs essais agronomiques sur diverses variétés de sorgho et de miscanthus sont conduits sur différents sites expérimentaux. Chaque essai est caractérisé par une question scientifique, un dispositif expérimental associé, des variétés cultivées, des pratiques culturales et des échelles d’observation spatiales et temporelles qui lui sont propres. Le projet ayant débuté en 2012 et s’achevant en 2020, une quantité énorme de données a été et sera encore collectée.

Il s’agit de données se rattachant à différents domaines scientifiques tels que l’agronomie, la génétique, l’écophysiologie, l’histologie ou encore la biochimie. Ces jeux de données de natures hétérogènes gérés d’une manière individuelle sont souvent stockés dans des fichiers éparpillés de divers formats (Excel, Word, CSV…) ou sur différents supports (ordinateurs, clés USB…) ce qui rend difficile leur exploitation et leur partage et peut résulter en perte d’information. Malgré l’existence des bases de données qui permettent de stocker toutes les données d’une manière harmonisée et sécurisée, d’autres limites liées à l’exportation ou à l’importation des données via cet outil. Les chercheurs ne maîtrisent pas forcément l’utilisation des bases de données, d’où la nécessité de développer des interfaces web faciles à exploiter et qui s’adressent à un large public. Une veille sur les différents systèmes d’information existants (EPHESYS, Agrobase, PhenomeNetworks, Breeding Magament Systems) a été faite par les responsables du projet mais aucun ne répondait exactement aux besoins spécifiques du projet BFF.

Approche Agile « SCRUM »

L’approche de développement adoptée par l’équipe de travail « DAPHNE » s’inscrit dans la logique des méthodes agiles. Parmi ces méthodes on trouve la méthode Scrum, son processus de déroulement est illustré dans la figure Scrum est considéré comme un cadre de gestion de projet, il consiste à définir des rôles, des réunions et des « artefacts1 ». Trois rôles sont définis dans cette méthode. Le « Product Owner » représente le client dans mon cas c’est le centre de recherche agronomiques (CIRAD), le « Scrum Master » c’est le chef du projet, il garantit l’application de la méthodologie Scrum et enfin « l’équipe de développement » qui réalise le développement. D’une manière générale, le cycle de vie d’un projet Scrum est rythmé par des réunions quotidiennes, appelées également « mêlées quotidiennes », de 15 minutes maximum.

Dans le projet DAPHNE des réunions hebdomadaires ont été réalisées durant lesquelles j’ai listé les exigences du client vis-à-vis des fonctionnalités à rajouter dans l’application, pour de produire le « Backlog produit ». Ensuite avec l’équipe de DAPHNE, les éléments prioritaires du « Backlog produit » sont identifier pour pouvoir planifier le sprint et passer à sa réalisation. Lors des réunions on présente également les fonctionnalités terminées au cours du précédent sprint et note les remarques du « Product Owner » concernant le travail réalisé. C’est aussi une occasion pour anticiper le prochain sprint. Pour mettre en place le processus Scrum on a fait appel à un outil nommé « Trello ». Cet outil nous permet de suivre l’état d’avancement du développement de l’application, car on peut consulter clairement les taches à prévoir, les tâches en cours et les tâches terminées ainsi que la programmation des réunions hebdomadaires (figure 12).

Conclusion et perspectives

DAPHNE est un système d’information conçu pour pouvoir accueillir des données issues du domaine agronomique. A l’heure actuelle ce système permet de gérer des données issues des essais agronomiques d’une ou de plusieurs unités expérimentales et des ontologies agronomiques. Ces données cumulées sur plusieurs années de recherche réparties dans divers fichiers, sont de nature relativement complexes car elles rassemblent plusieurs disciplines, plusieurs espèces, plusieurs sites et plusieurs partenaires scientifiques. Ce système d’information vise à centraliser, harmoniser et organiser le stockage des données agronomiques, d’une manière à permettre aux chercheurs une exploitation plus flexible de l’ensemble des données. Ce qui va leur permettre d’avancer dans les travaux de recherche, comprenant l’analyse des données et leur partage.

La plupart des modules développés dans l’application sont destinés à importer les données dans la base. Actuellement l’application permet de définir les accès sécurisés aux jeux de données et aux projets dans lesquels les utilisateurs évoluent, la recherches et la sélection des variables plantes stockées dans un dictionnaire, l’ajout, la suppression et la mise à jour des données stockées dans la base de données. A noter que l’intégration de ces données se fait par l’intermédiaire de formulaires de saisie en ligne ou par l’importation de fichiers excel spécifiques dont les modèles sont téléchargeables depuis l’application. Néanmoins le développement du système d’information DAPHNE est loin d’être terminé. Il reste plusieurs aspects à développer. A savoir, la finalisation des fichiers d’import concernant les échantillons, les pratiques culturales, les équipements et aussi développement des interfaces pour l’extraction des données de la base et leur visualisation.

Le rapport de stage ou le pfe est un document d’analyse, de synthèse et d’évaluation de votre apprentissage, c’est pour cela rapport gratuit propose le téléchargement des modèles gratuits de projet de fin d’étude, rapport de stage, mémoire, pfe, thèse, pour connaître la méthodologie à avoir et savoir comment construire les parties d’un projet de fin d’étude.

Table des matières

(Contexte, organisme d’accueil, objectifs)
INTRODUCTION
Chapitre I Problématique, Méthodologie, Outils
Résultats et discussions
I.Introduction
I.1. Présentation de l’organisme d’accueil
I.2. Contexte du stage
I.3. Objectifs de stage
Chapitre II
II.Problématique
III. Les technologies utilisées
III.1. Le Framework CodeIgniter
III.2. PostgreSQL
Approche Agile « SCRUM »
Identification des Packages
Diagrammes des cas d’utilisations
Chapitre III
VII. Implémentation de la base de données
VIII. Implémentation de l’application web
Conclusion et perspectives
Références bibliographiques
Annexes
Annexes 1
Annexe 2
Annexe 3